BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344E01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 45,767,527 - 45,882,104
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZeb2, LOC100042661, LOC100041337, LOC666604
Downstream geneLOC383690
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344E01.bB6Ng01-344E01.g
ACCGA126792GA126793
length1,139890
definitionB6Ng01-344E01.b B6Ng01-344E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,880,954 - 45,882,104)(45,767,527 - 45,768,417)
sequence
gaattcttggggaaaaacaaagcacacagttgaatgcactgtgggcttaa
gtggtgttagagcattcctggggcatatttaatagaaataaataacaaat
ctctaaagtaaaacgatatttctgttcttacctacaggaagctcatgatg
aacccattgaggatggaaaaaaaaaacactgtttattttacttaggttct
tatgtctttgactttattgatcaatatcacccctgaatagggattactac
aggattgaggctttactcgattcaataaaccccaagtttcttaacccctc
ccatgtttttaaagaaaggtgagcaaatacttttaaaaggaggcattatc
ttttcttagtgccttgagaaattctccagccatactttaaaggtatgtgg
atgcttttgaactgcatcatactctaatctacccataggctagaaaaaaa
aaaaaaaactgaaaaatcatttatttgtctagccttaaaaaatcaatgta
ggaaaaaatatggcatctgtgtagatagaaaaagcaaatgctgttttatg
gtacaatatagaaataagtatcttaaaatcagagtcaatgggtagcactg
agtgtttgacacccaaaacattcttacctatatgattttatttatgtatt
tatttattaacacagttgtgagcatctatttcttcagctcttgtgctaaa
tatcagaaatgtgtttttcatgtaaaattgactcctaataaacttggttt
tctgttacttggtaaatcttgtacaatataatatttgaaaattgaggata
aataactttacttaaaactcaacgttgatgagttttaaatgtgtgatgag
tctataatttttaaatttaaaatataaaagctaaacaaactgttaactgt
aggataagatattctgttttacgcttggaaattcagcaagccacatggat
tctatgaaagatgggaccctttaactacactatctttctaagtcattata
gataaaactatggcatatatatcatttatgattattccactttatcaaac
atgtattatacctacatgcctttgtctaggatttcaccagagtattcaga
cggtagagaatcatgtatgttgtttctaatacaatatgt

gaattccagaaaagagaattggacctttatatttttataatatttttcat
cccattgataaaatgcctatctatcctaaagttttcacaacagatttttc
agggtgtattatatatgtccactgttaatatctgatatacatccaaaaga
gttgtatctttaacaattcaagtagtaacagggaccaaatgatttggaca
ctatgccaacatttgtgaatgagtggttttagtggggaagaaggtaggca
tcagtggcaaggaatctcagagggaatctctctcacattgtattgtaaaa
gtaagagatagaaatagcaattctaaaggaatttatagtaaagtttattt
cctatatgatgagttacacataaattcgatgctataataataataaaaaa
aacccaacaaattctttctgttagctatgcttttgttgggaatgaattgg
cttcttgaccaccagagttttctacacttgaagttgtaacttagtgaagc
taggattcaaattctaaagcttaagtcatattatttccagagggcttagg
ggagaatgatgaagcttataagtcattatacttgttcttttcttagtttt
gtctgatacagaaaaagcaaggagcgcagcagaagatacccatgccattg
agttctttcctcctcttcctatgatcttggatcctataggatccagattt
attgctaaaactttaatgtcaaaagaaaaagtactctgtaccctacacat
tgaggtatccatgtctccagccgtatatgtagcagaggatggccttctca
ggcatcaatggaaggagaagcctttggccccatgacggttcaatgtctaa
atgtagggaatatgagggtggggaggcaggagtgggtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_45880954_45882104
seq2: B6Ng01-344E01.b_47_1185 (reverse)

seq1  ACATA-TGTATATAGAAACAAACCATAACATGATTTCTCTACTGTCCTGG  49
      ||||| ||||| |||||||||  ||| |||||| |||||||| || ||| 
seq2  ACATATTGTAT-TAGAAACAA--CAT-ACATGA-TTCTCTACCGT-CTG-  43

seq1  AAATACTCTGGTGAAATTCTAGACAAAGGCATGTAAGGTATATTACATTG  99
       |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||
seq2  -AATACTCTGGTGAAATCCTAGACAAAGGCATGT-AGGTATAATACA-TG  90

seq1  TTTGATAAAGT-GAATAATCAATAAATGATATATATGCCAATTAGTTTTA  148
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| 
seq2  TTTGATAAAGTGGAATAATC-ATAAATGATATATATGCCA--TAGTTTT-  136

seq1  ATCTATAATGACTTAGAAAGATAGTGTAGTTAAAGGGTCCCATCTTTCAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAATGACTTAGAAAGATAGTGTAGTTAAAGGGTCCCATCTTTCAT  186

seq1  AGAATCCATGTGGCTTGCTGAATTTCCAAGCGTAAAACAGAATATCTTAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCATGTGGCTTGCTGAATTTCCAAGCGTAAAACAGAATATCTTAT  236

seq1  CCTACAGTTAACAGTTTGTTTAGCTTTTATATTTTAAATTTAAAAATTAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGTTAACAGTTTGTTTAGCTTTTATATTTTAAATTTAAAAATTAT  286

seq1  AGACTCATCACACATTTAAAACTCATCAACGTTGAGTTTTAAGTAAAGTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCATCACACATTTAAAACTCATCAACGTTGAGTTTTAAGTAAAGTT  336

seq1  ATTTATCCTCAATTTTCAAATATTATATTGTACAAGATTTACCAAGTAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCCTCAATTTTCAAATATTATATTGTACAAGATTTACCAAGTAAC  386

seq1  AGAAAACCAAGTTTATTAGGAGTCAATTTTACATGAAAAACACATTTCTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCAAGTTTATTAGGAGTCAATTTTACATGAAAAACACATTTCTG  436

seq1  ATATTTAGCACAAGAGCTGAAGAAATAGATGCTCACAACTGTGTTAATAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAGCACAAGAGCTGAAGAAATAGATGCTCACAACTGTGTTAATAA  486

seq1  ATAAATACATAAATAAAATCATATAGGTAAGAATGTTTTGGGTGTCAAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATACATAAATAAAATCATATAGGTAAGAATGTTTTGGGTGTCAAAC  536

seq1  ACTCAGTGCTACCCATTGACTCTGATTTTAAGATACTTATTTCTATATTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTGCTACCCATTGACTCTGATTTTAAGATACTTATTTCTATATTG  586

seq1  TACCATAAAACAGCATTTGCTTTTTCTATCTACACAGATGCCATATTTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATAAAACAGCATTTGCTTTTTCTATCTACACAGATGCCATATTTTT  636

seq1  TCCTACATTGATTTTTTAAGGCTAGACAAATAAATGATTTTTCAGTTTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACATTGATTTTTTAAGGCTAGACAAATAAATGATTTTTCAGTTTTT  686

seq1  TTTTTTTTTTCTAGCCTATGGGTAGATTAGAGTATGATGCAGTTCAAAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTCTAGCCTATGGGTAGATTAGAGTATGATGCAGTTCAAAAG  736

seq1  CATCCACATACCTTTAAAGTATGGCTGGAGAATTTCTCAAGGCACTAAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACATACCTTTAAAGTATGGCTGGAGAATTTCTCAAGGCACTAAGA  786

seq1  AAAGATAATGCCTCCTTTTAAAAGTATTTGCTCACCTTTCTTTAAAAACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAATGCCTCCTTTTAAAAGTATTTGCTCACCTTTCTTTAAAAACA  836

seq1  TGGGAGGGGTTAAGAAACTTGGGGTTTATTGAATCGAGTAAAGCCTCAAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGGGTTAAGAAACTTGGGGTTTATTGAATCGAGTAAAGCCTCAAT  886

seq1  CCTGTAGTAATCCCTATTCAGGGGTGATATTGATCAATAAAGTCAAAGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGTAATCCCTATTCAGGGGTGATATTGATCAATAAAGTCAAAGAC  936

seq1  ATAAGAACCTAAGTAAAATAAACAGTGTTTTTTTTTTCCATCCTCAATGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAACCTAAGTAAAATAAACAGTGTTTTTTTTTTCCATCCTCAATGG  986

seq1  GTTCATCATGAGCTTCCTGTAGGTAAGAACAGAAATATCGTTTTACTTTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCATGAGCTTCCTGTAGGTAAGAACAGAAATATCGTTTTACTTTA  1036

seq1  GAGATTTGTTATTTATTTCTATTAAATATGCCCCAGGAATGCTCTAACAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTGTTATTTATTTCTATTAAATATGCCCCAGGAATGCTCTAACAC  1086

seq1  CACTTAAGCCCACAGTGCATTCAACTGTGTGCTTTGTTTTTCCCCAAGAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAAGCCCACAGTGCATTCAACTGTGTGCTTTGTTTTTCCCCAAGAA  1136

seq1  TTC  1151
      |||
seq2  TTC  1139


seq1: chr2_45767527_45768417
seq2: B6Ng01-344E01.g_68_957

seq1  GAATTCCAGAAAAGAGAATTGGACCTTTATATTTTTATAATATTTTTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAAAGAGAATTGGACCTTTATATTTTTATAATATTTTTCAT  50

seq1  CCCATTGATAAAATGCCTATCTATCCTAAAGTTTTCACAACAGATTTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGATAAAATGCCTATCTATCCTAAAGTTTTCACAACAGATTTTTC  100

seq1  AGGGTGTATTATATATGTCCACTGTTAATATCTGATATACATCCAAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGTATTATATATGTCCACTGTTAATATCTGATATACATCCAAAAGA  150

seq1  GTTGTATCTTTAACAATTCAAGTAGTAACAGGGACCAAATGATTTGGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATCTTTAACAATTCAAGTAGTAACAGGGACCAAATGATTTGGACA  200

seq1  CTATGCCAACATTTGTGAATGAGTGGTTTTAGTGGGGAAGAAGGTAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCAACATTTGTGAATGAGTGGTTTTAGTGGGGAAGAAGGTAGGCA  250

seq1  TCAGTGGCAAGGAATCTCAGAGGGAATCTCTCTCACATTGTATTGTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGCAAGGAATCTCAGAGGGAATCTCTCTCACATTGTATTGTAAAA  300

seq1  GTAAGAGATAGAAATAGCAATTCTAAAGGAATTTATAGTAAAGTTTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGATAGAAATAGCAATTCTAAAGGAATTTATAGTAAAGTTTATTT  350

seq1  CCTATATGATGAGTTACACATAAATTCGATGCTATAATAATAATAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATGATGAGTTACACATAAATTCGATGCTATAATAATAATAAAAAA  400

seq1  AACCCAACAAATTCTTTCTGTTAGCTATGCTTTTGTTGGGAATGAATTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAACAAATTCTTTCTGTTAGCTATGCTTTTGTTGGGAATGAATTGG  450

seq1  CTTCTTGACCACCAGAGTTTTCTACACTTGAAGTTGTAACTTAGTGAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGACCACCAGAGTTTTCTACACTTGAAGTTGTAACTTAGTGAAGC  500

seq1  TAGGATTCAAATTCTAAAGCTTAAGTCATATTATTTCCAGAGGGCTTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTCAAATTCTAAAGCTTAAGTCATATTATTTCCAGAGGGCTTAGG  550

seq1  GGAGAATGATGAAGCTTATAAGTCATTATACTTGTTCTTTTCTTAGTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAATGATGAAGCTTATAAGTCATTATACTTGTTCTTTTCTTAGTTTT  600

seq1  GTCTGATACAGAAAAAGCAAGGAGCGCAGCAGAAGATACCCATGCCATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATACAGAAAAAGCAAGGAGCGCAGCAGAAGATACCCATGCCATTG  650

seq1  AGTTCTTTCCTCCTCTTCCTATGATCTTGGATCCTATAGGATCCAGATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTCCTCCTCTTCCTATGATCTTGGATCCTATAGGATCCAGATTT  700

seq1  ATTGCTAAAACTTTAATGTCAAAAGAAAAAGTACTCTGTACCCTACACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTAAAACTTTAATGTCAAAAGAAAAAGTACTCTGTACCCTACACAT  750

seq1  TGAGGTATCCATGTCTCCAGCCGTATATGTAGCAGAGGATGGCCTTCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTATCCATGTCTCCAGCCGTATATGTAGCAGAGGATGGCCTTCTCA  800

seq1  GGCATCAATGGAAGGAGAAGCCTTTGGCCCCATGACGGTTCAATGTCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCAATGGAAGGAGAAGCCTTTGGCCCCATGACGGTTCAATGTCTAA  850

seq1  ATGTAGGGGAATATGAGGGTGGGGAGGCAGGAGTGGGTGGA  891
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTA-GGGAATATGAGGGTGGGGAGGCAGGAGTGGGTGGA  890


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |