BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001G01
ChromosomeX (Build37)
Map Location 55,735,753 - 55,874,523
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGpr101, Aldoa-ps, EG666441, LOC666447, Zic3
Downstream geneLOC631581, LOC631621, 4930550L24Rik, Fgf13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001G01.bB6Ng01-001G01.g
ACCDH839719DH839720
length9781,210
definitionDH839719|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001G01, 5' end.DH839720|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001G01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,735,753 - 55,736,729)(55,873,290 - 55,874,523)
sequence
gaattcagagattcagtgctgctgccactctcaaaaatgacaaaatcgta
agtggcagctggagctgtaggtataagatggtttcttaagggtactcaac
acaggggaaggactggagagatgaagaaagatgcccacagctgcaaattt
ttaaagataggcaaatgaatacaaacagaagcatatggtatgtttctggc
acttttctgaatgtttttatcattcccaaggtattttatttcacagcaac
gttatggaatgacaggaatctaaccattttacagaagaggaaactggaag
acaggaaagttaaataatccatcataactagcaaatagcataaatgtgat
tgaaatgcaggcaacatgactttcaaggcctactgttttaaatactgaac
tgatttattcacatataccctggagaatataattcttgttttttttctct
ctgtctgtctctctggtgaacattaacatttcttttgaggtcccctcctg
atctagcacactattatgtatatgtattaatgtattagacaagtacttat
cgagcagctgacaagtccattgggaagccatggagtcactatgagtggtt
tttgactccaatgaaaaaacaatgagctttgtcagagatacagtgttcct
attatagtcataaaacacaaattcattcaaaatatcagacttctaatggc
ttgtgttattgtgacttataaatcaatggaaacttgaagcaaaatgtact
aatttctgatttaatatttttattatttgtgtgtatgtgtacatgtgtgt
tcatgtgtgcatgcacttctccatgtatgtaatatatatgacagtgtgca
tggagtcctgaagacacagttccaaatattgtatttcatcctttagattg
ccttttatatttattgattttgttctttgaagtatctaactttgactact
atgtgggaatggggaaggaggaggaaga
gaattcattttaattagcacatggaatgaagtaggagaaataaatgtgtt
gaagaaaaaaaaatgacccttttaaaagattttcaaacttggctaaattt
aactcatctctgtagtttaagagtcaaatactttttgatactgcctttct
agtagtttacattttttattaatcattttatttgtatacatttcaaatga
tatcccacttcccagttatcctccacaaacccggatcctattcccctccc
cgctcccccttgcctctatgagtgtgctcctccatccacttctgcctaac
cctaaccgctctagcatccccctacactggggcatcaagtctccacagga
ccaagggtttcccctcactctgatgtcagataaagccatcctttgctaca
tatgtagcaggagccacggctcccttgtgtgtactttttggttggtgatt
tcatccctgggagcactgtgtgatttggttagctgatattgttcttccaa
tgggcttgcaatcaccttcagtccttcctccagctcttccattatgatcc
cccggctcagacagatggttggctgtgagtatctgcatctgtctgcagac
atcaaaccccaacactattgcttgccgacaggaacctggtatggctgttc
cctgaggggttctaccagtacaggaacaatatagatccagcagtttacat
ttttgtccaactctctccctatccacagtcattctcctatagggctctaa
cctggcatcttgtctttgagctccctctgctggcagcaaaacaagttgca
gaattagtcaataacaaagattgtacattggatggaaattttaaaaactc
tttcaacttgaaaaattaaaatgagtgttgatttacatattttggtaaaa
atagtgattgtagctcttatcatgctgaattttaatgtaagtctatcaaa
attacccttagcaaacttttttataatactagtgccatatggtcattact
ctttcttttggaaatattgttctgcacaaacgtcatgtagcaggtgcaga
ccctcttaatttcttgtaacacatagttcggtgtttaaatgtatcaagca
ctaaaggtccatgtgggcatagtggtatgctactctttcacttccgtaga
cattttgtaacattagaactttgacacggcaaggtaggtattctggaggg
agaacacagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_55735753_55736729
seq2: B6Ng01-001G01.b_46_1023

seq1  GAATTCAGAGATTCAGTGCTGCTGCCACTCTCAAAAATGACAAAATCGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGATTCAGTGCTGCTGCCACTCTCAAAAATGACAAAATCGTA  50

seq1  AGTGGCAGCTGGAGCTGTAGGTATAAGATGGTTTCTTAAGGGTACTCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCAGCTGGAGCTGTAGGTATAAGATGGTTTCTTAAGGGTACTCAAC  100

seq1  ACAGGGGAAGGACTGGAGAGATGAAGAAAGATGCCCACAGCTGCAAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGAAGGACTGGAGAGATGAAGAAAGATGCCCACAGCTGCAAATTT  150

seq1  TTAAAGATAGGCAAATGAATACAAACAGAAGCATATGGTATGTTTCTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATAGGCAAATGAATACAAACAGAAGCATATGGTATGTTTCTGGC  200

seq1  ACTTTTCTGAATGTTTTTATCATTCCCAAGGTATTTTATTTCACAGCAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTGAATGTTTTTATCATTCCCAAGGTATTTTATTTCACAGCAAC  250

seq1  GTTATGGAATGACAGGAATCTAACCATTTTACAGAAGAGGAAACTGGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGAATGACAGGAATCTAACCATTTTACAGAAGAGGAAACTGGAAG  300

seq1  ACAGGAAAGTTAAATAATCCATCATAACTAGCAAATAGCATAAATGTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAAGTTAAATAATCCATCATAACTAGCAAATAGCATAAATGTGAT  350

seq1  TGAAATGCAGGCAACATGACTTTCAAGGCCTACTGTTTTAAATACTGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGCAGGCAACATGACTTTCAAGGCCTACTGTTTTAAATACTGAAC  400

seq1  TGATTTATTCACATATACCCTGGAGAATATAATTCTTGTTTTTTTTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTATTCACATATACCCTGGAGAATATAATTCTTGTTTTTTTTCTCT  450

seq1  CTGTCTGTCTCTCTGGTGAACATTAACATTTCTTTTGAGGTCCCCTCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCTCTCTGGTGAACATTAACATTTCTTTTGAGGTCCCCTCCTG  500

seq1  ATCTAGCACACTATTATGTATATGTATTAATGTATTAGACAAGTACTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCACACTATTATGTATATGTATTAATGTATTAGACAAGTACTTAT  550

seq1  CGAGCAGCTGACAAGTCCATTGGGAAGCCATGGAGTCACTATGAGTGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCAGCTGACAAGTCCATTGGGAAGCCATGGAGTCACTATGAGTGGTT  600

seq1  TTTGACTCCAATGAAAAAACAATGAGCTTTGTCAGAGATACAGTGTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTCCAATGAAAAAACAATGAGCTTTGTCAGAGATACAGTGTTCCT  650

seq1  ATTATAGTCATAAAACACAAATTCATTCAAAATATCAGACTTCTAATGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGTCATAAAACACAAATTCATTCAAAATATCAGACTTCTAATGGC  700

seq1  TTGTGTTATTGTGACTTATAAATCAATGGAAACTTGAAGCAAAATGTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTATTGTGACTTATAAATCAATGGAAACTTGAAGCAAAATGTACT  750

seq1  AATTTCTGATTTAATATTTTTATTATTTGTGTGTATGTGTACATGTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTGATTTAATATTTTTATTATTTGTGTGTATGTGTACATGTGTGT  800

seq1  TCATGTGTGCATGCACTTCTCCATGTATGTAATATATATGACAGTGTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGTGCATGCACTTCTCCATGTATGTAATATATATGACAGTGTGCA  850

seq1  TGGAGTCCTGAAGACACAGTTCCAAATATTGTATTTCATCCTTTAGATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCCTGAAGACACAGTTCCAAATATTGTATTTCATCCTTTAGATTG  900

seq1  CCTTTTATATTTATTGATTTTGTTCTTTGAAGTATCTAACTTTGACTACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTATATTTATTGATTTTGTTCTTTGAAGTATCTAACTTTGACTACT  950

seq1  ATGTGGGAATGGGG-AGGAGGAGGAAGA  977
      |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATGTGGGAATGGGGAAGGAGGAGGAAGA  978

seq1: chrX_55873290_55874523
seq2: B6Ng01-001G01.g_66_1275 (reverse)

seq1  ACTGT-TTCTCCCT-CAGAATACCTACCTTTGGCTGTTGTCAAAAGTCTA  48
      ||||| |||||||| |||||||||||||||  || | |||||||  ||||
seq2  ACTGTGTTCTCCCTCCAGAATACCTACCTT--GCCG-TGTCAAAGTTCTA  47

seq1  ATGTTTACAAAAATAGTCTAACAGGAAGTGAAAGAAGTAGACATAACACA  98
      ||| ||||||||   |||||   ||||||||||| ||||| |||| ||| 
seq2  ATG-TTACAAAA--TGTCTA--CGGAAGTGAAAG-AGTAG-CATACCAC-  89

seq1  TATGCCACATATGTGACATATTAGTTGCTTTGGAATAACATTTAAACACC  148
      |||||| || ||| ||| | |||| |||||  ||   |||||||||||||
seq2  TATGCC-CACATG-GACCT-TTAG-TGCTT--GA--TACATTTAAACACC  131

seq1  GAAACCTATGTGTTAACAAGAAATTAAGAGTGTCTGCACCTGCTACATGG  198
      |||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  GAA--CTATGTGTT-ACAAGAAATTAAGAGGGTCTGCACCTGCTACAT-G  177

seq1  ACGTTTGTGCAGAAACAATATTTCCAAAAGAAAGAGTAAATTGACCATAT  248
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  ACGTTTGTGCAG-AACAATATTTCCAAAAGAAAGAGTAA--TGACCATAT  224

seq1  GGCACTAGTA-TATAAAAAAGTTTTGCTAAGGGTAATTTTGATAGACTTA  297
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTAGTATTATAAAAAAG-TTTGCTAAGGGTAATTTTGATAGACTTA  273

seq1  CATTAAAATTCAGCATGATAAGAGCTACAATCACTATTTTTACCAAAATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAATTCAGCATGATAAGAGCTACAATCACTATTTTTACCAAAATA  323

seq1  TGTAAATCAACACTCATTTTAATTTTTCAAGTTGAAAGAGTTTTTAAAAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATCAACACTCATTTTAATTTTTCAAGTTGAAAGAGTTTTTAAAAT  373

seq1  TTCCATCCAATGTACAATCTTTGTTATTGACTAATTCTGCAACTTGTTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCCAATGTACAATCTTTGTTATTGACTAATTCTGCAACTTGTTTT  423

seq1  GCTGCCAGCAGAGGGAGCTCAAAGACAAGATGCCAGGTTAGAGCCCTATA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCAGCAGAGGGAGCTCAAAGACAAGATGCCAGGTTAGAGCCCTATA  473

seq1  GGAGAATGACTGTGGATAGGGAGAGAGTTGGACAAAAATGTAAACTGCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAATGACTGTGGATAGGGAGAGAGTTGGACAAAAATGTAAACTGCTG  523

seq1  GATCTATATTGTTCCTGTACTGGTAGAACCCCTCAGGGAACAGCCATACC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTATATTGTTCCTGTACTGGTAGAACCCCTCAGGGAACAGCCATACC  573

seq1  AGGTTCCTGTCGGCAAGCAATAGTGTTGGGGTTTGATGTCTGCAGACAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCTGTCGGCAAGCAATAGTGTTGGGGTTTGATGTCTGCAGACAGA  623

seq1  TGCAGATACTCACAGCCAACCATCTGTCTGAGCCGGGGGATCATAATGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATACTCACAGCCAACCATCTGTCTGAGCCGGGGGATCATAATGGA  673

seq1  AGAGCTGGAGGAAGGACTGAAGGTGATTGCAAGCCCATTGGAAGAACAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGGAGGAAGGACTGAAGGTGATTGCAAGCCCATTGGAAGAACAAT  723

seq1  ATCAGCTAACCAAATCACACAGTGCTCCCAGGGATGAAATCACCAACCAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTAACCAAATCACACAGTGCTCCCAGGGATGAAATCACCAACCAA  773

seq1  AAAGTACACACAAGGGAGCCGTGGCTCCTGCTACATATGTAGCAAAGGAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACACACAAGGGAGCCGTGGCTCCTGCTACATATGTAGCAAAGGAT  823

seq1  GGCTTTATCTGACATCAGAGTGAGGGGAAACCCTTGGTCCTGTGGAGACT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTATCTGACATCAGAGTGAGGGGAAACCCTTGGTCCTGTGGAGACT  873

seq1  TGATGCCCCAGTGTAGGGGGATGCTAGAGCGGTTAGGGTTAGGCAGAAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCCCAGTGTAGGGGGATGCTAGAGCGGTTAGGGTTAGGCAGAAGT  923

seq1  GGATGGAGGAGCACACTCATAGAGGCAAGGGGGAGCGGGGAGGGGAATAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGGAGCACACTCATAGAGGCAAGGGGGAGCGGGGAGGGGAATAG  973

seq1  GATCCGGGTTTGTGGAGGATAACTGGGAAGTGGGATATCATTTGAAATGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCGGGTTTGTGGAGGATAACTGGGAAGTGGGATATCATTTGAAATGT  1023

seq1  ATACAAATAAAATGATTAATAAAAAATGTAAACTACTAGAAAGGCAGTAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATAAAATGATTAATAAAAAATGTAAACTACTAGAAAGGCAGTAT  1073

seq1  CAAAAAGTATTTGACTCTTAAACTACAGAGATGAGTTAAATTTAGCCAAG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGTATTTGACTCTTAAACTACAGAGATGAGTTAAATTTAGCCAAG  1123

seq1  TTTGAAAATCTTTTAAAAGGGTCATTTTTTTTTCTTCAACACATTTATTT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAATCTTTTAAAAGGGTCATTTTTTTTTCTTCAACACATTTATTT  1173

seq1  CTCCTACTTCATTCCATGTGCTAATTAAAATGAATTC  1234
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACTTCATTCCATGTGCTAATTAAAATGAATTC  1210