BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004A23
ChromosomeX (Build37)
Map Location 38,669,939 - 38,816,126
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGria3
Upstream geneLOC100039769, LOC385344
Downstream geneLOC100039802, LOC676077, Thoc2, LOC665488, EG333830, LOC100039838, Birc4, Stag2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004A23.bB6Ng01-004A23.g
ACCDH841574DH841575
length1,0321,155
definitionDH841574|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004A23, 5' end.DH841575|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004A23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,669,939 - 38,670,962)(38,814,965 - 38,816,126)
sequence
gaattcataaccattaacctcccagggcaatccaacaaccactggtactg
ttaaaagtgtagggccttccttttacctcctgtctaaagttggccttctt
ggacatgatcccatttctccttagttttatgaaatctgtcagatgcctct
atttggctgtgcttaacatctaagtgtctcttggccaggcccagttccaa
gttctgacaggcctttcctgatttctcctattcatattcatatttcttaa
atgatggtaatttcaaaaacattcccaaaggctttaaagatataaatgat
ttaacaaatgtattgtgtagatgggagtgggttgttgatatccatttagt
catcaaagagagtgtattaaagaaggaagtggaaatcttggtctgctgga
atttatcagagaattgaatggttctgtgtattgttgccatattaatgcta
atcttaccatgattaactaatatctacttactaataacagtaagaaaaat
aaatgacacgcccaactttaagtcacacaagtaatccaacttataaatat
tattctctaaggcactatataggttttataaagtactcataatggtatgg
agagatggctcagtagttaagagcagtagttgttcttccagatggcaccg
ggttaaattgctagcatcaacatggcagatcacaactgtgtgcaactcca
gtttccagaggatctgacaccctcctacagacatacaggcagacattaat
ccacataatgataaataatttttaagtagtcatggaaaatatttttaagg
tatctttttgatcatttgggcccactcaatttcaaaacccaaattcctcg
gtagcaagtgagcaaaggttcttagaaaagtgtgacaggattcggtaaac
aagtggttatggcttgaccttaaatcacccacacttcaagactgcttaca
acatgccaggtatcctcctaatgaaatcttttccatgaatttcctaaatg
aataataaggaaccccttctccatcttttaac
gaattctttcacacagtctttgagacagaattttcctgtacttaagctat
ccatgtaggccttgaaattctgttcataccatatcctcttaaatactgct
gattattataaactcaccctgtcataaaatatgtcattcagaattctacc
tttagatgattctattagaaatatcctcatcttattgagcataaatctgc
ctccttgtaacttccactaactgttgatcttttctagagacaggggccaa
aggtcaagtatttacttcatattctaatagtagaccaccaaacatctata
gatttgagtagaacaccttttcttcaagctaattacccctagtaccagct
gttcttttgatgtataacatgggtctaggtccaggcacatcatcactcta
agcatcttcctctgaatatgttacggtttgtcaaaaccttatgtttgtag
ccaaaatggggtacaagtgctagtgagattgaacctatcaaaaagcaaac
aagtaaatgaataaaatgatgtttcacctccattttggtatacacaagac
atatttgtcagtgccacctagaatgctaatgatattttttttgacaagcc
cccaatgtggttctataaaatatactcctactttgaggtcttgaatgtat
aagcctatgcgttaataggaatttctgggggctggatatggttcagtggt
tgtgagtacatactgctttttcagaggatctcatttaggttcccagcacc
catgatgggcagttaacagccacccgtagctccaactctagggactccaa
tgccctcttctggcctccatggtctcctacacttacatacatataaagga
tttctgccatgactggtgccccacaaatatggatatacaaggtcttttat
ttttgtccttaaaatacttcaatttctttagatatcctcatggttttgac
ccaccttcatgggggtatttaaagtgtgattggttataaataaaatcagt
ttgctctctttcattcttgaaattgataagatcaattttggtagtgtaat
ctaggttatggacaaatgctggagaataaccgacctaaggtcatgtctgg
cctgtgggtcccacgcgctttatccagaccctctgggaggcaagccaggc
ggatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_38669939_38670962
seq2: B6Ng01-004A23.b_45_1076

seq1  GAATTCATAACCATTAACCTCCCAGGGCAATCCAACAACCACTGGTACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAACCATTAACCTCCCAGGGCAATCCAACAACCACTGGTACTG  50

seq1  TTAAAAGTGTAGGGCCTTCCTTTTACCTCCTGTCTAAAGTTGGCCTTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGTGTAGGGCCTTCCTTTTACCTCCTGTCTAAAGTTGGCCTTCTT  100

seq1  GGACATGATCCCATTTCTCCTTAGTTTTATGAAATCTGTCAGATGCCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGATCCCATTTCTCCTTAGTTTTATGAAATCTGTCAGATGCCTCT  150

seq1  ATTTGGCTGTGCTTAACATCTAAGTGTCTCTTGGCCAGGCCCAGTTCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCTGTGCTTAACATCTAAGTGTCTCTTGGCCAGGCCCAGTTCCAA  200

seq1  GTTCTGACAGGCCTTTCCTGATTTCTCCTATTCATATTCATATTTCTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGACAGGCCTTTCCTGATTTCTCCTATTCATATTCATATTTCTTAA  250

seq1  ATGATGGTAATTTCAAAAACATTCCCAAAGGCTTTAAAGATATAAATGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGTAATTTCAAAAACATTCCCAAAGGCTTTAAAGATATAAATGAT  300

seq1  TTAACAAATGTATTGTGTAGATGGGAGTGGGTTGTTGATATCCATTTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAATGTATTGTGTAGATGGGAGTGGGTTGTTGATATCCATTTAGT  350

seq1  CATCAAAGAGAGTGTATTAAAGAAGGAAGTGGAAATCTTGGTCTGCTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAGAGAGTGTATTAAAGAAGGAAGTGGAAATCTTGGTCTGCTGGA  400

seq1  ATTTATCAGAGAATTGAATGGTTCTGTGTATTGTTGCCATATTAATGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCAGAGAATTGAATGGTTCTGTGTATTGTTGCCATATTAATGCTA  450

seq1  ATCTTACCATGATTAACTAATATCTACTTACTAATAACAGTAAGAAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACCATGATTAACTAATATCTACTTACTAATAACAGTAAGAAAAAT  500

seq1  AAATGACACGCCCAACTTTAAGTCACACAAGTAATCCAACTTATAAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACACGCCCAACTTTAAGTCACACAAGTAATCCAACTTATAAATAT  550

seq1  TATTCTCTAAGGCACTATATAGGTTTTATAAAGTACTCATAATGGTATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCTAAGGCACTATATAGGTTTTATAAAGTACTCATAATGGTATGG  600

seq1  AGAGATGGCTCAGTAGTTAAGAGCAGTAGTTGTTCTTCCAGATGGCACCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGCTCAGTAGTTAAGAGCAGTAGTTGTTCTTCCAGATGGCACCG  650

seq1  GGTTAAATTGCTAGCATCAACATGGCAGATCACAACTGTGTGCAACTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAATTGCTAGCATCAACATGGCAGATCACAACTGTGTGCAACTCCA  700

seq1  G-TTCCAGAGGATCTGACACCCTCCTACAGACATACAGGCAGACATTAAT  749
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAGAGGATCTGACACCCTCCTACAGACATACAGGCAGACATTAAT  750

seq1  CCACATAAAGATAAATAA-TTTTAAGTAGTCAT-GAAAATA-TTTTAAGG  796
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  CCACATAATGATAAATAATTTTTAAGTAGTCATGGAAAATATTTTTAAGG  800

seq1  TATC-TTTTGATCATTTGGTCCAACTCAATCTCAAAA-CCAAATTCCTCG  844
      |||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TATCTTTTTGATCATTTGGGCCCACTCAATTTCAAAACCCAAATTCCTCG  850

seq1  GTAGCAAGTGAGCAAAGGTTCTTAGAAAAGTGTTGACAGGATTCGGTAAA  894
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTAGCAAGTGAGCAAAGGTTCTTAGAAAAGTG-TGACAGGATTCGGTAAA  899

seq1  CAAGT-GCTATGGCTTGACCTTAAATCACCCACACATCAGAGACTGCTTA  943
      ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  CAAGTGGTTATGGCTTGACCTTAAATCACCCACACTTCA-AGACTGCTTA  948

seq1  CAACATGCCAGTTAT-CTTCTGAGGAAATC-TTTCCATGTATTTCCTTAA  991
      ||||||||||| ||| || || | |||||| |||||||| |||||| |||
seq2  CAACATGCCAGGTATCCTCCTAATGAAATCTTTTCCATGAATTTCC-TAA  997

seq1  CTGAAT-ATTAGGAA-CCCTTCCCCATCTTTTAAC  1024
       ||||| || ||||| |||||| ||||||||||||
seq2  ATGAATAATAAGGAACCCCTTCTCCATCTTTTAAC  1032

seq1: chrX_38814965_38816126
seq2: B6Ng01-004A23.g_66_1220 (reverse)

seq1  AATCCGCCTGCCTCTGCCTCCC-GAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCA  49
      |||||||||| || |||||||| ||| |   |||| ||  ||||| | | 
seq2  AATCCGCCTGGCT-TGCCTCCCAGAGGGTCTGGATAAAGCGCGTGGGAC-  48

seq1  CCAC-GCCCAG-CATGACCCTTAGTTCTGTTA-TCTTCAGCATTTTGTCT  96
      |||| | |||| ||||| |||||| || |||| ||| ||||| |||||| 
seq2  CCACAGGCCAGACATGA-CCTTAGGTCGGTTATTCTCCAGCA-TTTGTCC  96

seq1  ATAACTTAGATAACACTACCCAAAATGATCTTATCAAATTTTCA--GATG  144
      ||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||  |||||   |||
seq2  ATAACCTAGATTACACTACCAAAATTGATCTTATCAA--TTTCAAGAATG  144

seq1  ACAGAGAGCAAAACTGATTTTTATTTATTAACCAAATCACACTTTTAAAT  194
      | ||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||  || 
seq2  AAAGAGAGC-AAACTGA-TTTTATTTA-TAACC-AATCACACTTT--AAA  188

seq1  TACCCCCATGAAGGTGGGTCAAAACCATGAGGATATCTTAAAGAAATTGA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TACCCCCATGAAGGTGGGTCAAAACCATGAGGATATC-TAAAGAAATTGA  237

seq1  AGTATTTTAAGGACAAAAATAAAAGACCTTGTATATCCATATTTGTGGGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTTAAGGACAAAAATAAAAGACCTTGTATATCCATATTTGTGGGG  287

seq1  CACCAGTCATGGCAGAAATCCTTTATATGTATGTAAGTGTAGGAGACCAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTCATGGCAGAAATCCTTTATATGTATGTAAGTGTAGGAGACCAT  337

seq1  GGAGGCCAGAAGAGGGCATTGGAGTCCCTAGAGTTGGAGCTACGGGTGGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCAGAAGAGGGCATTGGAGTCCCTAGAGTTGGAGCTACGGGTGGC  387

seq1  TGTTAACTGCCCATCATGGGTGCTGGGAACCTAAATGAGATCCTCTGAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACTGCCCATCATGGGTGCTGGGAACCTAAATGAGATCCTCTGAAA  437

seq1  AAGCAGTATGTACTCACAACCACTGAACCATATCCAGCCCCCAGAAATTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTATGTACTCACAACCACTGAACCATATCCAGCCCCCAGAAATTC  487

seq1  CTATTAACGCATAGGCTTATACATTCAAGACCTCAAAGTAGGAGTATATT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAACGCATAGGCTTATACATTCAAGACCTCAAAGTAGGAGTATATT  537

seq1  TTATAGAACCACATTGGGGGCTTGTCAAAAAAAATATCATTAGCATTCTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAACCACATTGGGGGCTTGTCAAAAAAAATATCATTAGCATTCTA  587

seq1  GGTGGCACTGACAAATATGTCTTGTGTATACCAAAATGGAGGTGAAACAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCACTGACAAATATGTCTTGTGTATACCAAAATGGAGGTGAAACAT  637

seq1  CATTTTATTCATTTACTTGTTTGCTTTTTGATAGGTTCAATCTCACTAGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATTCATTTACTTGTTTGCTTTTTGATAGGTTCAATCTCACTAGC  687

seq1  ACTTGTACCCCATTTTGGCTACAAACATAAGGTTTTGACAAACCGTAACA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTACCCCATTTTGGCTACAAACATAAGGTTTTGACAAACCGTAACA  737

seq1  TATTCAGAGGAAGATGCTTAGAGTGATGATGTGCCTGGACCTAGACCCAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGAGGAAGATGCTTAGAGTGATGATGTGCCTGGACCTAGACCCAT  787

seq1  GTTATACATCAAAAGAACAGCTGGTACTAGGGGTAATTAGCTTGAAGAAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATACATCAAAAGAACAGCTGGTACTAGGGGTAATTAGCTTGAAGAAA  837

seq1  AGGTGTTCTACTCAAATCTATAGATGTTTGGTGGTCTACTATTAGAATAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTCTACTCAAATCTATAGATGTTTGGTGGTCTACTATTAGAATAT  887

seq1  GAAGTAAATACTTGACCTTTGGCCCCTGTCTCTAGAAAAGATCAACAGTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAAATACTTGACCTTTGGCCCCTGTCTCTAGAAAAGATCAACAGTT  937

seq1  AGTGGAAGTTACAAGGAGGCAGATTTATGCTCAATAAGATGAGGATATTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGTTACAAGGAGGCAGATTTATGCTCAATAAGATGAGGATATTT  987

seq1  CTAATAGAATCATCTAAAGGTAGAATTCTGAATGACATATTTTATGACAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAGAATCATCTAAAGGTAGAATTCTGAATGACATATTTTATGACAG  1037

seq1  GGTGAGTTTATAATAATCAGCAGTATTTAAGAGGATATGGTATGAACAGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTTTATAATAATCAGCAGTATTTAAGAGGATATGGTATGAACAGA  1087

seq1  ATTTCAAGGCCTACATGGATAGCTTAAGTACAGGAAAATTCTGTCTCAAA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAGGCCTACATGGATAGCTTAAGTACAGGAAAATTCTGTCTCAAA  1137

seq1  GACTGTGTGAAAGAATTC  1162
      ||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGTGAAAGAATTC  1155