BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013E18
ChromosomeX (Build37)
Map Location 163,309,323 - 163,437,905
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGemin8, Gpm6b, Ofd1, Trappc2, Rab9, LOC100040795, A630018P17Rik, Egfl6, LOC100041912, LOC641660
Downstream geneLOC667791, EG667794, LOC100040850, LOC627268, Tmsb4x, Tlr8, Tlr7, Prps2, EG627311, Frmpd4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013E18.bB6Ng01-013E18.g
ACCDH848151DH848152
length1,122437
definitionDH848151|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013E18, 5' end.DH848152|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(163,309,323 - 163,310,457)(163,437,463 - 163,437,905)
sequence
gaattcctgcaaaacactcatggaagctcagacctggggactctcctcat
ttgccctgatactaaagatcagtctccaatgtgccagcacaactgtgtca
aactgtcacagttctagtcacttacctagctcttagcaaggttcccccaa
tagtctttcatgaaatgctgtattcccttgaatggaacctggaagaacat
gcaaactaggtttctaagacataatgtgcttcactaagacacccattcac
cactttccctatggccacttcaatactgcttacgtatttgtattgcttta
acggtggcatcactattagatgactccattatcttttgactggttattaa
aaacatatcttaagtttacttctgggctggctgatatacaatattgacaa
tgaaacatgttacaatctatcctttaaaactcacaggttgacattagtca
tctaccattaaaaaaaacaaaaacaaaaataaaaatgtacagcctagcca
ggcccggtgcacacacctgtatcttaggagtaaaaggatcattgcatgtt
caatgcaatatggtctacaaagcaagctccaggctacccagagcagtgct
tctcaacctttgcattgcaacccatttggggttgaacgactcttttacag
aggtcacctaacaccatgagaaaacataaatattgagaaatatttgtgtt
tttacagcatctataccaaaaaagggagacatataagattagctaataag
gttcataagatgcacattgaaagtaagaagatctctaaggagcaaaggta
ccaacttctacttgtgatctagtcaagtctttcacaggactaccacaaaa
agaacagataaacaccaggttagatatagtttctttgtatgtatatgaag
atcagatatctgcagtatgctatatcatttacactcaccagccattagta
aagacctcatggtatattttttttttttggatagtgatgttttctgaagg
aatctgaaataaaaatacaaattaggatgagaacatagcttactctgcca
ggtagcctatcattccccttgtgctaccatcatgactatggtatattcaa
ttccaattattgagagctagat
acaccgaacacacataaaaggatttaactctagggagctgacagctcagt
gggtgaagtgcttgccatacaaatgtgaggacatgagtttgaatccccag
aatccatataaagccaagtgcaacaccactcacctgtcaccccagtgttt
ctcacttgagctggaagatggagacaggagaatccctggaagctcccggg
ccagttagcctggcctatgcagaaatgaataacaaaggaactccgtctca
aataaagcgaagagtgaagaccaacaactgaggctgacctgtgacctcct
caacattttcattttggcaaatgtactccagtacaaacatacacacacac
acaaaaaaaaaaaaccctcataaataaatagatagatggatagatagata
gatagatagatagatagatagatagatagatagatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_163309323_163310457
seq2: B6Ng01-013E18.b_47_1168

seq1  GAATTCCTGCAAAACACTCATGGAAGCTCAGACCTGGGGACTCTCCTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCAAAACACTCATGGAAGCTCAGACCTGGGGACTCTCCTCAT  50

seq1  TTGCCCTGATACTAAAGATCAGTCTCCAATGTGCCAGCACAACTGTGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTGATACTAAAGATCAGTCTCCAATGTGCCAGCACAACTGTGTCA  100

seq1  AACTGTCACAGTTCTAGTCACTTACCTAGCTCTTAGCAAGGTTCCCCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCACAGTTCTAGTCACTTACCTAGCTCTTAGCAAGGTTCCCCCAA  150

seq1  TAGTCTTTCATGAAATGCTGTATTCCCTTGAATGGAACCTGGAAGAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTTCATGAAATGCTGTATTCCCTTGAATGGAACCTGGAAGAACAT  200

seq1  GCAAACTAGGTTTCTAAGACATAATGTGCTTCACTAAGACACCCATTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTAGGTTTCTAAGACATAATGTGCTTCACTAAGACACCCATTCAC  250

seq1  CACTTTCCCTATGGCCACTTCAATACTGCTTACGTATTTGTATTGCTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCCCTATGGCCACTTCAATACTGCTTACGTATTTGTATTGCTTTA  300

seq1  ACGGTGGCATCACTATTAGATGACTCCATTATCTTTTGACTGGTTATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGGCATCACTATTAGATGACTCCATTATCTTTTGACTGGTTATTAA  350

seq1  AAACATATCTTAAGTTTACTTCTGGGCTGGCTGATATACAATATTGACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATATCTTAAGTTTACTTCTGGGCTGGCTGATATACAATATTGACAA  400

seq1  TGAAACATGTTACAATCTATCCTTTAAAACTCACAGGTTGACATTAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACATGTTACAATCTATCCTTTAAAACTCACAGGTTGACATTAGTCA  450

seq1  TCTACCATTAAAAAAAACAAAAACAAAAATAAAAATGTACAGCCTAGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCATTAAAAAAAACAAAAACAAAAATAAAAATGTACAGCCTAGCCA  500

seq1  GGCCCGGTGCACACACCTGTATCTTAGGAGTAAAAGGATCATTGCATGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCGGTGCACACACCTGTATCTTAGGAGTAAAAGGATCATTGCATGTT  550

seq1  CAATGCAATATGGTCTACAAAGCAAGCTCCAGGCTACCCAGAGCAGTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCAATATGGTCTACAAAGCAAGCTCCAGGCTACCCAGAGCAGTGCT  600

seq1  TCTCAACCTTTGCATTGCAACCCATTTGGGGTTGAACGACTCTTTTACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACCTTTGCATTGCAACCCATTTGGGGTTGAACGACTCTTTTACAG  650

seq1  AGGTCACCTAACACCATGAGAAAACATAAATATTGAGAAATATTTGTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACCTAACACCATGAGAAAACATAAATATTGAGAAATATTTGTGTT  700

seq1  TTTACAGCATCTATACCAAAAAAGGGAGACATATAAGATTAGCTAATAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGCATCTATACCAAAAAAGGGAGACATATAAGATTAGCTAATAAG  750

seq1  GTTCATAAGATGCACATTGAAAGTAAGAAGATCTCTAAGGAGCAAAGGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATAAGATGCACATTGAAAGTAAGAAGATCTCTAAGGAGCAAAGGTA  800

seq1  CCAACTTCTACTTGTGATCTAGTCAAGTCTTTCACAGGACTACCACAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTCTACTTGTGATCTAGTCAAGTCTTTCACAGGACTACCACAAAA  850

seq1  AGAACAGATAAACACCAGGTTAGATATAGTTTCTTTGTATGTATATTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGAACAGATAAACACCAGGTTAGATATAGTTTCTTTGTATGTATA-TGAA  899

seq1  GATCAGATATTCTGCAGTATGCTATTATCAATTTACACTCACCAGGCCAT  950
      ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||
seq2  GATCAGATA-TCTGCAGTATGCTA-TATC-ATTTACACTCACCA-GCCAT  945

seq1  TAGTAAAGACCTCATGGTAATATTTTTTTTTTTTGGATAGTGATGTTTTC  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAGACCTCATGGT-ATATTTTTTTTTTTTGGATAGTGATGTTTTC  994

seq1  TTGAAGGGAATCTGAAATAAAAATACAAATTAGGATTGAGAACATAGCTT  1050
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  -TGAA-GGAATCTGAAATAAAAATACAAATTAGGA-TGAGAACATAGCTT  1041

seq1  ACTCTGCCAGGGTACCTATTCATTCCCC-TGTCCTACCATCATGACTAAT  1099
      |||||||||||   |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||  
seq2  ACTCTGCCAGGTAGCCTA-TCATTCCCCTTGTGCTACCATCATGACTATG  1090

seq1  GTATATTCCATTCCAAATTTATTGGAAGAGCTAGAT  1135
      |||||||| |||||||  ||||||  ||||||||||
seq2  GTATATTCAATTCCAA--TTATTG--AGAGCTAGAT  1122

seq1: chrX_163437463_163437905
seq2: B6Ng01-013E18.g_65_507 (reverse)

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCC  50

seq1  ATCTATCTATTTATTTATGAGGGTTTTTTTTTTTTGTGTGTGTGTGTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATTTATTTATGAGGGTTTTTTTTTTTTGTGTGTGTGTGTATG  100

seq1  TTTGTACTGGAGTACATTTGCCAAAATGAAAATGTTGAGGAGGTCACAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACTGGAGTACATTTGCCAAAATGAAAATGTTGAGGAGGTCACAGG  150

seq1  TCAGCCTCAGTTGTTGGTCTTCACTCTTCGCTTTATTTGAGACGGAGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCAGTTGTTGGTCTTCACTCTTCGCTTTATTTGAGACGGAGTTC  200

seq1  CTTTGTTATTCATTTCTGCATAGGCCAGGCTAACTGGCCCGGGAGCTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTATTCATTTCTGCATAGGCCAGGCTAACTGGCCCGGGAGCTTCC  250

seq1  AGGGATTCTCCTGTCTCCATCTTCCAGCTCAAGTGAGAAACACTGGGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTCTCCTGTCTCCATCTTCCAGCTCAAGTGAGAAACACTGGGGTG  300

seq1  ACAGGTGAGTGGTGTTGCACTTGGCTTTATATGGATTCTGGGGATTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGAGTGGTGTTGCACTTGGCTTTATATGGATTCTGGGGATTCAAA  350

seq1  CTCATGTCCTCACATTTGTATGGCAAGCACTTCACCCACTGAGCTGTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTCCTCACATTTGTATGGCAAGCACTTCACCCACTGAGCTGTCAG  400

seq1  CTCCCTAGAGTTAAATCCTTTTATGTGTGTTCGGTGTGAATTC  443
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTAGAGTTAAATCCTTTTATGTGTGTTCGGTGTGAATTC  443