BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016P04
ChromosomeX (Build37)
Map Location 108,800,537 - 108,977,153
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD030011N01Rik
Upstream geneLOC100043316, Pou3f4, Cylc1, LOC100042872, Rps6ka6, EG664791
Downstream geneLOC100038989, Tex16, LOC622570, 4933403O08Rik, EG385407, Apool, Satl1, EG623341, 2010106E10Rik, Zfp711, Pof1b, LOC623412, EG623428
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016P04.bB6Ng01-016P04.g
ACCDH850769DH850770
length8071,051
definitionDH850769|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016P04, 5' end.DH850770|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016P04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,976,348 - 108,977,153)(108,800,537 - 108,801,587)
sequence
gaattcctctagtgatggtgttctcacagaaaaggcaggctctgtcattt
tctactgtaattcttacactgaaaaaatactgtactttcaacactgtaat
agagattgtactgaaacagaggcactgtcaaaacaaacatacattaaaca
agcaagcttgacaattaactagggtcactgacatggacaagaggtttgat
ttcagacctcagcagcattcctgggatcctgactgaaaactctccacaag
tgctgcagacatgcatgatttttaaccacacgatatcatctcatcttaaa
aggagaaaatgcatctaatctgaaagattgacagccatgcaaacataaaa
ccaatacatcattctgagcgtaaagaactatatagacttgcctgtgtttg
tctactgaagcattcaattctaaccgcacttcttgctaagcagattctgg
cagcatgcttgctgcgagactcaatcagccccgtttaatcaagcttaagg
gaaactactgtattacatagcatgtgaatacattcagagtggactcacaa
gtggctataaccaacaggattcaccattcccaacaagatgccaaatcaga
aaattagattagaaacagggagtgcaagcaaaatatatagaaaacatcac
cttttgtccaaagtatgctgtgtcttgcttgcttgacagtttcagtgata
acactttctccttgctacaaaagatcaggaggagagaccagacaagaaga
acccagggaagaaaaaaaggagaaaagaggggaagagaggggagggggag
gaaatga
gaattcaatacccacaggagaagaaaccacttcttttctgtttgtttgct
tgtttgttgtgtatttctcatgcttaggctgtgtagccaaggatgatctt
gaatgtctgttcctccattctctgcctctcacatgcctaaattagtcaca
tgccaataggcctagtttgatgtgatactaaatacccaatctagggcctg
atctagggcctgatcaatgctaggcaaccactccaccaactgagctacat
ccttatccctaaagacatttgttcagtgtctatttgaaagagacaatgtg
tagtggctattcctggttgttaacttgaatatatctggaatgaactacaa
tacaccaccagtggtcaccagtgaccctaacctggaggctaagagataga
actttctgacctggatcttggtatggagatcttgaggcatagtggctatg
gattccagaagattaagacagggagatctctgagttcaaggtcatcttgg
attaaaggtgtggtggcacacacctataatctgggctacaccttctgctg
gagaccatataaggacattggaagaaggaagtctctctctctttccttcg
cctgcttgccatgtgggactgagcaactgttagatccttggacttccatt
cacagctgctactgaccattgttgggaattggactgcagactgtaagtca
tcaataaattccttttactatatagagactatccataagttctgtgactc
tagagaaccctgactaatacagaagttggtaccagtaacatcccctccat
ggcctctgcatcagctcctgcttcctgacctgcttgagttccagttctga
cttccttttggtgataaacagcagtatggaagtgtaagctgaataaaccc
tttcctccccaacttgcttcttggtcatgatgttgtgcagatagaaactc
tgactaagacacaacaaaacatgatcttttctaaactgacaaaatttctt
tgagtgtagggagaaattctacctaaggatgctccaatctctactacatc
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_108976348_108977153
seq2: B6Ng01-016P04.b_50_856 (reverse)

seq1  TCATTTCCT-CCCCTCCCCTCTCTTCCCCTCTTTTCTCCTTTTTTTCTTC  49
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCCTCCCCCTCCCCTCTCTTCCCCTCTTTTCTCCTTTTTTTCTTC  50

seq1  CCTGGGTTCTTCTTGTCTGGTCTCTCCTCCTGATCTTTTGTAGCAAGGAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTCTTCTTGTCTGGTCTCTCCTCCTGATCTTTTGTAGCAAGGAG  100

seq1  AAAGTGTTATCACTGAAACTGTCAAGCAAGCAAGACACAGCATACTTTGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTTATCACTGAAACTGTCAAGCAAGCAAGACACAGCATACTTTGG  150

seq1  ACAAAAGGTGATGTTTTCTATATATTTTGCTTGCACTCCCTGTTTCTAAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGGTGATGTTTTCTATATATTTTGCTTGCACTCCCTGTTTCTAAT  200

seq1  CTAATTTTCTGATTTGGCATCTTGTTGGGAATGGTGAATCCTGTTGGTTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTTCTGATTTGGCATCTTGTTGGGAATGGTGAATCCTGTTGGTTA  250

seq1  TAGCCACTTGTGAGTCCACTCTGAATGTATTCACATGCTATGTAATACAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCACTTGTGAGTCCACTCTGAATGTATTCACATGCTATGTAATACAG  300

seq1  TAGTTTCCCTTAAGCTTGATTAAACGGGGCTGATTGAGTCTCGCAGCAAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCCCTTAAGCTTGATTAAACGGGGCTGATTGAGTCTCGCAGCAAG  350

seq1  CATGCTGCCAGAATCTGCTTAGCAAGAAGTGCGGTTAGAATTGAATGCTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGCCAGAATCTGCTTAGCAAGAAGTGCGGTTAGAATTGAATGCTT  400

seq1  CAGTAGACAAACACAGGCAAGTCTATATAGTTCTTTACGCTCAGAATGAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGACAAACACAGGCAAGTCTATATAGTTCTTTACGCTCAGAATGAT  450

seq1  GTATTGGTTTTATGTTTGCATGGCTGTCAATCTTTCAGATTAGATGCATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGGTTTTATGTTTGCATGGCTGTCAATCTTTCAGATTAGATGCATT  500

seq1  TTCTCCTTTTAAGATGAGATGATATCGTGTGGTTAAAAATCATGCATGTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTTTTAAGATGAGATGATATCGTGTGGTTAAAAATCATGCATGTC  550

seq1  TGCAGCACTTGTGGAGAGTTTTCAGTCAGGATCCCAGGAATGCTGCTGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCACTTGTGGAGAGTTTTCAGTCAGGATCCCAGGAATGCTGCTGAG  600

seq1  GTCTGAAATCAAACCTCTTGTCCATGTCAGTGACCCTAGTTAATTGTCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAATCAAACCTCTTGTCCATGTCAGTGACCCTAGTTAATTGTCAA  650

seq1  GCTTGCTTGTTTAATGTATGTTTGTTTTGACAGTGCCTCTGTTTCAGTAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTTGTTTAATGTATGTTTGTTTTGACAGTGCCTCTGTTTCAGTAC  700

seq1  AATCTCTATTACAGTGTTGAAAGTACAGTATTTTTTCAGTGTAAGAATTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTATTACAGTGTTGAAAGTACAGTATTTTTTCAGTGTAAGAATTA  750

seq1  CAGTAGAAAATGACAGAGCCTGCCTTTTCTGTGAGAACACCATCACTAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAAAATGACAGAGCCTGCCTTTTCTGTGAGAACACCATCACTAGA  800

seq1  GGAATTC  806
      |||||||
seq2  GGAATTC  807

seq1: chrX_108800537_108801587
seq2: B6Ng01-016P04.g_66_1116

seq1  GAATTCAATACCCACAGGAGAAGAAACCACTTCTTTTCTGTTTGTTTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATACCCACAGGAGAAGAAACCACTTCTTTTCTGTTTGTTTGCT  50

seq1  TGTTTGTTGTGTATTTCTCATGCTTAGGCTGTGTAGCCAAGGATGATCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTGTGTATTTCTCATGCTTAGGCTGTGTAGCCAAGGATGATCTT  100

seq1  GAATGTCTGTTCCTCCATTCTCTGCCTCTCACATGCCTAAATTAGTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTCTGTTCCTCCATTCTCTGCCTCTCACATGCCTAAATTAGTCACA  150

seq1  TGCCAATAGGCCTAGTTTGATGTGATACTAAATACCCAATCTAGGGCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAATAGGCCTAGTTTGATGTGATACTAAATACCCAATCTAGGGCCTG  200

seq1  ATCTAGGGCCTGATCAATGCTAGGCAACCACTCCACCAACTGAGCTACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGGGCCTGATCAATGCTAGGCAACCACTCCACCAACTGAGCTACAT  250

seq1  CCTTATCCCTAAAGACATTTGTTCAGTGTCTATTTGAAAGAGACAATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCCCTAAAGACATTTGTTCAGTGTCTATTTGAAAGAGACAATGTG  300

seq1  TAGTGGCTATTCCTGGTTGTTAACTTGAATATATCTGGAATGAACTACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGCTATTCCTGGTTGTTAACTTGAATATATCTGGAATGAACTACAA  350

seq1  TACACCACCAGTGGTCACCAGTGACCCTAACCTGGAGGCTAAGAGATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCACCAGTGGTCACCAGTGACCCTAACCTGGAGGCTAAGAGATAGA  400

seq1  ACTTTCTGACCTGGATCTTGGTATGGAGATCTTGAGGCATAGTGGCTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTGACCTGGATCTTGGTATGGAGATCTTGAGGCATAGTGGCTATG  450

seq1  GATTCCAGAAGATTAAGACAGGGAGATCTCTGAGTTCAAGGTCATCTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCAGAAGATTAAGACAGGGAGATCTCTGAGTTCAAGGTCATCTTGG  500

seq1  ATTAAAGGTGTGGTGGCACACACCTATAATCTGGGCTACACCTTCTGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGTGTGGTGGCACACACCTATAATCTGGGCTACACCTTCTGCTG  550

seq1  GAGACCATATAAGGACATTGGAAGAAGGAAGTCTCTCTCTCTTTCCTTCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCATATAAGGACATTGGAAGAAGGAAGTCTCTCTCTCTTTCCTTCG  600

seq1  CCTGCTTGCCATGTGGGACTGAGCAACTGTTAGATCCTTGGACTTCCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTGCCATGTGGGACTGAGCAACTGTTAGATCCTTGGACTTCCATT  650

seq1  CACAGCTGCTACTGACCATTGTTGGGAATTGGACTGCAGACTGTAAGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTGCTACTGACCATTGTTGGGAATTGGACTGCAGACTGTAAGTCA  700

seq1  TCAATAAATTCC-TTTACTATATAGAGACTATCCATAAGTTCTGTGACTC  749
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAATTCCTTTTACTATATAGAGACTATCCATAAGTTCTGTGACTC  750

seq1  TAGAGAACCCTGACTAATACAGAAGTTGGTACCAGTAACAT-CCCTCCAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGAGAACCCTGACTAATACAGAAGTTGGTACCAGTAACATCCCCTCCAT  800

seq1  GGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTTCTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTTCTGA  850

seq1  CTTCC-TTTGGTGATAAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCTGAATAAACCC  897
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTTGGTGATAAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCTGAATAAACCC  900

seq1  TTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAA  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||
seq2  TTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATG-TTGTGCAG--ATAGAAA  947

seq1  CCCTGACTAAGACACAACCAAAACATGATCTTTCCTAAACTGACAAAAAT  997
      | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  CTCTGACTAAGACACAA-CAAAACATGATCTTTTCTAAACTGAC-AAAAT  995

seq1  TTCTTTGAGTGTA-GGAGATATTCTACCTTAAGATGCTCAATTCT-TACT  1045
      ||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||| | ||| ||||
seq2  TTCTTTGAGTGTAGGGAGAAATTCTACCTAAGGATGCTCCAATCTCTACT  1045

seq1  ACATCA  1051
      ||||||
seq2  ACATCA  1051