BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017D23
ChromosomeX (Build37)
Map Location 89,581,555 - 89,708,567
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMageb18
Upstream geneEG278167, EG667988, EG667993, EG385489, 1700084M14Rik, EG236891, LOC629542, Mageb5, LOC673766, LOC633484, LOC674396, EG278087, Mageb1, EG236892, EG236893, EG436259, EG668061
Downstream geneEG546347, LOC629568, LOC100042663, Rp23-438h3.2, Arx, Pola1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017D23.bB6Ng01-017D23.g
ACCDH850986DH850987
length677982
definitionDH850986|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017D23, 5' end.DH850987|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017D23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,581,555 - 89,582,234)(89,707,591 - 89,708,567)
sequence
gaattccaggaggtcctatgtcctcttcttaacctttgaatgtatctgag
ttcacatgtatgtacccccatacaaatatacacaattaaaaataaatatg
tctttaaaaataatgttcatagtaagaaacaataacaaaatgaagtttta
tgaatgctaattacaaacacagggtatgtatgaaagatatatgacataca
gaaaacataaagctgagtatttatttgattttaaaacaaaacaaaaacct
atgaggtaaaaatagagccctgtgaacaaaaacagaacagaatatgatgt
ctgaacgtatgaaattttatctaagaacgcagaagttcttaacatttact
ttgaagccttgttatcaaggaccatgatcttcaaactaaaacgcatggtc
aaggggtatttgaagtctgcaagaggtgatgagaaaaggcaactttaagt
ttcaaaggataaacaaacgctcccaggttgcaaaaagaactgtctaaact
cagtaaatgcaaccttttggaagatagatagatagattagatagatagat
agatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatag
attcatacatacatacgtaagcatgtgtatgtgtgtgtaatgtgtgtgta
ttaagtggggaaatacggaaaaacttt
gaattctaaggaccatttcttttcttgagtacagatatgattcatgcaat
attttctgatttgctcagagtaactgatctctattgaaaccatgatatat
ttgagaaatacaaaataattattcaccatttgtcttaaatttagtttttt
ccttattctttattatttttctacataagtttgacaacactaagagtaaa
gttactgagagtggtaatgacaaatctaaaagcaaagatatgactatgct
tagaaaaactaaacttggtaaaattcctacttttcactttctaggagaat
agtctatcaatttcaaaccccttttcactactgtttccctccagaaacac
agggtttagtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttagaaggtctg
gtatttggctagtcaatagctaatagactatacttgatagactgggcata
tgagtatttggtccatgcccatgtttaacagtttaatattttcattattg
cccatagctattggaaaataagaaggcccatgaatatgagatgatgatat
acttccagagaaacaagtctaatcattcagtgtccaacaaaacattaatc
ttttaatgtgtccgaaagcatttattcaaaatcaagagtaagccttgtga
gaagaaaggacagatctcataaccctctcagcaaatatgagctggatagc
ttcaagaaatactttccttagaaagcaatttcaagcctgtctgctcttat
ctgactattaatttcctattgctacataacaaaactttcacaaacagagt
aagtttaaataaacacccacttactggctcacaatttttgacctaaatat
atagctcaggccagttgtggtggtgcacaactttaatctcagcacacaga
gggcagaggcaagtgggatctttgggaatttgactcctccctggtctgat
agggagttctagggccagccatcttcagagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_89581555_89582234
seq2: B6Ng01-017D23.b_45_721

seq1  GAATTCCAGGAGGTCCTATGTCCTCTTCTTAACCTTTGAATGTATCTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAGGTCCTATGTCCTCTTCTTAACCTTTGAATGTATCTGAG  50

seq1  TTCACATGTATGTACCCCCATACAAATATACACAATTAAAAATAAATATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATGTATGTACCCCCATACAAATATACACAATTAAAAATAAATATG  100

seq1  TCTTTAAAAATAATGTTCATAGTAAGAAACAATAACAAAATGAAGTTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAAATAATGTTCATAGTAAGAAACAATAACAAAATGAAGTTTTA  150

seq1  TGAATGCTAATTACAAACACAGGGTATGTATGAAAGATATATGACATACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCTAATTACAAACACAGGGTATGTATGAAAGATATATGACATACA  200

seq1  GAAAACATAAAGCTGAGTATTTATTTGATTTTAAAACAAAACAAAAACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATAAAGCTGAGTATTTATTTGATTTTAAAACAAAACAAAAACCT  250

seq1  ATGAGGTAAAAATAGAGCCCTGTGAACAAAAACAGAACAGAATATGATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGTAAAAATAGAGCCCTGTGAACAAAAACAGAACAGAATATGATGT  300

seq1  CTGAACGTATGAAATTTTATCTAAGAACGCAGAAGTTCTTAACATTTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACGTATGAAATTTTATCTAAGAACGCAGAAGTTCTTAACATTTACT  350

seq1  TTGAAGCCTTGTTATCAAGGACCATGATCTTCAAACTAAAACGCATGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCCTTGTTATCAAGGACCATGATCTTCAAACTAAAACGCATGGTC  400

seq1  AAGGGGTATTTGAAGTCTGCAAGAGGTGATGAGAAAAGGCAACTTTAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTATTTGAAGTCTGCAAGAGGTGATGAGAAAAGGCAACTTTAAGT  450

seq1  TTCAAAGGATAAACAAACGCTCCCAGGTTGCAAAAAGAACTGTCTAAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGGATAAACAAACGCTCCCAGGTTGCAAAAAGAACTGTCTAAACT  500

seq1  CAGTAAATGCAACCTTTTGGAAGATAGATAGATAGATTAGATAGATAGAT  550
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||
seq2  CAGTAAATGCAACCTTTTGGAAGATAGATAGATAGAT----TAGATAGAT  546

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  596

seq1  ATAGATTCATACATACATACGTAAGCATGTGTATGTGTGTGTAATGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTCATACATACATACGTAAGCATGTGTATGTGTGTGTAATGTGTG  646

seq1  TGTATTAAGT-GGGAAATACGGTAAAACTTT  680
      |||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  TGTATTAAGTGGGGAAATACGGAAAAACTTT  677

seq1: chrX_89707591_89708567
seq2: B6Ng01-017D23.g_65_1046 (reverse)

seq1  CACTCTGTAGATGGCTGG-CCTAGAACTCCCTATCAGACCAGGGTAGAGT  49
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  CACTCTGAAGATGGCTGGCCCTAGAACTCCCTATCAGACCAGGGAGGAGT  50

seq1  CAAATTCCCAGAGAT-CCACTTGCCTCTG-CCTCTGTGTGCTGAGATTAA  97
      |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCCCAAAGATCCCACTTGCCTCTGCCCTCTGTGTGCTGAGATTAA  100

seq1  AGTTGTGCACCACCACAACTGGCCTGAGCTATATATTTAGTTCAAAAATT  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTTGTGCACCACCACAACTGGCCTGAGCTATATATTTAGGTCAAAAATT  150

seq1  GTGAGCCAGTAAGTGGGTGTTTATTTAAAC-TACTCTGTTTGTGAAAG-T  195
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  GTGAGCCAGTAAGTGGGTGTTTATTTAAACTTACTCTGTTTGTGAAAGTT  200

seq1  TTGTTATGTAGCAATAGGAAATTAATAGTCAGATAAGAGCAGACAGGCTT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATGTAGCAATAGGAAATTAATAGTCAGATAAGAGCAGACAGGCTT  250

seq1  GAAATTGCTTTCTAAGGAAAGTATTTCTTGAAGCTATCCAGCTCATATTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGCTTTCTAAGGAAAGTATTTCTTGAAGCTATCCAGCTCATATTT  300

seq1  GCTGAGAGGGTTATGAGATCTGTCCTTTCTTCTCACAAGGCTTACTCTTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAGGGTTATGAGATCTGTCCTTTCTTCTCACAAGGCTTACTCTTG  350

seq1  ATTTTGAATAAATGCTTTCGGACACATTAAAAGATTAATGTTTTGTTGGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAATAAATGCTTTCGGACACATTAAAAGATTAATGTTTTGTTGGA  400

seq1  CACTGAATGATTAGACTTGTTTCTCTGGAAGTATATCATCATCTCATATT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAATGATTAGACTTGTTTCTCTGGAAGTATATCATCATCTCATATT  450

seq1  CATGGGCCTTCTTATTTTCCAATAGCTATGGGCAATAATGAAAATATTAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCCTTCTTATTTTCCAATAGCTATGGGCAATAATGAAAATATTAA  500

seq1  ACTGTTAAACATGGGCATGGACCAAATACTCATATGCCCAGTCTATCAAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTAAACATGGGCATGGACCAAATACTCATATGCCCAGTCTATCAAG  550

seq1  TATAGTCTATTAGCTATTGACTAGCCAAATACCAGACCTTCTAAACAAAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTCTATTAGCTATTGACTAGCCAAATACCAGACCTTCTAAACAAAC  600

seq1  AAACAAACAAACAAACAAACAAACTAAACCCTGTGTTTCTGGAGGGAAAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAACAAACAAACAAACTAAACCCTGTGTTTCTGGAGGGAAAC  650

seq1  AGTAGTGAAAAGGGGTTTGAAATTGATAGACTATTCTCCTAGAAAGTGAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTGAAAAGGGGTTTGAAATTGATAGACTATTCTCCTAGAAAGTGAA  700

seq1  AAGTAGGAATTTTACCAAGTTTAGTTTTTCTAAGCATAGTCATATCTTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGGAATTTTACCAAGTTTAGTTTTTCTAAGCATAGTCATATCTTTG  750

seq1  CTTTTAGATTTGTCATTACCACTCTCAGTAACTTTACTCTTAGTGTTGTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGATTTGTCATTACCACTCTCAGTAACTTTACTCTTAGTGTTGTC  800

seq1  AAACTTATGTAGAAAAATAATAAAGAATAAGGAAAAAACTAAATTTAAGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTATGTAGAAAAATAATAAAGAATAAGGAAAAAACTAAATTTAAGA  850

seq1  CAAATGGTGAATAATTATTTTGTATTTCTCAAATATATCATGGTTTCAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGTGAATAATTATTTTGTATTTCTCAAATATATCATGGTTTCAAT  900

seq1  AGAGATCAGTTACTCTGAGCAAATCAGAAAATATTGCATGAATCATATCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCAGTTACTCTGAGCAAATCAGAAAATATTGCATGAATCATATCT  950

seq1  GTACTCAAGAAAAGAAATGGTCCTTAGAATTC  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCAAGAAAAGAAATGGTCCTTAGAATTC  982