BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039B07
ChromosomeX (Build37)
Map Location 64,293,681 - 64,424,335
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666828
Upstream geneSlitrk2, LOC666824, LOC627734
Downstream geneGm1140, LOC666842, LOC619873, 4933436I01Rik, LOC100040194
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039B07.bB6Ng01-039B07.g
ACCDH866454DH866455
length1,1711,066
definitionDH866454|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039B07, 5' end.DH866455|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039B07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,423,151 - 64,424,335)(64,293,681 - 64,294,751)
sequence
gaattccacatcaaatgtttaaataattctacaagaaatgtgaaaatgta
gggatgttatgctcctgatgcgtttgactggtcatgttaaattaacctct
tccttaatcaaatcaaaatgatatttgtattatttgtgttgagagttatt
attagtgtgctgatgttttctaatacctttacacattacttttccaatgt
aaaaggttttcctggttcttttataatagcagaatttcctcatgcttatc
atattttattgatttcattttagcttttatttagtatatttatatttcta
agtacacattaattgaattaaatactaacttaattttgctctaacaatat
cttgtttaacttgtgatattttaaaatgttacaatgataatctctgtcaa
aataatagtccatgaccatcacagtaattaccgttcccaaagaatgataa
ggacttgcttttacataatgactttttcagtgggcaaagaagttgctgta
gcaatggctaaatggttttgacctctgcaaggcatgtattctgttagacc
acattctagtgtattattgggtctctgtgacctaaaaaagaacaatggta
attgtcgtaatttgcagtcattttgttagatgtaattttcttatttatat
gtttctaaggaagttagagttatctctcctaatatgaacattacacagta
ttattgagaagaatttataaaagaaataaagaataaagactcattagcaa
aactaaacattgttcctgttttacagccattgctctgttgtaataatcac
cttcatcctatttatgcatccccttagaatgttttaaaccatattcaaaa
taaaatggatcatactctcttttcctctagcatgctagccatgatcctat
tggcatcataggctgaagctctatagggtattaccagtattataaaacaa
aactatacccaaagtcttacttctatcaaaagtccctgacgctagatcca
catctttgacttgggacagaagacagaagttgatgacttcttacattgtg
gccatatggatcgatgatataacactgtcttctgaggcactccaggcttt
ctttattgtccaacaaatacttggtgaagagttctagcagatggctttct
catggagtgaagcccatcttt
gaattctttcccaaggacatgctgaactttagaaagagacttttgtaagc
atttactatatgccacattccatgttagcactttcagtaatttcaacact
tttatttgaatgaatggggacacatatgagaatataacctttacctgtaa
ggaacgatggcaccaagattttgcaaagagtgttactattaagaacaaac
ataggttgattctgagatgaattttctagaaaagtttttgaagcaaggtt
ttgaatagctgggtacatagaatgaagtaaagcttaaccaaagcatttat
tataggcagtagtcacagaatgaagattagcacaataagaaagttttcat
tacaattataagaaataacaagggatggggatggtgaaatatcttagtac
ttaagcgtaaaagatatttgttctcaacaccaatgttgggcaacacagac
gtgcttatagctccagcttcagggagtctaatgccttctctgtcctctct
aggctcccccattcacatgacaacccccctcacagacatacacaaattta
aaatagaaaaaataagtagtttttcaaaagagatagtgtattggttttgt
gtcaacttcaattcaggtatgaataaacatgagtgctacacagaggtatg
aggataacaagtcagacctgaacatgtgtgctaagaagcatacattatag
tttatggaccaccaagtattacagacataaatttaagcttgtttgtaggg
tgttgacagaagaatatccatgtgattgtttatattagtaaatctaattt
gaaaatatgcattttcttaaacctatttgcaaaccatatgcagtatagac
acatttacatacatacattcacattcacacaactatgttgaagcaggaaa
acatcttcagattttcaattttctcatctataaaatggacatgacctctg
aagttctcccccatcctataattctataattctgtcattttcaaaagagt
atttatttatcaggttggaggacatgttaatgccaaagttgtatgggagg
tcaagaaacatttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_64423151_64424335
seq2: B6Ng01-039B07.b_43_1213 (reverse)

seq1  AAAGATGAGGCTTCACTCCAATGAGAAAGCCATTCTTGCTAGAACTCTTC  50
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  AAAGATG-GGCTTCACTCC-ATGAGAAAGCCAT--CTGCTAGAACTCTTC  46

seq1  ACCAAGTATTTGTTGGTACAAATAAAGAAAGCCTTGAGTGCCTCAGAAGA  100
      |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACCAAGTATTTGTTGG-AC-AATAAAGAAAGCCTGGAGTGCCTCAGAAGA  94

seq1  CAGTTGTTTATATTCATCTGAATCCATATGGCCACAATGTAAGAAGTCAT  150
      ||||   ||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGT--GTTATA-TCATC--GATCCATATGGCCACAATGTAAGAAGTCAT  139

seq1  CAACTTCTGTCTTCTGTCCCAAGTCAAAGATGTGGATCTTAGCGTCAGGG  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAACTTCTGTCTTCTGTCCCAAGTCAAAGATGTGGATC-TAGCGTCAGGG  188

seq1  ACTTTTTGATAGAAGTAAGACTTTGGGTATAGTTTTGTTTTTATAATACT  250
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AC-TTTTGATAGAAGTAAGACTTTGGGTATAGTTTTG-TTTTATAATACT  236

seq1  GGTAATACCCTATAGAGCTTCAGCCTATGATGCCAATAGGATCATGGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATACCCTATAGAGCTTCAGCCTATGATGCCAATAGGATCATGGCTA  286

seq1  GCATGCTAGAGGAAAAGAGAGTATGATCCATTTTATTTTGAATATGGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTAGAGGAAAAGAGAGTATGATCCATTTTATTTTGAATATGGTTT  336

seq1  AAAACATTCTAAGGGGATGCATAAATAGGATGAAGGTGATTATTACAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTCTAAGGGGATGCATAAATAGGATGAAGGTGATTATTACAACA  386

seq1  GAGCAATGGCTGTAAAACAGGAACAATGTTTAGTTTTGCTAATGAGTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATGGCTGTAAAACAGGAACAATGTTTAGTTTTGCTAATGAGTCTT  436

seq1  TATTCTTTATTTCTTTTATAAATTCTTCTCAATAATACTGTGTAATGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTTATTTCTTTTATAAATTCTTCTCAATAATACTGTGTAATGTTC  486

seq1  ATATTAGGAGAGATAACTCTAACTTCCTTAGAAACATATAAATAAGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGGAGAGATAACTCTAACTTCCTTAGAAACATATAAATAAGAAAA  536

seq1  TTACATCTAACAAAATGACTGCAAATTACGACAATTACCATTGTTCTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCTAACAAAATGACTGCAAATTACGACAATTACCATTGTTCTTTT  586

seq1  TTAGGTCACAGAGACCCAATAATACACTAGAATGTGGTCTAACAGAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCACAGAGACCCAATAATACACTAGAATGTGGTCTAACAGAATAC  636

seq1  ATGCCTTGCAGAGGTCAAAACCATTTAGCCATTGCTACAGCAACTTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTGCAGAGGTCAAAACCATTTAGCCATTGCTACAGCAACTTCTTT  686

seq1  GCCCACTGAAAAAGTCATTATGTAAAAGCAAGTCCTTATCATTCTTTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTGAAAAAGTCATTATGTAAAAGCAAGTCCTTATCATTCTTTGGG  736

seq1  AACGGTAATTACTGTGATGGTCATGGACTATTATTTTGACAGAGATTATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGTAATTACTGTGATGGTCATGGACTATTATTTTGACAGAGATTATC  786

seq1  ATTGTAACATTTTAAAATATCACAAGTTAAACAAGATATTGTTAGAGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAACATTTTAAAATATCACAAGTTAAACAAGATATTGTTAGAGCAA  836

seq1  AATTAAGTTAGTATTTAATTCAATTAATGTGTACTTAGAAATATAAATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTTAGTATTTAATTCAATTAATGTGTACTTAGAAATATAAATAT  886

seq1  ACTAAATAAAAGCTAAAATGAAATCAATAAAATATGATAAGCATGAGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATAAAAGCTAAAATGAAATCAATAAAATATGATAAGCATGAGGAA  936

seq1  ATTCTGCTATTATAAAAGAACCAGGAAAACCTTTTACATTGGAAAAGTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCTATTATAAAAGAACCAGGAAAACCTTTTACATTGGAAAAGTAA  986

seq1  TGTGTAAAGGTATTAGAAAACATCAGCACACTAATAATAACTCTCAACAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAAAGGTATTAGAAAACATCAGCACACTAATAATAACTCTCAACAC  1036

seq1  AAATAATACAAATATCATTTTGATTTGATTAAGGAAGAGGTTAATTTAAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATACAAATATCATTTTGATTTGATTAAGGAAGAGGTTAATTTAAC  1086

seq1  ATGACCAGTCAAACGCATCAGGAGCATAACATCCCTACATTTTCACATTT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCAGTCAAACGCATCAGGAGCATAACATCCCTACATTTTCACATTT  1136

seq1  CTTGTAGAATTATTTAAACATTTGATGTGGAATTC  1185
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAGAATTATTTAAACATTTGATGTGGAATTC  1171

seq1: chrX_64293681_64294751
seq2: B6Ng01-039B07.g_68_1133

seq1  GAATTCTTTCCCAAGGACATGCTGAACTTTAGAAAGAGACTTTTGTAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCCAAGGACATGCTGAACTTTAGAAAGAGACTTTTGTAAGC  50

seq1  ATTTACTATATGCCACATTCCATGTTAGCACTTTCAGTAATTTCAACACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTATATGCCACATTCCATGTTAGCACTTTCAGTAATTTCAACACT  100

seq1  TTTATTTGAATGAATGGGGACACATATGAGAATATAACCTTTACCTGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTGAATGAATGGGGACACATATGAGAATATAACCTTTACCTGTAA  150

seq1  GGAACGATGGCACCAAGATTTTGCAAAGAGTGTTACTATTAAGAACAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACGATGGCACCAAGATTTTGCAAAGAGTGTTACTATTAAGAACAAAC  200

seq1  ATAGGTTGATTCTGAGATGAATTTTCTAGAAAAGTTTTTGAAGCAAGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTTGATTCTGAGATGAATTTTCTAGAAAAGTTTTTGAAGCAAGGTT  250

seq1  TTGAATAGCTGGGTACATAGAATGAAGTAAAGCTTAACCAAAGCATTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATAGCTGGGTACATAGAATGAAGTAAAGCTTAACCAAAGCATTTAT  300

seq1  TATAGGCAGTAGTCACAGAATGAAGATTAGCACAATAAGAAAGTTTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGCAGTAGTCACAGAATGAAGATTAGCACAATAAGAAAGTTTTCAT  350

seq1  TACAATTATAAGAAATAACAAGGGATGGGGATGGTGAAATATCTTAGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTATAAGAAATAACAAGGGATGGGGATGGTGAAATATCTTAGTAC  400

seq1  TTAAGCGTAAAAGATATTTGTTCTCAACACCAATGTTGGGCAACACAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCGTAAAAGATATTTGTTCTCAACACCAATGTTGGGCAACACAGAC  450

seq1  GTGCTTATAGCTCCAGCTTCAGGGAGTCTAATGCCTTCTCTGTCCTCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTATAGCTCCAGCTTCAGGGAGTCTAATGCCTTCTCTGTCCTCTCT  500

seq1  AGGCTCCCCCATTCACATGACAACCCCCCTCACAGACATACACAAATTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCCCCATTCACATGACAACCCCCCTCACAGACATACACAAATTTA  550

seq1  AAATAGAAAAAATAAGTAGTTTTTCAAAAGAGATAGTGTATTGGTTTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAAAAAATAAGTAGTTTTTCAAAAGAGATAGTGTATTGGTTTTGT  600

seq1  GTCAACTTCAATTCAGGTATGAATAAACATGAGTGCTACACAGAGGTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACTTCAATTCAGGTATGAATAAACATGAGTGCTACACAGAGGTATG  650

seq1  AGGATAACAAGTCAGACCTGAACATGTGTGCTAAGAAGCATACATTATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAACAAGTCAGACCTGAACATGTGTGCTAAGAAGCATACATTATAG  700

seq1  TTTATGGACCACCAAGTATTACAGACATAAATTTAAGCTTGTTTGTAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGACCACCAAGTATTACAGACATAAATTTAAGCTTGTTTGTAGGG  750

seq1  TGTTGACAGAAGAATATCCATGTGATTGTTTATATTAGTAAATCTAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACAGAAGAATATCCATGTGATTGTTTATATTAGTAAATCTAATTT  800

seq1  GAAAATATGCAATTTCTTAAACCTATTTGCAAAACCATATGCAGTATAGA  850
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATGCATTTTCTTAAACCTATTTGC-AAACCATATGCAGTATAGA  849

seq1  CACATTTACATACATACATTCACATTCACACAACTATGTTGAAGCAGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTACATACATACATTCACATTCACACAACTATGTTGAAGCAGGAA  899

seq1  AACATCTTCAGA-TTTCAATTTTCTCATCTATAAAATGGACATGACCTCT  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCTTCAGATTTTCAATTTTCTCATCTATAAAATGGACATGACCTCT  949

seq1  GAAGTTCT-CCCCATCCTATAATTCTATAATTCTGTCATTTTCAAAAAGA  998
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAAGTTCTCCCCCATCCTATAATTCTATAATTCTGTCATTTTC-AAAAGA  998

seq1  GTATTTATTTATTCAGGGTTGGAGGACATGTATATGCCAAAGTATGTATG  1048
      ||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||| 
seq2  GTATTTATTTA-TCA-GGTTGGAGGACATGTTAATGCCAAAGT-TGTAT-  1044

seq1  GGGAGGTCAAAGAACAATTTCTC  1071
      |||||||| |||||  |||||||
seq2  GGGAGGTC-AAGAAACATTTCTC  1066