BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039N04
ChromosomeX (Build37)
Map Location 159,878,879 - 160,020,703
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG637051, Grpr
Upstream geneReps2, LOC654358, LOC100041557, LOC667630, Rbbp7, 4932441K18Rik, LOC671250, Syap1, LOC100041607, Ctps2, S100g, LOC100040610
Downstream gene1700045I19Rik, Ap1s2, Zrsr2, Car5b, Siah1b, Tmem27, Ace2, Bmx, Pir, Figf, Piga, Asb11, Asb9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039N04.bB6Ng01-039N04.g
ACCDH866976DH866977
length1,110838
definitionDH866976|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039N04, 5' end.DH866977|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039N04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(159,878,879 - 159,879,998)(160,019,866 - 160,020,703)
sequence
gaattctctagaacaaagaaacgaaaaaaggtatcctcttatcttcagag
actacggacaaaaatgcatctcaactttgtatttaatgtcacattcctac
gaaaaaaatgctctctctggacaactcagaaaattagtacaaaatcctat
atctgagagtagaataatgtgtagcatgaatttataattaaaaaaaaata
ccctgtgacatcatgcagtatgtccaaatactctaatgttccatgttttc
ctcgatgacccttcctcaagatatcacttgagaatcagtcaacaaaacaa
ataaggcaaacaacaaaaacaattttaaaatctgctgatagtaagtcaca
gtgaaggcttgggggatagctcagcgttcagaggacttagctgctcttta
agaagagcaaatttaattcccagtactcacatgacagctgacaaacacct
gtaatttcagctccaagatatgtgatgtccttttttaacttctggggggt
actacatacacacacataaaagtaaatcttaaaataataaagaaataata
gccagaatataaaatcaaactgtccatcaactgagaaatggcaataataa
tgtagtatgtttacatgacagaatcttagtcagttgaaaaaagatgaaat
tctgttgtttgccacaacatgagtggaaatgacgagaaaccattacatta
aataaagtagatcccactcaggaattcaaatgcagcatgatctcattcgt
gtgtagaaagggcaatgttgatgctgaactggtgaaatggctcacttggt
aaatttttgtgctatgagagtacaagaacccaagttcagaacccaagtac
caccacaaccaccatcacccacacacagatataaatgtccttagatgttg
agagtagaatggtagttaccactggcttgtgagagtggaaccttgtatgg
ggtcaggagatgaggaaagtgggccaatgagtaccaagctacagatattt
aggatcactacatgaaggtgctacagatatgtactgcatactcaaaagct
ataaaaaatgtttagaatgctttgctatagaaatgataacatttatacga
tgtgttaact
gaattctctaaaaacccatctggtattttaaagacaagcagaagaatgcg
agggtgaattcaatagcatcttattgacaatgtgtagcttggagagcttt
tactctaaaccttgacaagtctttgcatctgaggtttattggagcactca
gaggggggctaagatagcgaatctataacccatctctttctgcagtgttc
aaaagcaaacaaggagtgattatcaagcagaccgccccgatctggggaca
gcctcaggactccttgttcactttaacaattaggaaaagaagatcagcct
gaactctaattgtccttaaacaaaccatgcagaactgaattggcttctgg
gcaatgtacaaagcctgagatgatgggaacagctgaattggaccacacct
tctgagtctctaggctagagcatggatgatgaatcttcaggagaaaaaaa
aacatgtatcttttcattgcaagttccactacttgatgaattatatacgc
ccacattcttaatcattttagaaaatgtgatttagaaataactataaaat
gttctagaagtggatgctcacagtcagctactggatggatcacagggccc
ccaatggaagagctagagaaagcacttaaggagctaaaggggtctgcaac
cctataggtggaacaacaatatgaactaaccagtaccccacagagctcgt
gtttctagctgcatatgtatcagaagatggcctagtcggccatcattgga
aagagatgcccatcggtcttgcaaactttatatgcctcagtacaggggaa
cgccagggccaagaagtgggagtgggtgggtaggggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_159878879_159879998
seq2: B6Ng01-039N04.b_46_1155

seq1  GAATTCTCTAGAACAAAGAAACGAAAAAAGGTAGCCTCTTATCTTCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGAACAAAGAAACGAAAAAAGGTATCCTCTTATCTTCAGAG  50

seq1  ACTACGGACAAAAATGCATCTCAACTTTGTATTTAATGTCACATTCCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACGGACAAAAATGCATCTCAACTTTGTATTTAATGTCACATTCCTAC  100

seq1  GAAAAAAATGCTCTCTCTGGACAACTCAGAAAATTAGTACAAAATCCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAATGCTCTCTCTGGACAACTCAGAAAATTAGTACAAAATCCTAT  150

seq1  ATCTGAGAGTAGAATAATGTGTAGCATGAATTTATAATTAAAAAAAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGAGTAGAATAATGTGTAGCATGAATTTATAATTAAAAAAAAATA  200

seq1  CCCTGTGACATCATGCAGTATGTCCAAATACTCTAATGTTCCATGTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGACATCATGCAGTATGTCCAAATACTCTAATGTTCCATGTTTTC  250

seq1  CTCGATGACCCTTCCTCAAGATATCACTTGAGAATCAGTCAACAAAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGATGACCCTTCCTCAAGATATCACTTGAGAATCAGTCAACAAAACAA  300

seq1  ATAAGGCAAACAACAAAAACAATTTTAAAATCTGCTGATAGTAAGTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGCAAACAACAAAAACAATTTTAAAATCTGCTGATAGTAAGTCACA  350

seq1  GTGAAGGCTTGGGGGATAGCTCAGCGTTCAGAGGACTTAGCTGCTCTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGCTTGGGGGATAGCTCAGCGTTCAGAGGACTTAGCTGCTCTTTA  400

seq1  AGAAGAGCAAATTTAATTCCCAGTACTCACATGACAGCTGACAAACACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGCAAATTTAATTCCCAGTACTCACATGACAGCTGACAAACACCT  450

seq1  GTAATTTCAGCTCCAAGATATGTGATGTCCTTTTTTAACTTCTGGGGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTCAGCTCCAAGATATGTGATGTCCTTTTTTAACTTCTGGGGGGT  500

seq1  ACTACATACACACACATAAAAGTAAATCTTAAAATAATAAAGAAATAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATACACACACATAAAAGTAAATCTTAAAATAATAAAGAAATAATA  550

seq1  GCCAGAATATAAAATCAAACTGTCCATCAACTGAGAAATGGCAATAATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAATATAAAATCAAACTGTCCATCAACTGAGAAATGGCAATAATAA  600

seq1  TGTAGTATGTTTACATGACAGAATCTTAGTCAGTTGAAAAAAGATGAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTATGTTTACATGACAGAATCTTAGTCAGTTGAAAAAAGATGAAAT  650

seq1  TCTGTTGTTTGCCACAACATGAGTGGAAATGACGAGAAACCATTACATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGTTTGCCACAACATGAGTGGAAATGACGAGAAACCATTACATTA  700

seq1  AATAAAGTAGATCCCACTCAGGAATTCAAATGCAGCATGATCTCATTCGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGTAGATCCCACTCAGGAATTCAAATGCAGCATGATCTCATTCGT  750

seq1  GTGTAGAAAGGGCAATGTTGATGCTGAACTGGTGAAATGGCTCACTTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGAAAGGGCAATGTTGATGCTGAACTGGTGAAATGGCTCACTTGGT  800

seq1  AAATTTTTGTGCTATGAGAGTACAAGAACCCAAGTTCAGAACCCAAGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTTGTGCTATGAGAGTACAAGAACCCAAGTTCAGAACCCAAGTAC  850

seq1  CACCACAACCACCATCACCCACACACAGATATAAATGTCCTTAGATGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAACCACCATCACCCACACACAGATATAAATGTCCTTAGATGTTG  900

seq1  AGAGTAGAATGGTAGTTACCACTGGCTTGTGAGAGTGG-ACCTTGTATGG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGAGTAGAATGGTAGTTACCACTGGCTTGTGAGAGTGGAACCTTGTATGG  950

seq1  GGTCAGGGAGATGAGGAAAAGTGGGCCAATGAGTACCAAGCTACAGATAT  999
      ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCA-GGAGATGAGG-AAAGTGGGCCAATGAGTACCAAGCTACAGATAT  998

seq1  ATAGGATCACTACATGAAGGTGGCTACAGATATGTACTGCATAACTCAAA  1049
       |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTAGGATCACTACATGAAGGT-GCTACAGATATGTACTGCAT-ACTCAAA  1046

seq1  AGCTATAAAAAATGTTTAGAATGCTTTTGCTATAAAGAAATGATAAACAT  1099
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||
seq2  AGCTATAAAAAATGTTTAGAATGC-TTTGCTAT--AGAAATGAT-AACAT  1092

seq1  TTAATACAGATGTGTTTAACT  1120
      || |||| |||||| ||||||
seq2  TT-ATAC-GATGTG-TTAACT  1110

seq1: chrX_160019866_160020703
seq2: B6Ng01-039N04.g_67_904 (reverse)

seq1  CTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACT  50

seq1  GAGGCATATAAAGTTTGCAAGACCGATGGGCATCTCTTTCCAATGATGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATATAAAGTTTGCAAGACCGATGGGCATCTCTTTCCAATGATGGC  100

seq1  CGACTAGGCCATCTTCTGATACATATGCAGCTAGAAACACGAGCTCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTAGGCCATCTTCTGATACATATGCAGCTAGAAACACGAGCTCTGTG  150

seq1  GGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCC  200

seq1  TTTAGCTCCTTAAGTGCTTTCTCTAGCTCTTCCATTGGGGGCCCTGTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTCCTTAAGTGCTTTCTCTAGCTCTTCCATTGGGGGCCCTGTGAT  250

seq1  CCATCCAGTAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTAGAACATTTTATAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCAGTAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTAGAACATTTTATAGTTA  300

seq1  TTTCTAAATCACATTTTCTAAAATGATTAAGAATGTGGGCGTATATAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAATCACATTTTCTAAAATGATTAAGAATGTGGGCGTATATAATT  350

seq1  CATCAAGTAGTGGAACTTGCAATGAAAAGATACATGTTTTTTTTTCTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGTAGTGGAACTTGCAATGAAAAGATACATGTTTTTTTTTCTCCT  400

seq1  GAAGATTCATCATCCATGCTCTAGCCTAGAGACTCAGAAGGTGTGGTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTCATCATCCATGCTCTAGCCTAGAGACTCAGAAGGTGTGGTCCA  450

seq1  ATTCAGCTGTTCCCATCATCTCAGGCTTTGTACATTGCCCAGAAGCCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGCTGTTCCCATCATCTCAGGCTTTGTACATTGCCCAGAAGCCAAT  500

seq1  TCAGTTCTGCATGGTTTGTTTAAGGACAATTAGAGTTCAGGCTGATCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCTGCATGGTTTGTTTAAGGACAATTAGAGTTCAGGCTGATCTTC  550

seq1  TTTTCCTAATTGTTAAAGTGAACAAGGAGTCCTGAGGCTGTCCCCAGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTAATTGTTAAAGTGAACAAGGAGTCCTGAGGCTGTCCCCAGATC  600

seq1  GGGGCGGTCTGCTTGATAATCACTCCTTGTTTGCTTTTGAACACTGCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCGGTCTGCTTGATAATCACTCCTTGTTTGCTTTTGAACACTGCAGA  650

seq1  AAGAGATGGGTTATAGATTCGCTATCTTAGCCCCCCTCTGAGTGCTCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATGGGTTATAGATTCGCTATCTTAGCCCCCCTCTGAGTGCTCCAA  700

seq1  TAAACCTCAGATGCAAAGACTTGTCAAGGTTTAGAGTAAAAGCTCTCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTCAGATGCAAAGACTTGTCAAGGTTTAGAGTAAAAGCTCTCCAA  750

seq1  GCTACACATTGTCAATAAGATGCTATTGAATTCACCCTCGCATTCTTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACACATTGTCAATAAGATGCTATTGAATTCACCCTCGCATTCTTCTG  800

seq1  CTTGTCTTTAAAATACCAGATGGGTTTTTAGAGAATTC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTTTAAAATACCAGATGGGTTTTTAGAGAATTC  838