BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081C06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 32,416,586 - 32,554,389
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039522, LOC100039473
Upstream geneLOC100040612, LOC673784, LOC100040650, LOC100040662, LOC100039419, LOC100039429, LOC100040698, LOC630028, LOC100040722, LOC100040732, LOC100040743, LOC385298, LOC100039460, LOC100040781, LOC100039515
Downstream geneLOC100039550, LOC100039557, LOC100039573, EG665074, LOC100039585, LOC100039497, EG210457, Dock11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081C06.bB6Ng01-081C06.g
ACCDH896078DH896079
length1,0331,110
definitionDH896078|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081C06, 5' end.DH896079|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081C06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,553,358 - 32,554,389)(32,416,586 - 32,417,701)
sequence
gaattcccagcacccacattgcagctaacaactgtctttaactccagttt
cagggaaactaatgctggcttctgagctctgcaggcacaaggcacaagtg
tgggacccatgcatatatgtgagctaagcatttatatataaaattttttt
ttaaagtctcacaaattttaaaataaactaaagcaacccagatgaaagca
ggaatcaaattttttaaaatctctttttctcttccttccttccttccttc
attccttccttccttccttcttattttttttaaagtaggatatcacatag
actaggagttactcagaatcattatttttttctaaagatttatttttatt
catgtgtatatgtgtgttattgtttatataagcatcacatgtgtacagct
ctccatggtgactaaaagagggtgtcagacccattggagctatgggcagt
tatgagctgcccaatatgggtgtgtgggactgaattctggtcctctagaa
gagcagcaatcactctttacttacccagtgatctctccagtctctcagac
ataccatgcactcacagttagcctttaatttctgatcctcacacccctac
atccaaagatctccctgtaccatcatgaccagcaggatgaaatctcttga
aaacctggaataagtttgttaataacagcacatgagcaggagagagctaa
gtgttctaaataagtcaagcataaagaagaaagttaacattacattctcc
ataaatatcagaataccatttatgatacatttatccactgtatatatgat
atatattttcccatatccatatgatgtatatatctccattcaagcactaa
aatgacatgtatggtatgcatttgtttaatacagatgctagcatttaagt
ctttgataagtcacaacccatataaccacagagattagtaaagagtatgg
actaaagtacagggaagaatattcaaaggaggaaaaatagaattatagac
ttatgggtggggaaatattgtggggattggaaa
gaattcaatgccttcatctggcctcctcaggtacaagacatacaagctgt
gtacatacacacaatcaagcaaaacaaacatacccataaaataaaattta
aaaaaataagtaataagggttatattaaagaattcatttttccattgtgt
catataaagaaaagcacagaggagttttagaaaagaaactgacttaatat
aaaattaatactgggtcaacgaaatactgttgcatgtacagaattttgta
tacatatcacttagctttgaatacatggaatgtagaaaagtttacatcat
ttttttcctctaaaaatcccttcaatgcagttatgaaaatgcctcagtaa
taaatagggtttactgtgaaaggaggacgttcgcaagtttgattctagta
cccatttagaaaactaaccatggatggttgcttctacaatagcagcactg
tggtaggcagagtgagaattgctaggacttgctggctgcttatctagcta
catgttcagtgaaagagcaggtcttacgggaataaggtggaaagaaatag
agcaaaacccaacatcctcctctgccctccacatgtgtatatatgcacca
cagacagaaatatatgaaaaaaataaaattaagtttaattaatgtcacac
ctgttgaaaaagtaccattttcacttctgtaccacaggcaaaaataagtc
catgatgctaaatcaaaaatatttgcaagagtccatgtcatgagtagttc
ttgggtgctgacctagtcccacaatacccagagtaagctcaaatcccagg
tgctctaacactcccaggatcacaggaatggccccaacatcagagtaact
gagtccctaaggatccagggacacaggaactcctgcctttccagtggcat
ggattccatctgttctgaaactgcacctggatcagacctggggtactggc
tttgcacccactcttaaacacccagagggagcacgactctcaggtattct
taaatgcttaagatcacaggatcacgaggaagctcgacttccagaaatca
gaccacccaggaacactggagtttctgacagaaaagcagagctgaggcac
atatctttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_32553358_32554389
seq2: B6Ng01-081C06.b_45_1076 (reverse)

seq1  TTCCAATCCCC---ATATATCCCCACCCATAAGTCTATAATTCTATTTTT  47
      |||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAATCCCCACAATATTTCCCCACCCATAAGTCTATAATTCTATTTTT  50

seq1  CCTCCTTTGAATATTCTTCCCTGTACTTTAGTTCCATACTCTTTACCTAA  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  CCTCCTTTGAATATTCTTCCCTGTACTTTAG-TCCATACTCTTTA-CTAA  98

seq1  TCTCTGTGGTTATATGGGTTGTGACTTATCAAAGACTTAAATGCTAGCAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGGTTATATGGGTTGTGACTTATCAAAGACTTAAATGCTAGCAT  148

seq1  CTGTATTTAAACAAATGCATACCATACATGTCATTTTAGTGCTTGAATGG  197
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTA-TTAAACAAATGCATACCATACATGTCATTTTAGTGCTTGAATGG  197

seq1  AGATATATACATCATATGGATATGGGAAAATATATATCATATATACAGTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATATACATCATATGGATATGGGAAAATATATATCATATATACAGTG  247

seq1  GATAAATGTATCATAAATGGTATTCTGATATTTATGGAGAATGTAATGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATGTATCATAAATGGTATTCTGATATTTATGGAGAATGTAATGTT  297

seq1  AACTTTCTTCTTTATGCTTGACTTATTTAGAACACTTAGCTCTCTCCTGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTCTTCTTTATGCTTGACTTATTTAGAACACTTAGCTCTCTCCTGC  347

seq1  TCATGTGCTGTTATTAACAAACTTATTCCAGGTTTTCAAGAGATTTCATC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGCTGTTATTAACAAACTTATTCCAGGTTTTCAAGAGATTTCATC  397

seq1  CTGCTGGTCATGATGGTACAGGGAGATCTTTGGATGTAGGGGTGTGAGGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGTCATGATGGTACAGGGAGATCTTTGGATGTAGGGGTGTGAGGA  447

seq1  TCAGAAATTAAAGGCTAACTGTGAGTGCATGGTATGTCTGAGAGACTGGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAATTAAAGGCTAACTGTGAGTGCATGGTATGTCTGAGAGACTGGA  497

seq1  GAGATCACTGGGTAAGTAAAGAGTGATTGCTGCTCTTCTAGAGGACCAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCACTGGGTAAGTAAAGAGTGATTGCTGCTCTTCTAGAGGACCAGA  547

seq1  ATTCAGTCCCACACACCCATATTGGGCAGCTCATAACTGCCCATAGCTCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTCCCACACACCCATATTGGGCAGCTCATAACTGCCCATAGCTCC  597

seq1  AATGGGTCTGACACCCTCTTTTAGTCACCATGGAGAGCTGTACACATGTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTCTGACACCCTCTTTTAGTCACCATGGAGAGCTGTACACATGTG  647

seq1  ATGCTTATATAAACAATAACACACATATACACATGAATAAAAATAAATCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATATAAACAATAACACACATATACACATGAATAAAAATAAATCT  697

seq1  TTAGAAAAAAATAATGATTCTGAGTAACTCCTAGTCTATGTGATATCCTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAAAAAATAATGATTCTGAGTAACTCCTAGTCTATGTGATATCCTA  747

seq1  CTTTAAAAAAAATAAGAAGGAAGGAAGGAAGGAATGAAGGAAGGAAGGAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAAAAAATAAGAAGGAAGGAAGGAAGGAATGAAGGAAGGAAGGAA  797

seq1  GGAAGAGAAAAAGAGATTTTAAAAAATTTGATTCCTGCTTTCATCTGGGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGAAAAAGAGATTTTAAAAAATTTGATTCCTGCTTTCATCTGGGT  847

seq1  TGCTTTAGTTTATTTTAAAATTTGTGAGACTTTAAAAAAAAATTTTATAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAGTTTATTTTAAAATTTGTGAGACTTTAAAAAAAAATTTTATAT  897

seq1  ATAAATGCTTAGCTCACATATATGCATGGGTCCCACACTTGTGCCTTGTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGCTTAGCTCACATATATGCATGGGTCCCACACTTGTGCCTTGTG  947

seq1  CCTGCAGAGCTCAGAAGCCAGCATTAGTTTCCCTGAAACTGGAGTTAAAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGAGCTCAGAAGCCAGCATTAGTTTCCCTGAAACTGGAGTTAAAG  997

seq1  ACAGTTGTTAGCTGCAATGTGGGTGCTGGGAATTC  1032
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGTTAGCTGCAATGTGGGTGCTGGGAATTC  1032

seq1: chrX_32416586_32417701
seq2: B6Ng01-081C06.g_71_1180

seq1  GAATTCAATGCCTTCATCTGGCCTCCTCAGGTACAAGACATACAAGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGCCTTCATCTGGCCTCCTCAGGTACAAGACATACAAGCTGT  50

seq1  GTACATACACACAATCAAGCAAAACAAACATACCCATAAAATAAAATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATACACACAATCAAGCAAAACAAACATACCCATAAAATAAAATTTA  100

seq1  AAAAAATAAGTAATAAGGGTTATATTAAAGAATTCATTTTTCCATTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATAAGTAATAAGGGTTATATTAAAGAATTCATTTTTCCATTGTGT  150

seq1  CATATAAAGAAAAGCACAGAGGAGTTTTAGAAAAGAAACTGACTTAATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAAGAAAAGCACAGAGGAGTTTTAGAAAAGAAACTGACTTAATAT  200

seq1  AAAATTAATACTGGGTCAACGAAATACTGTTGCATGTACAGAATTTTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAATACTGGGTCAACGAAATACTGTTGCATGTACAGAATTTTGTA  250

seq1  TACATATCACTTAGCTTTGAATACATGGAATGTAGAAAAGTTTACATCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATCACTTAGCTTTGAATACATGGAATGTAGAAAAGTTTACATCAT  300

seq1  TTTTTTCCTCTAAAAATCCCTTCAATGCAGTTATGAAAATGCCTCAGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCTCTAAAAATCCCTTCAATGCAGTTATGAAAATGCCTCAGTAA  350

seq1  TAAATAGGGTTTACTGTGAAAGGAGGACGTTCGCAAGTTTGATTCTAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGGGTTTACTGTGAAAGGAGGACGTTCGCAAGTTTGATTCTAGTA  400

seq1  CCCATTTAGAAAACTAACCATGGATGGTTGCTTCTACAATAGCAGCACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTAGAAAACTAACCATGGATGGTTGCTTCTACAATAGCAGCACTG  450

seq1  TGGTAGGCAGAGTGAGAATTGCTAGGACTTGCTGGCTGCTTATCTAGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGCAGAGTGAGAATTGCTAGGACTTGCTGGCTGCTTATCTAGCTA  500

seq1  CATGTTCAGTGAAAGAGCAGGTCTTACGGGAATAAGGTGGAAAGAAATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCAGTGAAAGAGCAGGTCTTACGGGAATAAGGTGGAAAGAAATAG  550

seq1  AGCAAAACCCAACATCCTCCTCTGCCCTCCACATGTGTATATATGCACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAACCCAACATCCTCCTCTGCCCTCCACATGTGTATATATGCACCA  600

seq1  CAGACAGAAATATATGAAAAAAATAAAATTAAGTTTAATTAATGTCACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGAAATATATGAAAAAAATAAAATTAAGTTTAATTAATGTCACAC  650

seq1  CTGTTGAAAAAGTACCATTTTCACTTCTGTACCACAGGCAAAAATAAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAAAAAGTACCATTTTCACTTCTGTACCACAGGCAAAAATAAGTC  700

seq1  CATGATGCTAAATCAAAAATATTTGCAAGAGTCCATGTCATGAGTAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGCTAAATCAAAAATATTTGCAAGAGTCCATGTCATGAGTAGTTC  750

seq1  TTGGGTGCTGACCTAGTCCCACAATACCCAGAGTAAGCTCAAATCCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGCTGACCTAGTCCCACAATACCCAGAGTAAGCTCAAATCCCAGG  800

seq1  TGCTCTAACACTCCCAGGATCACAGGAATGGCCCCAACATCAGGAGTAAC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGCTCTAACACTCCCAGGATCACAGGAATGGCCCCAACATCA-GAGTAAC  849

seq1  TGAGTCCCTAAGGATCCAGGGACACAGGAACTCCTGCCTTTCCAGTGGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCCTAAGGATCCAGGGACACAGGAACTCCTGCCTTTCCAGTGGCA  899

seq1  TGGATTCCATCTGTTCTGAAACTGCACCTGGATCAGACCTGGGGTACTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCCATCTGTTCTGAAACTGCACCTGGATCAGACCTGGGGTACTGG  949

seq1  CTTTGCACCCACTCTTAAAACACCCAGAGGGAGCACGACTCTCAGGTATT  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCACCCACTCTT-AAACACCCAGAGGGAGCACGACTCTCAGGTATT  998

seq1  CTGAAATGCTAAAGATCACAGGATCACAGAGGAAGCTCGACTCCCAGGAG  1050
      || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || 
seq2  CTTAAATGCTTAAGATCACAGGATCAC-GAGGAAGCTCGACTTCCA-GAA  1046

seq1  ATCAGACACACCCAGGAACACTGGAG-TTCTGACAGAAGAGCAGAGCTGA  1099
      ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  ATCAGAC-CACCCAGGAACACTGGAGTTTCTGACAGAAAAGCAGAGCTGA  1095

seq1  GGGCACAATATCTTTCC  1116
       ||||| ||||||||||
seq2  -GGCAC-ATATCTTTCC  1110