BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083N01
ChromosomeX (Build37)
Map Location 44,929,158 - 45,059,644
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040133, LOC100040145
Upstream geneEG434775, LOC236775
Downstream geneEG624187, Smarca1, LOC676253, Ocrl, LOC270596, LOC665672, Apln, Xpnpep2, 1200013B08Rik, Zdhhc9, Utp14a, LOC637576, Bcorl1, Elf4, Aifm1, Rab33a, Suhw3, Slc25a14, Gpr119, Rbmx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083N01.bB6Ng01-083N01.g
ACCDH897971DH897972
length1,168697
definitionDH897971|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083N01, 5' end.DH897972|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083N01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,058,477 - 45,059,644)(44,929,158 - 44,929,851)
sequence
gaattctatttcctcaacctgtgccttgtatggatttgcatatataatcc
aaaactcacaagcagatcctttacatttgttcatcacttgcttctgactt
tctaggagaaatttaatgataaactcaattagaaactatgtttaaaccca
attaaccttcttgctctggaattactattcttatctagattcgttatgaa
tgtaaggaggtctatctgtagctctgctttgggttctgtttaaatactgt
tgacagcgcttacatttctcccttatccagtcccacatttctgctcttat
ggaaaacgagaaagattgaaggtattaaacaaggcattcagtcagattta
cggccattatgaattcaggggcaggtagtgaagcacaagcatgttagtaa
acagacatcagtgagatctcaggtaatgtcaccaactggtccatcctagt
tgattattgcctttaactgaactctgggtaagtattcttgcagtgtggct
tgtttagtcagcattattttctggctgtgtagttttcttttttgtgtgtg
aaatggtacatccagaaagcctctgagaatgctgggcattaagtacatct
tagtggtaacccttttgattggagcctgatttgattcagtggaaaataac
tccagtgcatcagacatacagttcatttaatgagctccatgatgttaata
cattagtgcaaacctggtgaagataataatttggtttctgatgagatttc
cgatctgcatcctgctatgaaagacccgtttatttttagaagcgtccaga
atgcaccaggctaattagatataaggaaattgccagttgtatatcacaat
aaaattataaacacttgatgctctctaggactcagtttacatttctgtaa
agtgagcaagctgcaccaaggccctgaagctgtgaccctcttaatgcaat
gtgtcatataacaacatttcagtcaggaagagactgtatatatgacagtg
tctcatagattacaatgcagctatcataatgtcaggcacatatattaaat
cctcatatttgtgggggataatgctaataaacctcacagcactgccagtc
ttaccaaaccatacattcattcaggaatatttgatatataatgacaaatg
ccattaccttgtttgtat
gaattctgtttcctcaatcaaaacaaagacaaaaacaaatttgacctggc
aatggatggaaccaaacatgagtgagagagataatttaggctcagttata
gttcagaaacagcatcctttccttgtatgcatcagagggaaggaggacag
catctaagacagaatgtgcacctactatagaagttccggccagacaaaat
cccagcatagagcgaggaatatgggcacacaatcctattgctgtcttggg
ggttattggcatttgttagtgctaggaaaatgagattcagttttctttaa
tgatgtgacccctggaaagctgatcacatgccagggcaggtcccactcac
aagaatagctgggcaacaaagtagactcaaaggggaaataaaagataaag
cttcaaagtagctgagaaagtatgagagggtgtaaagggtggttatagga
ggagctgggggagaatatattcaagatacattgtatgtaattattaaata
ataaatattgttaaaaacttttaaaaaacaaaacatatgaaggtcctgat
ttcctaggtataaacattagatgtctgtaacttgggtggattatcaaaga
attatgagatctcaattccagtcacctaccatgatatctctgctattcag
agttgtacccaatcttccaaaatccactagtcctgtcttctctaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_45058477_45059644
seq2: B6Ng01-083N01.b_44_1211 (reverse)

seq1  ATACAAACAA-GTAATGGGCATTTGTCATTAT-TATCAAATATT-CTGAA  47
      |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  ATACAAACAAGGTAAT-GGCATTTGTCATTATATATCAAATATTCCTGAA  49

seq1  TTGTATGTATGGTTTTGTATGACTGGCAGTGCTGTGAGGTTTTATAGCAT  97
       || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  -TGAATGTATGGTTTGGTAAGACTGGCAGTGCTGTGAGGTTTATTAGCAT  98

seq1  TAT-CACCACAAATATGA-GATTTATATAT-TGTGCCTTGACATTATGAT  144
      ||| | |||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||
seq2  TATCCCCCACAAATATGAGGATTTA-ATATATGTGCC-TGACATTATGAT  146

seq1  AGCTGCATTGTAATCTTATGAGACCACTGTCATATATACAGTCTCTTCCT  194
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCATTGTAATC-TATGAGA-CACTGTCATATATACAGTCTCTTCCT  194

seq1  GACTGAAATGTTGTTATATGACACATTGCATTAAGAGGGTCACAGCTTCA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAAATGTTGTTATATGACACATTGCATTAAGAGGGTCACAGCTTCA  244

seq1  GGGCCTTGGTGCAGCTTGCTCACTTTACAGAAATGTAAACTGAGTCCTAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTGGTGCAGCTTGCTCACTTTACAGAAATGTAAACTGAGTCCTAG  294

seq1  AGAGCATCAAGTGTTTATAATTTTATTGTGATATACAACTGGCAATTTCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATCAAGTGTTTATAATTTTATTGTGATATACAACTGGCAATTTCC  344

seq1  TTATATCTAATTAGCCTGGTGCATTCTGGACGCTTCTAAAAATAAACGGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCTAATTAGCCTGGTGCATTCTGGACGCTTCTAAAAATAAACGGG  394

seq1  TCTTTCATAGCAGGATGCAGATCGGAAATCTCATCAGAAACCAAATTATT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCATAGCAGGATGCAGATCGGAAATCTCATCAGAAACCAAATTATT  444

seq1  ATCTTCACCAGGTTTGCACTAATGTATTAACATCATGGAGCTCATTAAAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCACCAGGTTTGCACTAATGTATTAACATCATGGAGCTCATTAAAT  494

seq1  GAACTGTATGTCTGATGCACTGGAGTTATTTTCCACTGAATCAAATCAGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTATGTCTGATGCACTGGAGTTATTTTCCACTGAATCAAATCAGG  544

seq1  CTCCAATCAAAAGGGTTACCACTAAGATGTACTTAATGCCCAGCATTCTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAATCAAAAGGGTTACCACTAAGATGTACTTAATGCCCAGCATTCTC  594

seq1  AGAGGCTTTCTGGATGTACCATTTCACACACAAAAAAGAAAACTACACAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTTTCTGGATGTACCATTTCACACACAAAAAAGAAAACTACACAG  644

seq1  CCAGAAAATAATGCTGACTAAACAAGCCACACTGCAAGAATACTTACCCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAATAATGCTGACTAAACAAGCCACACTGCAAGAATACTTACCCA  694

seq1  GAGTTCAGTTAAAGGCAATAATCAACTAGGATGGACCAGTTGGTGACATT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAGTTAAAGGCAATAATCAACTAGGATGGACCAGTTGGTGACATT  744

seq1  ACCTGAGATCTCACTGATGTCTGTTTACTAACATGCTTGTGCTTCACTAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGATCTCACTGATGTCTGTTTACTAACATGCTTGTGCTTCACTAC  794

seq1  CTGCCCCTGAATTCATAATGGCCGTAAATCTGACTGAATGCCTTGTTTAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCTGAATTCATAATGGCCGTAAATCTGACTGAATGCCTTGTTTAA  844

seq1  TACCTTCAATCTTTCTCGTTTTCCATAAGAGCAGAAATGTGGGACTGGAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCAATCTTTCTCGTTTTCCATAAGAGCAGAAATGTGGGACTGGAT  894

seq1  AAGGGAGAAATGTAAGCGCTGTCAACAGTATTTAAACAGAACCCAAAGCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGAAATGTAAGCGCTGTCAACAGTATTTAAACAGAACCCAAAGCA  944

seq1  GAGCTACAGATAGACCTCCTTACATTCATAACGAATCTAGATAAGAATAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACAGATAGACCTCCTTACATTCATAACGAATCTAGATAAGAATAG  994

seq1  TAATTCCAGAGCAAGAAGGTTAATTGGGTTTAAACATAGTTTCTAATTGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCCAGAGCAAGAAGGTTAATTGGGTTTAAACATAGTTTCTAATTGA  1044

seq1  GTTTATCATTAAATTTCTCCTAGAAAGTCAGAAGCAAGTGATGAACAAAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCATTAAATTTCTCCTAGAAAGTCAGAAGCAAGTGATGAACAAAT  1094

seq1  GTAAAGGATCTGCTTGTGAGTTTTGGATTATATATGCAAATCCATACAAG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGGATCTGCTTGTGAGTTTTGGATTATATATGCAAATCCATACAAG  1144

seq1  GCACAGGTTGAGGAAATAGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGTTGAGGAAATAGAATTC  1168

seq1: chrX_44929158_44929851
seq2: B6Ng01-083N01.g_69_765

seq1  GAATTCTGTTTCCTCAATCAAAACAAAGACAAAAACAAATTTGACCTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTTCCTCAATCAAAACAAAGACAAAAACAAATTTGACCTGGC  50

seq1  AATGGATGGAACCAAACATGAGTGAGAGAGATAATTTAGGCTCAGTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATGGAACCAAACATGAGTGAGAGAGATAATTTAGGCTCAGTTATA  100

seq1  GTTCAGAAACAGCATCCTTTCCTTGTATGCATCAGAGGGAAGGAGGACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGAAACAGCATCCTTTCCTTGTATGCATCAGAGGGAAGGAGGACAG  150

seq1  CATCTAAGACAGAATGTGCACCTACTATAGAAGTTCCGGCCAGACAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAAGACAGAATGTGCACCTACTATAGAAGTTCCGGCCAGACAAAAT  200

seq1  CCCAGCATAGAGCGAGGAATATGGGCACACAATCCTATTGCTGTCTTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCATAGAGCGAGGAATATGGGCACACAATCCTATTGCTGTCTTGGG  250

seq1  GGTTATTGGCATTTGTTAGTGCTAGGAAAATGAGATTCAGTTTTCTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTGGCATTTGTTAGTGCTAGGAAAATGAGATTCAGTTTTCTTTAA  300

seq1  TGATGTGACCCCTGGAAAGCTGATCACATGCCAGGGCAGGTCCCACTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGACCCCTGGAAAGCTGATCACATGCCAGGGCAGGTCCCACTCAC  350

seq1  AAGAATAGCTGGGCAACAAAGTAGACTCAAAGGGGAAATAAAAGATAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAGCTGGGCAACAAAGTAGACTCAAAGGGGAAATAAAAGATAAAG  400

seq1  CTTCAAAGTAGCTGAGAAAGTATGAGAGGGTGTAAAGGGTGGTTATAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAGTAGCTGAGAAAGTATGAGAGGGTGTAAAGGGTGGTTATAGGA  450

seq1  GGAGCTGGGGGAGAATATATTCAAGATACATTGTATGTAATTATTAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGGGGGAGAATATATTCAAGATACATTGTATGTAATTATTAAATA  500

seq1  ATAAATATTGTTAAAAAC-TTTAAAAAACAAAACATATGAAGGTCCTGAT  549
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATTGTTAAAAACTTTTAAAAAACAAAACATATGAAGGTCCTGAT  550

seq1  TTCCTAGGTATAAACATTAGATGTCTGTAACTTGGGTGGATTATCAAAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGGTATAAACATTAGATGTCTGTAACTTGGGTGGATTATCAAAGA  600

seq1  ATTATGAGATCTCAATTCCAGTCACCTACCATGATATCTCTGCTATTCAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAGATCTCAATTCCAGTCACCTACCATGATATCTCTGCTATTCAG  650

seq1  AGCTGTACCC-ATCTTCC-AAATCCACTAGTCCTGTCTTCTCTAGGC  694
      || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTACCCAATCTTCCAAAATCCACTAGTCCTGTCTTCTCTAGGC  697