BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088M04
ChromosomeX (Build37)
Map Location 57,607,798 - 57,740,851
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtp11c, LOC666517, LOC631784, LOC100039611, LOC100039621
Upstream geneF9, EG434782, Mcf2
Downstream geneGm715, Hspa9-ps1, EG236831, LOC666559, LOC671636, Sox3, EG631922, Rpl7l1-ps, LOC627159, EG631990, LOC632000, LOC100039759, EG245440, LOC100039778
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088M04.bB6Ng01-088M04.g
ACCDH901528DH901529
length1,2451,221
definitionDH901528|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088M04, 5' end.DH901529|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,607,798 - 57,609,078)(57,739,632 - 57,740,851)
sequence
gaattcacaattcatcagaaaacagatatctacatatcatcaaaccctaa
tgtggtaaataaaacatcagaggagctacaagcaaggagatgaacacaaa
gccagttagaagtttgtaaggctctataaacagacacaataccagaagtg
actcttataaagatgaggaggaataaggcagactaagaaataaagagtag
aagagttaacctgtaaagactggaaggcaggcgatggatgcaatgactca
ctgccttacaaggagtttacataccattgaaagaaaacaggtaagacaat
gagcaaggccacataaagatgaatcccttatggggtgcatgtgattgtat
ttacctaagtaagaactgctgaagagagtcatgtgtggtggtgcacatct
agaatctcaatactcagtaggctaagccagaagcatctcatcttcaagac
cagcctgaactatataaatgagatcctatcccaaaggaaacaagcctaac
tcttaaggaccttgaccatatctgtgcccataaaagtgtaagagtacctg
gaattaacagagtaaagaacaaagaggcttagaggtatataactcagatg
ataaggtaaatagagacagtatcacctaaccaggaaataaaaaaaagaat
tcatgaatgagatactaataaaaatctttgaacacactgctatataagag
gggcattggaaaacataaaagacctctttagtgctcagctccaaaaacag
ctttgtacctcaggagggaggagtttataagaggagagacttgttctata
tcaacttaaatttggcagctgtggcaatgacactgaaccagaacaaccta
taaacggctatcagaggagaattctaaagtcaatgatatagtttgaatgt
gtccttctatgtttatgtattgaaaatcatgactcagctatgctgcttca
gagtatataccaaaaactaaaatgagggtcagaagagctgatatctctag
tcctttagtcacagagtcattattcacaatagctaagaggttaaaaaata
caatgtccactaatagaataaacatgaaagaatgtgtttaatatagtgca
taaacgtataatccaggcacttgtagcaggaaacgaaaagatttatttga
ttcaagcagtggtacagactgactttccttagtgaaggagaagaatgcat
ggtctccagaatggatctgcaatgtgtccacacctctttattgca
gaattccactcaaatgatgcaactggcttaaaggaatatgacaaaaaaac
taaatcagcaacatcaggtatctgtacacaagcaaaaaaacaaaaacatt
cttgttgtattactagcaatcacggaacaagagatgcaagtctgtacatc
tcaaatccagtgcatcaagcaagtctagcagctgagtgtgggccagctga
tgtcaatgacggtagatccagcaatcaaagctgaaaagtgaactggacca
gactaaagacaaactggaggaagctccaaatgagctgagtgcctgaaaat
ttgtttacatctgataggtaaacaaagcctcttccccaggccagacttcc
ctgacagtcccaccttgaaaaaggctgtgttgggacagccaagtactggt
ttccacacaaacattcaaactttttgagccaaaaaagtcaccagtcacat
tcttataatgcccagcttataatgtaaaacttaccagatgaaccttgtgt
ttcagcttctttctcatcttgcttcaggtgccactggactattccaaaga
aggggccacctctgaaaaattctacttctaggacacatagatgcttcaga
aatgtttctgtttgaagaaaacagagggagaaacagaagttacatctgta
gcacactgtgtcttcagatagtttgtaggatcaaaaacctagaagtttta
aatcctgagcatttaaaattcagaaaatgttgaactggaatatgtgtagc
tcttaaccttgagcatagaaacttccagacactgcacttcagttatgcca
ataagactatggacttcatgatgttgaactactgagtcataactcaaatg
aggcaaatttgacttttaaaaggatttacatactaagacccaacttccaa
tagctatgtggcaatcatggcatagctaccaatacaagcagtgcatatat
tctccaattagctttgagctctatattaatgtagtggaggcttaaatctg
cgtgttttttttttatcaacgattttgttcttcaaacacttgtacaaact
gtaaataaccttaagtgtgctaatgtgaacgtcttggtcttaaacttcag
gtttccactgctttgcgcattaaggaattcatccccgaaacttaccttga
tcaaggtatggctatgatgagaccttcacctcattattcagcaacgcatc
tcactcacagccttatgttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_57607798_57609078
seq2: B6Ng01-088M04.b_47_1291

seq1  GAATTCACAATTCATCAGAAAACAGATATCTACATATCATCAAACCCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAATTCATCAGAAAACAGATATCTACATATCATCAAACCCTAA  50

seq1  TGTGGTAAATAAAACATCAGAGGAGCTACAAGCAAGGAGATGAACACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTAAATAAAACATCAGAGGAGCTACAAGCAAGGAGATGAACACAAA  100

seq1  GCCAGTTAGAAGTTTGTAAGGCTCTATAAACAGACACAATACCAGAAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTTAGAAGTTTGTAAGGCTCTATAAACAGACACAATACCAGAAGTG  150

seq1  ACTCTTATAAAGATGAGGAGGAATAAGGCAGACTAAGAAATAAAGAGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTATAAAGATGAGGAGGAATAAGGCAGACTAAGAAATAAAGAGTAG  200

seq1  AAGAGTTAACCTGTAAAGACTGGAAGGCAGGCGATGGATGCAATGACTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTAACCTGTAAAGACTGGAAGGCAGGCGATGGATGCAATGACTCA  250

seq1  CTGCCTTACAAGGAGTTTACATACCATTGAAAGAAAACAGGTAAGACAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTACAAGGAGTTTACATACCATTGAAAGAAAACAGGTAAGACAAT  300

seq1  GAGCAAGGCCACATAAAGATGAATCCCTTATGGGGTGCATGTGATTGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGGCCACATAAAGATGAATCCCTTATGGGGTGCATGTGATTGTAT  350

seq1  TTACCTAAGTAAGAACTGCTGAAGAGAGTCATGTGTGGTGGTGCACATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTAAGTAAGAACTGCTGAAGAGAGTCATGTGTGGTGGTGCACATCT  400

seq1  AGAATCTCAATACTCAGTAGGCTAAGCCAGAAGCATCTCATCTTCAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTCAATACTCAGTAGGCTAAGCCAGAAGCATCTCATCTTCAAGAC  450

seq1  CAGCCTGAACTATATAAATGAGATCCTATCCCAAAGGAAACAAGCCTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGAACTATATAAATGAGATCCTATCCCAAAGGAAACAAGCCTAAC  500

seq1  TCTTAAGGACCTTGACCATATCTGTGCCCATAAAAGTGTAAGAGTACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGGACCTTGACCATATCTGTGCCCATAAAAGTGTAAGAGTACCTG  550

seq1  GAATTAACAGAGTAAAGAACAAAGAGGCTTAGAGGTATATAACTCAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAACAGAGTAAAGAACAAAGAGGCTTAGAGGTATATAACTCAGATG  600

seq1  ATAAGGTAAATAGAGACAGTATCACCTAACCAGGAAATAAAAAAAAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTAAATAGAGACAGTATCACCTAACCAGGAAATAAAAAAAAGAAT  650

seq1  TCATGAATGAGATACTAATAAAAATCTTTGAACACACTGCTATATAAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAATGAGATACTAATAAAAATCTTTGAACACACTGCTATATAAGAG  700

seq1  GGGCATTGGAAAACATAAAAGACCTCTTTAGTGCTCAGCTCCAAAAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATTGGAAAACATAAAAGACCTCTTTAGTGCTCAGCTCCAAAAACAG  750

seq1  CTTTGTACCTCAGGAGGGAGGAGTTTATAAGAGGAGAGACTTGTTCTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTACCTCAGGAGGGAGGAGTTTATAAGAGGAGAGACTTGTTCTATA  800

seq1  TCAACTTAAATTTGGCAGCTGTGGCAATGACACTGAACCAGAACAACCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTAAATTTGGCAGCTGTGGCAATGACACTGAACCAGAACAACCTA  850

seq1  TAAACGGCTATCAGAGGAGAATTCTAAAGTCAATGATATAGTTTGAATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACGGCTATCAGAGGAGAATTCTAAAGTCAATGATATAGTTTGAATGT  900

seq1  GTCCTTCTATGTTTATGTATTGAAAAATCATGACTCAGCTATGCTGCTTC  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCTATGTTTATGTATTG-AAAATCATGACTCAGCTATGCTGCTTC  949

seq1  AGAGTATATAACCAAAAAACTAAAATGAGGGTCAGGAAGAGGCTGATATC  1000
      ||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  AGAGTATATA--CCAAAAACTAAAATGAGGGTCA-GAAGA-GCTGATATC  995

seq1  TCTAGTTCCTTTAGTCACAGAGTCATTATTCACAATAAGCTAAGAGGTTA  1050
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  TCTAG-TCCTTTAGTCACAGAGTCATTATTCACAAT-AGCTAAGAGGTT-  1042

seq1  AAAAAATACAAATGTCCACTAATAG-ATAAACATGAAAAGAATGTGTTTA  1099
      ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| 
seq2  AAAAAATAC-AATGTCCACTAATAGAATAAACATG-AAAGAATGTGTTT-  1089

seq1  AATATAGTGGCATAAACGTATAATCCCAGCACTTGTAAACCAAGGAGACA  1149
      |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||     |||| || 
seq2  AATATAGT-GCATAAACGTATAATCCAGGCACTTGTA---GCAGGAAACG  1135

seq1  GAAAGATTTATTTTGAATTCAAAGCCAGTGTGCGTTACAGACTTAGACTT  1199
       ||||||||||||   ||||||   ||||    | ||||||||  |||||
seq2  AAAAGATTTATTT--GATTCAA--GCAGT----GGTACAGACT--GACTT  1175

seq1  TCTCTAATGAAAGGGAAGGAAGAGAAAATATGACATGCTC-ACAGAATGG  1248
      ||  || ||||  |||  |||||      ||| |||| ||  ||||||||
seq2  TCCTTAGTGAA--GGA--GAAGA------ATG-CATGGTCTCCAGAATGG  1214

seq1  AGTCTGGTCATTGTG-GCACACATCTTTATTGCA  1281
      | ||||  || ||||  ||||| |||||||||||
seq2  A-TCTG--CAATGTGTCCACACCTCTTTATTGCA  1245

seq1: chrX_57739632_57740851
seq2: B6Ng01-088M04.g_67_1287 (reverse)

seq1  TTAACATAAGCCTGTTGAGTGAGATGGTTTGCTGAATAATGGAGTGA--G  48
      |||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||  ||||  |
seq2  TTAACATAAGGCTG-TGAGTGAGATGCGTTGCTGAATAATGAGGTGAAGG  49

seq1  TCTCATCATAGCCAATACTTGATCCAGTGTAG-TTCTGAGATGAATGTCT  97
      ||||||||||||||   ||||||| ||   || ||| | ||||||| || 
seq2  TCTCATCATAGCCATACCTTGATCAAGGTAAGTTTCGGGGATGAAT-TCC  98

seq1  ATAATGCGCCAAGCAGTTGAAACCTGAAGTTTAAGACC-AGACGTTCACA  146
       |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTAATGCGCAAAGCAGTGGAAACCTGAAGTTTAAGACCAAGACGTTCACA  148

seq1  TTAGCACACTTAAGGTTATTTACAGTTTGTACAAGTGTTTGAAGAACAAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCACACTTAAGGTTATTTACAGTTTGTACAAGTGTTTGAAGAACAAA  198

seq1  ATCGTTGATAAAAAAAAAACACGCAGATTTAAGCCTCCACTACATTAATA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTTGATAAAAAAAAAACACGCAGATTTAAGCCTCCACTACATTAATA  248

seq1  TAGAGCTCAAAGCTAATTGGAGAAATATATGCACTGCTTGTATTGGTAGC  296
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTCAAAGCTAATTGGAG-AATATATGCACTGCTTGTATTGGTAGC  297

seq1  TATGCCATGATTGCCACATAGCTATTGGAAGTTGGGTCTTAGTATGTAAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCATGATTGCCACATAGCTATTGGAAGTTGGGTCTTAGTATGTAAA  347

seq1  TCCTTTTAAAAGTCAAATTTGCCTCATTTGAGTTATGACTCAGTAGTTCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTAAAAGTCAAATTTGCCTCATTTGAGTTATGACTCAGTAGTTCA  397

seq1  ACATCATGAAGTCCATAGTCTTATTGGCATAACTGAAGTGCAGTGTCTGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATGAAGTCCATAGTCTTATTGGCATAACTGAAGTGCAGTGTCTGG  447

seq1  AAGTTTCTATGCTCAAGGTTAAGAGCTACACATATTCCAGTTCAACATTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCTATGCTCAAGGTTAAGAGCTACACATATTCCAGTTCAACATTT  497

seq1  TCTGAATTTTAAATGCTCAGGATTTAAAACTTCTAGGTTTTTGATCCTAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATTTTAAATGCTCAGGATTTAAAACTTCTAGGTTTTTGATCCTAC  547

seq1  AAACTATCTGAAGACACAGTGTGCTACAGATGTAACTTCTGTTTCTCCCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATCTGAAGACACAGTGTGCTACAGATGTAACTTCTGTTTCTCCCT  597

seq1  CTGTTTTCTTCAAACAGAAACATTTCTGAAGCATCTATGTGTCCTAGAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTTCAAACAGAAACATTTCTGAAGCATCTATGTGTCCTAGAAG  647

seq1  TAGAATTTTTCAGAGGTGGCCCCTTCTTTGGAATAGTCCAGTGGCACCTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTTTTCAGAGGTGGCCCCTTCTTTGGAATAGTCCAGTGGCACCTG  697

seq1  AAGCAAGATGAGAAAGAAGCTGAAACACAAGGTTCATCTGGTAAGTTTTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGATGAGAAAGAAGCTGAAACACAAGGTTCATCTGGTAAGTTTTA  747

seq1  CATTATAAGCTGGGCATTATAAGAATGTGACTGGTGACTTTTTTGGCTCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATAAGCTGGGCATTATAAGAATGTGACTGGTGACTTTTTTGGCTCA  797

seq1  AAAAGTTTGAATGTTTGTGTGGAAACCAGTACTTGGCTGTCCCAACACAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTGAATGTTTGTGTGGAAACCAGTACTTGGCTGTCCCAACACAG  847

seq1  CCTTTTTCAAGGTGGGACTGTCAGGGAAGTCTGGCCTGGGGAAGAGGCTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTCAAGGTGGGACTGTCAGGGAAGTCTGGCCTGGGGAAGAGGCTT  897

seq1  TGTTTACCTATCAGATGTAAACAAATTTTCAGGCACTCAGCTCATTTGGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACCTATCAGATGTAAACAAATTTTCAGGCACTCAGCTCATTTGGA  947

seq1  GCTTCCTCCAGTTTGTCTTTAGTCTGGTCCAGTTCACTTTTCAGCTTTGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTCCAGTTTGTCTTTAGTCTGGTCCAGTTCACTTTTCAGCTTTGA  997

seq1  TTGCTGGATCTACCGTCATTGACATCAGCTGGCCCACACTCAGCTGCTAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGATCTACCGTCATTGACATCAGCTGGCCCACACTCAGCTGCTAG  1047

seq1  ACTTGCTTGATGCACTGGATTTGAGATGTACAGACTTGCATCTCTTGTTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTTGATGCACTGGATTTGAGATGTACAGACTTGCATCTCTTGTTC  1097

seq1  CGTGATTGCTAGTAATACAACAAGAATGTTTTTGTTTTTTTGCTTGTGTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATTGCTAGTAATACAACAAGAATGTTTTTGTTTTTTTGCTTGTGTA  1147

seq1  CAGATACCTGATGTTGCTGATTTAGTTTTTTTGTCATATTCCTTTAAGCC  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACCTGATGTTGCTGATTTAGTTTTTTTGTCATATTCCTTTAAGCC  1197

seq1  AGTTGCATCATTTGAGTGGAATTC  1220
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCATCATTTGAGTGGAATTC  1221