BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-091N24
ChromosomeX (Build37)
Map Location 140,220,070 - 140,338,809
singlet/doubletdoublet
Overlap genePak3, Capn6, Dcx
Upstream geneTmem164, Ammecr1, Rgag1, LOC209541, Chrdl1
Downstream geneLOC666628, LOC666633, LOC100039378, LOC100039243, Alg13, LOC100039407, Trpc5, LOC100039436, Zcchc16, LOC666655
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-091N24.bB6Ng01-091N24.g
ACCDH903788DH903789
length1,1521,131
definitionDH903788|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091N24, 5' end.DH903789|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091N24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,220,070 - 140,221,246)(140,337,683 - 140,338,809)
sequence
gaattctttgttcagttctgagccccattttttaagggggttatttgatt
ttctgaggtccaccttcttgagttctttatatatgttggatattagtccc
ctatctgatttaggataggtaaagatcctttcccagtctgttggtggtct
ttttgtcttatagacagtgtcttttgccttgcagaaactttggagtttca
ttaggtcccatttgtcaattctcgatcttatagcacaagccattgctgtt
ctgttcaggaatttttcccctgtgcccatatcttcaaggcttttccccac
tttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtaaagttccttga
tccacttagatttgaccttagtacaaggagataagtatggatcgattcgt
atgccgcatttcttgacttcccctgtctgtctctgcctagagactgtgaa
aagcaggagagggtatcatgcagcagttaagaacatggagtgttaactca
tactccctgaattcaaatattgattacttctaatctaagagtgactagaa
gtatggcactggacaagttattcttaactgcacaaggcagtttttttccg
tgtcagttaagagtcataataacttacctcaggaagtagttgtatggatt
atgtgagctaataataattatgaaatcagttttatatagtcatactagct
tctgatcatatgtgtactgatgttaacatttggatacatatgccttctta
ctcttgctgtttgattttattgtacactcagtaggttttgtgtggactag
gttgggagtccactcaccatgtataaaataatttccatgggaaaatggtc
tttgaatcccaaatactctactaacaaagagatttctcaaccatacccta
tcctctttgtaaagtgtttcattattttggtgctgagacttcatatgctt
gcaagcatatttccatgaaagtctcctggtttgttttcatgacttatgta
aactttataatctgctatatgactcagtcacaaactaaagccttttaatt
agtagtctatggcaccctgccttatggaatttgagttacatatgatgtct
tggacttcctttgagaatgtgtacttccacgtgaagctgatctttcagct
gc
gaattctcctctttgtcagcttcctaagctctgcgattctaagcacacac
catcatggttgacttgaataattgtgaaattaagaaaaacaaaaggctag
tgtcactagatctcagtaccagagtcatttggtgaaagttggactcattg
ccagcagttccgtaggaactggtcttatgtaagtgcttggcttgagtatg
acagaacaaggatgaaggaatcctgctactaaccagtttggagtgttata
tttagacatgtattgtgaccctaaatacattgctaagtctcttataacct
cagtgttattctctgtaaattaggtgcagtaaaactgaatgggtacagtt
tagtagtcattacatgccagaaataattctttcacaggactcttgtgata
atcatatagccctgctgtaaattacctagtacgtagcagatactaaaaaa
taaaaaaagtctatcaatcttattggcaaatactttacttctaaggagac
ctgaattcatctgtcatgaatggtaaatcaggatcttttcttggccaggg
gatgattctgcctaatgttagttcttagcatatctggcaaatatgtccta
ggaacacacaatcattcctggggtaaagagtaatacaactaatccttgga
tcagcaagaatgaattttatgtatgagtaacactgaatgaagatcagagt
catccctgaaatatgtgattttatagcttgaaacacaaagtataatacag
gccaaatgtcatgaaagtctagcctgctcattttttgatacatatttaca
taaatatcttttactgtagaatcggagatcagggaagggatttcttgtgg
cttatccttgatccctcttttgtccagttttatatctggatgggctgatc
aactcctctgctagaagggtaataatggaaaggccagttttactgtgttt
ttaccacagatctaggagctgaatatataatgtgatagcagtgattatgc
ctgggatattaacctcccatgggttctgtgaaaatgaaatataccttccc
ctagaagaaaccaaatttcattgcaccttggttatccagcattcccttta
ttgaggtaccattgagtgctgactcatatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_140220070_140221246
seq2: B6Ng01-091N24.b_48_1199

seq1  GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAAGGGGGTTATTTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAAGGGGGTTATTTGATT  50

seq1  TTCTGAGGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC  100

seq1  CTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAGTCTGTTGGTGGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAGTCTGTTGGTGGTCT  150

seq1  TTTTGTCTTATAGACAGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAACTTTGGAGTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTATAGACAGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAACTTTGGAGTTTCA  200

seq1  TTAGGTCCCATTTGTCAATTCTCGATCTTATAGCACAAGCCATTGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCCCATTTGTCAATTCTCGATCTTATAGCACAAGCCATTGCTGTT  250

seq1  CTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCAC  300

seq1  TTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTAAAGTTCCTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTAAAGTTCCTTGA  350

seq1  TCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATCGATTCGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATCGATTCGT  400

seq1  ATGCCGCATTTCTTGACTTCCCCTGTCTGTCTCTGCCTAGAGACTGTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCGCATTTCTTGACTTCCCCTGTCTGTCTCTGCCTAGAGACTGTGAA  450

seq1  AAGCAGGAGAGGGTATCATGCAGCAGTTAAGAACATGGAGTGTTAACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAGAGGGTATCATGCAGCAGTTAAGAACATGGAGTGTTAACTCA  500

seq1  TACTCCCTGAATTCAAATATTGATTACTTCTAATCTAAGAGTGACTAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCCTGAATTCAAATATTGATTACTTCTAATCTAAGAGTGACTAGAA  550

seq1  GTATGGCACTGGACAAGTTATTCTTAACTGCACAAGGCAGTTTTTTTCCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGCACTGGACAAGTTATTCTTAACTGCACAAGGCAGTTTTTTTCCG  600

seq1  TGTCAGTTAAGAGTCATAATAACTTACCTCAGGAAGTAGTTGTATGGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTTAAGAGTCATAATAACTTACCTCAGGAAGTAGTTGTATGGATT  650

seq1  ATGTGAGCTAATAATAATTATGAAATCAGTTTTATATAGTCATACTAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGCTAATAATAATTATGAAATCAGTTTTATATAGTCATACTAGCT  700

seq1  TCTGATCATATGTGTACTGATGTTAACATTTGGATACATATGCCTTCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCATATGTGTACTGATGTTAACATTTGGATACATATGCCTTCTTA  750

seq1  CTCTTGCTGTTTGATTTTATTGTACACTCAGTAGGTTTTGTGTGGACTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTGTTTGATTTTATTGTACACTCAGTAGGTTTTGTGTGGACTAG  800

seq1  GTTGGGAGTCCACTCACCATGTATAAAATAATTTCCATGGGAAAATGGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGAGTCCACTCACCATGTATAAAATAATTTCCATGGGAAAATGGTC  850

seq1  TTTGAATCCCAAATACTCTACTAACAAAGAGATTTCTCAACCATACCCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATCCCAAATACTCTACTAACAAAGAGATTTCTCAACCATACCCTA  900

seq1  TCCTCTTTGTAAAGTGTTTCATTATTTTGGTGCTGAGACTTCATATGCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTTGTAAAGTGTTTCATTATTTTGGTGCTGAGACTTCATATGCTT  950

seq1  GCAAGCATATTTCCATGAAAGTCTCCTGGTTTGTTTTTCAATGACTTAAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||
seq2  GCAAGCATATTTCCATGAAAGTCTCCTGGTTTGTTTT--CATGACTT-AT  997

seq1  GTAAACTTTATAATCTGCTATAATGAACTCAAGTCACAAACTAAAGCTTT  1050
      ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||
seq2  GTAAACTTTATAATCTGCTAT-ATG-ACTC-AGTCACAAACTAAAGCCTT  1044

seq1  TTAATTAAGTAGTCCTATTGCAACACTGCCTTAATGGAAATTTATGAGTT  1100
      |||||| |||||| |||| || || ||||||| ||||||   | ||||||
seq2  TTAATT-AGTAGT-CTATGGC-ACCCTGCCTT-ATGGAA---TTTGAGTT  1087

seq1  ACATATGGATTGTCTTGAGACTCCTTTTGAGAAATGTGGTAACTTCCACG  1150
      |||||||   ||||||| |||| | |||||| ||||||   |||||||| 
seq2  ACATATG--ATGTCTTG-GACTTCCTTTGAG-AATGTG--TACTTCCAC-  1130

seq1  GTGAAGGCTTTGATCTTTTTCAGCTGC  1177
      ||||||    |||||  ||||||||||
seq2  GTGAAG---CTGATC--TTTCAGCTGC  1152

seq1: chrX_140337683_140338809
seq2: B6Ng01-091N24.g_67_1197 (reverse)

seq1  TGATA-GAGTCAGCATTCAAAAGGTACTTTCAATAAA-GGAATGCT-GAT  47
      ||||| ||||||||| || || |||||  |||||||| |||||||| |||
seq2  TGATATGAGTCAGCACTC-AATGGTAC-CTCAATAAAGGGAATGCTGGAT  48

seq1  AACCCA-GTGCAATGAAATTTGG-TTCTCTTAGGGGAAGTTATATTTCAT  95
      |||| | |||||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||
seq2  AACCAAGGTGCAATGAAATTTGGTTTCTTCTAGGGGAAGGTATATTTCAT  98

seq1  TATCACAGAACCCATGG--AGTTAATATCCCCAGGCATAATCACTGCTAT  143
      | |||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGAACCCATGGGAGGTTAATAT-CCCAGGCATAATCACTGCTAT  147

seq1  CACATTATATATTCAGCTCCTAGATCTGTGGTAAAAACACAGTAAAACTG  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTATATATTCAGCTCCTAGATCTGTGGTAAAAACACAGTAAAACTG  197

seq1  GCCTTTCCATTATTACCCTTCTAGCAGAGGAGTTGATCAGCCCATCCAGA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCCATTATTACCCTTCTAGCAGAGGAGTTGATCAGCCCATCCAGA  247

seq1  TATAAAACTGGACAAAAGAGGGATCAAGGATAAGCCACAAGAAATCCCTT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAACTGGACAAAAGAGGGATCAAGGATAAGCCACAAGAAATCCCTT  297

seq1  CCCTGATCTCCGATTCTACAGTAAAAGATATTTATGTAAATATGTATCAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGATCTCCGATTCTACAGTAAAAGATATTTATGTAAATATGTATCAA  347

seq1  AAAATGAGCAGGCTAGACTTTCATGACATTTGGCCTGTATTATACTTTGT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGCAGGCTAGACTTTCATGACATTTGGCCTGTATTATACTTTGT  397

seq1  GTTTCAAGCTATAAAATCACATATTTCAGGGATGACTCTGATCTTCATTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAGCTATAAAATCACATATTTCAGGGATGACTCTGATCTTCATTC  447

seq1  AGTGTTACTCATACATAAAATTCATTCTTGCTGATCCAAGGATTAGTTGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTACTCATACATAAAATTCATTCTTGCTGATCCAAGGATTAGTTGT  497

seq1  ATTACTCTTTACCCCAGGAATGATTGTGTGTTCCTAGGACATATTTGCCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTCTTTACCCCAGGAATGATTGTGTGTTCCTAGGACATATTTGCCA  547

seq1  GATATGCTAAGAACTAACATTAGGCAGAATCATCCCCTGGCCAAGAAAAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGCTAAGAACTAACATTAGGCAGAATCATCCCCTGGCCAAGAAAAG  597

seq1  ATCCTGATTTACCATTCATGACAGATGAATTCAGGTCTCCTTAGAAGTAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGATTTACCATTCATGACAGATGAATTCAGGTCTCCTTAGAAGTAA  647

seq1  AGTATTTGCCAATAAGATTGATAGACTTTTTTTATTTTTTAGTATCTGCT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTGCCAATAAGATTGATAGACTTTTTTTATTTTTTAGTATCTGCT  697

seq1  ACGTACTAGGTAATTTACAGCAGGGCTATATGATTATCACAAGAGTCCTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTACTAGGTAATTTACAGCAGGGCTATATGATTATCACAAGAGTCCTG  747

seq1  TGAAAGAATTATTTCTGGCATGTAATGACTACTAAACTGTACCCATTCAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAATTATTTCTGGCATGTAATGACTACTAAACTGTACCCATTCAG  797

seq1  TTTTACTGCACCTAATTTACAGAGAATAACACTGAGGTTATAAGAGACTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTGCACCTAATTTACAGAGAATAACACTGAGGTTATAAGAGACTT  847

seq1  AGCAATGTATTTAGGGTCACAATACATGTCTAAATATAACACTCCAAACT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGTATTTAGGGTCACAATACATGTCTAAATATAACACTCCAAACT  897

seq1  GGTTAGTAGCAGGATTCCTTCATCCTTGTTCTGTCATACTCAAGCCAAGC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGTAGCAGGATTCCTTCATCCTTGTTCTGTCATACTCAAGCCAAGC  947

seq1  ACTTACATAAGACCAGTTCCTACGGAACTGCTGGCAATGAGTCCAACTTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACATAAGACCAGTTCCTACGGAACTGCTGGCAATGAGTCCAACTTT  997

seq1  CACCAAATGACTCTGGTACTGAGATCTAGTGACACTAGCCTTTTGTTTTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAATGACTCTGGTACTGAGATCTAGTGACACTAGCCTTTTGTTTTT  1047

seq1  CTTAATTTCACAATTATTCAAGTCAACCATGATGGTGTGTGCTTAGAATC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTTCACAATTATTCAAGTCAACCATGATGGTGTGTGCTTAGAATC  1097

seq1  GCAGAGCTTAGGAAGCTGACAAAGAGGAGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCTTAGGAAGCTGACAAAGAGGAGAATTC  1131