BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099L18
ChromosomeX (Build37)
Map Location 59,766,004 - 59,832,991
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700019B21Rik
Upstream geneLdoc1, LOC654353, EG627299, LOC666654, LOC385367, LOC671741, 4933402E13Rik, 4931400O07Rik
Downstream geneLOC671878, LOC666695, EG627420
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099L18.bB6Ng01-099L18.g
ACCDH909446DH909447
length1,1161,045
definitionDH909446|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099L18, 5' end.DH909447|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099L18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,766,004 - 59,767,125)(59,831,934 - 59,832,991)
sequence
gaattctcacagtgacttgcccttaccttggcaactgactgatcttaaaa
catctcccactgttgatatcacacatgatgatcagggtgttcttctacct
ctctgacatacttcccttaacaaggtcagttatactgttcagaaactaag
atctatgtcagagtgttcatctttactgtaatgatgtccaatcacactct
ggggtcctctcaccatcctgaaccactccagcccatttgatgctgggaga
tcttatgagacagttccacctatccatcctagcctgtatctttgtacaga
taaaaacatgaagtgtccacaaattttagaatcctaccttttcagcagaa
ggagggaatttgcagtgaatgtcctcagtgcactttaatggtctttaatt
tgaccacagtgaggaacatactgacttaccattgctcattctcagactgt
cagactcagaccaacatcgtctagtcatgattagcagaagggactagata
ggtttaaaacctactctctataggattatgttatactaggggcaggaatt
aaaacattaatatttcattttaacttagtcagaatggctaagattaaaca
acaacaacaattggcaacaattgttcttagagacagtttgggggaaagga
agcttcattcaccattggttggattgcaaacaagcacaatcatgttggaa
ctcaatatggagaattatcagaaagtttaaaaaaatctatcatgtgattt
atctgtgcagtttttggcatgtgttctaaggatttgacagccatctacat
agatactggctgaggtgtgatctttgtcaccatttattgtattcaattag
atttttattatttcattcatttttatgagtgcgaatgttttgcctccagg
tatatatgtttactacacatatgccttgtgcctatggggttcagaaggga
ggatcggatctgctgaaacttgtgtgactaatagtgtgagctgcgatatt
tgctggaattgaacctggttcctcaacagagtaacagtactctgaccact
gggctatttctctaggcccaatcactctataatgatagctagatatgaaa
caatctatcaggtgtc
gaattcttaccaatatccaggaaactcgatgtgttaatgcatatacatat
acccataaacaaaatatgacagccacattccctctgtgtgactcttaata
tcaagagccttaaaatgttgtaaaaataaaaacaaaaacagaatttatct
ccctgaaatattttccagaaccactgagaaaaaaatgtatgtatgtcttt
caaattagcgaaacatttaattgatgtgaagtaatttaacgttacacaaa
tagaaatactgttactataagctttggatagcttcagaaaacattgattc
tggttatggtgctttgatttgactacttataataattctatatcctcaaa
ttcttgattagcaattatcttctgtcttaactaatactgaatactctact
tttcttttctagaacctttccattaaacaccttcttaagccatattcaaa
accctgagtcttgctgctcatgtttttgattccaaagttatttcctgatt
aagaagtcatctttagatagtgcatgtagcttgttgctttttaaaggttt
attttagtcaattataacttcttccaaaaaaaccttgttattcttaacta
ttaaggtactgtaatttattgcttaaacttctattgaacagtcatcaaac
tgcaattactcaagcaaacattttctgcctgttgttgtttgaactgaaat
gccccatagactcatgtgtttgaatgcttggctcataggctgtggcatta
tgagaaggcgtggcctttattagagttaggtgtggtctcaatggaggaaa
tgtgtcactgtggagacagactttgagatctcaaatgctcaaaccagttc
tcttcctgctgcctgccatctggatgtgcaaaactctgagttctttccca
gaaccatgtctgtctcacactgtcatgtgacccactatgatgataattga
ctaaactctaactgtcagcaattagatatttctttcacagcgttctgtgg
ttatgatgaatcttccagtaatagaatctaacaaagacagaagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_59766004_59767125
seq2: B6Ng01-099L18.b_48_1163

seq1  GAATTCTCACAGTGACTTGCCCTTACCTTGGCAACTGACTGATCTTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACAGTGACTTGCCCTTACCTTGGCAACTGACTGATCTTAAAA  50

seq1  CATCTCCCACTGTTGATATCACACATGATGATCAGGGTGTTCTTCTACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCACTGTTGATATCACACATGATGATCAGGGTGTTCTTCTACCT  100

seq1  CTCTGACATACTTCCCTTAACAAGGTCAGTTATACTGTTCAGAAACTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACATACTTCCCTTAACAAGGTCAGTTATACTGTTCAGAAACTAAG  150

seq1  ATCTATGTCAGAGTGTTCATCTTTACTGTAATGATGTCCAATCACACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATGTCAGAGTGTTCATCTTTACTGTAATGATGTCCAATCACACTCT  200

seq1  GGGGTCCTCTCACCATCCTGAACCACTCCAGCCCATTTGATGCTGGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCCTCTCACCATCCTGAACCACTCCAGCCCATTTGATGCTGGGAGA  250

seq1  TCTTATGAGACAGTTCCACCTATCCATCCTAGCCTGTATCTTTGTACAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGAGACAGTTCCACCTATCCATCCTAGCCTGTATCTTTGTACAGA  300

seq1  TAAAAACATGAAGTGTCCACAAATTTTAGAATCCTACCTTTTCAGCAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACATGAAGTGTCCACAAATTTTAGAATCCTACCTTTTCAGCAGAA  350

seq1  GGAGGGAATTTGCAGTGAATGTCCTCAGTGCACTTTAATGGTCTTTAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAATTTGCAGTGAATGTCCTCAGTGCACTTTAATGGTCTTTAATT  400

seq1  TGACCACAGTGAGGAACATACTGACTTACCATTGCTCATTCTCAGACTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACAGTGAGGAACATACTGACTTACCATTGCTCATTCTCAGACTGT  450

seq1  CAGACTCAGACCAACATCGTCTAGTCATGATTAGCAGAAGGGACTAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCAGACCAACATCGTCTAGTCATGATTAGCAGAAGGGACTAGATA  500

seq1  GGTTTAAAACCTACTCTCTATAGGATTATGTTATACTAGGGGCAGGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAAAACCTACTCTCTATAGGATTATGTTATACTAGGGGCAGGAATT  550

seq1  AAAACATTAATATTTCATTTTAACTTAGTCAGAATGGCTAAGATTAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTAATATTTCATTTTAACTTAGTCAGAATGGCTAAGATTAAACA  600

seq1  ACAACAACAATTGGCAACAATTGTTCTTAGAGACAGTTTGGGGGAAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAATTGGCAACAATTGTTCTTAGAGACAGTTTGGGGGAAAGGA  650

seq1  AGCTTCATTCACCATTGGTTGGATTGCAAACAAGCACAATCATGTTGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCATTCACCATTGGTTGGATTGCAAACAAGCACAATCATGTTGGAA  700

seq1  CTCAATATGGAGAATTATCAGAAAGTTTAAAAAAATCTATCATGTGATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATATGGAGAATTATCAGAAAGTTTAAAAAAATCTATCATGTGATTT  750

seq1  ATCTGTGCAGTTTTTGGCATGTGTTCTAAGGATTTGACAGCCATCTACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGCAGTTTTTGGCATGTGTTCTAAGGATTTGACAGCCATCTACAT  800

seq1  AGATACTGGCTGAGGTGTGATCTTTGTCACCATTTATTGTATTCAATTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTGGCTGAGGTGTGATCTTTGTCACCATTTATTGTATTCAATTAG  850

seq1  ATTTTTATTATTTCATTCATTTTTATGAGTGCGAATGTTTTGCCTCCAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATTATTTCATTCATTTTTATGAGTGCGAATGTTTTGCCTCCAGG  900

seq1  TATATATGTTTACTACACATATGCCTTGTGCCTATGGGGTTCAGAAGGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGTTTACTACACATATGCCTTGTGCCTATGGGGTTCAGAAGGGA  950

seq1  GGATCGGATCTGCTGAAACTTGTGTGACTAATAGGTGTGAGCTGCGATAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGATCGGATCTGCTGAAACTTGTGTGACTAATA-GTGTGAGCTGCGATAT  999

seq1  TTGCTGGGAATTGAACCTGGGTCCTCAACAAGAGTAACAAGTACTCTTGA  1050
      ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||
seq2  TTGCT-GGAATTGAACCTGGTTCCTCAAC-AGAGTAAC-AGTACTC-TGA  1045

seq1  CCACTGGGCTATTTCTCTA-GCCCCATCACTCTATTATTAATAGCTAGGA  1099
      ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || | ||||||| ||
seq2  CCACTGGGCTATTTCTCTAGGCCCAATCACTCTA-TAATGATAGCTA-GA  1093

seq1  TATGAAAACAATCTATCA-GTGTC  1122
      |||| ||||||||||||| |||||
seq2  TATG-AAACAATCTATCAGGTGTC  1116

seq1: chrX_59831934_59832991
seq2: B6Ng01-099L18.g_67_1111 (reverse)

seq1  AACTTCTGTCTTTGTTAGAATTTCTATTACTGTGAAGAATCATCATAACC  50
      |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  AACTTCTGTCTTTGTTAGA--TTCTATTACTG-GAAGATTCATCATAACC  47

seq1  ACAGAAACACTTGTGAAGGAAAATATCTAATTGGCTGACAGTTTAGAGGT  100
      |||| ||| | |||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||  
seq2  ACAG-AACGC-TGTGAAAG-AAATATCTAATT-GCTGACAG-TTAGAG--  90

seq1  TTTAGTCAATTATCATCATAGTGGGTCACATGACAGTGTGAAGACAGACA  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTAGTCAATTATCATCATAGTGGGTCACATGACAGTGTG-AGACAGACA  139

seq1  TGGTTCTGGGGAAAGAACTCAGAGTTTTGCACATCCAGATTGGCAGGCAG  200
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGTTCT-GGGAAAGAACTCAGAGTTTTGCACATCCAGA-TGGCAGGCAG  187

seq1  CAGGAAGAGAACTGGTTTGAGCATTTGAGATCTCAAAGTCTGTCTCCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGAGAACTGGTTTGAGCATTTGAGATCTCAAAGTCTGTCTCCACA  237

seq1  GTGACACATTTCCTCCATTGAGACCACACCTAACTCTAATAAAGGCCACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACATTTCCTCCATTGAGACCACACCTAACTCTAATAAAGGCCACG  287

seq1  CCTTCTCATAATGCCACAGCCTATGAGCCAAGCATTCAAACACATGAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCATAATGCCACAGCCTATGAGCCAAGCATTCAAACACATGAGTC  337

seq1  TATGGGGCATTTCAGTTCAAACAACAACAGGCAGAAAATGTTTGCTTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGGCATTTCAGTTCAAACAACAACAGGCAGAAAATGTTTGCTTGAG  387

seq1  TAATTGCAGTTTGATGACTGTTCAATAGAAGTTTAAGCAATAAATTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCAGTTTGATGACTGTTCAATAGAAGTTTAAGCAATAAATTACAG  437

seq1  TACCTTAATAGTTAAGAATAACAAGGTTTTTTTGGAAGAAGTTATAATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTAATAGTTAAGAATAACAAGGTTTTTTTGGAAGAAGTTATAATTG  487

seq1  ACTAAAATAAACCTTTAAAAAGCAACAAGCTACATGCACTATCTAAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAATAAACCTTTAAAAAGCAACAAGCTACATGCACTATCTAAAGAT  537

seq1  GACTTCTTAATCAGGAAATAACTTTGGAATCAAAAACATGAGCAGCAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTTAATCAGGAAATAACTTTGGAATCAAAAACATGAGCAGCAAGA  587

seq1  CTCAGGGTTTTGAATATGGCTTAAGAAGGTGTTTAATGGAAAGGTTCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGTTTTGAATATGGCTTAAGAAGGTGTTTAATGGAAAGGTTCTAG  637

seq1  AAAAGAAAAGTAGAGTATTCAGTATTAGTTAAGACAGAAGATAATTGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAAGTAGAGTATTCAGTATTAGTTAAGACAGAAGATAATTGCTA  687

seq1  ATCAAGAATTTGAGGATATAGAATTATTATAAGTAGTCAAATCAAAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAATTTGAGGATATAGAATTATTATAAGTAGTCAAATCAAAGCAC  737

seq1  CATAACCAGAATCAATGTTTTCTGAAGCTATCCAAAGCTTATAGTAACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACCAGAATCAATGTTTTCTGAAGCTATCCAAAGCTTATAGTAACAG  787

seq1  TATTTCTATTTGTGTAACGTTAAATTACTTCACATCAATTAAATGTTTCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTATTTGTGTAACGTTAAATTACTTCACATCAATTAAATGTTTCG  837

seq1  CTAATTTGAAAGACATACATACATTTTTTTCTCAGTGGTTCTGGAAAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTGAAAGACATACATACATTTTTTTCTCAGTGGTTCTGGAAAATA  887

seq1  TTTCAGGGAGATAAATTCTGTTTTTGTTTTTATTTTTACAACATTTTAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGGAGATAAATTCTGTTTTTGTTTTTATTTTTACAACATTTTAAG  937

seq1  GCTCTTGATATTAAGAGTCACACAGAGGGAATGTGGCTGTCATATTTTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGATATTAAGAGTCACACAGAGGGAATGTGGCTGTCATATTTTGT  987

seq1  TTATGGGTATATGTATATGCATTAACACATCGAGTTTCCTGGATATTGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGTATATGTATATGCATTAACACATCGAGTTTCCTGGATATTGGT  1037

seq1  AAGAATTC  1058
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1045