BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116D02
ChromosomeX (Build37)
Map Location 13,249,444 - 13,453,949
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCask
Upstream gene1810030O07Rik, Crsp2, LOC668987, LOC245350, Ppia-psx_132.1, Usp9x, LOC100043000, LOC100043002, LOC675380, Ddx3x, LOC385326, LOC634019, LOC668990, LOC100043947, LOC100043948, Nyx, LOC675416, Gpr34, Gpr82
Downstream geneLOC385327, EG385328
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116D02.bB6Ng01-116D02.g
ACCDH921251DH921252
length1,1761,083
definitionDH921251|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116D02, 5' end.DH921252|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116D02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,249,444 - 13,250,637)(13,452,858 - 13,453,949)
sequence
gaattcaatcatgcaaaacgtccatatttcaggtaccttcaacataatgg
tacctgaaatggtataaagggtatcaacattaatgtaagccctctgttga
gtctcactgacagctggagtatggtgcttttgcctagtgctttcttgatt
tgcagtctgagaattacttctctatttccttcttcagcaggtttctaagt
gcttcctaaaaattacatggtatgtccttcggaaaaagaaactaatttaa
cacaacccaaaataaaactacttttaggtccttgcacacactgtttcttc
tatgtgaaatatctccctgtcctcatacaattaccccctcattcaagatt
tccttcaggaaacccttagattctgtcttttactgatacttagcaccact
ctctatagcaatttgtttgtctgtctataaagatcatacccaacaactta
ttttacccttgtatacttgtagcactttaaaaaaatgttgcagctgacca
gacatggtggggtgggagtcacatttctataatatcagcacttgggttgg
tagagttaggaggtcaacctcagctatacagaaagttcaagaccagctgg
ggcaaacatcacaccctgtcttagaaaacaaaaatgaatcccccaagcca
aaccaaaaaccaagaaaaacaaacaaacaaaaaaagatcccgaaaaagac
agctctgtttctttcactggaactcagactaattccacttttaaaatctg
atacaaccaatcaaatgcaaaaggtccaacatgaaacgagaactgagacc
taggcacctacgcatctgctaacttccatttctgtgaagacctgagccac
tgtacttttggacatggggccacataaaaagagtgggggaggtgtcaatt
atgacagagggaaaaagcttagcagctctctagtttctgttacttgagct
ggtgggcagctggtcccatgatcctggccaacagtctgggtacagagtga
gcagttcctccatggctctactaaactgtacaatagggagcaatgatgcc
agctgttttaaagtcactatgttgacaatgtcagactcaacagtatgtga
ttaaatgtacttagtctcttcctgtatactttagagcccacacctctggg
tgagtagcaccatattggtagactat
gaattcagaatctgtgctctagactggattttccaaaagcagaccttgga
atggaatttgcaagcagtatctataagatgagtgtgaaggagtgtgatac
tggaacaaaggagaatttgctggctgctacacaggtctgtggagggctct
ggggcaagaactgcccaactgaacatgaatcagtctaaaacctccagcct
gaccagccatagactgtgagcttctaggaaggaccatgagagggagaggg
aactctgtagcacatgacctagtacaagaggactctctctaacaaaagca
gcccttgaaggggttcaccacccttcctgctgcgggtgaatttcagcagt
tcatgttggtttctaccatagtctaatgggaagaatataattttatcaca
ataggagggggagtataataaatatatgttcagattactacagaaacata
gggcagaactgaagcagagaaaggaccaaaaattgaggccaatcaatgta
ttattgtatagttggatgactatagaaacaataattcactcttccttatt
ttttaaattagaaaaagagacttatgtatcatcaacatcatcaccaccac
catcatgtatacatgcattaggaggagttccacatatgtggatgccagag
aacagcttctctccttccatgtttacattgattccaggggttgaattcaa
gttggcatacttagcacagcaaatatctttactgctgagccatctcaaca
acccagaaaaaagaattttttcagtattttcaccataaataaatgataaa
cattttctggagataaatgtgtttaacctgatttaacactatgcaatgta
tgcacatatgaaacatcatcatctgttatctcataaatatggaccatttt
gttttctgtatctgctaaaaataagttcactgaaaaacaaattagacttt
gaaagattctagggaggggttattcttccttaataaaaggtagagctaaa
ccacagtgcataaagaaaaaattagattttttcaagagcatccttaaact
tgaggatttctaacaatcacttatttggaatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_13249444_13250637
seq2: B6Ng01-116D02.b_48_1223

seq1  GAATTCAATCATGCAAAACGTCCATATTTCAGGTACCTTCAACATAATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCATGCAAAACGTCCATATTTCAGGTACCTTCAACATAATGG  50

seq1  TACCTGAAATGGTATAAAGGGTATCAACATTAATGTAAGCCCTCTGTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGAAATGGTATAAAGGGTATCAACATTAATGTAAGCCCTCTGTTGA  100

seq1  GTCTCACTGACAGCTGGAGTATGGTGCTTTTGCCTAGTGCTTTCTTGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACTGACAGCTGGAGTATGGTGCTTTTGCCTAGTGCTTTCTTGATT  150

seq1  TGCAGTCTGAGAATTACTTCTCTATTTCCTTCTTCAGCAGGTTTCTAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCTGAGAATTACTTCTCTATTTCCTTCTTCAGCAGGTTTCTAAGT  200

seq1  GCTTCCTAAAAATTACATGGTATGTCCTTCGGAAAAAGAAACTAATTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTAAAAATTACATGGTATGTCCTTCGGAAAAAGAAACTAATTTAA  250

seq1  CACAACCCAAAATAAAACTACTTTTAGGTCCTTGCACACACTGTTTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCCAAAATAAAACTACTTTTAGGTCCTTGCACACACTGTTTCTTC  300

seq1  TATGTGAAATATCTCCCTGTCCTCATACAATTACCCCCTCATTCAAGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAAATATCTCCCTGTCCTCATACAATTACCCCCTCATTCAAGATT  350

seq1  TCCTTCAGGAAACCCTTAGATTCTGTCTTTTACTGATACTTAGCACCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAGGAAACCCTTAGATTCTGTCTTTTACTGATACTTAGCACCACT  400

seq1  CTCTATAGCAATTTGTTTGTCTGTCTATAAAGATCATACCCAACAACTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAGCAATTTGTTTGTCTGTCTATAAAGATCATACCCAACAACTTA  450

seq1  TTTTACCCTTGTATACTTGTAGCACTTTAAAAAAATGTTGCAGCTGACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCCTTGTATACTTGTAGCACTTTAAAAAAATGTTGCAGCTGACCA  500

seq1  GACATGGTGGGGTGGGAGTCACATTTCTATAATATCAGCACTTGGGTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGTGGGGTGGGAGTCACATTTCTATAATATCAGCACTTGGGTTGG  550

seq1  TAGAGTTAGGAGGTCAACCTCAGCTATACAGAAAGTTCAAGACCAGCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTAGGAGGTCAACCTCAGCTATACAGAAAGTTCAAGACCAGCTGG  600

seq1  GGCAAACATCACACCCTGTCTTAGAAAACAAAAATGAATCCCCCAAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAACATCACACCCTGTCTTAGAAAACAAAAATGAATCCCCCAAGCCA  650

seq1  AACCAAAAACCAAGAAAAACAAACAAACAAAAAAAGATCCCGAAAAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAAACCAAGAAAAACAAACAAACAAAAAAAGATCCCGAAAAAGAC  700

seq1  AGCTCTGTTTCTTTCACTGGAACTCAGACTAATTCCACTTTTAAAATCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGTTTCTTTCACTGGAACTCAGACTAATTCCACTTTTAAAATCTG  750

seq1  ATACAACCAATCAAATGCAAAAGGTCCAACATGAAACGAGAACTGAGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACCAATCAAATGCAAAAGGTCCAACATGAAACGAGAACTGAGACC  800

seq1  TAGGCACCTACGCATCTGCTAACTTCCATTTCTGTGAAGACCTGAGCCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCACCTACGCATCTGCTAACTTCCATTTCTGTGAAGACCTGAGCCAC  850

seq1  TGTACTTTTGGACATGGGGCCACATAAAAAGAGTGGGGGAGGTGTCAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTTTGGACATGGGGCCACATAAAAAGAGTGGGGGAGGTGTCAATT  900

seq1  ATGACAGAGGGAAAAAGCTTAGCAGCTCTCTAGTTTCTGTTACTTGAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGAGGGAAAAAGCTTAGCAGCTCTCTAGTTTCTGTTACTTGAGCT  950

seq1  GGTGGGCAGCTGGTCCCATGATCCTGGCCAACAGTCTGGGTAACAGAGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  GGTGGGCAGCTGGTCCCATGATCCTGGCCAACAGTCTGGGT-ACAGA-GT  998

seq1  GAGCAGTTCCTCCATGGCTCTAACTAAACTGTACAATAGGGAGCAAATGA  1050
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGCAGTTCCTCCATGGCTCT-ACTAAACTGTACAATAGGGAGC-AATGA  1046

seq1  TGCCAGCTGTTGTTTAAAGTCACTTAGTGTTGACAAATGGTCAGACTCCA  1100
      ||||||||||  ||||||||||||   |||||||||   |||||||| ||
seq2  TGCCAGCTGT--TTTAAAGTCACT--ATGTTGACAA--TGTCAGACT-CA  1089

seq1  ACAGTATGTGATAAAAATGTTACTTAGTCTCTTTCCTG-ATACTTTTAGA  1149
      ||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||
seq2  ACAGTATGTGAT-TAAATG-TACTTAGTCTC-TTCCTGTATAC-TTTAGA  1135

seq1  GCTCACA-CTCTGGGTGAAGTAGGCAACCAAATATTTGTAGACTAT  1194
      || |||| ||||||||| |||||   |||  ||||| |||||||||
seq2  GCCCACACCTCTGGGTG-AGTAG--CACC--ATATTGGTAGACTAT  1176

seq1: chrX_13452858_13453949
seq2: B6Ng01-116D02.g_66_1148 (reverse)

seq1  ATATACCAAATAAAGTGAATTGTTAGAAATCCTCAAGTTAAAGGATGCTC  50
      |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATATTCCAAAT-AAGTG-ATTGTTAGAAATCCTCAAGTTTAAGGATGCTC  48

seq1  T--GAAAAATCTAAATTTTTCTTTATTGCACTGTGGGTTTAGCTCTACCT  98
      |   |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGAAAAAATCTAATTTTTTCTTTA-TGCACTGT-GGTTTAGCTCTACCT  96

seq1  TTTATTAAAGGGAAGAATAACCCCTCCCTAGAAATCTTTCAAAGTCTAAT  148
      ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAA--GGAAGAATAACCCCTCCCTAG-AATCTTTCAAAGTCTAAT  143

seq1  TTTGTTTTTTCAGTGAACTTATTTTTAGCAGATACAGAAAACAAAAATGG  198
      ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TT--GTTTTTCAGTGAACTTATTTTTAGCAGATACAGAAAAC-AAAATGG  190

seq1  TCCATATTTATGAGATAACAGATGATGATGTTTCAATATGTGCATACATT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCATATTTATGAGATAACAGATGATGATGTTTC-ATATGTGCATACATT  239

seq1  GCATAGTGTTTAAATCAGGTTAAACACATTTATCTCCAGAAAATGTTTAT  298
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGTG-TTAAATCAGGTTAAACACATTTATCTCCAGAAAATGTTTAT  288

seq1  CATTTATTTATGGTGAAAATACTG-AAAAATTCTTTTTTCTGGGTTGTTG  347
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTTATGGTGAAAATACTGAAAAAATTCTTTTTTCTGGGTTGTTG  338

seq1  AGATGGCTCAGCAGTAAAGATATTTGCTGTGCTAAGTATGCCAACTTGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTCAGCAGTAAAGATATTTGCTGTGCTAAGTATGCCAACTTGAA  388

seq1  TTCAACCCCTGGAATCAATGTAAACATGGAAGGAGAGAAGCTGTTCTCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACCCCTGGAATCAATGTAAACATGGAAGGAGAGAAGCTGTTCTCTG  438

seq1  GCATCCACATATGTGGAACTCCTCCTAATGCATGTATACATGATGGTGGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCACATATGTGGAACTCCTCCTAATGCATGTATACATGATGGTGGT  488

seq1  GGTGATGATGTTGATGATACATAAGTCTCTTTTTCTAATTTAAAAAATAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGATGTTGATGATACATAAGTCTCTTTTTCTAATTTAAAAAATAA  538

seq1  GGAAGAGTGAATTATTGTTTCTATAGTCATCCAACTATACAATAATACAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGTGAATTATTGTTTCTATAGTCATCCAACTATACAATAATACAT  588

seq1  TGATTGGCCTCAATTTTTGGTCCTTTCTCTGCTTCAGTTCTGCCCTATGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGCCTCAATTTTTGGTCCTTTCTCTGCTTCAGTTCTGCCCTATGT  638

seq1  TTCTGTAGTAATCTGAACATATATTTATTATACTCCCCCTCCTATTGTGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTAGTAATCTGAACATATATTTATTATACTCCCCCTCCTATTGTGA  688

seq1  TAAAATTATATTCTTCCCATTAGACTATGGTAGAAACCAACATGAACTGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTATATTCTTCCCATTAGACTATGGTAGAAACCAACATGAACTGC  738

seq1  TGAAATTCACCCGCAGCAGGAAGGGTGGTGAACCCCTTCAAGGGCTGCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTCACCCGCAGCAGGAAGGGTGGTGAACCCCTTCAAGGGCTGCTT  788

seq1  TTGTTAGAGAGAGTCCTCTTGTACTAGGTCATGTGCTACAGAGTTCCCTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAGAGAGAGTCCTCTTGTACTAGGTCATGTGCTACAGAGTTCCCTC  838

seq1  TCCCTCTCATGGTCCTTCCTAGAAGCTCACAGTCTATGGCTGGTCAGGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCATGGTCCTTCCTAGAAGCTCACAGTCTATGGCTGGTCAGGCT  888

seq1  GGAGGTTTTAGACTGATTCATGTTCAGTTGGGCAGTTCTTGCCCCAGAGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTTTTAGACTGATTCATGTTCAGTTGGGCAGTTCTTGCCCCAGAGC  938

seq1  CCTCCACAGACCTGTGTAGCAGCCAGCAAATTCTCCTTTGTTCCAGTATC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACAGACCTGTGTAGCAGCCAGCAAATTCTCCTTTGTTCCAGTATC  988

seq1  ACACTCCTTCACACTCATCTTATAGATACTGCTTGCAAATTCCATTCCAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCTTCACACTCATCTTATAGATACTGCTTGCAAATTCCATTCCAA  1038

seq1  GGTCTGCTTTTGGAAAATCCAGTCTAGAGCACAGATTCTGAATTC  1092
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGCTTTTGGAAAATCCAGTCTAGAGCACAGATTCTGAATTC  1083