BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129J01
ChromosomeX (Build37)
Map Location 157,223,965 - 157,340,080
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRs1, Gja6
Upstream geneSh3kbp1, LOC667524, Pdha1, LOC100041403, LOC100041416, LOC100041427, Gpr64, Phka2, Ppef1
Downstream geneScml2, LOC414364, Prkaca-ps1, Rai2, Gm47, Nhs
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129J01.bB6Ng01-129J01.g
ACCDH931114DH931115
length9781,004
definitionDH931114|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129J01, 5' end.DH931115|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129J01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(157,339,101 - 157,340,080)(157,223,965 - 157,224,981)
sequence
gaattctttattcaataaagccttttgagagtggtgcatatgtatttctt
ctccgagatcctctgagtgatctttggaactcttcattggggcatcttca
tttaagcaaactaaggtgggtgtggtggtttgtggaagccaaggcaattg
cagagtgtcctaggctctaggctagctcggactgcagtgtgagacacatc
cccatctcctgcccacaaaactcaatgcactgtaatcacagtttttggac
ttcaggttgaatgactgacactgttccaggaacagcatccttcatctcat
gtaacagaatccatgactttgagatatgcaaaaagaatgtacttaggttt
tttcccttcccttttaagggatgcactcttcatcattaagtatcttccca
ctccagggaactcaggggaatggagaacacaggaacaaatcatcaaagct
gcagtttataacatcttgttctgacagttggtacagtctcatttggaaaa
cccagtctcttagttaaatgatgagttctaggttttcttttagaagtaca
ttgtgaagattaatcagttatgtagtaatggggcacttgtgccttttgga
cactgcaaaagttctaaagcgtttgaatcagggcactccctagtcctgtt
tcacagtcattttcccatgtagcttgcttgttttagttacacatttaccc
tgagataattacagattggaacataatagtaaggaataatcgattcggca
ttccctcaccatgtttcaacagtaacctttttttgagatagggtctctct
atgtagccctatttggtttggaacttacattaaggaatttactatgtaga
taaagctggctttgattcaaagagattcactggactttgcccctgtagtg
taaggattaaagtgtgtacaaccatactggccaattcatgggtttttgtt
gggttggttggatttggggttttttgtc
gaattcacccaacatcctcttcatgggtcctccacatggaacatgtgcac
atttgtgcacttatatgcagcacacacacattataaacagcatagtagct
gtttataatggaattgctgggcaaaaacttgataagataatgtctgtggg
gctgaccagggtctgccctttgaagcttgcaagtactgcttgggggtaag
gtcttggccaccgagagggtgtacagctgtttatggtggaagctctctct
aggccacacttccttagaatccccagatggttttctgagggtgtccagag
ggctaactcatccttggtctcattcctcagtgaaaccatatcttcagtga
gctcagacatctacaaggtccctcctgctttagctgtggctatcacctat
tcttctggtgctgtatagatcatctaatattctagtcctggcagatgctg
ccagtagggtacgtggaggggaggagagacaagcacggggtgttagattt
ctcctatggtaaatccaaagagaaaacatgcaaagtcaaagaaagaaaca
accctattacagcctgctcctttttagctaggcaactatactctcctaag
tctacaactgtcacaacatgatttcactagatatttttgcatctcaaggc
aatattactatgatgcccattcacaagtgaggaaacgggtttagaaggca
ttaagaactaagctcactggcactgggtagccctttttcattcctaactg
cccattatagtcatctgtggttctggggccctactccagtcctatcccag
cagagtttctggagatgtgtcagagtactggtgtgcctgaagctccctgg
gtgactagatggaaagtgtcaaggtcaggagacccacagattagacagag
ataggatgacgcagagccagctggattataaagacatcaacttcttgggt
cattcagtgtgtctctctgtccttctctgcctcctgtctccttctctgcg
tgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_157339101_157340080
seq2: B6Ng01-129J01.b_48_1024 (reverse)

seq1  ACAAAAAAACCCAAAACCAACCAACCAAACAAAAAACCATGTATTTGGCC  50
      |||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||| | ||||||
seq2  ACAAAAAACCCCAAATCCAACCAACCCAACAAAAACCCATG-AATTGGCC  49

seq1  AGGTATGGTTGTACACACTTTTAATCCTTACACTACAGGGGCAAAGTCCA  100
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GTATGGTTGTACACAC-TTTAATCCTTACACTACAGGGGCAAAGTCCA  97

seq1  GTGAATCTCTTTGAATTCAAAGCCAGCTTTATCTACATAGTAAATTCCTT  150
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATCTCTTTGAA-TCAAAGCCAGCTTTATCTACATAGTAAATTCCTT  146

seq1  AATGTAAGTTCCAAACCAAATAGGGCTACATAGAGAGACCCTATCTC-AA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATGTAAGTTCCAAACCAAATAGGGCTACATAGAGAGACCCTATCTCAAA  196

seq1  AAAAGGTTACTGTTGAAACATGGTGAGGGAATGCCGAATCGATTATTCCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGTTACTGTTGAAACATGGTGAGGGAATGCCGAATCGATTATTCCT  246

seq1  TACTATTATGTTCCAATCTGTAATTATCTCAGGGTAAATGTGTAACTAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTATGTTCCAATCTGTAATTATCTCAGGGTAAATGTGTAACTAAA  296

seq1  ACAAGCAAGCTACATGGGAAAATGACTGTGAAACAGGACTAGGGAGTGCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAAGCTACATGGGAAAATGACTGTGAAACAGGACTAGGGAGTGCC  346

seq1  CTGATTCAAACGCTTTAGAACTTTTGCAGTGTCCAAAAGGCACAAGTGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCAAACGCTTTAGAACTTTTGCAGTGTCCAAAAGGCACAAGTGCC  396

seq1  CCATTACTACATAACTGATTAATCTTCACAATGTACTTCTAAAAGAAAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTACTACATAACTGATTAATCTTCACAATGTACTTCTAAAAGAAAAC  446

seq1  CTAGAACTCATCATTTAACTAAGAGACTGGGTTTTCCAAATGAGACTGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACTCATCATTTAACTAAGAGACTGGGTTTTCCAAATGAGACTGTA  496

seq1  CCAACTGTCAGAACAAGATGTTATAAACTGCAGCTTTGATGATTTGTTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTGTCAGAACAAGATGTTATAAACTGCAGCTTTGATGATTTGTTCC  546

seq1  TGTGTTCTCCATTCCCCTGAGTTCCCTGGAGTGGGAAGATACTTAATGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTCCATTCCCCTGAGTTCCCTGGAGTGGGAAGATACTTAATGAT  596

seq1  GAAGAGTGCATCCCTTAAAAGGGAAGGGAAAAAACCTAAGTACATTCTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTGCATCCCTTAAAAGGGAAGGGAAAAAACCTAAGTACATTCTTT  646

seq1  TTGCATATCTCAAAGTCATGGATTCTGTTACATGAGATGAAGGATGCTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATATCTCAAAGTCATGGATTCTGTTACATGAGATGAAGGATGCTGT  696

seq1  TCCTGGAACAGTGTCAGTCATTCAACCTGAAGTCCAAAAACTGTGATTAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAACAGTGTCAGTCATTCAACCTGAAGTCCAAAAACTGTGATTAC  746

seq1  AGTGCATTGAGTTTTGTGGGCAGGAGATGGGGATGTGTCTCACACTGCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATTGAGTTTTGTGGGCAGGAGATGGGGATGTGTCTCACACTGCAG  796

seq1  TCCGAGCTAGCCTAGAGCCTAGGACACTCTGCAATTGCCTTGGCTTCCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGAGCTAGCCTAGAGCCTAGGACACTCTGCAATTGCCTTGGCTTCCAC  846

seq1  AAACCACCACACCCACCTTAGTTTGCTTAAATGAAGATGCCCCAATGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACCACACCCACCTTAGTTTGCTTAAATGAAGATGCCCCAATGAAG  896

seq1  AGTTCCAAAGATCACTCAGAGGATCTCGGAGAAGAAATACATATGCACCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAAAGATCACTCAGAGGATCTCGGAGAAGAAATACATATGCACCA  946

seq1  CTCTCAAAAGGCTTTATTGAATAAAGAATTC  980
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAAAAGGCTTTATTGAATAAAGAATTC  977

seq1: chrX_157223965_157224981
seq2: B6Ng01-129J01.g_67_1070

seq1  GAATTCACCCAACATCCTCTTCATGGGTCCTCCACATGGAACATGTGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCAACATCCTCTTCATGGGTCCTCCACATGGAACATGTGCAC  50

seq1  ATTTGTGCACTTATATGCAGCACACACACATTATAAACAGCATAGTAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGCACTTATATGCAGCACACACACATTATAAACAGCATAGTAGCT  100

seq1  GTTTATAATGGAATTGCTGGGCAAAAACTTGATAAGATAATGTCTGTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATAATGGAATTGCTGGGCAAAAACTTGATAAGATAATGTCTGTGGG  150

seq1  GCTGACCAGGGTCTGCCCTTTGAAGCTTGCAAGTACTGCTTGGGGGTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCAGGGTCTGCCCTTTGAAGCTTGCAAGTACTGCTTGGGGGTAAG  200

seq1  GTCTTGGCCACCGAGAGGGTGTACAGCTGTTTATGGTGGAAGCTCTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGCCACCGAGAGGGTGTACAGCTGTTTATGGTGGAAGCTCTCTCT  250

seq1  AGGCCACACTTCCTTAGAATCCCCAGATGGTTTTCTGAGGGTGTCCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACACTTCCTTAGAATCCCCAGATGGTTTTCTGAGGGTGTCCAGAG  300

seq1  GGCTAACTCATCCTTGGTCTCATTCCTCAGTGAAACCATATCTTCAGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAACTCATCCTTGGTCTCATTCCTCAGTGAAACCATATCTTCAGTGA  350

seq1  GCTCAGACATCTACAAGGTCCCTCCTGCTTTAGCTGTGGCTATCACCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACATCTACAAGGTCCCTCCTGCTTTAGCTGTGGCTATCACCTAT  400

seq1  TCTTCTGGTGCTGTATAGATCATCTAATATTCTAGTCCTGGCAGATGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGTGCTGTATAGATCATCTAATATTCTAGTCCTGGCAGATGCTG  450

seq1  CCAGTAGGGTACGTGGAGGGGAGGAGAGACAAGCACGGGGTGTTAGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAGGGTACGTGGAGGGGAGGAGAGACAAGCACGGGGTGTTAGATTT  500

seq1  CTCCTATGGTAAATCCAAAGAGAAAACATGCAAAGTCAAAGAAAGAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATGGTAAATCCAAAGAGAAAACATGCAAAGTCAAAGAAAGAAACA  550

seq1  ACCCTATTACAGCCTGCTCCTTTTTAGCTAGGCAACTATACTCTCCTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTATTACAGCCTGCTCCTTTTTAGCTAGGCAACTATACTCTCCTAAG  600

seq1  TCTACAACTGTCACAACATGATTTCACTAGATATTTTTGCATCTCAAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAACTGTCACAACATGATTTCACTAGATATTTTTGCATCTCAAGGC  650

seq1  AATATTACTATGATGCCCATTCACAAGTGAGGAAACGGGTTTAGAAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTACTATGATGCCCATTCACAAGTGAGGAAACGGGTTTAGAAGGCA  700

seq1  TTAAGAACTAAGCTCACTGGCACTGGGTAGCCC-TTTTCATTCCTAACTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTAAGAACTAAGCTCACTGGCACTGGGTAGCCCTTTTTCATTCCTAACTG  750

seq1  CCCATTATAGTCATCTGTGGTTCTGGGGCCCTACTCCAGTCCTATCCCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTATAGTCATCTGTGGTTCTGGGGCCCTACTCCAGTCCTATCCCAG  800

seq1  CAGAGTTTCTGGAGAATGTGTCAGAGTACTGGTGTGCCTGAAGCTCCCTG  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTTCTGGAG-ATGTGTCAGAGTACTGGTGTGCCTGAAGCTCCCTG  849

seq1  GGTGACTAGATGGAAAGTGTCAAGGTCA-GAGACCCACAGAATTAGACAG  898
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| 
seq2  GGTGACTAGATGGAAAGTGTCAAGGTCAGGAGACCCACAG-ATTAGACA-  897

seq1  GAGATAGGATGACGCAGAGCCAGCTTGGATTATAAAGGACATCAAACTTC  948
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||
seq2  GAGATAGGATGACGCAGAGCCAGC-TGGATTATAAA-GACATC-AACTTC  944

seq1  TTTGGGTCATTCAGGTGTGTCTCTCTGTCTCTTTCTCTGCCTCTCTGTCT  998
       |||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||| |||  |
seq2  -TTGGGTCATTCA-GTGTGTCTCTCTG--TCCTTCTCTGCCTC-CTG--T  987

seq1  CTCTTTCTCTGCCTGTGTC  1017
      ||| ||||||||  |||||
seq2  CTCCTTCTCTGC--GTGTC  1004