BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132I09
ChromosomeX (Build37)
Map Location 159,602,103 - 159,750,308
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040610
Upstream geneReps2, LOC654358, LOC100041557, LOC667630, Rbbp7, 4932441K18Rik, LOC671250, Syap1, LOC100041607, Ctps2, S100g
Downstream geneEG637051, Grpr, 1700045I19Rik, Ap1s2, Zrsr2, Car5b, Siah1b, Tmem27, Ace2, Bmx, Pir
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132I09.bB6Ng01-132I09.g
ACCDH933304DH933305
length6761,108
definitionDH933304|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132I09, 5' end.DH933305|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132I09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(159,749,632 - 159,750,308)(159,602,103 - 159,603,229)
sequence
gaattctagaggatgtgatctgtaagttgaaagaatgagttgaaagaatg
attggagtctgacatgggccaccaacgattgatgtgacaccactagcact
gtcattttttgacaccaccagcctggcactcttctgcccacagaatgcat
tctggggcttcttcttttctcatcagttatctcaaggcaacacagttggg
ggcgaggggttgtggtttgtttggttgttgatgtttttgaacaggtttag
tgaggcagctccttgccacagaagcatggggacctgctcttggatcctca
aactttactgggatcctaagaacatacataaatctggataaaaatacagt
aacccatatgttcgtaatcctagcactcctaaggtaaaaatgtgatgcag
agacagcaacatccacagaaatatgcaagcctagcaacaaacaataatag
accctgtttcaaacaagatggaaggaaaggaccagcgcccaactcatgaa
cacacacatacacatacacatgcatgcacgcacgcgttggggtggggttt
gtagctctgaaaaaaagagactgccttcccagaatggtcagggaagacct
acgtttacacctagtagttgtaagaaggagaaatggaaaaaggaagcttg
gtgttatgacagggaagaacattatt
gaattcaaagccactatgcctcaagatctccataccaagatccaggtcag
aaacttctatctcccagtctccagattaggataactggtgagccttccaa
ttctggattgtagttcattccagatatagtcaagttgactataaccaaga
atagccactacaggaggattatcatgtttaccttaattcaagttagaaga
cctgcccactgtgggcaggaccattccctaggcagaggctcctggactgt
ataaatggagaaatggaactgaacagcagtaaacaggtactcataactct
gtcagtgattaggttgtgatgtgaccagctgcttcaagctcctgcttcct
taacttacctgacatggtagactgtcacctgaactgtgaggcagaagaaa
tctttcttcgcttaagctgcttttgtcagagtgatatgtcacagcaatgt
gaaaagaaactaagtgccatgtccagtgaggctggaacttgacctgactg
ggggtaggggcagcaagggaataaagaaagaacaggcacacatacacaca
gacagaaaagctggggtcaggtgggacatgtgcactctgatggagtgtca
ccatctatacaacaacccagaacctcagcttgcttattatgcacagcaca
gggggaaataaatagctagtttccacaagcaagtagtctcaggtttagtc
atcctggatgaggaagctgcatttgccaattttttgcacacattagtcaa
tcatttgtaaacactcatactcgcactcatatttgcaacattcattcatg
ggcccagagaagtttttgtcatacttctgagcctcatgagctccagggga
aaagggtctgaggtattgagtccttgacatttttgtacccatgtcaacaa
tacacattcactcactgcctcatccactcttatatagtcattcaaggctc
ttcagattcccaaagtaacagttggaaaagtatgatttaggtactgagtg
gggcggtggagagcactatggaccacacaggctggaaactttttcatgat
ttatgaataaacagtgatgctgtttagaaagattagttgaggatggagaa
ttcttatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_159749632_159750308
seq2: B6Ng01-132I09.b_48_723 (reverse)

seq1  AATAATGTTCTTCCCTGTCCTATGCACCAAGCTTCCTTTTTCCATTTCTA  50
      ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AATAATGTTCTTCCCTGTCATA-ACACCAAGCTTCCTTTTTCCATTTCTC  49

seq1  CTTCTTACAACTACTAGGTGTAAACGTAGGTCTTCCCTGACCATTCTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTACAACTACTAGGTGTAAACGTAGGTCTTCCCTGACCATTCTGGG  99

seq1  AAGGCAGTCTCTTTTTTTCAGAGCTACAAACCCCACCCCAACGCGTGCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGTCTCTTTTTTTCAGAGCTACAAACCCCACCCCAACGCGTGCGT  149

seq1  GCATGCATGTGTATGTGTATGTGTGTGTTCATGAGTTGGGCGCTGGTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATGTGTATGTGTATGTGTGTGTTCATGAGTTGGGCGCTGGTCCT  199

seq1  TTCCTTCCATCTTGTTTGAAACAGGGTCTATTATTGTTTGTTGCTAGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCATCTTGTTTGAAACAGGGTCTATTATTGTTTGTTGCTAGGCT  249

seq1  TGCATATTTCTGTGGATGTTGCTGTCTCTGCATCACATTTTTACCTTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATTTCTGTGGATGTTGCTGTCTCTGCATCACATTTTTACCTTAGG  299

seq1  AGTGCTAGGATTACGAACATATGGGTTACTGTATTTTTATCCAGATTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTAGGATTACGAACATATGGGTTACTGTATTTTTATCCAGATTTAT  349

seq1  GTATGTTCTTAGGATCCCAGTAAAGTTTGAGGATCCAAGAGCAGGTCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTTCTTAGGATCCCAGTAAAGTTTGAGGATCCAAGAGCAGGTCCCC  399

seq1  ATGCTTCTGTGGCAAGGAGCTGCCTCACTAAACCTGTTCAAAAACATCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCTGTGGCAAGGAGCTGCCTCACTAAACCTGTTCAAAAACATCAA  449

seq1  CAACCAAACAAACCACAACCCCTCGCCCCCAACTGTGTTGCCTTGAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAAACAAACCACAACCCCTCGCCCCCAACTGTGTTGCCTTGAGATA  499

seq1  ACTGATGAGAAAAGAAGAAGCCCCAGAATGCATTCTGTGGGCAGAAGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGAGAAAAGAAGAAGCCCCAGAATGCATTCTGTGGGCAGAAGAGT  549

seq1  GCCAGGCTGGTGGTGTCAAAAAATGACAGTGCTAGTGGTGTCACATCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCTGGTGGTGTCAAAAAATGACAGTGCTAGTGGTGTCACATCAAT  599

seq1  CGTTGGTGGCCCATGTCAGACTCCAATCATTCTTTCAACTCATTCTTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGGTGGCCCATGTCAGACTCCAATCATTCTTTCAACTCATTCTTTCA  649

seq1  ACTTACAGATCACATCCTCTAGAATTC  677
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAGATCACATCCTCTAGAATTC  676

seq1: chrX_159602103_159603229
seq2: B6Ng01-132I09.g_67_1174

seq1  GAATTCAAAGCCACTATGCCTCAAGATCTCCATACCAAGATCCAGGTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCCACTATGCCTCAAGATCTCCATACCAAGATCCAGGTCAG  50

seq1  AAACTTCTATCTCCCAGTCTCCAGATTAGGATAACTGGTGAGCCTTCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCTATCTCCCAGTCTCCAGATTAGGATAACTGGTGAGCCTTCCAA  100

seq1  TTCTGGATTGTAGTTCATTCCAGATATAGTCAAGTTGACTATAACCAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGATTGTAGTTCATTCCAGATATAGTCAAGTTGACTATAACCAAGA  150

seq1  ATAGCCACTACAGGAGGATTATCATGTTTACCTTAATTCAAGTTAGAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCACTACAGGAGGATTATCATGTTTACCTTAATTCAAGTTAGAAGA  200

seq1  CCTGCCCACTGTGGGCAGGACCATTCCCTAGGCAGAGGCTCCTGGACTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCACTGTGGGCAGGACCATTCCCTAGGCAGAGGCTCCTGGACTGT  250

seq1  ATAAATGGAGAAATGGAACTGAACAGCAGTAAACAGGTACTCATAACTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGGAGAAATGGAACTGAACAGCAGTAAACAGGTACTCATAACTCT  300

seq1  GTCAGTGATTAGGTTGTGATGTGACCAGCTGCTTCAAGCTCCTGCTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGATTAGGTTGTGATGTGACCAGCTGCTTCAAGCTCCTGCTTCCT  350

seq1  TAACTTACCTGACATGGTAGACTGTCACCTGAACTGTGAGGCAGAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTACCTGACATGGTAGACTGTCACCTGAACTGTGAGGCAGAAGAAA  400

seq1  TCTTTCTTCGCTTAAGCTGCTTTTGTCAGAGTGATATGTCACAGCAATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTCGCTTAAGCTGCTTTTGTCAGAGTGATATGTCACAGCAATGT  450

seq1  GAAAAGAAACTAAGTGCCATGTCCAGTGAGGCTGGAACTTGACCTGACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAACTAAGTGCCATGTCCAGTGAGGCTGGAACTTGACCTGACTG  500

seq1  GGGGTAGGGGCAGCAAGGGAATAAAGAAAGAACAGGCACACATACACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGGGGCAGCAAGGGAATAAAGAAAGAACAGGCACACATACACACA  550

seq1  GACAGAAAAGCTGGGGTCAGGTGGGACATGTGCACTCTGATGGAGTGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAAAGCTGGGGTCAGGTGGGACATGTGCACTCTGATGGAGTGTCA  600

seq1  CCATCTATACAACAACCCAGAACCTCAGCTTGCTTATTATGCACAGCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTATACAACAACCCAGAACCTCAGCTTGCTTATTATGCACAGCACA  650

seq1  -GGGGAAATAAATAGCTAGTTTCCACAAGCAAGTAGTCTCAGGTTTAGTC  699
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAAATAAATAGCTAGTTTCCACAAGCAAGTAGTCTCAGGTTTAGTC  700

seq1  ATCCTGGATGAGGAAGCTGCATTTGCCAATTTTTTGCACACATTAGTCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGATGAGGAAGCTGCATTTGCCAATTTTTTGCACACATTAGTCAA  750

seq1  TCATTTGTAAACACTCATACTCGCACTCATATTTGCAACATTCATTCATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTAAACACTCATACTCGCACTCATATTTGCAACATTCATTCATG  800

seq1  GCCCCAGAGAAGTTTTTGTCATACTTCTGAGCCTCATGAGCTCCAGGGGA  849
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGAGAAGTTTTTGTCATACTTCTGAGCCTCATGAGCTCCAGGGGA  850

seq1  AAAGGGTCTGAGGTATTGAGTCCTTGACATTTTTGTACCCATGTCAACAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTCTGAGGTATTGAGTCCTTGACATTTTTGTACCCATGTCAACAA  900

seq1  TACACATTCACTCACTGCCTCATCCACTCTTTATATAGTCATTCAAGGCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  TACACATTCACTCACTGCCTCATCCACTC-TTATATAGTCATTCAAGG-C  948

seq1  TCTTCAGATTCCCCAAAGTAACAGTTGGAAAAGGTATGATTTAGGTACTT  999
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  TCTTCAGATT-CCCAAAGTAACAGTTGGAAAA-GTATGATTTAGGTACT-  995

seq1  GAAGTGTGCCGGTGGAGAGCACTAATGGACCACACAGTCTGGAAACTTAT  1049
        |||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  |
seq2  -GAGTGGGGCGGTGGAGAGCACT-ATGGACCACACAGGCTGGAAACT--T  1041

seq1  TTCCATGAATTTAATGATTAAAACAGTGGAATTGCCTGTTTTAGAAGATT  1099
      || |||||  || |||| | ||||||||  ||   ||||||   ||||  
seq2  TTTCATGA--TTTATGAAT-AAACAGTG--AT--GCTGTTTAGAAAGA--  1082

seq1  TTAGTTGTAGGATGGAGAATTTCTTATT  1127
      ||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  TTAGTTG-AGGATGGAGAA-TTCTTATT  1108