BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134A23
ChromosomeX (Build37)
Map Location 165,711,208 - 165,847,982
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArhgap6, Hccs, LOC100040950, BC022960
Upstream geneFrmpd4, EG667822, EG637566, Msl31, Amelx
Downstream geneMid1, 4933400A11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134A23.bB6Ng01-134A23.g
ACCDH934451DH934452
length1,1811,124
definitionDH934451|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134A23, 5' end.DH934452|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134A23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(165,711,208 - 165,712,380)(165,846,849 - 165,847,982)
sequence
gaattcagtgaaggatcattttgaaccagttgggtttttgtttgtttgtt
tgtgctgttttcatttcaacacatggagtagtttgatgaagaagtctgtt
ttttttttccttgtgtttcccttttcaatataaaggaaagccttttccca
taagcttggtgccttgaggagtttaatcaagattacacatatgatcttgc
cctactgttaagcaagagtaactagcaaagcctatcacagtccaattcta
catctgatactatccctcccttcaggagacatgccttctaggatgtccca
gtaagaaggcatgaagtctgatgtggttaatttttttgtcaacttgacac
acattgtctttgggaaagaagaaaccactttgagaaaacatcctcaccag
attgacctatgggatggcctgtggggcatttttttgattaataattgatg
tggaaggggcttagtccaactggaaaaaaatgctacttctgggcaggtgg
gcctgaatgttattcccagccaggctaggaagacagtgagaaacactcct
ccatggctcctgcttcagtccctgcctctaagtgtcatctgtgaattcct
gccttaactttcttcagtgatgctgtaacctgagtgctgtatgccaaaat
aacccttttcctccaaaagttgaatttggtcatagtgttttatcacagca
atggatatatttctcatgaagctttttcactactagccctcctttcaata
aatatggcgttttcagatgtgttaacctttgtgataacttgttctaaagg
aaaatgggatgagtagggcaagcacactggattgcagatgcaagcacggg
aaagcacttgacatgtcccagtttgccttaattataagcagcacaaccag
aaacagacctcaaaagctgtggagtcagatacttcttagacagcaactca
acccctgtggggggggagcagacccattcatttactataatttagggact
taataaattgaacagaaatccagttaaaaaaaaaaaccctgctaggaaac
acttgtgtgcatactttccaagggtgaggcgacctaaggaatcaccactg
gtctttgaagctgcgtgtggcctcgcctagtttattaatcgggtttggct
tccctatgagagtccctaaatataatggcca
gaattcatatatatatgaatgaaatatatgagtacactgtaactatcttc
agacacaacagaagagggtattagatctcatacagatggttgtgagccac
catgtggttgctgggaattgaactcagaacccctggaatagcagtcagtg
cttgtaaccactgggccatctctccagctccccaaattgagtttttcatt
tgaccttgattcaatctagattaaagaatcatcttgggattggagactat
ttgaggttattagggaccttctatgtcataacaggcccaaatgaatgtta
tcagaaacagtactatgatcttatcaaattctgttttcttgtcattgtgg
gaacaatttgataaatgtcttgacctcctcttgatgcaagcaggccatat
cactgattttgttccacatgtgtatatcttgcactcttatgcataattct
taccactctcccacatatatcttcatatacattttccttatgcttggaaa
tgtaattgatgtaattgaattctgaagcatcaagtatagagtcaccatat
gaatggagcaggttgcctgaaagtgtgaatgtcataggatcttcctctat
actctatcaactttacttaccttatgtctttggtattccttggaatttca
aatattaatgcctaccttaatgtattgaatctagcttcatttaaatgatc
tcataagaacaagatttataagaaatttcctaaacagtttaggaactctg
actttgtgaaactacatataagagtatcctagagaatttgggaatgagaa
aagacttctctactattataggcatagcaaatagagacaatttaatcaaa
ggcataaccacttacaaatcaacaaacaactggcaccgtgcatttagcta
tggaagctataaatggtcatgtaattgtattcacccttacccattataca
cacactgattatgtgttaatgtgtttgattttgtttcaaaaacaaaatat
actgccagatgctctggtaacatgatgcttgccaaatgatgaacaatgtc
tggaggaaagaaaaaaccttagcagaatacaataaatattcccacttgga
aagcaaataatgcaaagaatataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_165711208_165712380
seq2: B6Ng01-134A23.b_39_1219

seq1  GAATTCAGTGAAGGATCATTTTGAACCAGTTGGGTTTTTGTTTGTTTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGAAGGATCATTTTGAACCAGTTGGGTTTTTGTTTGTTTGTT  50

seq1  TGTGCTGTTTTCATTTCAACACATGGAGTAGTTTGATGAAGAAGTCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTTTTCATTTCAACACATGGAGTAGTTTGATGAAGAAGTCTGTT  100

seq1  TTTTTTTTCCTTGTGTTTCCCTTTTCAATATAAAGGAAAGCCTTTTCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTCCTTGTGTTTCCCTTTTCAATATAAAGGAAAGCCTTTTCCCA  150

seq1  TAAGCTTGGTGCCTTGAGGAGTTTAATCAAGATTACACATATGATCTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTGGTGCCTTGAGGAGTTTAATCAAGATTACACATATGATCTTGC  200

seq1  CCTACTGTTAAGCAAGAGTAACTAGCAAAGCCTATCACAGTCCAATTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTGTTAAGCAAGAGTAACTAGCAAAGCCTATCACAGTCCAATTCTA  250

seq1  CATCTGATACTATCCCTCCCTTCAGGAGACATGCCTTCTAGGATGTCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGATACTATCCCTCCCTTCAGGAGACATGCCTTCTAGGATGTCCCA  300

seq1  GTAAGAAGGCATGAAGTCTGATGTGGTTAATTTTTTTGTCAACTTGACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAAGGCATGAAGTCTGATGTGGTTAATTTTTTTGTCAACTTGACAC  350

seq1  ACATTGTCTTTGGGAAAGAAGAAACCACTTTGAGAAAACATCCTCACCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTCTTTGGGAAAGAAGAAACCACTTTGAGAAAACATCCTCACCAG  400

seq1  ATTGACCTATGGGATGGCCTGTGGGGCATTTTTTTGATTAATAATTGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACCTATGGGATGGCCTGTGGGGCATTTTTTTGATTAATAATTGATG  450

seq1  TGGAAGGGGCTTAGTCCAACTGGAAAAAAATGCTACTTCTGGGCAGGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGGGCTTAGTCCAACTGGAAAAAAATGCTACTTCTGGGCAGGTGG  500

seq1  GCCTGAATGTTATTCCCAGCCAGGCTAGGAAGACAGTGAGAAACACTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAATGTTATTCCCAGCCAGGCTAGGAAGACAGTGAGAAACACTCCT  550

seq1  CCATGGCTCCTGCTTCAGTCCCTGCCTCTAAGTGTCATCTGTGAATTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCTCCTGCTTCAGTCCCTGCCTCTAAGTGTCATCTGTGAATTCCT  600

seq1  GCCTTAACTTTCTTCAGTGATGCTGTAACCTGAGTGCTGTATGCCAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAACTTTCTTCAGTGATGCTGTAACCTGAGTGCTGTATGCCAAAAT  650

seq1  AACCCTTTTCCTCCAAAAGTTGAATTTGGTCATAGTGTTTTATCACAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTTTCCTCCAAAAGTTGAATTTGGTCATAGTGTTTTATCACAGCA  700

seq1  ATGGATATATTTCTCATGAAGCTTTTTCACTACTAGCCCTCCTTTCAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATATATTTCTCATGAAGCTTTTTCACTACTAGCCCTCCTTTCAATA  750

seq1  AATATGGCGTTTTCAGATGTGTTAACCTTTGTGATAACTTGTTCTAAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGCGTTTTCAGATGTGTTAACCTTTGTGATAACTTGTTCTAAAGG  800

seq1  AAAATGGGATGAGTAGGGCAAGCACACTGGATTGCAGATGCAAGCACGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGGATGAGTAGGGCAAGCACACTGGATTGCAGATGCAAGCACGGG  850

seq1  AAAGCACTTGACATGTCCCAGTTTGCCTTAATTATAAGCAGCACAACCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACTTGACATGTCCCAGTTTGCCTTAATTATAAGCAGCACAACCAG  900

seq1  AAACAGACCTCAAAAGCTGTGGAGTCAGATACTTCTTAGACAGCAACTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAACAGACCTCAAAAGCTGTGGAGTCAGATACTTCTTAGACAGCAACTCA  950

seq1  ACCCCTGT-GAGAGTGAGCAGACACATTCATTTACTATTAATTTAGGGAC  999
      |||||||| | | | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACCCCTGTGGGGGGGGAGCAGACCCATTCATTTACTA-TAATTTAGGGAC  999

seq1  TTAATAAA-TGAACAGAAATCCAGTTTAAAAAAAAAAACCCTGCTAGGAA  1048
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAATTGAACAGAAATCCAG-TTAAAAAAAAAAACCCTGCTAGGAA  1048

seq1  ACACT--TGTGCATACCTTTCCAAGGGTGAGGC-AGCT-AGGTATCA-CA  1093
      |||||  |||||||| ||||||||||||||||| | || ||| |||| ||
seq2  ACACTTGTGTGCATA-CTTTCCAAGGGTGAGGCGACCTAAGGAATCACCA  1097

seq1  CTGTTCTTTGAAGCTGC-TGTTGCCT--GCTAGTTTATTTACTCGGGTTT  1140
      ||| ||||||||||||| ||| ||||   |||||||| ||| ||||||||
seq2  CTGGTCTTTGAAGCTGCGTGTGGCCTCGCCTAGTTTA-TTAATCGGGTTT  1146

seq1  TGCTTCCCTATGA-AGTCCCTAAAT-TAATGGCAA  1173
       |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |
seq2  GGCTTCCCTATGAGAGTCCCTAAATATAATGGCCA  1181

seq1: chrX_165846849_165847982
seq2: B6Ng01-134A23.g_67_1190 (reverse)

seq1  TTATATCTTTTGCATTATTTTGCTTT-CAAGTTGGAAATATTATTGTATC  49
      ||||||  ||||||||| |||||||| ||||| ||||   ||||||||| 
seq2  TTATATTCTTTGCATTA-TTTGCTTTCCAAGTGGGAATATTTATTGTATT  49

seq1  TTGCTTAAGTTTTTTTTCTCTCCTCCAAGACATTGTTCATCATTTTGGCC  99
       |||| | |  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |
seq2  CTGCTAAGG--TTTTTTCTTTCCTCC-AGACATTGTTCATCATTT--GGC  94

seq1  AAGCATCTGTTTACCCAGAGCATTCTGGCAGTATATTTTGTTTTTGAAAC  149
      |||||||   ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCATGTTA-CCAGAGCA-TCTGGCAGTATATTTTGTTTTTGAAAC  142

seq1  AAAATCAAAACACATTAACACATAATCAGTGGTGTGTATAATGGGTAAGG  199
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAAATC-AAACACATTAACACATAATCAGT-GTGTGTATAATGGGTAAGG  190

seq1  GTGAATACAATTACATGACCCATTTATAGCTTCCATAGCTAAATGCACGG  249
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATACAATTACATGA-CCATTTATAGCTTCCATAGCTAAATGCACGG  239

seq1  TGCCAGTTGTTTGTTGATTTGTAAGTGGTTATGCCTTTGATTAAATTGTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTTGTTTGTTGATTTGTAAGTGGTTATGCCTTTGATTAAATTGTC  289

seq1  TCTATTTGCTATGCCTATAATAGTAGAGAAGTCTTTTCTCATTCCCAAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTGCTATGCCTATAATAGTAGAGAAGTCTTTTCTCATTCCCAAAT  339

seq1  TCTCTAGGATACTCTTATATGTAGTTTCACAAAGTCAGAGTTCCTAAACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGGATACTCTTATATGTAGTTTCACAAAGTCAGAGTTCCTAAACT  389

seq1  GTTTAGGAAATTTCTTATAAATCTTGTTCTTATGAGATCATTTAAATGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGAAATTTCTTATAAATCTTGTTCTTATGAGATCATTTAAATGAA  439

seq1  GCTAGATTCAATACATTAAGGTAGGCATTAATATTTGAAATTCCAAGGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGATTCAATACATTAAGGTAGGCATTAATATTTGAAATTCCAAGGAA  489

seq1  TACCAAAGACATAAGGTAAGTAAAGTTGATAGAGTATAGAGGAAGATCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAGACATAAGGTAAGTAAAGTTGATAGAGTATAGAGGAAGATCCT  539

seq1  ATGACATTCACACTTTCAGGCAACCTGCTCCATTCATATGGTGACTCTAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATTCACACTTTCAGGCAACCTGCTCCATTCATATGGTGACTCTAT  589

seq1  ACTTGATGCTTCAGAATTCAATTACATCAATTACATTTCCAAGCATAAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATGCTTCAGAATTCAATTACATCAATTACATTTCCAAGCATAAGG  639

seq1  AAAATGTATATGAAGATATATGTGGGAGAGTGGTAAGAATTATGCATAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTATATGAAGATATATGTGGGAGAGTGGTAAGAATTATGCATAAG  689

seq1  AGTGCAAGATATACACATGTGGAACAAAATCAGTGATATGGCCTGCTTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAAGATATACACATGTGGAACAAAATCAGTGATATGGCCTGCTTGC  739

seq1  ATCAAGAGGAGGTCAAGACATTTATCAAATTGTTCCCACAATGACAAGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAGGAGGTCAAGACATTTATCAAATTGTTCCCACAATGACAAGAA  789

seq1  AACAGAATTTGATAAGATCATAGTACTGTTTCTGATAACATTCATTTGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATTTGATAAGATCATAGTACTGTTTCTGATAACATTCATTTGGG  839

seq1  CCTGTTATGACATAGAAGGTCCCTAATAACCTCAAATAGTCTCCAATCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTATGACATAGAAGGTCCCTAATAACCTCAAATAGTCTCCAATCCC  889

seq1  AAGATGATTCTTTAATCTAGATTGAATCAAGGTCAAATGAAAAACTCAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGATTCTTTAATCTAGATTGAATCAAGGTCAAATGAAAAACTCAAT  939

seq1  TTGGGGAGCTGGAGAGATGGCCCAGTGGTTACAAGCACTGACTGCTATTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGAGCTGGAGAGATGGCCCAGTGGTTACAAGCACTGACTGCTATTC  989

seq1  CAGGGGTTCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGTTCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCAT  1039

seq1  CTGTATGAGATCTAATACCCTCTTCTGTTGTGTCTGAAGATAGTTACAGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGAGATCTAATACCCTCTTCTGTTGTGTCTGAAGATAGTTACAGT  1089

seq1  GTACTCATATATTTCATTCATATATATATGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCATATATTTCATTCATATATATATGAATTC  1124