BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138I03
ChromosomeX (Build37)
Map Location 45,582,527 - 45,751,622
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUtp14a, LOC637576, Bcorl1
Upstream geneEG434775, LOC236775, LOC100040133, LOC100040145, EG624187, Smarca1, LOC676253, Ocrl, LOC270596, LOC665672, Apln, Xpnpep2, 1200013B08Rik, Zdhhc9
Downstream geneElf4, Aifm1, Rab33a, Suhw3, Slc25a14, Gpr119, Rbmx2, LOC665752, Gm595, EG637758, LOC100040295, Enox2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138I03.bB6Ng01-138I03.g
ACCDH937749DH937750
length1,0071,080
definitionDH937749|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138I03, 5' end.DH937750|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138I03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,582,527 - 45,583,553)(45,750,533 - 45,751,622)
sequence
gaattctttgatgatgtcactgaaacacataaatcagctcgataatccag
aatcttgtttctgtagttggataagttagagcttattcacgagtttgctg
tacatagatgccatccaaaacgttttgatatccttgttggtttttttttt
cattgttatggctcctgaatcaaagcaactgaatttgaaacaaactaaat
atcttttccttgaggattagtgcatctttctgggcttgataaacatgaca
agcaacattttctctcatctaaatcctgcaaatacatttttcacacacac
acacacacacacaaattcaaagttcaacaaaaggcccactatcctgaata
ccaatattgatacaggagtgatctcacacggacctcaccttgaaatgaaa
gtctgaaatagaagtgtaacacggctggtacatgggcatagataaccaat
tctttctggtattgtttaccaagctagcctcttccttctgttttcagtga
gattacactctacaaacaaccatataagcagaaggattatattaaggaac
caggtttcttactgttaatccattgagaaggcctagaagaaacaacacac
taataacaatgagaatacttgacacctaactcttggtctataaataacat
tccccacccaaagggaccaagattcttagtagaaaacactaattccaaag
ggtttagtcaacaagtaaaatgagcttgaaacttctttctttcccccaaa
agaaaataactgttcaaagaattatgggaacatattaaaaaggcatagga
gccagattaaaagggttccctctggggggggatgggagggtccctatggt
aatttgaatatcacaaaaacagactgaatgattaatgaagtagaaagtca
tagttcacatgactgaatgatgatgagacgctcctctcagggaaaactat
gattataaaagtggtttctcaggaagctcactagtggacctgatgtgctg
atgtccc
gaattccactgggagttattccccccaaggagtgcagcttgcttcctcca
ctgaaggtaccatcgccacccagtgccccttctggaccaatccagcagca
agaactgtctgttaatgtaaccttccaaagccactcccttcttagccatc
ttccaagacatgacgagctcaggctcccactgggaaggcaccagggaata
gcttttaaagtaacagcagagtgaggcaccttacgttgtggaggttagat
ctctgtacaccccacataaaatggaggccccgctgacagcctccacatct
tcagtacactgtactgcctaaatcacaaggacttccttccagaagcatct
gttgggcaggtgtctagtctactctgagtctagtcctatgctttgtatca
tagaaaataaaggaaggaggcccttctttctgtaaaaggaaggaacaggg
tctactttttgttaactactgtccctcctttgccggaactccagtgtctg
gcccctaagaagagcttaataaacatactaagagaagaacatactaagaa
acatactagggaagaggatgactaaggagaaaggagagaatcacaataaa
gtgagacagcaaagggcttgcttaagcagtgtgccaaaacatatgcactc
cgccgcccctgtccccctacccgcagtcacacaggattccactggagcag
gtcaagttcaccacattcctgtggctcccactaggaatcgccttcagagc
ccagcacattcctctaattctctccaccgcctgcaaagctttgtcgtgga
caggtgaacctgccaaagtagctggcatgagcaaagatgctaaagttgga
acaggcccatgcgtgacaaacacgtgggcggagtcacctgatggtatagc
attaatccatagtcctcaggtaggactaccatcaaatgagtgcctttatt
ttcttggattctgcttcatccccagcaaacttgcaagattttacccgttg
tgtgagaactcctggtgagcgtaaacattcctgtttcacatacaatgcac
aggacaataaacaagattgagccacgtgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_45582527_45583553
seq2: B6Ng01-138I03.b_46_1052

seq1  GAATTCTTTGATGATGTCACTGAAACACATAAATCAGCTCGATAATCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGATGATGTCACTGAAACACATAAATCAGCTCGATAATCCAG  50

seq1  AATCTTGTTTCTGTAGTTGGATAAGTTAGAGCTTATTCACGAGTTTGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGTTTCTGTAGTTGGATAAGTTAGAGCTTATTCACGAGTTTGCTG  100

seq1  TACATAGATGCCATCCAAAACGTTTTGATATCCTTGTTGGTTTTTTTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGATGCCATCCAAAACGTTTTGATATCCTTGTTGGTTTTTTTTTT  150

seq1  CATTGTTATGGCTCCTGAATCAAAGCAACTGAATTTGAAACAAACTAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTATGGCTCCTGAATCAAAGCAACTGAATTTGAAACAAACTAAAT  200

seq1  ATCTTTTCCTTGAGGATTAGTGCATCTTTCTGGGCTTGATAAACATGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTCCTTGAGGATTAGTGCATCTTTCTGGGCTTGATAAACATGACA  250

seq1  AGCAACATTTTCTCTCATCTAAATCCTGCAAATACATTTTTCACACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACATTTTCTCTCATCTAAATCCTGCAAATACATTTTTCACACACAC  300

seq1  ACACACACACACAAATTCAAAGTTCAACAAAAGGCCCACTATCCTGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACAAATTCAAAGTTCAACAAAAGGCCCACTATCCTGAATA  350

seq1  CCAATATTGATACAGGAGTGATCTCACACGGACCTCACCTTGAAATGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATTGATACAGGAGTGATCTCACACGGACCTCACCTTGAAATGAAA  400

seq1  GTCTGAAATAGAAGTGTAACACGGCTGGTACATGGGCATAGATAACCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAATAGAAGTGTAACACGGCTGGTACATGGGCATAGATAACCAAT  450

seq1  TCTTTCTGGTATTGTTTACCAAGCTAGCCTCTTCCTTCTGTTTTCAGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGGTATTGTTTACCAAGCTAGCCTCTTCCTTCTGTTTTCAGTGA  500

seq1  GATTACACTCTACAAACAACCATATAAGCAGAAGGATTATATTAAGGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACACTCTACAAACAACCATATAAGCAGAAGGATTATATTAAGGAAC  550

seq1  CAGGTTTCTTACTGTTAATCCATTGAGAAGGCCTAGAAGAAACAACACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTCTTACTGTTAATCCATTGAGAAGGCCTAGAAGAAACAACACAC  600

seq1  TAATAACAATGAGAATACTTGACACCTAACTCTTGGTCTATAAATAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAACAATGAGAATACTTGACACCTAACTCTTGGTCTATAAATAACAT  650

seq1  TCCCCACCCAAAGGGACCAAGATTCTTAGTAGAAAACACTAATTCCAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCCAAAGGGACCAAGATTCTTAGTAGAAAACACTAATTCCAAAG  700

seq1  GGTTTAGTCAACAAGTAAAATGAGCTTGAAACTTCTTTCTTTCCCCCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAGTCAACAAGTAAAATGAGCTTGAAACTTCTTTCTTTCCCCCAAA  750

seq1  AGAAAATAACTGTTCAAAGAATTATGGGAACATATTAAAAAGGCATAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATAACTGTTCAAAGAATTATGGGAACATATTAAAAAGGCATAGGA  800

seq1  GCCAGATTAAAAGGGTTCCCTCTGGGGGGGGATGGGAGGGGTCCCTATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCCAGATTAAAAGGGTTCCCTCTGGGGGGGGATGGGA-GGGTCCCTATGG  849

seq1  TAAATTTGAATATCACAAAAACAGACTGAAAATGATTAAATGAAGTAGAA  900
      | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||
seq2  T-AATTTGAATATCACAAAAACAGACTG--AATGATT-AATGAAGTAGAA  895

seq1  AGCCATAAGTTCACATTGACATGAATGAATGATGAGACGCTTCCCTAGCA  950
      || ||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||  |||  ||
seq2  AGTCAT-AGTTCACA-TGAC-TGAATG-ATGATGAGACGCT--CCTCTCA  939

seq1  GGGGAGATACCATGATTATAAAAGTGGTTTTCTCAAGGTGAAGCTCACAT  1000
      |||   | || |||||||||||||||| |||||||    ||||||||| |
seq2  GGG--AAAACTATGATTATAAAAGTGG-TTTCTCA---GGAAGCTCAC-T  982

seq1  ATTGAACCCTGGATGTGCTGTTGTCCC  1027
      | || |||   ||||||||| ||||||
seq2  AGTGGACC--TGATGTGCTGATGTCCC  1007

seq1: chrX_45750533_45751622
seq2: B6Ng01-138I03.g_69_1148 (reverse)

seq1  GTCACGTGTGCTCCAATCCTTGTTTTATTGGTCCTGGTGCATTTGTATGT  50
      |||||||| ||| |||| |||| |||||| ||||| ||||| ||||||||
seq2  GTCACGTG-GCT-CAAT-CTTG-TTTATT-GTCCT-GTGCA-TTGTATGT  43

seq1  G-AACAGGAATGTTTACGCTCA-CAGGAGTTTCTCACACAACGGGTAAAA  98
      | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGGAATGTTTACGCTCACCAGGAG-TTCTCACACAACGGGTAAAA  92

seq1  TCTTGCAAGTTTGCTGGGGATGAAGGCAGAATCCAAGAAAATAAAGGCCA  148
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTTGCAAGTTTGCTGGGGATGAA-GCAGAATCCAAGAAAATAAAGG-CA  140

seq1  CTCATTTTGATGGTAGTCCTATCTGAGGACTATGGATTAATGCTATACCA  198
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCA-TTTGATGGTAGTCCTACCTGAGGACTATGGATTAATGCTATACCA  189

seq1  TCAGGTGACTCCGCCCACGTGTTTGTCACGCATGGGCCTGTTCCAACTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGACTCCGCCCACGTGTTTGTCACGCATGGGCCTGTTCCAACTTT  239

seq1  AGCATCTTTGCTCATGCCAGCTAACTTTGGCAGGTTCACCTGTCCACGAC  298
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTTTGCTCATGCCAGCT-ACTTTGGCAGGTTCACCTGTCCACGAC  288

seq1  AAAGCTTTGCAGGCGGTGGAGAGAATTAGAGGAATGTGCTGGGCTCTGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTTGCAGGCGGTGGAGAGAATTAGAGGAATGTGCTGGGCTCTGAA  338

seq1  GGCGATTCCTAGTGGGAGCCACAGGAATGTGGTGAACTTGACCTGCTCCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGATTCCTAGTGGGAGCCACAGGAATGTGGTGAACTTGACCTGCTCCA  388

seq1  GTGGAATCCTGTGTGACTGCGGGTAGGGGGACAGGGGCGGCGGAGTGCAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATCCTGTGTGACTGCGGGTAGGGGGACAGGGGCGGCGGAGTGCAT  438

seq1  ATGTTTTGGCACACTGCTTAAGCAAGCCCTTTGCTGTCTCACTTTATTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTGGCACACTGCTTAAGCAAGCCCTTTGCTGTCTCACTTTATTGT  488

seq1  GATTCTCTCCTTTCTCCTTAGTCATCCTCTTCCCTAGTATGTTTCTTAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCTCCTTTCTCCTTAGTCATCCTCTTCCCTAGTATGTTTCTTAGT  538

seq1  ATGTTCTTCTCTTAGTATGTTTATTAAGCTCTTCTTAGGGGCCAGACACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTTCTCTTAGTATGTTTATTAAGCTCTTCTTAGGGGCCAGACACT  588

seq1  GGAGTTCCGGCAAAGGAGGGACAGTAGTTAACAAAAAGTAGACCCTGTTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTCCGGCAAAGGAGGGACAGTAGTTAACAAAAAGTAGACCCTGTTC  638

seq1  CTTCCTTTTACAGAAAGAAGGGCCTCCTTCCTTTATTTTCTATGATACAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTTACAGAAAGAAGGGCCTCCTTCCTTTATTTTCTATGATACAA  688

seq1  AGCATAGGACTAGACTCAGAGTAGACTAGACACCTGCCCAACAGATGCTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGGACTAGACTCAGAGTAGACTAGACACCTGCCCAACAGATGCTT  738

seq1  CTGGAAGGAAGTCCTTGTGATTTAGGCAGTACAGTGTACTGAAGATGTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGGAAGTCCTTGTGATTTAGGCAGTACAGTGTACTGAAGATGTGG  788

seq1  AGGCTGTCAGCGGGGCCTCCATTTTATGTGGGGTGTACAGAGATCTAACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTCAGCGGGGCCTCCATTTTATGTGGGGTGTACAGAGATCTAACC  838

seq1  TCCACAACGTAAGGTGCCTCACTCTGCTGTTACTTTAAAAGCTATTCCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAACGTAAGGTGCCTCACTCTGCTGTTACTTTAAAAGCTATTCCCT  888

seq1  GGTGCCTTCCCAGTGGGAGCCTGAGCTCGTCATGTCTTGGAAGATGGCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTTCCCAGTGGGAGCCTGAGCTCGTCATGTCTTGGAAGATGGCTA  938

seq1  AGAAGGGAGTGGCTTTGGAAGGTTACATTAACAGACAGTTCTTGCTGCTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGAGTGGCTTTGGAAGGTTACATTAACAGACAGTTCTTGCTGCTG  988

seq1  GATTGGTCCAGAAGGGGCACTGGGTGGCGATGGTACCTTCAGTGGAGGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGTCCAGAAGGGGCACTGGGTGGCGATGGTACCTTCAGTGGAGGAA  1038

seq1  GCAAGCTGCACTCCTTGGGGGGAATAACTCCCAGTGGAATTC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTGCACTCCTTGGGGGGAATAACTCCCAGTGGAATTC  1080