BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-148H17
ChromosomeX (Build37)
Map Location 152,035,194 - 152,209,486
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtchd1
Upstream geneLOC100040899, LOC667331, LOC100040925, LOC100040937, Magea6, Magea3, LOC626034, Magea8, Magea2, Magea5, Magea1, 1700042B14Rik, LOC245676, Amd-ps1, LOC667369, Sat1, Acot9, LOC667383, Prdx4, LOC667394
Downstream gene4930503H13Rik, LOC640803
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-148H17.bB6Ng01-148H17.g
ACCDH945080DH945081
length1,1961,160
definitionDH945080|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148H17, 5' end.DH945081|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148H17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,035,194 - 152,036,417)(152,208,314 - 152,209,486)
sequence
gaattcttgttttaggattggcttgtaaggaaacataaactcaaacaatg
ttcagtaatgtgtaatgcctttggaatgtgctttttagtgtcctgaaaac
actaaactattccaaaaccaccaccaccatgtcttggatattcagttatg
gttatgtagtaaagaaactcatcactgagaataaagttagaatcttttca
tgtccaatctttccatatttccataagcaactaatatttttttccaggta
gtcttgagaagttcattgatatatacatctcacaatgctactaattaaat
ttcttcctctttgggggaatatctctactatatttctttaaagagcaaag
ttaagaatatggtagttctagggtatgttgatgcctcggctatatcataa
ctccttaagaagggcttacgtctgcatcttgccagggattgaaaactgta
gaatgatattattacacatctttctcttgctgataataaaagcagctatc
tctttgactttcacttattttaaaaaagaagacaaaaagcaacaacaaca
acaacaacaacaacaacaacaacaaaaaaccccctcaagtttagcaatat
acttagaagtttctttgaatccttctggaacatctcagtaggtctcaggc
ttcagtgttctccgttgacagcaaatgctggcgggttgcctaagttggat
aagagtccctatctttacatttctgtatttctgctgttatggcagtaggt
gtgtgggagagacagctgatgtgttcactggattctttcccaggcagtga
tgtgtctggggagtatgtgctggtggagacaattctctatgcatcatttg
tgctgccagtacaggtgttgaaagtctccatggtggcagtgtgttggact
tcagtaaaactgagtggatttgtctgccaagatttgggctacctttctct
tgttggtattcatcatgttggatgctttgtactcttccaccctatgacag
ggtcactgataaaggttacggcatgtgttatactttattactgagtataa
cttgttatggtcaagtatacatgcctgatgtacaggctatgttttacttc
acagaatccctaacaggtttcttcggatcaaaataaatcctgtagagaat
tgacctttagtcttgcagttcaactgtccaattcggattttttttt
gaattctctcaagaagaccattagtcatagagtaaagaaaacagattaag
tggtgggagaaacccgatctgttgtttagtttcaagggggtccttggcca
ttcctataagaccatattagactagagatgtccttacagaattatccaga
tccaaattaagagaccaaactttgtacctgtacattttacccccatatca
ataaacaatgactatccataaaagaagtgtgcaactttagttgagccaag
acctttatccaactgcaatgtcttgagatgaagtaagatgtggactacca
gcaaggaccagcaacagtggtggagagtgatcatttcagctctggaggga
aaaatctgaaataggagctcaggattatctacagtcagtttctggaaccc
ctttggtgaagtaaggcagagaaaagtggagcagagttgaaagaacaaga
ggtcagaggattaagagatgtgagagaagacttgttctgtcagtgtaaga
gctttgaaaaatcaaactcttcacattcttcataccttacagtatattta
gactgttctatagtagaaaatgtctctataaatgcaaataaaccaatact
taggtaggagttataagaagaaagcagcacagactcagcatcagtgtgac
catgccaaaggacacaaagggaagatgatgttcagtaaacacatcaggcc
actgagccatcctctttcctaccatacccacagcagggagattcactttg
caggctaaaccttggtcctggattctgttttaacaaagagagaagtattt
tccttatggcacccctttcgacccactttcaaaatgttataggtgaagta
gggcaaccatttcataactcaagagaaatggggtatttttaagtttttac
cactttgtacattccacccttttcagaaagaagatattaaattttaaagc
ttgagtataatttagccaaaacttgctctaaagttaaggcagctttccca
agcagcttgaactatcaaatgagaaagcaattgccttttccaagggatac
tttgtacataagttcttaatacactttatatagttttaaaccccatataa
gagctaccaggtttatcatctacatgtactgccaatcacttataaacact
ggctattatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_152035194_152036417
seq2: B6Ng01-148H17.b_47_1242

seq1  GAATTCTTGTTTTAGGATTGGCTTGTAAGGAAACATAAACTCAAACAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTTTAGGATTGGCTTGTAAGGAAACATAAACTCAAACAATG  50

seq1  TTCAGTAATGTGTAATGCCTTTGGAATGTGCTTTTTAGTGTCCTGAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTAATGTGTAATGCCTTTGGAATGTGCTTTTTAGTGTCCTGAAAAC  100

seq1  ACTAAACTATTCCAAAACCACCACCACCATGTCTTGGATATTCAGTTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACTATTCCAAAACCACCACCACCATGTCTTGGATATTCAGTTATG  150

seq1  GTTATGTAGTAAAGAAACTCATCACTGAGAATAAAGTTAGAATCTTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTAGTAAAGAAACTCATCACTGAGAATAAAGTTAGAATCTTTTCA  200

seq1  TGTCCAATCTTTCCATATTTCCATAAGCAACTAATATTTTTTTCCAGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAATCTTTCCATATTTCCATAAGCAACTAATATTTTTTTCCAGGTA  250

seq1  GTCTTGAGAAGTTCATTGATATATACATCTCACAATGCTACTAATTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGAGAAGTTCATTGATATATACATCTCACAATGCTACTAATTAAAT  300

seq1  TTCTTCCTCTTTGGGGGAATATCTCTACTATATTTCTTTAAAGAGCAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTCTTTGGGGGAATATCTCTACTATATTTCTTTAAAGAGCAAAG  350

seq1  TTAAGAATATGGTAGTTCTAGGGTATGTTGATGCCTCGGCTATATCATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAATATGGTAGTTCTAGGGTATGTTGATGCCTCGGCTATATCATAA  400

seq1  CTCCTTAAGAAGGGCTTACGTCTGCATCTTGCCAGGGATTGAAAACTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTAAGAAGGGCTTACGTCTGCATCTTGCCAGGGATTGAAAACTGTA  450

seq1  GAATGATATTATTACACATCTTTCTCTTGCTGATAATAAAAGCAGCTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATATTATTACACATCTTTCTCTTGCTGATAATAAAAGCAGCTATC  500

seq1  TCTTTGACTTTCACTTATTTTAAAAAAGAAGACAAAAAGCAACAACAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGACTTTCACTTATTTTAAAAAAGAAGACAAAAAGCAACAACAACA  550

seq1  ACAACAACAACAACAACAACAACAAAAAACCCCCTCAAGTTTAGCAATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAACAACAACAACAACAAAAAACCCCCTCAAGTTTAGCAATAT  600

seq1  ACTTAGAAGTTTCTTTGAATCCTTCTGGAACATCTCAGTAGGTCTCAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAAGTTTCTTTGAATCCTTCTGGAACATCTCAGTAGGTCTCAGGC  650

seq1  TTCAGTGTTCTCCGTTGACAGCAAATGCTGGCGGGTTGCCTAAGTTGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGTTCTCCGTTGACAGCAAATGCTGGCGGGTTGCCTAAGTTGGAT  700

seq1  AAGAGTCCCTATCTTTACATTTCTGTATTTCTGCTGTTATGGCAGTAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCCCTATCTTTACATTTCTGTATTTCTGCTGTTATGGCAGTAGGT  750

seq1  GTGTGGGAGAGACAGCTGATGTGTTCACTGGATTCTTTCCCAGGCAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGAGAGACAGCTGATGTGTTCACTGGATTCTTTCCCAGGCAGTGA  800

seq1  TGTGTCTGGGGAGTATGTGCTGGTGGAGACAAATTCTCTATGCATCATTT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGGGGAGTATGTGCTGGTGGAGAC-AATTCTCTATGCATCATTT  849

seq1  GTGCTGCCAGTACAGGTGTTGAAAGTCTCCATGGTGGCAGTGTGTTGGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCCAGTACAGGTGTTGAAAGTCTCCATGGTGGCAGTGTGTTGGAC  899

seq1  TTCAGTAAAACTGAGTGGATTTGTCTGCCAAGATTTGGGCTACCTTTCTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTCAGTAAAACTGAGTGGATTTGTCTGCCAAGATTTGGGCTACCTTTC-T  948

seq1  CTTGTTGGTATTCATCATTGTTGGATGCTTTGTACTCTTCCACCCTATTG  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTGTTGGTATTCATCA-TGTTGGATGCTTTGTACTCTTCCACCCTA-TG  996

seq1  ACAGGGTCACTGATTAAAGGGTACCGGCATGTG-TATACCTTTTATTACT  1049
      ||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||  |||||||||
seq2  ACAGGGTCACTGA-TAAAGGTTA-CGGCATGTGTTATAC--TTTATTACT  1042

seq1  GAAGTATAACTTGTATATGGTAAAGTATACATGCCTTGAATGTACAGCTT  1099
      | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||   ||||||||  |
seq2  G-AGTATAACTTGT-TATGGTCAAGTATACATGCCT--GATGTACAGGCT  1088

seq1  ATGTATTATCTACACAGATACCCATAACAGTATCCTTCAGATCAAAATAT  1149
      |||| ||| || |||||| | || ||||||  | |||| |||||||||  
seq2  ATGTTTTA-CTTCACAGA-ATCCCTAACAGGTTTCTTCGGATCAAAAT--  1134

seq1  AAAATACCTGTAGCACCAATTGACCTTTTATGTCCCTTTGCAGTTCATAC  1199
       |||| |||||||    |||||||||||   |||   |||||||||| ||
seq2  -AAAT-CCTGTAG--AGAATTGACCTTT--AGTC---TTGCAGTTCA-AC  1174

seq1  TGTCACCAATTCTAGATTTTTTTTT  1224
      |||  |||||||  |||||||||||
seq2  TGT--CCAATTC-GGATTTTTTTTT  1196

seq1: chrX_152208314_152209486
seq2: B6Ng01-148H17.g_69_1228 (reverse)

seq1  GATAATAGGCCAGTTGTTTGTAAATAAGTGATTGGCAGTGACTGATAGGA  50
      ||||||| ||||| |||||    |||||||||||||||| ||   || ||
seq2  GATAATA-GCCAG-TGTTT----ATAAGTGATTGGCAGT-ACATGTA-GA  42

seq1  TGATAAAACTGGTAGGTTTCTAATATGGTGTTTAAAACTTATTAAAGTGG  100
      ||||||| |||||||   ||| |||||| ||||||||||   ||||||| 
seq2  TGATAAACCTGGTAG--CTCTTATATGGGGTTTAAAACTATATAAAGTGT  90

seq1  TATAAGAACTTTATGTACAAGATAATCCCTTGGAAAAGCCA--TGCTTTC  148
        ||||||| |||||||||| |  |||||||||||||| ||  |||||||
seq2  ATTAAGAAC-TTATGTACAA-AGTATCCCTTGGAAAAGGCAATTGCTTTC  138

seq1  TCATTTGGATAGTCCAGCCTGCTTGGGAAAGCTGCCTTAACTTTAGAGAC  198
      |||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCATTT-GATAGTTCAAGCTGCTTGGGAAAGCTGCCTTAACTTTAGAG-C  186

seq1  AAGTTTTGGCTAAA-TATACTCAAGCTTTAAAATTTAAATTTCTTTCTTT  247
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||   ||
seq2  AAGTTTTGGCTAAATTATACTCAAGCTTTAAAATTT-AATATCTT--CTT  233

seq1  TCTGAAAAGGGT-GAATGTTACAAAGTGGTAAAAAACTTAAAAATACCCC  296
      |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAAGGGTGGAATG-TACAAAGTGGT-AAAAACTTAAAAATACCCC  281

seq1  ATTTCTCTTGAGTTATGAAATGGTTGCCCTACTTCACCTATAACATTTTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCTTGAGTTATGAAATGGTTGCCCTACTTCACCTATAACATTTTG  331

seq1  AAAGTGGGTCG-AAGGGGTGCCATAAGG-AAATACTTCTCTCTTTGTTAA  394
      ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGGTCGAAAGGGGTGCCATAAGGAAAATACTTCTCTCTTTGTTAA  381

seq1  AACAGAATCCAGGACCAAGGTTTAGCCTGCAAAGTGAATCTCCCTGCTGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATCCAGGACCAAGGTTTAGCCTGCAAAGTGAATCTCCCTGCTGT  431

seq1  GGGTATGGTAGGAAAGAGGATGGCTCAGTGGCCTGATGTGTTTACTGAAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGGTAGGAAAGAGGATGGCTCAGTGGCCTGATGTGTTTACTGAAC  481

seq1  ATCATCTTCCCTTTGTGTCCTTTGGCATGGTCACACTGATGCTGAGTCTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTTCCCTTTGTGTCCTTTGGCATGGTCACACTGATGCTGAGTCTG  531

seq1  TGCTGCTTTCTTCTTATAACTCCTACCTAAGTATTGGTTTATTTGCATTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTTTCTTCTTATAACTCCTACCTAAGTATTGGTTTATTTGCATTT  581

seq1  ATAGAGACATTTTCTACTATAGAACAGTCTAAATATACTGTAAGGTATGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGACATTTTCTACTATAGAACAGTCTAAATATACTGTAAGGTATGA  631

seq1  AGAATGTGAAGAGTTTGATTTTTCAAAGCTCTTACACTGACAGAACAAGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTGAAGAGTTTGATTTTTCAAAGCTCTTACACTGACAGAACAAGT  681

seq1  CTTCTCTCACATCTCTTAATCCTCTGACCTCTTGTTCTTTCAACTCTGCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTCACATCTCTTAATCCTCTGACCTCTTGTTCTTTCAACTCTGCT  731

seq1  CCACTTTTCTCTGCCTTACTTCACCAAAGGGGTTCCAGAAACTGACTGTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTTCTCTGCCTTACTTCACCAAAGGGGTTCCAGAAACTGACTGTA  781

seq1  GATAATCCTGAGCTCCTATTTCAGATTTTTCCCTCCAGAGCTGAAATGAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATCCTGAGCTCCTATTTCAGATTTTTCCCTCCAGAGCTGAAATGAT  831

seq1  CACTCTCCACCACTGTTGCTGGTCCTTGCTGGTAGTCCACATCTTACTTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCCACCACTGTTGCTGGTCCTTGCTGGTAGTCCACATCTTACTTC  881

seq1  ATCTCAAGACATTGCAGTTGGATAAAGGTCTTGGCTCAACTAAAGTTGCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAGACATTGCAGTTGGATAAAGGTCTTGGCTCAACTAAAGTTGCA  931

seq1  CACTTCTTTTATGGATAGTCATTGTTTATTGATATGGGGGTAAAATGTAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTTTTATGGATAGTCATTGTTTATTGATATGGGGGTAAAATGTAC  981

seq1  AGGTACAAAGTTTGGTCTCTTAATTTGGATCTGGATAATTCTGTAAGGAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACAAAGTTTGGTCTCTTAATTTGGATCTGGATAATTCTGTAAGGAC  1031

seq1  ATCTCTAGTCTAATATGGTCTTATAGGAATGGCCAAGGACCCCCTTGAAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAGTCTAATATGGTCTTATAGGAATGGCCAAGGACCCCCTTGAAA  1081

seq1  CTAAACAACAGATCGGGTTTCTCCCACCACTTAATCTGTTTTCTTTACTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACAACAGATCGGGTTTCTCCCACCACTTAATCTGTTTTCTTTACTC  1131

seq1  TATGACTAATGGTCTTCTTGAGAGAATTC  1173
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTAATGGTCTTCTTGAGAGAATTC  1160