BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162I23
ChromosomeX (Build37)
Map Location 9,193,199 - 9,368,365
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042867, Dynlt3
Upstream geneEG627853, EG627857, LOC668977, LOC631002, Ssx9, Ssxb5, LOC625480, EG436188, B630019K06Rik, LOC100009698, LOC436189, LOC673817, LOC331380, EG434726, LOC100043940, EG434727, LOC436190, LOC100042782, EG668980, Fthl17, LOC100043942, EG434728, LOC100043943, LOC385316, EG434729, LOC100043944, LOC628008, 4930402K13Rik, EG436193, Lancl3, Xk, 1700012L04Rik, EG628040, LOC100042834, LOC100042839, Rp23-423l11.5, Cybb, EG333452
Downstream gene1700054O13Rik, 4930557A04Rik, Sytl5, LOC436194, Srpx, Rpgr, Otc, 4933416E14Rik, Tspan7, EG546265, LOC633354, LOC633361, LOC100042912, Mid1ip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162I23.bB6Ng01-162I23.g
ACCDH955370DH955371
length5841,057
definitionDH955370|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162I23, 5' end.DH955371|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162I23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,367,776 - 9,368,365)(9,193,199 - 9,194,240)
sequence
atttttctagggatgagccacctgataggttaagagcaatattaaatgga
cccaatagggtacaggtgtagcaataattagggaataggtaataatttga
gatggagtaggagaacatgggagaaattagggaaagattatgcagtcgtt
gtgtaaatatggtactaatatataaaattctcaaaattaaaaaaaaaaga
gataaaacgtaaggagaaaatttgtttcaatggcacattgttctagtttc
atttctattactgtgataaaaccttctgaccccaagcaatttaggagaag
aaagaagttttgtggcttatatctacttccaggtcacaggcaagttaggg
aagtcagaacagaagctcaagcaggagcttgaagcagaaatggaggagca
cccaggaccatgagggagttaagtgatttgggtgccctgcgatgggttcc
cctcccctaattttggtctggtcagcttacacaaaaaatggggagctgat
cattccacagctttaggtaaatgtgtataatggcagactgttaataatgc
atctctggcctgggcctatcaggcagcggggggg
gaattcagtccttacactcctttcatcaaaacctgcacctaggatggact
ggaccttacaaccttagactgtcctgcaacacacattgcagctcagatag
tctgagacttacagtcctcagacagtcctgcgcatactctgcttccagga
tggactgtgcgaacaatccttataggggccagcagcacactttgaagcta
ggatggactgggccgtacagtacttagactgacctgcagcacacactgca
gctcagatggactggctttacagtccttagactgacatgaagcaaacact
gaggctatgagggagtaggccttacagtccttagactgtcctgcatcaca
cattgtggctatgatggactggcatttacggtatgtagatttacctatgg
aacactctgcagctctaatcaacagtgctttacaatccttagactgtgct
gccacacactctgcagctaagatggactgtactttacagtccttagacgg
accttcagcacactttgcagctaggatgaactgggctttacaataaatag
actgacctgaggcacacactgcagctaggatggactaagcctttcagtcc
ttacactgacctgcagcacatactgcagctcagatggactgggccttgta
gtcattaaactgactttcagcaaaccctacatcaaggatggactaggcct
tacactttttaaactgacctacagacatattgcagctaatatgggaatgg
gccttacagtgcttagctttgaacagcagcatactctgcagctaggatgg
actggggccttacagtccttagattgacatgcagcacactcttgcagcaa
ggaagaatttgagccttcatttcttagattgacatgctttcacccagtgc
agttaagaattggactgggccttacagttccttagtctgatctgcagcac
acactgaggctaggatgggggtgggccttacagttcttagattgatgatg
tatcacacattgcagcctcttgatggacttgagacttacagttccttacc
caacaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_9367776_9368365
seq2: B6Ng01-162I23.b_48_637 (reverse)

seq1  CCCCCCCGCTGCCTGATAGGCCCAGGCCAGAGATGCATTATTAACAGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCGCTGCCTGATAGGCCCAGGCCAGAGATGCATTATTAACAGTCT  50

seq1  GCCATTATACACATTTACCTAAAGCTGTGGAATGATCAGCTCCCCATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTATACACATTTACCTAAAGCTGTGGAATGATCAGCTCCCCATTTT  100

seq1  TTGTGTAAGCTGACCAGACCAAAATTAGGGGAGGGGAACCCATCGCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAAGCTGACCAGACCAAAATTAGGGGAGGGGAACCCATCGCAGGG  150

seq1  CACCCAAATCACTTAACTCCCTCATGGTCCTGGGTGCTCCTCCATTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAAATCACTTAACTCCCTCATGGTCCTGGGTGCTCCTCCATTTCTG  200

seq1  CTTCAAGCTCCTGCTTGAGCTTCTGTTCTGACTTCCCTAACTTGCCTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGCTCCTGCTTGAGCTTCTGTTCTGACTTCCCTAACTTGCCTGTG  250

seq1  ACCTGGAAGTAGATATAAGCCACAAAACTTCTTTCTTCTCCTAAATTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGAAGTAGATATAAGCCACAAAACTTCTTTCTTCTCCTAAATTGCT  300

seq1  TGGGGTCAGAAGGTTTTATCACAGTAATAGAAATGAAACTAGAACAATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCAGAAGGTTTTATCACAGTAATAGAAATGAAACTAGAACAATGT  350

seq1  GCCATTGAAACAAATTTTCTCCTTACGTTTTATCTCTTTTTTTTTTAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGAAACAAATTTTCTCCTTACGTTTTATCTCTTTTTTTTTTAATT  400

seq1  TTGAGAATTTTATATATTAGTACCATATTTACACAACGACTGCATAATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAATTTTATATATTAGTACCATATTTACACAACGACTGCATAATCT  450

seq1  TTCCCTAATTTCTCCCATGTTCTCCTACTCCATCTCAAATTATTACCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTAATTTCTCCCATGTTCTCCTACTCCATCTCAAATTATTACCTAT  500

seq1  TCCCTAATTATTGCTACACCTGTACCCTATTGGGTCCATTTAATATTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAATTATTGCTACACCTGTACCCTATTGGGTCCATTTAATATTGCT  550

seq1  CTTAACCTATCAGGTGGCTCATCCCTAGAAAAATGAATTC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCTATCAGGTGGCTCATCCCTAGAAAAATGAATTC  590

seq1: chrX_9193199_9194240
seq2: B6Ng01-162I23.g_68_1124

seq1  GAATTCAGTCCTTACACTCCTTTCATCAAAACCTGCACCTAGGATGGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCTTACACTCCTTTCATCAAAACCTGCACCTAGGATGGACT  50

seq1  GGACCTTACAACCTTAGACTGTCCTGCAACACACATTGCAGCTCAGATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTTACAACCTTAGACTGTCCTGCAACACACATTGCAGCTCAGATAG  100

seq1  TCTGAGACTTACAGTCCTCAGACAGTCCTGCGCATACTCTGCTTCCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGACTTACAGTCCTCAGACAGTCCTGCGCATACTCTGCTTCCAGGA  150

seq1  TGGACTGTGCGAACAATCCTTATAGGGGCCAGCAGCACACTTTGAAGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGTGCGAACAATCCTTATAGGGGCCAGCAGCACACTTTGAAGCTA  200

seq1  GGATGGACTGGGCCGTACAGTACTTAGACTGACCTGCAGCACACACTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGACTGGGCCGTACAGTACTTAGACTGACCTGCAGCACACACTGCA  250

seq1  GCTCAGATGGACTGGCTTTACAGTCCTTAGACTGACATGAAGCAAACACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGATGGACTGGCTTTACAGTCCTTAGACTGACATGAAGCAAACACT  300

seq1  GAGGCTATGAGGGAGTAGGCCTTACAGTCCTTAGACTGTCCTGCATCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTATGAGGGAGTAGGCCTTACAGTCCTTAGACTGTCCTGCATCACA  350

seq1  CATTGTGGCTATGATGGACTGGCATTTACGGTATGTAGATTTACCTATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGGCTATGATGGACTGGCATTTACGGTATGTAGATTTACCTATGG  400

seq1  AACACTCTGCAGCTCTAATCAACAGTGCTTTACAATCCTTAGACTGTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTGCAGCTCTAATCAACAGTGCTTTACAATCCTTAGACTGTGCT  450

seq1  GCCACACACTCTGCAGCTAAGATGGACTGTACTTTACAGTCCTTAGACGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACACTCTGCAGCTAAGATGGACTGTACTTTACAGTCCTTAGACGG  500

seq1  ACCTTCAGCACACTTTGCAGCTAGGATGAACTGGGCTTTACAATAAATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAGCACACTTTGCAGCTAGGATGAACTGGGCTTTACAATAAATAG  550

seq1  ACTGACCTGAGGCACACACTGCAGCTAGGATGGACTAAGCCTTTCAGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACCTGAGGCACACACTGCAGCTAGGATGGACTAAGCCTTTCAGTCC  600

seq1  TTACACTGACCTGCAGCACATACTGCAGCTCAGATGGACTGGGCCTTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTGACCTGCAGCACATACTGCAGCTCAGATGGACTGGGCCTTGTA  650

seq1  GTCATTAAACTGACTTTCAGCAAACCCTACATCAAGGATGGACTAGGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTAAACTGACTTTCAGCAAACCCTACATCAAGGATGGACTAGGCCT  700

seq1  TACACTTTTTAAACTGACCTACAAGACATATTGCAGCTAATAT-GGAATG  749
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TACACTTTTTAAACTGACCTAC-AGACATATTGCAGCTAATATGGGAATG  749

seq1  GGCCTTACAGTGCTTAGC-TTGAACAGCAGCATACTCTGCAGCTAGGATG  798
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTACAGTGCTTAGCTTTGAACAGCAGCATACTCTGCAGCTAGGATG  799

seq1  GACT-GGGCCTTACAGTCCTTAGATTGACATGCAGCACACTC-TGCAGCA  846
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GACTGGGGCCTTACAGTCCTTAGATTGACATGCAGCACACTCTTGCAGCA  849

seq1  A-GAAGAATTTGAGCCTTCATTTCTTAGATTGACATGC-TTCACCCAGTG  894
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGGAAGAATTTGAGCCTTCATTTCTTAGATTGACATGCTTTCACCCAGTG  899

seq1  CAG-TAAGAA-TGGACTGGGCCTTACAG-TCCTTAGTCTGATCTGCAGCA  941
      ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAGAATTGGACTGGGCCTTACAGTTCCTTAGTCTGATCTGCAGCA  949

seq1  CACACTGAGGCTAGGAT-GGGGTGGGCCTTACAGTTCTTAGATTGATG-T  989
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACACTGAGGCTAGGATGGGGGTGGGCCTTACAGTTCTTAGATTGATGAT  999

seq1  GTAGCACACATTGCAGC--ACTGATGAAC-TGAGACTTACAG-TCCTTA-  1034
      ||| |||||||||||||    ||||| || |||||||||||| |||||| 
seq2  GTATCACACATTGCAGCCTCTTGATGGACTTGAGACTTACAGTTCCTTAC  1049

seq1  CCAACAGA  1042
      ||||||||
seq2  CCAACAGA  1057