BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162N13
ChromosomeX (Build37)
Map Location 78,404,846 - 78,513,151
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041462
Upstream geneLOC654474, LOC629153, LOC546338, LOC100042229, LOC667776, EG629182, Tmem47
Downstream geneLOC100041474, 4930595M18Rik, EG667799
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162N13.bB6Ng01-162N13.g
ACCDH955581DH955582
length1,1721,013
definitionDH955581|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162N13, 5' end.DH955582|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162N13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,511,958 - 78,513,151)(78,404,846 - 78,405,861)
sequence
gaattctactagtttatataaattgctcaagcacagatataaaagaatcc
aagaaatcacaaaataataaatccaatgtatagaaaaccttttcaacatc
taaacttcctaggtgcataaaatgctaggctaagccagaaattgtgatat
atgcctttaatcccacagctaaggatacaaaggtagatatatctctgtga
gtctaaggccagcctggtcaacacaggaagttccaaaccagccagagtta
tgtatagagaacatgtcctctcctctcttaaaaaagaaagatacatccaa
aataaacaagcaactacaaaaagagctagactaaaataaaatagaataat
tttggttttcgtgttttagccacaatcctgaataaggacaccagaaatgt
ctcaaccccagcactctccagcatctaccaagaattttattcaaatattt
taatcaatttaaatatggaattttttcttgattttcctccttctcttttg
tctatcatgaatttgaactctaacttgaacatagactgtatatttaatat
acatagcacattttttaaaaaattgctattggtcatacattgaaagtaaa
gtgtaagctaacagtgtggaatcatcatcataagaacatgtacttaaata
tccatagaaaatgaacatggctcgattaggttgtacacaccacaatactt
gaacttgacagttgtagacaagaggaccagaaattcaagtttcatctttg
tttatatattgattctgagataagtgaaattctgtctcaaaagaaaaaaa
aaaaaaacaataatagaaccaattcaagtttagggtaaaagtctagctta
attgtatggcttttgtctactatgatgatgagctgaatttgatcctcaac
actgaaataaagtggtggtcatttcatacagctatgtatataatgcatat
gattttattttcctaattcaaagttttcttaaagtcagtatggtggcata
tgcctttaatcataccactcactggagagcagtctctgatagttcaggac
aagtctggtcatgtagggattctgtgtctgtcaggctttgtgagacaccc
ttatttcataacatcattaacacaaaccacacatgatagtctactttgat
tcatgcttcaatgcatgtagca
gaattcaattagatattcaatagatttaatttatttcctttttcagtata
tgttatatacagtagaaggtatatgaacacaaatatggtgcttgcatagc
tttgaataagtataagtattttgtttcattttaaatatagactcaattgc
ctatcctatgattagttgaatgtaagccacttttgtccacaatgacaaat
acatgatttgagttttagtagtactttctagactttatttatgattacaa
aaacagcatggaagacatcatctatagcaattattttggctgcatgcaaa
acaagcaaacaaacaaaaagtttcaacaaagacagacacctattatctca
gtattagaattctagggattatattattgtagatttatatgtcttgtctt
tagattaattcagcaaaataagaatgtcacagaaacctgttttatttttg
tatttccactgtatcttttatagggttaacttgattctgtggttctataa
atttgttttatttctattttattatttacttcacgtccttcttactgccc
tccttttgatccaacctctcacacaatccttctccccatccccacctccc
cttcacctctgagcaggggaagcccctgctgggtatctccccaccctgtt
acttcaagtccctgcaagggtaggtacttcctgtcccattgaggccagac
aaggcagacaagctagaagcactatcccacatacagacaacagcttttgg
gatagtccctgtttccaattgttcaagacccacatagaataccaagctac
acttctgatgcatgtgtgcagcaagatgtaggtgcagctcatgtatgttc
ttttgggcagtggttcaggcatggagagcccaaaaccatccatgttagtt
gactctttggtctttttgtggcattcctatccctttagggtcccaattct
ttatctttataaagtgggccaactccattactgtttggctgttgagtatc
tacatctgctttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_78511958_78513151
seq2: B6Ng01-162N13.b_41_1212 (reverse)

seq1  TGCTACATATGCATTTGGAGCCATGAATTCAAAGTAGACCTATCAATGTG  50
      ||||||  |||||||  ||  |||||| |||||||||| ||||| |||||
seq2  TGCTAC--ATGCATT--GAAGCATGAA-TCAAAGTAGA-CTATC-ATGTG  43

seq1  TGGTTTTGTTTGTTTATTTGTTTGTTTTTGAAAT-AGGGTGTCTCTACAA  99
      |||||   | |||| |  || |   || |||||| |||||||||| ||||
seq2  TGGTT---TGTGTTAA--TGAT--GTTATGAAATAAGGGTGTCTC-ACAA  85

seq1  AGCTCTGACAGACACAGAATTCACTACATTGACCAGACTTGTCTTGAACT  149
      ||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  AGC-CTGACAGACACAGAA-TCCCTACA-TGACCAGACTTGTCCTGAACT  132

seq1  ATCAGAGACCTGCTTCTCCAGTGAGTGGTATGATTAAAGGCATATGCCAC  199
      |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGA-CTGC-TCTCCAGTGAGTGGTATGATTAAAGGCATATGCCAC  180

seq1  CATACCTGACCTTTAAGAAAACTTTTGAATTTAGAAAATTAAAATCATAT  249
      |||| |||| |||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||
seq2  CATA-CTGA-CTTTAAGAAAAC-TTTGAA-TTAGGAAAATAAAATCATAT  226

seq1  GCATTATATACATAGCTGTATGAAATGACCAACAACTTTATTTCAGTGTT  299
      |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
seq2  GCATTATATACATAGCTGTATGAAATGACC-ACCACTTTATTTCAGTGTT  275

seq1  GAGGATCAAATTCAGCTCATCATTCATAGTAGACAAAAGCCATACAATTA  349
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCAAATTCAGCTCATCA-TCATAGTAGACAAAAGCCATACAATTA  324

seq1  AGCTAGACTTTTACCCTAAACTTGAATTGGTTCTATTATTG--TTTTTTT  397
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  AGCTAGACTTTTACCCTAAACTTGAATTGGTTCTATTATTGTTTTTTTTT  374

seq1  TTTTTCTTTTGAGACAGAATTTCACTTATCTCAGAATCAATATATAAACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTTGAGACAGAATTTCACTTATCTCAGAATCAATATATAAACA  424

seq1  AAGATG-AACTTGAATTTCTGGTCCTCTTGTCTACAACTGTCAAGTTCAA  496
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAAACTTGAATTTCTGGTCCTCTTGTCTACAACTGTCAAGTTCAA  474

seq1  GTATTGTGGTGTGTACAACCTAATCGAGCCATGTTCATTTTCTATGGATA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTGGTGTGTACAACCTAATCGAGCCATGTTCATTTTCTATGGATA  524

seq1  TTTAAGTACATGTTCTTATGATGATGATTCCACACTGTTAGCTTACACTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTACATGTTCTTATGATGATGATTCCACACTGTTAGCTTACACTT  574

seq1  TACTTTCAATGTATGACCAATAGCAATTTTTTAAAAAATGTGCTATGTAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCAATGTATGACCAATAGCAATTTTTTAAAAAATGTGCTATGTAT  624

seq1  ATTAAATATACAGTCTATGTTCAAGTTAGAGTTCAAATTCATGATAGACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATATACAGTCTATGTTCAAGTTAGAGTTCAAATTCATGATAGACA  674

seq1  AAAGAGAAGGAGGAAAATCAAGAAAAAATTCCATATTTAAATTGATTAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAAGGAGGAAAATCAAGAAAAAATTCCATATTTAAATTGATTAAA  724

seq1  ATATTTGAATAAAATTCTTGGTAGATGCTGGAGAGTGCTGGGGTTGAGAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGAATAAAATTCTTGGTAGATGCTGGAGAGTGCTGGGGTTGAGAC  774

seq1  ATTTCTGGTGTCCTTATTCAGGATTGTGGCTAAAACACGAAAACCAAAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGGTGTCCTTATTCAGGATTGTGGCTAAAACACGAAAACCAAAAT  824

seq1  TATTCTATTTTATTTTAGTCTAGCTCTTTTTGTAGTTGCTTGTTTATTTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATTTTATTTTAGTCTAGCTCTTTTTGTAGTTGCTTGTTTATTTT  874

seq1  GGATGTATCTTTCTTTTTTAAGAGAGGAGAGGACATGTTCTCTATACATA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTATCTTTCTTTTTTAAGAGAGGAGAGGACATGTTCTCTATACATA  924

seq1  ACTCTGGCTGGTTTGGAACTTCCTGTGTTGACCAGGCTGGCCTTAGACTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGCTGGTTTGGAACTTCCTGTGTTGACCAGGCTGGCCTTAGACTC  974

seq1  ACAGAGATATATCTACCTTTGTATCCTTAGCTGTGGGATTAAAGGCATAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGATATATCTACCTTTGTATCCTTAGCTGTGGGATTAAAGGCATAT  1024

seq1  ATCACAATTTCTGGCTTAGCCTAGCATTTTATGCACCTAGGAAGTTTAGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAATTTCTGGCTTAGCCTAGCATTTTATGCACCTAGGAAGTTTAGA  1074

seq1  TGTTGAAAAGGTTTTCTATACATTGGATTTATTATTTTGTGATTTCTTGG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAAAAGGTTTTCTATACATTGGATTTATTATTTTGTGATTTCTTGG  1124

seq1  ATTCTTTTATATCTGTGCTTGAGCAATTTATATAAACTAGTAGAATTC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTATATCTGTGCTTGAGCAATTTATATAAACTAGTAGAATTC  1172

seq1: chrX_78404846_78405861
seq2: B6Ng01-162N13.g_67_1079

seq1  GAATTCAATTAGATATTCAATAGATTTAATTTATTTCCTTTTTCAGTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTAGATATTCAATAGATTTAATTTATTTCCTTTTTCAGTATA  50

seq1  TGTTATATACAGTAGAAGGTATATGAACACAAATATGGTGCTTGCATAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATATACAGTAGAAGGTATATGAACACAAATATGGTGCTTGCATAGC  100

seq1  TTTGAATAAGTATAAGTATTTTGTTTCATTTTAAATATAGACTCAATTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATAAGTATAAGTATTTTGTTTCATTTTAAATATAGACTCAATTGC  150

seq1  CTATCCTATGATTAGTTGAATGTAAGCCACTTTTGTCCACAATGACAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTATGATTAGTTGAATGTAAGCCACTTTTGTCCACAATGACAAAT  200

seq1  ACATGATTTGAGTTTTAGTAGTACTTTCTAGACTTTATTTATGATTACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATTTGAGTTTTAGTAGTACTTTCTAGACTTTATTTATGATTACAA  250

seq1  AAACAGCATGGAAGACATCATCTATAGCAATTATTTTGGCTGCATGCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCATGGAAGACATCATCTATAGCAATTATTTTGGCTGCATGCAAA  300

seq1  ACAAGCAAACAAACAAAAAGTTTCAACAAAGACAGACACCTATTATCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAAACAAACAAAAAGTTTCAACAAAGACAGACACCTATTATCTCA  350

seq1  GTATTAGAATTCTAGGGATTATATTATTGTAGATTTATATGTCTTGTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGAATTCTAGGGATTATATTATTGTAGATTTATATGTCTTGTCTT  400

seq1  TAGATTAATTCAGCAAAATAAGAATGTCACAGAAACCTGTTTTATTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTAATTCAGCAAAATAAGAATGTCACAGAAACCTGTTTTATTTTTG  450

seq1  TATTTCCACTGTATCTTTTATAGGGTTAACTTGATTCTGTGGTTCTATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCACTGTATCTTTTATAGGGTTAACTTGATTCTGTGGTTCTATAA  500

seq1  ATTTGTTTTATTTCTATTTTATTATTTACTTCACGTCCTTCTTACTGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTTATTTCTATTTTATTATTTACTTCACGTCCTTCTTACTGCCC  550

seq1  TCCTTTTGATCCAACCTCTCACACAATCCTTCTCCCCATCCCCACCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTGATCCAACCTCTCACACAATCCTTCTCCCCATCCCCACCTCCC  600

seq1  CTTCACCTCTGAGCAGGGGAAGCCCCTGCTGGGTATCTCCCCACCCTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCTCTGAGCAGGGGAAGCCCCTGCTGGGTATCTCCCCACCCTGTT  650

seq1  ACTTCAAGTCCCTGCAAGGGTAGGTACTTCCTGTCCCATTGAGGCCAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAGTCCCTGCAAGGGTAGGTACTTCCTGTCCCATTGAGGCCAGAC  700

seq1  AAGGCAGACAAGCTAGAAGCACTATCCCACATACAGACAACAGCTTTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGACAAGCTAGAAGCACTATCCCACATACAGACAACAGCTTTTGG  750

seq1  GATAGTCCCTG-TTCCAATTGTTCAAGACCCACATAGAATACCAAGCTAC  799
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTCCCTGTTTCCAATTGTTCAAGACCCACATAGAATACCAAGCTAC  800

seq1  ACATCTGATGCATGTGTGCAGCAAGATGTAGGTGCAGCTCATGTATGTTC  849
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGATGCATGTGTGCAGCAAGATGTAGGTGCAGCTCATGTATGTTC  850

seq1  -TTTGGGCAGTGGTTCAGGCATGGAGAGCCC-AAACCATCCATGTTAGTT  897
       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGCAGTGGTTCAGGCATGGAGAGCCCAAAACCATCCATGTTAGTT  900

seq1  GACTCTGTTGGTCTTTTTGTGGCATTCCTATCCCTTTTAGGGTCCCAAAT  947
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  GACTCT-TTGGTCTTTTTGTGGCATTCCTATCCC-TTTAGGGTCCC-AAT  947

seq1  TCTTATTCTTTAATAAAAGTGGCCAAGCTCCATTCACTGTTTGGCTG-TG  996
      ||||  ||||||   ||||||| | | ||||||| |||||||||||| ||
seq2  TCTTTATCTTTA--TAAAGTGGGCCAACTCCATT-ACTGTTTGGCTGTTG  994

seq1  AGTATCTACATCTGCCTTTG  1016
      |||||||||||||| |||||
seq2  AGTATCTACATCTG-CTTTG  1013