BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168C06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 10,709,318 - 10,859,253
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRpgr, Otc, 4933416E14Rik, Tspan7, EG546265, LOC633354, LOC633361, LOC100042912, Mid1ip1, LOC668982, Ppia-psx_105.1
Downstream geneLOC100042922, LOC100042927, LOC100042929, LOC100042931, OTTMUSG00000016790, LOC100042939, LOC100042943, LOC100042944, LOC100042946, EG236663, 8430439B09Rik, LOC669520, Rpl23a-ps, LOC100043945, Bcor, 2900008C10Rik, LOC385323
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168C06.bB6Ng01-168C06.g
ACCDH959459DH959460
length1,158510
definitionDH959459|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168C06, 5' end.DH959460|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168C06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,709,318 - 10,710,475)(10,858,738 - 10,859,253)
sequence
gaattctttgtggaatccactggaagaacaggagacctgtattcactatc
tgtcatctgactatggctaaggattgtctctggggatacaaatgacctcc
cttttgtaatctgtgcaagtacacagaacagacaaactcccacctgatta
gagaaggcccagagacaggaagaaagcaggtatgcacagcatgaagagag
tgcccaccagagatgctgcagacattaaaagtgggtcaaaggcatgggaa
gggtcactggaagtgtctggcataccactccaaggagaatttaaataaaa
agtaattctttagaacatatcgttgcagtagtcttagagttttggtctaa
tctctatgttttaaggcaaaggagagactggggccctatgaagcttctgt
ttgcccacggtcaaagtgattaaatcagtcaggattggagcagaggtacc
tgggagtcatgccagtgttctgcgtcattacagatctagtccgtcaccag
tggtgtctatattgacatgctatgccattcactgccaagtataggaatag
tgtctgcttccaaaggagttacaagctcatgataagttctgttcttaggt
atcggtataggcacttgctagaaagagggagggcttcagattctctgttc
aataagatgatgtccagaaaccaaatgagtacataaaatataggatacct
gctataaatatgcattcagtgaactttgagtgctaatctgacccaggaag
ttgtagcagttggtggtctctaaggacactcttctcccaaaagccctgcc
ttctgataatcatgtcaccatgaaattctttctctcttgagggtatgcta
gcctaatgactcttttataatcaagaaaatatggtggaagtggtaggata
tgggttccaagattgggctcacttaaaaaaaaatcatggcttctattctg
gatgcgtctcacactctcttacattacttgctttagggtagtcaactacc
agatcatgagagaacagtgcagaaaggttaatgagatcgaatgaacttag
agtggacttttggattttaagggcagcaaattgaagtgaacttagaagaa
aatattccctaagttttgttcttcgatggactatgacctcaagtgacccc
ttgattgc
tggagtttcggaaccttcactagatcacaaaagcacacaatgtgtacttt
aatgtggtctcagccacagagtgctatggagctgatgatgcaagctcaga
tgtgatactgtatgtttatgaatgcaaccgaagatggcactagtttggtg
gtgggtggtatatcttattgcaaagaacctcactgccacaagtttccatg
gatttggtgtgttagatattgttttaaatattttttcaaatttacattta
tttagtttgcatgtgacagagggtacacatgtcggtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtggtgtttctgtttgtagaagtttctttctatacattttttctgctt
tccaaagaattagaacagcacacacacacacacacacacacacacacaca
caaatacgcacagacacatacacacatatatacatatatatatgttctag
ctctctggaaagaaaaaagagtacgtgtatgtgtgatgtttgtatggtgt
atgtggggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_10709318_10710475
seq2: B6Ng01-168C06.b_44_1201

seq1  GAATTCTTTGTGGAATCCACTGGAAGAACAGGAGACCTGTATTCACTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTGGAATCCACTGGAAGAACAGGAGACCTGTATTCACTATC  50

seq1  TGTCATCTGACTATGGCTAAGGATTGTCTCTGGGGATACAAATGACCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCTGACTATGGCTAAGGATTGTCTCTGGGGATACAAATGACCTCC  100

seq1  CTTTTGTAATCTGTGCAAGTACACAGAACAGACAAACTCCCACCTGATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTAATCTGTGCAAGTACACAGAACAGACAAACTCCCACCTGATTA  150

seq1  GAGAAGGCCCAGAGACAGGAAGAAAGCAGGTATGCACAGCATGAAGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGCCCAGAGACAGGAAGAAAGCAGGTATGCACAGCATGAAGAGAG  200

seq1  TGCCCACCAGAGATGCTGCAGACATTAAAAGTGGGTCAAAGGCATGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACCAGAGATGCTGCAGACATTAAAAGTGGGTCAAAGGCATGGGAA  250

seq1  GGGTCACTGGAAGTGTCTGGCATACCACTCCAAGGAGAATTTAAATAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCACTGGAAGTGTCTGGCATACCACTCCAAGGAGAATTTAAATAAAA  300

seq1  AGTAATTCTTTAGAACATATCGTTGCAGTAGTCTTAGAGTTTTGGTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTCTTTAGAACATATCGTTGCAGTAGTCTTAGAGTTTTGGTCTAA  350

seq1  TCTCTATGTTTTAAGGCAAAGGAGAGACTGGGGCCCTATGAAGCTTCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATGTTTTAAGGCAAAGGAGAGACTGGGGCCCTATGAAGCTTCTGT  400

seq1  TTGCCCACGGTCAAAGTGATTAAATCAGTCAGGATTGGAGCAGAGGTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCACGGTCAAAGTGATTAAATCAGTCAGGATTGGAGCAGAGGTACC  450

seq1  TGGGAGTCATGCCAGTGTTCTGCGTCATTACAGATCTAGTCCGTCACCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTCATGCCAGTGTTCTGCGTCATTACAGATCTAGTCCGTCACCAG  500

seq1  TGGTGTCTATATTGACATGCTATGCCATTCACTGCCAAGTATAGGAATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCTATATTGACATGCTATGCCATTCACTGCCAAGTATAGGAATAG  550

seq1  TGTCTGCTTCCAAAGGAGTTACAAGCTCATGATAAGTTCTGTTCTTAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCTTCCAAAGGAGTTACAAGCTCATGATAAGTTCTGTTCTTAGGT  600

seq1  ATCGGTATAGGCACTTGCTAGAAAGAGGGAGGGCTTCAGATTCTCTGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGTATAGGCACTTGCTAGAAAGAGGGAGGGCTTCAGATTCTCTGTTC  650

seq1  AATAAGATGATGTCCAGAAACCAAATGAGTACATAAAATATAGGATACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGATGATGTCCAGAAACCAAATGAGTACATAAAATATAGGATACCT  700

seq1  GCTATAAATATGCATTCAGTGAACTTTGAGTGCTAATCTGACCCAGGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAAATATGCATTCAGTGAACTTTGAGTGCTAATCTGACCCAGGAAG  750

seq1  TTGTAGCAGTTGGTGGTCTCTAAGGACACTCTTCTCCCAAAAGCCCTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCAGTTGGTGGTCTCTAAGGACACTCTTCTCCCAAAAGCCCTGCC  800

seq1  TTCTGATAATCATGTCACCATGAAATTCTTTCTCTCTTGAGGGTATGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATAATCATGTCACCATGAAATTCTTTCTCTCTTGAGGGTATGCTA  850

seq1  GCCTAATGACTCTTTTATAATCAAGAAAATATGGTGGAAGTGGTAGGATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAATGACTCTTTTATAATCAAGAAAATATGGTGGAAGTGGTAGGATA  900

seq1  TGGGTTCCAAGATTGGGCTCACTTAAAAAAAAATCATGGCTTCTATTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCCAAGATTGGGCTCACTTAAAAAAAAATCATGGCTTCTATTCTG  950

seq1  GATGCGTCTCACACTCTCTTACATTACTTGCTTTAGGGTAGTCAACTACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCGTCTCACACTCTCTTACATTACTTGCTTTAGGGTAGTCAACTACC  1000

seq1  AGATCATGAGAGAACAGTGCAGAAAGGTTAATGAGATCGAATGAACTTAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCATGAGAGAACAGTGCAGAAAGGTTAATGAGATCGAATGAACTTAG  1050

seq1  AAGTGGACTTTTGGATTTTAAGGGCAGCCATATG-AGTGAACTTAGAAGA  1099
       ||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||
seq2  -AGTGGACTTTTGGATTTTAAGGGCAGCAAATTGAAGTGAACTTAGAAGA  1099

seq1  ATATATCCCCTAAGTTTTG-TCTTCAGATGGAACTATGA-CTCAAGTGAC  1147
      | |||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||
seq2  AAATATTCCCTAAGTTTTGTTCTTC-GATGG-ACTATGACCTCAAGTGAC  1147

seq1  CCCTTGATTGC  1158
      |||||||||||
seq2  CCCTTGATTGC  1158

seq1: chrX_10858738_10859253
seq2: B6Ng01-168C06.g_70_585 (reverse)

seq1  CACACCACATACACCATACAAACATCACACATACACGTACTCTTTTTTCT  50
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCACATACACCATACAAACATCACACATACACGTACTCTTTTTTCT  50

seq1  TTCCAGAGAGCTAGAACATATATATATGTATATATGTGTGTATGTGTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGAGCTAGAACATATATATATGTATATATGTGTGTATGTGTCTG  100

seq1  TGCGTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTGTTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTGTTCTA  150

seq1  ATTCTTTGGAAAGCAGAAAAAATGTATAGAAAGAAACTTCTACAAACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTGGAAAGCAGAAAAAATGTATAGAAAGAAACTTCTACAAACAGA  200

seq1  AACACCACACACACACACACACACACCGACATGTGTACCCTCTGTCACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCACACACACACACACACACACCGACATGTGTACCCTCTGTCACAT  250

seq1  GCAAACTAAATAAATGTAAATTTGAAAAAATATTTAAAACAATATCTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTAAATAAATGTAAATTTGAAAAAATATTTAAAACAATATCTAAC  300

seq1  ACACCAAATCCATGGAAACTTGTGGCAGTGAGGTTCTTTGCAATAAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAATCCATGGAAACTTGTGGCAGTGAGGTTCTTTGCAATAAGATA  350

seq1  TACCACCCACCACCAAACTAGTGCCATCTTCGGTTGCATTCATAAACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCCACCACCAAACTAGTGCCATCTTCGGTTGCATTCATAAACATA  400

seq1  CAGTATCACATCTGAGCTTGCATCATCAGCTCCATAGCACTCTGTGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATCACATCTGAGCTTGCATCATCAGCTCCATAGCACTCTGTGGCTG  450

seq1  AGACCACATTAAAGTACACATTGTGTGCTTTTGTGATCTAGTGAAGGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACATTAAAGTACACATTGTGTGCTTTTGTGATCTAGTGAAGGTTC  500

seq1  CGAAACTCCAGAATTC  516
      ||||||||||||||||
seq2  CGAAACTCCAGAATTC  516