BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186F12
ChromosomeX (Build37)
Map Location 71,377,767 - 71,487,220
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOpn1mw, LOC627455, Gm1538, LOC628388, Tktl1, Flna
Upstream geneDXBay18, LOC627081, 4930408F14Rik, EG574437, Xlr4b, F8a, Xlr4c, Xlr3b, Xlr5c, EG434795, EG667187, LOC630169, Zfp275, Gm369, Zfp92, Trex2, Uchl5ip, Bgn, Atp2b3, LOC732481, Dusp9, Pnck, Slc6a8, Bcap31, Abcd1, Plxnb3, Srpk3, Idh3g, Ssr4, Pdzd4, L1cam, Avpr2, Arhgap4, Ard1, Renbp, Hcfc1, LOC100041206, LOC667264, Irak1, Mecp2
Downstream geneEmd, LOC100041344, Rpl10, Snora70, Dnase1l1, Taz, B230340J04Rik, Atp6ap1, Gdi1, D0HXS9928E, Plxna3, Lage3, Ubl4, Slc10a3, 1810037C20Rik, G6pdx, Ikbkg, EG628456, LOC628465, LOC100041484, LOC674920, EG245472, Olfr1326-ps1, Olfr1325, EG434797, LOC385383, EG667379, LOC667382, LOC546321, LOC667387, EG628518, Olfr1327-ps1, LOC628637, LOC667413, LOC100041594, LOC627775, EG546325, LOC100041017, EG628573, LOC100041642, LOC667437, EG667446, LOC669291, Gab3, Dkc1, Mpp1, EG547412, 4930428E23Rik, EG667190, F8, LOC572559
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186F12.bB6Ng01-186F12.g
ACCGA011213GA011214
length1,150892
definitionB6Ng01-186F12.b B6Ng01-186F12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,377,767 - 71,378,914)(71,486,329 - 71,487,220)
sequence
gaattctatcaaacacaggtctctttgtgtgtgtctttctaatgctgtga
agccttatcgagtaatagagattggggcttgtgaccctatccaattattc
tggcaaaaggcagcaatggcaaatgttccccttttataaagacagccatc
ttactggattaaggctcacattaattgctttatgtagaaggctcacatag
agcaaggaaaagtgaggtcaagattctgattcggcaacataaagctttgt
acacttcctcctgtattttgtacttcttggctccaggtccctttgaaggc
cccaattatcacattgctcccaggtgggtgtaccacctcaccagcacctg
gatgattcttgtggtcgttgcatctgtcttcactaatggacttgtgctgg
cagccaccatgagattcaagaagctgcgccatccactgaactggattctg
gtgaacttggcagttgctgacctagcagagaccattattgccagcactat
cagtgttgtgaaccaaatctatggctacttcgttctgggacaccctctgt
gtgtcattgaaggctacattgtctcattgtgtggtaagttgaaagaaaca
caacctggtatgccgaaaggaaaccatactgcaaaccctggggttcacaa
atggtgttcatgtatgagacacagtctgaagggagatactcatagtagaa
gctggatcactgtcagcacaagggttggaggacaggttaactggattttg
aagacttccatctaagcacacatattcaactcagtttgcttgagttcaac
atcaagacaggttctgattgtatgtacccagtttggggccttgggactca
catgaaaagagatagatattgagccagagaatttcaggaaacatatggaa
gacaggctcagggtacctttcgatagacttctagctaattcaggaataat
atgtgttttcatcctatctctcagctgggttaaccgtactggatgagctg
ttctcagaagaaagaacagttcccagagcttttgagatattgaccagatt
ctagacacttttctttacactatcactatactggttgttctatgggtttg
ctaggtagtactaaaggcctgaatgagaatgatcagtgggtaaagaagct

gaattcactgtggagacccgaagtgctggacagggagaagtgcttgtata
tgtggaggacccagctggacaccaggaagaggtaggattatccattagca
gggcaggattctgttatgcccccttttaaaggggttgctcttaacactct
tcccattacaggcaaaagtgactgccaataatgacaagaaccgtactttc
tctgtctggtatgtccctgaagtgacagggactcataaggtgagtccttg
gctgagaaggaagctggtggccatgggtagttggtgaagggccccttacc
tcactctcacagcctgccccttctgggaacaggtgactgtgctctttgct
ggccaacatattgccaagagcccctttgaggtgtatgtggacaagtcaca
gggtgatgccagcaaagtgactgcccagggccctggtctggagcccagtg
gcaatattgccaacaagactacctactttgagatcttcactgcaggtgag
gggagacagcccaggcccagccagccatgggggagagctgtgctggggtc
ctagagctgagtctgtgccttgggacaggagctggcatgggtgaggtgga
agttgtcatccaggaccctacaggacagaaaggcacagtggaacctcagc
tggaggccaggggtgacagcacctatcgctgtagctatcagcccaccatg
gagggtgtccatacagtacatgtcaccttcgccggtgttcccatccctcg
tagcccctacactgtcactgtttggccaaggtaggcctgcccatgagtgt
tcttctactgtggtactatggcctggggctctagggagggagttgcaact
gggactgtcccactgaagcccatgtttgggaagcccagtttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_71377767_71378914
seq2: B6Ng01-186F12.b_29_1178

seq1  GAATTCTATCAAACACAGGTCTCTTTGTGTGTGTCTTTCTAATGCTGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCAAACACAGGTCTCTTTGTGTGTGTCTTTCTAATGCTGTGA  50

seq1  AGCCTTATCGAGTAATAGAGATTGGGGCTTGTGACCCTATCCAATTATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTATCGAGTAATAGAGATTGGGGCTTGTGACCCTATCCAATTATTC  100

seq1  TGGCAAAAGGCAGCAATGGCAAATGTTCCCCTTTTATAAAGACAGCCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAAAGGCAGCAATGGCAAATGTTCCCCTTTTATAAAGACAGCCATC  150

seq1  TTACTGGATTAAGGCTCACATTAATTGCTTTATGTAGAAGGCTCACATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGATTAAGGCTCACATTAATTGCTTTATGTAGAAGGCTCACATAG  200

seq1  AGCAAGGAAAAGTGAGGTCAAGATTCTGATTCGGCAACATAAAGCTTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGAAAAGTGAGGTCAAGATTCTGATTCGGCAACATAAAGCTTTGT  250

seq1  ACACTTCCTCCTGTATTTTGTACTTCTTGGCTCCAGGTCCCTTTGAAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCCTCCTGTATTTTGTACTTCTTGGCTCCAGGTCCCTTTGAAGGC  300

seq1  CCCAATTATCACATTGCTCCCAGGTGGGTGTACCACCTCACCAGCACCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTATCACATTGCTCCCAGGTGGGTGTACCACCTCACCAGCACCTG  350

seq1  GATGATTCTTGTGGTCGTTGCATCTGTCTTCACTAATGGACTTGTGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTCTTGTGGTCGTTGCATCTGTCTTCACTAATGGACTTGTGCTGG  400

seq1  CAGCCACCATGAGATTCAAGAAGCTGCGCCATCCACTGAACTGGATTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACCATGAGATTCAAGAAGCTGCGCCATCCACTGAACTGGATTCTG  450

seq1  GTGAACTTGGCAGTTGCTGACCTAGCAGAGACCATTATTGCCAGCACTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACTTGGCAGTTGCTGACCTAGCAGAGACCATTATTGCCAGCACTAT  500

seq1  CAGTGTTGTGAACCAAATCTATGGCTACTTCGTTCTGGGACACCCTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTGTGAACCAAATCTATGGCTACTTCGTTCTGGGACACCCTCTGT  550

seq1  GTGTCATTGAAGGCTACATTGTCTCATTGTGTGGTAAGTTGAAAGAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCATTGAAGGCTACATTGTCTCATTGTGTGGTAAGTTGAAAGAAACA  600

seq1  CAACCTGGTATGCCGAAAGGAAACCATACTGCAAACCCTGGGGTTCACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTGGTATGCCGAAAGGAAACCATACTGCAAACCCTGGGGTTCACAA  650

seq1  ATGGTGTTCATGTATGAGACACAGTCTGAAGGGAGATACTCATAGTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTTCATGTATGAGACACAGTCTGAAGGGAGATACTCATAGTAGAA  700

seq1  GCTGGATCACTGTCAGCACAAGGGTTGGAGGACAGGTTAACTGGATTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGATCACTGTCAGCACAAGGGTTGGAGGACAGGTTAACTGGATTTTG  750

seq1  AAGACTTCCATCTAAGCACACATATTCAACTCAGTTTGCTTGAGTTCAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTCCATCTAAGCACACATATTCAACTCAGTTTGCTTGAGTTCAAC  800

seq1  ATCAAGACAGGTTCTGATTGTATGTACCCAGTTTGGGGCCTTGGGACTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGACAGGTTCTGATTGTATGTACCCAGTTTGGGGCCTTGGGACTCA  850

seq1  CATGAAAAGAGATAGATATTGAGCCAGAGAATTTCA-GAAACATATGGAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATGAAAAGAGATAGATATTGAGCCAGAGAATTTCAGGAAACATATGGAA  900

seq1  GACAGGCTCAGGGTACC-TTCGATAGACTTCTAGCTAATTCAGGAAT-AT  947
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACAGGCTCAGGGTACCTTTCGATAGACTTCTAGCTAATTCAGGAATAAT  950

seq1  ATGTGTTTTCATCCTATCTCTCAGGCTGGTTAACCGTACTGGATGAGCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTTTCATCCTATCTCTCAGCTGGGTTAACCGTACTGGATGAGCTG  1000

seq1  TTCTCAG-AGAAAG-ACAGTTCCCAGAGCTTTTTGAGATATTGACCAGAT  1045
      ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGAAGAAAGAACAGTTCCCAGAGC-TTTTGAGATATTGACCAGAT  1049

seq1  TCTAGACACTTTTCTTTACAACTATCACTAATACTGGTTG-TCTAT-GGT  1093
      ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||
seq2  TCTAGACACTTTTCTTTAC-ACTATCACT-ATACTGGTTGTTCTATGGGT  1097

seq1  TTGCTTAGGTTAGGTAACTAAGGGCTG-ATGAGATGGTTCAGTGGGTAAA  1142
      |||| |||||   |||   |||| ||| ||||||  | ||||||||||||
seq2  TTGC-TAGGT--AGTACTAAAGGCCTGAATGAGAATGATCAGTGGGTAAA  1144

seq1  GAAGCT  1148
      ||||||
seq2  GAAGCT  1150

seq1: chrX_71486329_71487220
seq2: B6Ng01-186F12.g_65_956 (reverse)

seq1  GAAACTGGGGCTCCCAAACATGGGCTTCAGTGGGACAGTCCCAGTTGCCA  50
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAAACTGGGCTTCCCAAACATGGGCTTCAGTGGGACAGTCCCAGTTG-CA  49

seq1  ACTCCCTCCCTAGAGCCCCAGGCCATAGTACCACAGTAGAAGAACACTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTCCCTAGAGCCCCAGGCCATAGTACCACAGTAGAAGAACACTCA  99

seq1  TGGGCAGGCCTACCTTGGCC-AACAGTGACAGTGTAGGGGCTACGAGGGA  149
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGGCCTACCTTGGCCAAACAGTGACAGTGTAGGGGCTACGAGGGA  149

seq1  TGGGAACACCGGCGAAGGTGACATGTACTGTATGGACACCCTCCATGGTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACACCGGCGAAGGTGACATGTACTGTATGGACACCCTCCATGGTG  199

seq1  GGCTGATAGCTACAGCGATAGGTGCTGTCACCCCTGGCCTCCAGCTGAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGATAGCTACAGCGATAGGTGCTGTCACCCCTGGCCTCCAGCTGAGG  249

seq1  TTCCACTGTGCCTTTCTGTCCTGTAGGGTCCTGGATGACAACTTCCACCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTGTGCCTTTCTGTCCTGTAGGGTCCTGGATGACAACTTCCACCT  299

seq1  CACCCATGCCAGCTCCTGTCCCAAGGCACAGACTCAGCTCTAGGACCCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATGCCAGCTCCTGTCCCAAGGCACAGACTCAGCTCTAGGACCCCA  349

seq1  GCACAGCTCTCCCCCATGGCTGGCTGGGCCTGGGCTGTCTCCCCTCACCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCTCTCCCCCATGGCTGGCTGGGCCTGGGCTGTCTCCCCTCACCT  399

seq1  GCAGTGAAGATCTCAAAGTAGGTAGTCTTGTTGGCAATATTGCCACTGGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAAGATCTCAAAGTAGGTAGTCTTGTTGGCAATATTGCCACTGGG  449

seq1  CTCCAGACCAGGGCCCTGGGCAGTCACTTTGCTGGCATCACCCTGTGACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGACCAGGGCCCTGGGCAGTCACTTTGCTGGCATCACCCTGTGACT  499

seq1  TGTCCACATACACCTCAAAGGGGCTCTTGGCAATATGTTGGCCAGCAAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCACATACACCTCAAAGGGGCTCTTGGCAATATGTTGGCCAGCAAAG  549

seq1  AGCACAGTCACCTGTTCCCAGAAGGGGCAGGCTGTGAGAGTGAGGTAAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGTCACCTGTTCCCAGAAGGGGCAGGCTGTGAGAGTGAGGTAAGG  599

seq1  GGCCCTTCACCAACTACCCATGGCCACCAGCTTCCTTCTCAGCCAAGGAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTTCACCAACTACCCATGGCCACCAGCTTCCTTCTCAGCCAAGGAC  649

seq1  TCACCTTATGAGTCCCTGTCACTTCAGGGACATACCAGACAGAGAAAGTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTATGAGTCCCTGTCACTTCAGGGACATACCAGACAGAGAAAGTA  699

seq1  CGGTTCTTGTCATTATTGGCAGTCACTTTTGCCTGTAATGGGAAGAGTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTCTTGTCATTATTGGCAGTCACTTTTGCCTGTAATGGGAAGAGTGT  749

seq1  TAAGAGCAACCCCTTTAAAAGGGGGCATAACAGAATCCTGCCCTGCTAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCAACCCCTTTAAAAGGGGGCATAACAGAATCCTGCCCTGCTAAT  799

seq1  GGATAATCCTACCTCTTCCTGGTGTCCAGCTGGGTCCTCCACATATACAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAATCCTACCTCTTCCTGGTGTCCAGCTGGGTCCTCCACATATACAA  849

seq1  GCACTTCTCCCTGTCCAGCACTTCGGGTCTCCACAGTGAATTC  892
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTCTCCCTGTCCAGCACTTCGGGTCTCCACAGTGAATTC  892