BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213A22
ChromosomeX (Build37)
Map Location 43,589,541 - 43,717,661
singlet/doubletdoublet
Overlap geneActrt1
Upstream geneLOC100040038, EG385346, LOC100040075
Downstream geneEG245405, LOC665632
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213A22.bB6Ng01-213A22.g
ACCGA030693GA030694
length1,0161,091
definitionB6Ng01-213A22.b B6Ng01-213A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,589,541 - 43,590,556)(43,716,601 - 43,717,661)
sequence
gaattcatatattcatgttcatttttcccattaattattcactttatatc
ctgattgaaacctgcctcctcacagtcctcctcatctcagagcattcccc
ttcattgatccctcgtgttctcctcctctgagagcatttcccttcattga
tccctcgtgttctcctcctctgagaaggagccccttctggatatcccacg
ttggcacatcaaatcactgcagaactaggcaatcctctcccagtgaggac
ataccaggcagcctagttagggaagcaggataacaggatgtacagccatg
gttttcaatatttgtttgtttgtttgattgattattttggagatgtttag
ttcttgtttccattccactagggtttagattgggtcagaagagggactga
ggggttcctcatgtcagaagaatgctggatccaccacaaggtttggcaga
gtccacaggtgatagacttagtgtaggaagacatatccttcaaatagcct
gcctcaagcctgtagatgagactggggaactgcaacaaaggacaggagga
taaagattacttggccactaggttacaagatagggagtgttttgagatac
tgttggttgacacagagaagctgaaaagggctaggaggggtgttcaaagg
gtttacaggataaagaaaagtagaatttgcagatggaatcctgaggtaat
ggaggcagagagtgaggaaaattccctgacattgatctcctacaggacta
gggatgtgagggtggaatttgcaatagaggacagaaggcagagtaaagat
tgtctatctgattccaaggctaatctggtcattggatttccaggtacaaa
tgccaaaaacgaatgagaatgcgttctagggagtgtaggatgtgataaaa
ttgataacaggtagtaccaaagctggataaaggtatgaggtttgatgcag
ttgccagggataaaggcagagagggaagttaaatagctccatgactgtaa
ctaggctcttttaaaa

gaattcttttagagcagacttaagtttttctctttaaagttgacttttgt
tgttgaaattgttgaattagctcttggaagaataaagaattacttttcgt
gaacattagccataagcagaatacaaaagctctgtgtactggctggtttt
ttgtgtcaacttgacaaacctggagttatcacagagaaagaagcttcagt
tggggaagtgcctccatgagacccaactgtaaggcattttctcaattagt
gatcaagggggaaaggccccttgtgggtgggaccatctctgggctggtag
tcttggttctataagagagcaggctgagcaagccaggggaagcaagccag
taaagaacatccctccagggcctctgcatcagctcctgcttcctgacctg
cttgagttccagtcctgacttccttggttatgaatagcaatgtggaagtg
taagctgaataaaccctttcctccccaacctgcttcttgttcatgatgtt
tgtgcaggaatagaaaccctgactaatacactctgtatagatatattttt
tctaatgtatcctggctttattagggaccaaataatgagcgatcttttta
ctggcattcattaagcatacaaaatagtgggtataattcaaacatttctc
acatgtataatatacaacaaattttatcccttcttatacaaattacaata
taaataggtcatctgctaaaaaggtaacataggaatgagtaaatagaaca
tgtatatatattattgtttaaatagttttgttacgatactttttattcac
cagatgtcctcttaaaggcttactgccaaataaggtcaccctttctagct
ctttctgagctctggctgcctggttcaattcagctattctggctcaaact
cttatccaagttgaaccaagctgacttttctcagcttctcactgaacttt
tctacttggccaagtgaactctggcaatctgttctaatctgggtcttcct
cattcgttgcctgtttgtcttcacctgcaacttgtctcttgtaaattgcc
ccagtaaacctgacatactcaccaccacttctctctctcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_43589541_43590556
seq2: B6Ng01-213A22.b_48_1063

seq1  GAATTCATATATTCATGTTCATTTTTCCCATTAATTATTCACTTTATATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATATTCATGTTCATTTTTCCCATTAATTATTCACTTTATATC  50

seq1  CTGATTGAAACCTGCCTCCTCACAGTCCTCCTCATCTCAGAGCATTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGAAACCTGCCTCCTCACAGTCCTCCTCATCTCAGAGCATTCCCC  100

seq1  TTCATTGATCCCTCGTGTTCTCCTCCTCTGAGAGCATTTCCCTTCATTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGATCCCTCGTGTTCTCCTCCTCTGAGAGCATTTCCCTTCATTGA  150

seq1  TCCCTCGTGTTCTCCTCCTCTGAGAAGGAGCCCCTTCTGGATATCCCACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCGTGTTCTCCTCCTCTGAGAAGGAGCCCCTTCTGGATATCCCACG  200

seq1  TTGGCACATCAAATCACTGCAGAACTAGGCAATCCTCTCCCAGTGAGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCACATCAAATCACTGCAGAACTAGGCAATCCTCTCCCAGTGAGGAC  250

seq1  ATACCAGGCAGCCTAGTTAGGGAAGCAGGATAACAGGATGTACAGCCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGGCAGCCTAGTTAGGGAAGCAGGATAACAGGATGTACAGCCATG  300

seq1  GTTTTCAATATTTGTTTGTTTGTTTGATTGATTATTTTGGAGATGTTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCAATATTTGTTTGTTTGTTTGATTGATTATTTTGGAGATGTTTAG  350

seq1  TTCTTGTTTCCATTCCACTAGGGTTTAGATTGGGTCAGAAGAGGGACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTTTCCATTCCACTAGGGTTTAGATTGGGTCAGAAGAGGGACTGA  400

seq1  GGGGTTCCTCATGTCAGAAGAATGCTGGATCCACCACAAGGTTTGGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTCCTCATGTCAGAAGAATGCTGGATCCACCACAAGGTTTGGCAGA  450

seq1  GTCCACAGGTGATAGACTTAGTGTAGGAAGACATATCCTTCAAATAGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACAGGTGATAGACTTAGTGTAGGAAGACATATCCTTCAAATAGCCT  500

seq1  GCCTCAAGCCTGTAGATGAGACTGGGGAACTGCAACAAAGGACAGGAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAGCCTGTAGATGAGACTGGGGAACTGCAACAAAGGACAGGAGGA  550

seq1  TAAAGATTACTTGGCCACTAGGTTACAAGATAGGGAGTGTTTTGAGATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATTACTTGGCCACTAGGTTACAAGATAGGGAGTGTTTTGAGATAC  600

seq1  TGTTGGTTGACACAGAGAAGCTGAAAAGGGCTAGGAGGGGTGTTCAAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGTTGACACAGAGAAGCTGAAAAGGGCTAGGAGGGGTGTTCAAAGG  650

seq1  GTTTACAGGATAAAGAAAAGTAGAATTTGCAGATGGAATCCTGAGGTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACAGGATAAAGAAAAGTAGAATTTGCAGATGGAATCCTGAGGTAAT  700

seq1  GGAGGCAGAGAGTGAGGAAAATTCCCTGACATTGATCTCCTACAGGACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGAGAGTGAGGAAAATTCCCTGACATTGATCTCCTACAGGACTA  750

seq1  GGGATGTGAGGGTGGAATTTGCAATAGAGGACAGAAGGCAGAGTAAAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTGAGGGTGGAATTTGCAATAGAGGACAGAAGGCAGAGTAAAGAT  800

seq1  TGTCTATCTGATTCCAAGGCTAATCTGGTCATTGGATTTCCAGGTACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATCTGATTCCAAGGCTAATCTGGTCATTGGATTTCCAGGTACAAA  850

seq1  TGCCAAAAACGAATGAGAATGCGTTCTAGGGAGTGTAGGATG-GATAAAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGCCAAAAACGAATGAGAATGCGTTCTAGGGAGTGTAGGATGTGATAAAA  900

seq1  TTGATAACAGGTAGTACCAAAGCTGGAT-AAGGTATGAGGTTTGATGCAG  948
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAACAGGTAGTACCAAAGCTGGATAAAGGTATGAGGTTTGATGCAG  950

seq1  TTGCCAGGGAATAAAGGCAGAGAGGGAGGTTAAATAGCTCCATGAATTGT  998
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||
seq2  TTGCCAGGG-ATAAAGGCAGAGAGGGAAGTTAAATAGCTCCATG-ACTGT  998

seq1  AACTAGGCTCTTTTTAAA  1016
      |||||||||||||| |||
seq2  AACTAGGCTCTTTTAAAA  1016


seq1: chrX_43716601_43717661
seq2: B6Ng01-213A22.g_97_1154 (reverse)

seq1  AAGAGAGAGAGAAGTGGTGGTGGAGTATGTCAGTTTTACTGGGGCAATTT  50
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAGAGAAGTGGTGGT-GAGTATGTCAGGTTTACTGGGGCAATTT  49

seq1  TACAGAGACAGTTTGCAGGTGAAGACAAAACAAGGCAACGAATGAGGAAG  100
         |||||||  |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGACAAGTTGCAGGTGAAGACAAA--CAGGCAACGAATGAGGAAG  97

seq1  ACCCAGATTAGAACAGATTGCCAGAGTTCACTTGGCCAAGTAGAAAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGATTAGAACAGATTGCCAGAGTTCACTTGGCCAAGTAGAAAAGTT  147

seq1  CAGTGAGAAGCTGAGAAAAGTCAGCTTGGTTCAACTTGGATAAGAGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGAAGCTGAGAAAAGTCAGCTTGGTTCAACTTGGATAAGAGTTTG  197

seq1  AGCCAGAATAGCTGAATTGAACCAGGCAGCCAGAGCTCAGAAAGAGCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAATAGCTGAATTGAACCAGGCAGCCAGAGCTCAGAAAGAGCTAG  247

seq1  AAAGGGTGACCTTATTTGGCAGTAAGCCTTTAAGAGGACATCTGGTGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTGACCTTATTTGGCAGTAAGCCTTTAAGAGGACATCTGGTGAAT  297

seq1  AAAAAGTATCGTAACAAAACTATTTAAACAATAATATATATACATGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTATCGTAACAAAACTATTTAAACAATAATATATATACATGTTCT  347

seq1  ATTTACTCATTCCTATGTTACCTTTTTAGCAGATGACCTATTTATATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTCATTCCTATGTTACCTTTTTAGCAGATGACCTATTTATATTGT  397

seq1  AATTTGTATAAGAAGGGATAAAATTTGTTGTATATTATACATGTGAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTATAAGAAGGGATAAAATTTGTTGTATATTATACATGTGAGAAA  447

seq1  TGTTTGAATTATACCCACTATTTTGTATGCTTAATGAATGCCAGTAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAATTATACCCACTATTTTGTATGCTTAATGAATGCCAGTAAAAA  497

seq1  GATCGCTCATTATTTGGTCCCTAATAAAGCCAGGATACATTAGAAAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGCTCATTATTTGGTCCCTAATAAAGCCAGGATACATTAGAAAAAAT  547

seq1  ATATCTATACAGAGTGTATTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTATACAGAGTGTATTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATC  597

seq1  ATGAACAAGAAGCAGGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAGAAGCAGGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTC  647

seq1  CACATTGCTATTCATAACCAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGCTATTCATAACCAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTC  697

seq1  AGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCCTGGAGGGATGTTCTTTACTGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCCTGGAGGGATGTTCTTTACTGGCT  747

seq1  TGCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGACTACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGACTACCA  797

seq1  GCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAAT  847

seq1  TGAGAAAATGCCTTACAGTTGGGTCTCATGGAGGCACTTCCCCAACTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAATGCCTTACAGTTGGGTCTCATGGAGGCACTTCCCCAACTGAA  897

seq1  GCTTCTTTCTCTGTGATAACTCCAGGTTTGTCAAGTTGACACAAAAAACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTTCTCTGTGATAACTCCAGGTTTGTCAAGTTGACACAAAAAACC  947

seq1  AGCCAGTACACAGAGCTTTTGTATTCTGCTTATGGCTAATGTTCACGAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTACACAGAGCTTTTGTATTCTGCTTATGGCTAATGTTCACGAAA  997

seq1  AGTAATTCTTTATTCTTCCAAGAGCTAATTCAACAATTTCAACAACAAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTCTTTATTCTTCCAAGAGCTAATTCAACAATTTCAACAACAAAA  1047

seq1  GTCAACTTTAA  1061
      |||||||||||
seq2  GTCAACTTTAA  1058


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |