BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227F09
ChromosomeX (Build37)
Map Location 83,486,048 - 83,597,430
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCN716893, LOC667841, LOC236427, EG667852, EG436212, Gm41
Upstream geneLOC669833, 1600014K23Rik, Map3k7ip3, Gyk, LOC100042350, LOC629340, LOC100041562, 5430427O19Rik, 1700072E05Rik, Nr0b1
Downstream geneEG629374, EG637027, Il1rapl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227F09.bB6Ng01-227F09.g
ACCGA041032GA041033
length9911,090
definitionB6Ng01-227F09.b B6Ng01-227F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,486,048 - 83,487,001)(83,596,338 - 83,597,430)
sequence
gaattccaggccagctacacaatgagaccctatctcaaaaaaaatccatt
aaatgagtttggagttatgattgtggcagaatttctgacaaattctgaaa
tggccctgaacatatttctgatgttttataatttgtaattatgcaaatct
atgttaacaattaaaactgaaaatcttgatcaactctgaaaaacatttaa
gattatacactgcagtatcactcagctaagggttaataaaaataatatat
gttacactttatgtatgtattttgtgcacggtcacagcaaggcacgtaca
tggaggtcagaggacatcatgggggtgggttctctccttttaccatgtgt
ttcttgacaatcaaactcaggtcattgtgtttagtggcatgtgctttcat
tcagtgagccatcttgcaggcaccacgatttactgttttacatagaataa
acaagtagcagggcagtggtggcgcatgcctttaatcccagcacttggga
ggcagaggcaggtggatttcggagttcaaggctagcctggtctacagagt
gagttccaggacagtcagccagggctatacagagaaaccctgtctcgaaa
tattaaagggaaaaaaccacgaagatatcatgaattttgtagggaaataa
atagaatttgagaatatcatcctgagtgaggtaacccagtcccaaaagga
tatgcatggtatataatcactgataagtggatattaattatgtaatacag
aatacctgtgctatactctacagatgaatagaatctaaaaagaaggaagg
cactagcgagaatgcttgaatctcaattagaaaggggaataaaaaatcat
gagaggcagatggagggagcaaactggatggcagagggtttgcagagagg
gctagggtggttcagatcaatgtgtgggctgggacagaagagatgtccag
atgggccatgtaatgagtgaaatacgcattgatagggtggg

gaattcagagggagccataagagggtcataggaggagatttagggtagcc
tagcccagcaggtaggggtccaagaaagcataatttcaggtagccatgct
gagtgcttgggagacaggatataagcaggagactccatgaaacttagggt
agccacacctactatttaggagtcagggggaacattaaatgggaagtact
atgagtcttaagaatgccactcccagcaggtgggatgcagaaggagcctt
aagagggaggtaccaagaggctttgattagagggagatagtatgacttta
gggcagctttgcccaccatgtaggggtctaaggaagcatgatttcagttc
gctatgcctcgtacttgggagtcagaagataaactgtcaatgccttgata
tttagggtaggcatgcctagcacttaggagtcagaaggaaacttagggga
aggtactactaggcttaagatagccttgctcagaatgtagcatccagaga
gagccatagagggatgtaccaggagattcagggtaaccttgcctagcagg
taagtatccaaaggaagcataatttcaggtagccagtcccagtgtttggg
agtcaaagagtaagcaagagataccatgaaacttagggtagctttgcctt
gtaaatagtcagaggaaaccttaagagggacttactgtgaggcttaagtt
agtatggctagaacctggaattcagagggagccttaaaggaaggtaccat
gaggtttagtataaccatgcccagtatgtggaagatagagggagccttaa
gctgggatataaggaaaggcttaatgtagtattacccaaacctttggagt
cagagccataaaagaaaggtagcatggcattttacagctacatgtccagc
agttaggggttagaggtcccagcacttgggagtctgagggtaaactggag
atgccatgagacttagggtagccataccctagcacatgggtagtcagagg
aaccttaaaaggggaggtactagggagctagatatgcacactatcatgtt
ggcattcagaggggagattgagcagacagacatgacattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_83486048_83487001
seq2: B6Ng01-227F09.b_47_999

seq1  GAATTCCAGGCCAGCTACACAATGAGACCCTATCTCAAAAAAAATCCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGCTACACAATGAGACCCTATCTCAAAAAAAATCCATT  50

seq1  AAATGAGTTTGGAGTTATGATTGTGGCAGAATTTCTGACAAATTCTGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGTTTGGAGTTATGATTGTGGCAGAATTTCTGACAAATTCTGAAA  100

seq1  TGGCCCTGAACATATTTCTGATGTTTTATAATTTGTAATTATGCAAATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCTGAACATATTTCTGATGTTTTATAATTTGTAATTATGCAAATCT  150

seq1  ATGTTAACAATTAAAACTGAAAATCTTGATCAACTCTGAAAAACATTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAACAATTAAAACTGAAAATCTTGATCAACTCTGAAAAACATTTAA  200

seq1  GATTATACACTGCAGTATCACTCAGCTAAGGGTTAATAAAAATAATATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATACACTGCAGTATCACTCAGCTAAGGGTTAATAAAAATAATATAT  250

seq1  GTTACACTTTATGTATGTATTTTGTGCACGGTCACAGCAAGGCACGTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACACTTTATGTATGTATTTTGTGCACGGTCACAGCAAGGCACGTACA  300

seq1  TGGAGGTCAGAGGACATCATGGGGGTGGGTTCTCTCCTTTTACCATGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTCAGAGGACATCATGGGGGTGGGTTCTCTCCTTTTACCATGTGT  350

seq1  TTCTTGACAATCAAACTCAGGTCATTGTGTTTAGTGGCATGTGCTTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGACAATCAAACTCAGGTCATTGTGTTTAGTGGCATGTGCTTTCAT  400

seq1  TCAGTGAGCCATCTTGCAGGCACCACGATTTACTGTTTTACATAGAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAGCCATCTTGCAGGCACCACGATTTACTGTTTTACATAGAATAA  450

seq1  ACAAGTAGCAGGGCAGTGGTGGCGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTAGCAGGGCAGTGGTGGCGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGA  500

seq1  GGCAGAGGCAGGTGGATTTCGGAGTTCAAGGCTAGCCTGGTCTACAGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCAGGTGGATTTCGGAGTTCAAGGCTAGCCTGGTCTACAGAGT  550

seq1  GAGTTCCAGGACAGTCAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCAGGACAGTCAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAA  600

seq1  TATTAAAGGGAAAAAACCACGAAGATATCATGAATTTTGTAGGGAAATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAGGGAAAAAACCACGAAGATATCATGAATTTTGTAGGGAAATAA  650

seq1  ATAGAATTTGAGAATATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAGTCCCAAAAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATTTGAGAATATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAGTCCCAAAAGGA  700

seq1  TATGCATGGTATATAATCACTGATAAGTGGATATTAATTATGTAATACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGGTATATAATCACTGATAAGTGGATATTAATTATGTAATACAG  750

seq1  AATACCTGTGCTATACTCTACAGATGAATAGAATCTAAAAAGAAGGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTGTGCTATACTCTACAGATGAATAGAATCTAAAAAGAAGGAAGG  800

seq1  CACTAGCGAGAATGCTTGAATCTCAATTAGAAAGGGGAATAAAAAATCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGCGAGAATGCTTGAATCTCAATTAGAAAGGGGAATAAAAAATCAT  850

seq1  GAGAGGCAGATGGAGGGAGCAAACTGGATGGCAGAGGGTTTGCAGAGAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCAGATGGAGGGAGCAAACTGGATGGCAGAGGGTTTGCAGAGAGG  900

seq1  GCTAGGGTGGTTCAGGATCAATGTGTGGGCTGGGACAGAAGAGATGTCCA  950
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGGTGGTTCA-GATCAATGTGTGGGCTGGGACAGAAGAGATGTCCA  949

seq1  GATG  954
      ||||
seq2  GATG  953


seq1: chrX_83596338_83597430
seq2: B6Ng01-227F09.g_69_1158 (reverse)

seq1  AAATGTCATGGTCCTGTCTGCTTCTATCT-CCCTCTGAATGCC-ACATGA  48
      ||||||||||   |||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||
seq2  AAATGTCATG--TCTGTCTGC-TCAATCTCCCCTCTGAATGCCAACATGA  47

seq1  TAGGTGTGCATATCTTAAGCTTCCTAGTACCTCCCCTTTTAAGGTTCCTT  98
      || ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TA-GTGTGCATATCT--AGCTCCCTAGTACCTCCCCTTTTAAGGTTCC-T  93

seq1  CTGACTA-CCATGTGCTA-GGTATGGCTACCCTAAGTCTCATGGCATCTC  146
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTACCCATGTGCTAGGGTATGGCTACCCTAAGTCTCATGGCATCTC  143

seq1  CAGTTTACCCTCAGACTCCCAAGTGCTGGGACCTCTAACCCCTAACTGCT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTACCCTCAGACTCCCAAGTGCTGGGACCTCTAACCCCTAACTGCT  193

seq1  GGACATTGTAGCTGT-AAATGCCATGCTACCTTTCTTTTATGGCTCTGAC  245
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACA-TGTAGCTGTAAAATGCCATGCTACCTTTCTTTTATGGCTCTGAC  242

seq1  TCCAAAGGTTTGGGTAATACTACATTAAGCCTTTCCTTATATCCCAGCTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGGTTTGGGTAATACTACATTAAGCCTTTCCTTATATCCCAGCTT  292

seq1  AAGGCTCCCTCTATCTTCCACATACTGGGCATGGTTATACTAAACCTCAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCCCTCTATCTTCCACATACTGGGCATGGTTATACTAAACCTCAT  342

seq1  GGTACCTTCCTTTAAGGCTCCCTCTGAATTCCAGGTTCTAGCCATACTAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCTTCCTTTAAGGCTCCCTCTGAATTCCAGGTTCTAGCCATACTAA  392

seq1  CTTAAGCCTCACAGTAAGTCCCTCTTAAGGTTTCCTCTGACTATTTACAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGCCTCACAGTAAGTCCCTCTTAAGGTTTCCTCTGACTATTTACAA  442

seq1  GGCAAAGCTACCCTAAGTTTCATGGTATCTCTTGCTTACTCTTTGACTCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGCTACCCTAAGTTTCATGGTATCTCTTGCTTACTCTTTGACTCC  492

seq1  CAAACACTGGGACTGGCTACCTGAAATTATGCTTCCTTTGGATACTTACC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACTGGGACTGGCTACCTGAAATTATGCTTCCTTTGGATACTTACC  542

seq1  TGCTAGGCAAGGTTACCCTGAATCTCCTGGTACATCCCTCTATGGCTCTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGCAAGGTTACCCTGAATCTCCTGGTACATCCCTCTATGGCTCTC  592

seq1  TCTGGATGCTACATTCTGAGCAAGGCTATCTTAAGCCTAGTAGTACCTTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATGCTACATTCTGAGCAAGGCTATCTTAAGCCTAGTAGTACCTTC  642

seq1  CCCTAAGTTTCCTTCTGACTCCTAAGTGCTAGGCATGCCTACCCTAAATA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGTTTCCTTCTGACTCCTAAGTGCTAGGCATGCCTACCCTAAATA  692

seq1  TCAAGGCATTGACAGTTTATCTTCTGACTCCCAAGTACGAGGCATAGCGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCATTGACAGTTTATCTTCTGACTCCCAAGTACGAGGCATAGCGA  742

seq1  ACTGAAATCATGCTTCCTTAGACCCCTACATGGTGGGCAAAGCTGCCCTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAATCATGCTTCCTTAGACCCCTACATGGTGGGCAAAGCTGCCCTA  792

seq1  AAGTCATACTATCTCCCTCTAATCAAAGCCTCTTGGTACCTCCCTCTTAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATACTATCTCCCTCTAATCAAAGCCTCTTGGTACCTCCCTCTTAA  842

seq1  GGCTCCTTCTGCATCCCACCTGCTGGGAGTGGCATTCTTAAGACTCATAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTTCTGCATCCCACCTGCTGGGAGTGGCATTCTTAAGACTCATAG  892

seq1  TACTTCCCATTTAATGTTCCCCCTGACTCCTAAATAGTAGGTGTGGCTAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCCATTTAATGTTCCCCCTGACTCCTAAATAGTAGGTGTGGCTAC  942

seq1  CCTAAGTTTCATGGAGTCTCCTGCTTATATCCTGTCTCCCAAGCACTCAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTTTCATGGAGTCTCCTGCTTATATCCTGTCTCCCAAGCACTCAG  992

seq1  CATGGCTACCTGAAATTATGCTTTCTTGGACCCCTACCTGCTGGGCTAGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTACCTGAAATTATGCTTTCTTGGACCCCTACCTGCTGGGCTAGG  1042

seq1  CTACCCTAAATCTCCTCCTATGACCCTCTTATGGCTCCCTCTGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCTAAATCTCCTCCTATGACCCTCTTATGGCTCCCTCTGAATTC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |