BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233B10
ChromosomeX (Build37)
Map Location 68,103,118 - 68,277,396
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpia-psx_466.1, EG628080
Upstream geneAff2, 1700020N15Rik, Ids, 1110012L19Rik, 4930567H17Rik, LOC100040304, LOC628002, LOC628012, BC023829, EG547447, LOC666981, LOC100040409, LOC628053, LOC100040432, EG280121, LOC666993
Downstream geneG630014P10Rik, LOC667013, Mtm1, Mtmr1, Cd99l2, LOC667017, Hmgb3, LOC100040549, Gpr50, LOC654357, 2610030H06Rik, Gm1141, Prrg3, Fate1, Cnga2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233B10.bB6Ng01-233B10.g
ACCGA045247GA045248
length1,045852
definitionB6Ng01-233B10.b B6Ng01-233B10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,103,118 - 68,103,746)(68,276,547 - 68,277,396)
sequence
gaattctcaaacaatgcaaatattatctaaaacataaatggtaaccaaac
atttctggactcattggatatgtgatactaatttataaaacacatgccta
gtatctgggcatataaagatattatcctcgcccttccgctcgactcatga
ctcgagccccgggctaccttgccagcagagtcttgcccaacacccgcaag
ggtccacacgggactccccacgggaccctaagacctctggtgagtggatc
acagtgcctgccccaatccaatcgcgcggaactcgagactgcggtacata
gggaagcaggctacccgggcctgatctggggcacaagtcccttccgctcg
actcgagactcgagccccaggctaccttgccagcagagtcttgcccaaca
cccgcaagggtccacacgggactccccacgggaccctaagacctctggtg
agtggatcacagtgcctgccccaatccaatcgcgcggaacttgagactgc
ggtacatagggaagcaggctacccgggcctgatctggggcacaagtccct
tccgctcgactcgagactcgagccccgggctaccttgacagcagagtctt
gcccaacacccgcaagggcccacacgggactccccacgggaccctaagac
ctctggtgagtggaacacagcgcctaccccaatccaatcgcgtggaactt
gagactgcggtacatagggaagcaggctacccgggcttgatctggggcac
aaaccccttccactccactcgagccccggctaccttgccagctgagtcgc
ctgacacccacaagggcccacacaggattccacacgtgatcctaagacct
ctagtgagtggaacacaacttctgccaggagtctggttcgaaccaccaga
tatctgggtacctgccttgcaagaaggagagcttgcctgcagagaatact
cctgccactgaaacctaaggagagtgctacccctccaggtctgctcatag
aggcttaccagtcacctgaagaacagcttcttacagtgacaacta
gaattcttgagcatcttttgctccaaggacctagaagacctgataactca
ggccaaagcttttgctgaaggtcgtctgactgggtcactgtcatattggt
agatcctaggactccaagtttccagcagctggctctctctgttggctaag
atcactggccctgatttaagaggcagaaatccaaagagacctgactcaac
agcaggtgcaagcaacacctaattagcctaatggcacggttgccagcact
acgaagtgaatttcttccctgacccttgagagtcccatgccagcattgat
ccaagaggcctaactccctagctgcttggattaacactgatgagtttcca
gcttgtaacaagggtggtggctacatatatcatctttacctttataggct
atctctgagatatacctagagaagtgcaggttagcagcagagaagtgaat
ttcttccctgacccttgagagtcccatgccagcattgatccaagaggcct
aactccctagctgcttggattaacactgatgagtttccagcttgtaacaa
gggtggtggctacatatatcatctttacctttataggctatctctgagat
atacctagagaagtgcaggttagcagcagagaacaagtccatgcacatct
gtgtccctgtttttttctcttgctaccagaatctttcttttggacaatga
cagtgattttttataacaccatttagagcaacgaccctgtgaaggttaca
gtggctcttgtctccagctatacctttttggaaatcttattgacattccc
acagtggctgggaccttcctggactcagactggcgaggctgggtgctgtg
gg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_68103118_68103746
seq2: B6Ng01-233B10.b_47_675

seq1  GAATTCTCAAACAATGCAAATATTATCTAAAACATAAATGGTAACCAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAACAATGCAAATATTATCTAAAACATAAATGGTAACCAAAC  50

seq1  ATTTCTGGACTCATTGGATATGTGATACTAATTTATAAAACACATGCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGGACTCATTGGATATGTGATACTAATTTATAAAACACATGCCTA  100

seq1  GTATCTGGGCATATAAAGATATTATCCTCGCCCTTCCGCTCGACTCATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGGGCATATAAAGATATTATCCTCGCCCTTCCGCTCGACTCATGA  150

seq1  CTCGAGCCCCGGGCTACCTTGCCAGCAGAGTCTTGCCCAACACCCGCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAGCCCCGGGCTACCTTGCCAGCAGAGTCTTGCCCAACACCCGCAAG  200

seq1  GGTCCACACGGGACTCCCCACGGGACCCTAAGACCTCTGGTGAGTGGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCACACGGGACTCCCCACGGGACCCTAAGACCTCTGGTGAGTGGATC  250

seq1  ACAGTGCCTGCCCCAATCCAATCGCGCGGAACTCGAGACTGCGGTACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCCTGCCCCAATCCAATCGCGCGGAACTCGAGACTGCGGTACATA  300

seq1  GGGAAGCAGGCTACCCGGGCCTGATCTGGGGCACAAGTCCCTTCCGCTCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCAGGCTACCCGGGCCTGATCTGGGGCACAAGTCCCTTCCGCTCG  350

seq1  ACTCGAGACTCGAGCCCCAGGCTACCTTGCCAGCAGAGTCTTGCCCAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGAGACTCGAGCCCCAGGCTACCTTGCCAGCAGAGTCTTGCCCAACA  400

seq1  CCCGCAAGGGTCCACACGGGACTCCCCACGGGACCCTAAGACCTCTGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCAAGGGTCCACACGGGACTCCCCACGGGACCCTAAGACCTCTGGTG  450

seq1  AGTGGATCACAGTGCCTGCCCCAATCCAATCGCGCGGAACTTGAGACTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATCACAGTGCCTGCCCCAATCCAATCGCGCGGAACTTGAGACTGC  500

seq1  GGTACATAGGGAAGCAGGCTACCCGGGCCTGATCTGGGGCACAAGTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACATAGGGAAGCAGGCTACCCGGGCCTGATCTGGGGCACAAGTCCCT  550

seq1  TCCGCTCGACTCGAGACTCGAGCCCCGGGCTACCTTGACAGCAGAGTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCTCGACTCGAGACTCGAGCCCCGGGCTACCTTGACAGCAGAGTCTT  600

seq1  GCCCAACACCCGCAAGGGCCCACACGGGA  629
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAACACCCGCAAGGGCCCACACGGGA  629

seq1: chrX_68276547_68277396
seq2: B6Ng01-233B10.g_72_923 (reverse)

seq1  CCCACAGCACCAAGCCTCGCCAGTCTGAGTCCAGGAAGGTCCCAGCCACT  50
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGCACCCAGCCTCGCCAGTCTGAGTCCAGGAAGGTCCCAGCCACT  50

seq1  GTGGGAATGTCAATAAGATTTCCAAAAAGGTATAGCTGGAGACAAGAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAATGTCAATAAGATTTCCAAAAAGGTATAGCTGGAGACAAGAGCC  100

seq1  ACTGTAACCTTCACAGGGTCGTTGCTCTAAATGGTGTTATAAAAAATCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAACCTTCACAGGGTCGTTGCTCTAAATGGTGTTATAAAAAATCAC  150

seq1  TGTCATTGTCCAAAAGAAAGATTCTGGTAGCAAGAGAAAAAAACA-GGAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTCATTGTCCAAAAGAAAGATTCTGGTAGCAAGAGAAAAAAACAGGGAC  200

seq1  ACAGATGTGCATGGACTTGTTCTCTGCTGCTAACCTGCACTTCTCTAGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTGCATGGACTTGTTCTCTGCTGCTAACCTGCACTTCTCTAGGT  250

seq1  ATATCTCAGAGATAGCCTATAAAGGTAAAGATGATATATGTAGCCACCAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCAGAGATAGCCTATAAAGGTAAAGATGATATATGTAGCCACCAC  300

seq1  CCTTGTTACAAGCTGGAAACTCATCAGTGTTAATCCAAGCAGCTAGGGAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTACAAGCTGGAAACTCATCAGTGTTAATCCAAGCAGCTAGGGAG  350

seq1  TTAGGCCTCTTGGATCAATGCTGGCATGGGACTCTCAAGGGTCAGGGAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCCTCTTGGATCAATGCTGGCATGGGACTCTCAAGGGTCAGGGAAG  400

seq1  AAATTCACTTCTCTGCTGCTAACCTGCACTTCTCTAGGTATATCTCAGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCACTTCTCTGCTGCTAACCTGCACTTCTCTAGGTATATCTCAGAG  450

seq1  ATAGCCTATAAAGGTAAAGATGATATATGTAGCCACCACCCTTGTTACAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTATAAAGGTAAAGATGATATATGTAGCCACCACCCTTGTTACAA  500

seq1  GCTGGAAACTCATCAGTGTTAATCCAAGCAGCTAGGGAGTTAGGCCTCTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAACTCATCAGTGTTAATCCAAGCAGCTAGGGAGTTAGGCCTCTT  550

seq1  GGATCAATGCTGGCATGGGACTCTCAAGGGTCAGGGAAGAAATTCACTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAATGCTGGCATGGGACTCTCAAGGGTCAGGGAAGAAATTCACTTC  600

seq1  GTAGTGCTGGCAACCGTGCCATTAGGCTAATTAGGTGTTGCTTGCACCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGCTGGCAACCGTGCCATTAGGCTAATTAGGTGTTGCTTGCACCTG  650

seq1  CTGTTGAGTCAGGTCTCTTTGGATTTCTGCCTCTTAAATCAGGGCCAGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAGTCAGGTCTCTTTGGATTTCTGCCTCTTAAATCAGGGCCAGTG  700

seq1  ATCTTAGCCAACAGAGAGAGCCAGCTGCTGGAAACTTGGAGTCCTAGGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGCCAACAGAGAGAGCCAGCTGCTGGAAACTTGGAGTCCTAGGAT  750

seq1  CTACCAATATGACAGTGACCCAGTCAGACGACCTTCAGCAAAAGCTTTGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAATATGACAGTGACCCAGTCAGACGACCTTCAGCAAAAGCTTTGG  800

seq1  CCTGAGTTATCAGGTCTTCTAGGTCCTTGGAGC-ACAGATGCTCAAGAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTATCAGGTCTTCTAGGTCCTTGGAGCAAAAGATGCTCAAGAAT  850

seq1  TC  850
      ||
seq2  TC  852