BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254N08
ChromosomeX (Build37)
Map Location 40,225,637 - 40,350,355
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdz1
Upstream geneThoc2, LOC665488, EG333830, LOC100039838, Birc4, Stag2, LOC100039899, Sh2d1a
Downstream geneGm362, LOC100039977, LOC100039987
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254N08.bB6Ng01-254N08.g
ACCGA061198GA061199
length1,1351,217
definitionB6Ng01-254N08.b B6Ng01-254N08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,225,637 - 40,226,794)(40,349,145 - 40,350,355)
sequence
gaattctttgtttctattattttttattttctcctgtctttgacaggccc
gaactgggaataattctgggttagagtttcctccacttgaagccctgtgg
ttgaattaggagaaagctggaagaagaagctgaggaggagggcaacccta
taggaagaccagcagtatcaactaactaacccgacccttgagatctcaga
cactgatccatgaaccaggcagcatataccagctaatatgaggctcccaa
tacatatacagtttaataaaactaaaatgattttttaatgtgcatgcagt
atataaatatgtatgtggtcatgtcatttaccaaaaaatgcaagaggaat
taacatgaacaatctctaaatcagagctacttttgcacatgtctctcatc
ttcttttaaactgtatgcgatattggaatgaattattttaacaacataca
tttattatagcattctcatgcacactttgtttttgcagatcctcttttac
catctctgctgctggtcccttctcccatcaaggcctctttttatttccac
acgtgttggcaatttttaaatgttaacttcattattgttattattattat
ttatagtatcaatatagtgttgtgtctgtatgtgtgacgcatatgtttgt
ggtttgtggctatcaaatcataagtttgcagcattagtttgtgccttcta
ccaagagtttagggatagaactcagtgttcaggttttttgctcatttggt
caactctctggcttcctacaagattttgaagtctcttaccatcaacaatg
caacattttaaagtgatggatagattacctaaaatgattttcattattaa
ttcaaaaggtagacctgtatcaatacatcatgttatgtaccttaaaggta
tacatttttaacttgtggttcaatgtatgtgatgtgaatgtgtgccaaac
atgaaatccaatgtattttttcaaaaacacttaatttcttttatgtatat
aaatattaatgatgctatcaaagttttcagagtcagagcattctatatag
ttctagagtataagtgctatatcatattggaaaattaagaaacacagtat
gtatatttcaaatagtctcagttagtaatccatgt
gaattcaaaaagacacacaaagttcactgttatagtgtaaagcaggaaca
ctctcaagagatgagagtgaacaacgactaaagagactgctgtataaagt
acatactcaggggagggaatgggcaatgggctaagggactattgttcaga
cttccattttaagtaggctttaaactatttttaacatctctggaacagac
aactttcctgacggacattttgttgtccaggtgattgacaggccctactt
gcattgatgcttctagaaaggggcactggtatgaccttgatctttatctg
aaagtctcttgttagataatgatcctgtatggttctgggctgctggaccc
aggtttagatagttatcaattaataaccttccaagcagttccagatgaca
catctactcttaggaccacagatgtgacttaggtcccatttctctgactc
aggatttgtttttttacaaagtgttcactatgatggaagggctctgcctt
aaagttttctgatcccactaatattaaactagctatttaacatgcctact
tcaaagtaatggttgccttaggggataagaacacaaaaagaaatattaac
cctgttattctctaataatataaattcattttattcacaaatgcaacttg
tctgtaagcacctctttatcatcacgatcttggggatacaatactttgta
tgtaaggtaataggtccacttagactcacaattttatatctcactttatt
gggtgctcaggtctcattaaaaataactcaattattctatactgcatcaa
atggtaaccaagtctttttgtgatataaacaggttcacaggtaaatcaca
gcactatctcccaaatccgaagagagaaactccaggggatttatagtaat
ttctggaatttcagtcctttaaccctcctgttttatcaaggtgctcttgt
atattgaatttaacaactttctagaaatagcgagtaaatgaaatagcaag
agctaaaagaaaactcagaaatgggtcatgggcaagttcaaggaaccaca
tttaatattagggaagcataattacaatcagttccttgtctatgaatctg
atgaagatcagatctaactaacattcagtccacatacttccttaaggtat
ttggatttgatacaaattgccatacagttgagctacaaacttagacagcc
ttatatgttttaaagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_40225637_40226794
seq2: B6Ng01-254N08.b_46_1180

seq1  GAATTCTTTGTTTCTATTATTTTTTATTTTCTCCTGTCTTTGACAGGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTCTATTATTTTTTATTTTCTCCTGTCTTTGACAGGCCC  50

seq1  GAACTGGGAATAATTCTGGGTTAGAGTTTCCTCCACTTGAAGCCCTGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGGAATAATTCTGGGTTAGAGTTTCCTCCACTTGAAGCCCTGTGG  100

seq1  TTGAATTAGGAGAAAGCTGGAAGAAGAAGCTGAGGAGGAGGGCAACCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTAGGAGAAAGCTGGAAGAAGAAGCTGAGGAGGAGGGCAACCCTA  150

seq1  TAGGAAGACCAGCAGTATCAACTAACTAACCCGACCCTTGAGATCTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGACCAGCAGTATCAACTAACTAACCCGACCCTTGAGATCTCAGA  200

seq1  CACTGATCCATGAACCAGGCAGCATATACCAGCTAATATGAGGCTCCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATCCATGAACCAGGCAGCATATACCAGCTAATATGAGGCTCCCAA  250

seq1  TACATATACAGTTTAATAAAACTAAAATGATTTTTTAATGTGCATGCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATACAGTTTAATAAAACTAAAATGATTTTTTAATGTGCATGCAGT  300

seq1  ATATAAATATGTATGTGGTCATGTCATTTACCAAAAAATGCAAGAGGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATATGTATGTGGTCATGTCATTTACCAAAAAATGCAAGAGGAAT  350

seq1  TAACATGAACAATCTCTAAATCAGAGCTACTTTTGCACATGTCTCTCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGAACAATCTCTAAATCAGAGCTACTTTTGCACATGTCTCTCATC  400

seq1  TTCTTTTAAACTGTATGCGATATTGGAATGAATTATTTTAACAACATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAAACTGTATGCGATATTGGAATGAATTATTTTAACAACATACA  450

seq1  TTTATTATAGCATTCTCATGCACACTTTGTTTTTGCAGATCCTCTTTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATAGCATTCTCATGCACACTTTGTTTTTGCAGATCCTCTTTTAC  500

seq1  CATCTCTGCTGCTGGTCCCTTCTCCCATCAAGGCCTCTTTTTATTTCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGCTGCTGGTCCCTTCTCCCATCAAGGCCTCTTTTTATTTCCAC  550

seq1  ACGTGTTGGCAATTTTTAAATGTTAACTTCATTATTGTTATTATTATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTTGGCAATTTTTAAATGTTAACTTCATTATTGTTATTATTATTAT  600

seq1  TTATAGTATCAATATAGTGTTGTGTCTGTATGTGTGACGCATATGTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTATCAATATAGTGTTGTGTCTGTATGTGTGACGCATATGTTTGT  650

seq1  GGTTTGTGGCTATCAAATCATAAGTTTGCAGCATTAGTTTGTGCCTTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTGGCTATCAAATCATAAGTTTGCAGCATTAGTTTGTGCCTTCTA  700

seq1  CCAAGAGTTTAGGGATAGAACTCAGTGTTCAGGTTTTTTGCTCATTTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGTTTAGGGATAGAACTCAGTGTTCAGGTTTTTTGCTCATTTGGT  750

seq1  CAACTCTCTGGCTTCCTACAAGATTTTGAAGTCTCTTACCATCAACAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTCTGGCTTCCTACAAGATTTTGAAGTCTCTTACCATCAACAATG  800

seq1  CAACATTTTAAAGTGATGGATAGATTACCTAAAATGATTTTCATTATTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTTTAAAGTGATGGATAGATTACCTAAAATGATTTTCATTATTAA  850

seq1  TTCAAAAGGTAGACCTGTATCAATACATCATGTTATGTACCTTAAAGGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGGTAGACCTGTATCAATACATCATGTTATGTACCTTAAAGGTA  900

seq1  TACATTTTTAACTTGTGGTTCAATGTATGTGATGTGAATGTGTGCCAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TACATTTTTAACTTGTGGTTCAATGTATGTGATGTGAATGTGTGCC-AAA  949

seq1  CATGAAAAATCCAATGTA-TTTTTCAAAAACACTTAATTTC-TTTATGTA  998
      ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  CATG--AAATCCAATGTATTTTTTCAAAAACACTTAATTTCTTTTATGT-  996

seq1  ATATAAAAATAATAAATGATGCTATCAAAGGTTTTCAAGAGTTCAGAGCA  1048
      |||||||    || ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||
seq2  ATATAAA---TATTAATGATGCTATCAAA-GTTTTC-AGAG-TCAGAGCA  1040

seq1  TTCCTATATAGTTCTAGGAGTATAAAGTGCTATATCATATTTGGGAAAAA  1098
      || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||   | ||||
seq2  TT-CTATATAGTTCTA-GAGTAT-AAGTGCTATATCATATT---GGAAAA  1084

seq1  TTTAAAAGAAACCACAGTATTGGAATATTTTTAAAATAGTCTCATGTAGT  1148
      ||   |||||| ||||||||     ||| ||| |||||||||||  ||||
seq2  TT---AAGAAA-CACAGTAT----GTATATTTCAAATAGTCTCAGTTAGT  1126

seq1  AATTCCATGT  1158
      || |||||||
seq2  AA-TCCATGT  1135

seq1: chrX_40349145_40350355
seq2: B6Ng01-254N08.g_72_1288 (reverse)

seq1  CTCTTT--AACAT-TAAAGCTG-CTAAGTTTTGTAGCTCAAGTGTATTGC  46
      ||||||  ||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| ||||| ||
seq2  CTCTTTAAAACATATAAGGCTGTCTAAG-TTTGTAGCTCAACTGTATGGC  49

seq1  ATATGGTACTAAAT-CAAATA-CTTAAGGAAGTAATGT-GACTGAATTGG  93
      |  | |||  |||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||  |
seq2  AATTTGTATCAAATCCAAATACCTTAAGGAAGT-ATGTGGACTGAAT--G  96

seq1  TTAGGTAGATCTGGATTCCTTTCATCAGATCCATAGACAAGG-ACTGATG  142
      |||| ||||||| |||    |||||||||| ||||||||||| |||||| 
seq2  TTAGTTAGATCT-GAT---CTTCATCAGATTCATAGACAAGGAACTGATT  142

seq1  GTTATTTTAATGCTTCCCT-ATATT-ATGGTGGTTCCTTGGACCTGCCCA  190
      || |||   |||||||||| ||||| |  ||||||||||| || ||||||
seq2  GTAATT---ATGCTTCCCTAATATTAAATGTGGTTCCTTGAACTTGCCCA  189

seq1  TGA-CCATTTCTGAGTTT--CTTTAGCTCTTGCTATTTCATTTACTCGCT  237
      ||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCATTTCTGAGTTTTCTTTTAGCTCTTGCTATTTCATTTACTCGCT  239

seq1  ATTTCTAGAAAGTTGTT-AATTC-ATATACAAGAGCACCTTGAT-AAACA  284
      ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTTCTAGAAAGTTGTTAAATTCAATATACAAGAGCACCTTGATAAAACA  289

seq1  GGAGGGTTAAAGGACTGAAATTCCAGAAATTACTATAAAT-CCCTGGAGT  333
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGAGGGTTAAAGGACTGAAATTCCAGAAATTACTATAAATCCCCTGGAGT  339

seq1  TTCTCTCTTCGGATTTGGGAGATAGTGCTGTGATTTACCTGTGAACCTGT  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTTCGGATTTGGGAGATAGTGCTGTGATTTACCTGTGAACCTGT  389

seq1  TTATATCACAAAAAGACTTGGTTACCATTTGATGCAGTATAGAATAATTG  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCACAAAAAGACTTGGTTACCATTTGATGCAGTATAGAATAATTG  439

seq1  AGTTATTTTTAATGAGACCTGAGCACCCAATAAAGTGAGATATAAAATTG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTTTTAATGAGACCTGAGCACCCAATAAAGTGAGATATAAAATTG  489

seq1  TGAGTCTAAGTGGACCTATTACCTTACATACAAAGTATTGTATCCCCAAG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTAAGTGGACCTATTACCTTACATACAAAGTATTGTATCCCCAAG  539

seq1  ATCGTGATGATAAAGAGGTGCTTACAGACAAGTTGCATTTGTGAATAAAA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTGATGATAAAGAGGTGCTTACAGACAAGTTGCATTTGTGAATAAAA  589

seq1  TGAATTTATATTATTAGAGAATAACAGGGTTAATATTTCTTTTTGTGTTC  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTATATTATTAGAGAATAACAGGGTTAATATTTCTTTTTGTGTTC  639

seq1  TTATCCCCTAAGGCAACCATTACTTTGAAGTAGGCATGTTAAATAGCTAG  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCCTAAGGCAACCATTACTTTGAAGTAGGCATGTTAAATAGCTAG  689

seq1  TTTAATATTAGTGGGATCAGAAAACTTTAAGGCAGAGCCCTTCCATCATA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATTAGTGGGATCAGAAAACTTTAAGGCAGAGCCCTTCCATCATA  739

seq1  GTGAACACTTTGTAAAAAAACAAATCCTGAGTCAGAGAAATGGGACCTAA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACACTTTGTAAAAAAACAAATCCTGAGTCAGAGAAATGGGACCTAA  789

seq1  GTCACATCTGTGGTCCTAAGAGTAGATGTGTCATCTGGAACTGCTTGGAA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATCTGTGGTCCTAAGAGTAGATGTGTCATCTGGAACTGCTTGGAA  839

seq1  GGTTATTAATTGATAACTATCTAAACCTGGGTCCAGCAGCCCAGAACCAT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTAATTGATAACTATCTAAACCTGGGTCCAGCAGCCCAGAACCAT  889

seq1  ACAGGATCATTATCTAACAAGAGACTTTCAGATAAAGATCAAGGTCATAC  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATCATTATCTAACAAGAGACTTTCAGATAAAGATCAAGGTCATAC  939

seq1  CAGTGCCCCTTTCTAGAAGCATCAATGCAAGTAGGGCCTGTCAATCACCT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCCTTTCTAGAAGCATCAATGCAAGTAGGGCCTGTCAATCACCT  989

seq1  GGACAACAAAATGTCCGTCAGGAAAGTTGTCTGTTCCAGAGATGTTAAAA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACAAAATGTCCGTCAGGAAAGTTGTCTGTTCCAGAGATGTTAAAA  1039

seq1  ATAGTTTAAAGCCTACTTAAAATGGAAGTCTGAACAATAGTCCCTTAGCC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTAAAGCCTACTTAAAATGGAAGTCTGAACAATAGTCCCTTAGCC  1089

seq1  CATTGCCCATTCCCTCCCCTGAGTATGTACTTTATACAGCAGTCTCTTTA  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCCCATTCCCTCCCCTGAGTATGTACTTTATACAGCAGTCTCTTTA  1139

seq1  GTCGTTGTTCACTCTCATCTCTTGAGAGTGTTCCTGCTTTACACTATAAC  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTTGTTCACTCTCATCTCTTGAGAGTGTTCCTGCTTTACACTATAAC  1189

seq1  AGTGAACTTTGTGTGTCTTTTTGAATTC  1211
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACTTTGTGTGTCTTTTTGAATTC  1217