BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254P08
ChromosomeX (Build37)
Map Location 128,473,439 - 128,583,167
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665799, LOC670449, LOC245600
Downstream geneEG631264, LOC665846, LOC665850
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254P08.bB6Ng01-254P08.g
ACCGA061286GA061287
length1,1941,074
definitionB6Ng01-254P08.b B6Ng01-254P08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,581,977 - 128,583,167)(128,473,439 - 128,474,522)
sequence
gaattcattaattttgttttgaaatgatatttcgttgcatatattcaaca
tatatgtatataaataattatgataataacatcaggtctttgattctttg
acatcctgtattctcacctcctaaaatgtagaatattcattaaatgaaga
atggctattgagagtacaacaaatttggaacccagttagggagtcttgaa
aagtataataatatatgtatcaaaatttcaccaaaacaaaaactaaatga
gacagagagggcaacagtgagagcaacaacagtttaaagaggaaatgttt
actttggcttacattttcccagaatgtaggatataatcacttgaccacat
gggcttgtacagatttcctgtcagtaagagggcatgaaggaataaatgta
acattcatatgtagcaggcaatagagttgttataactatgacccaaggca
tgatacatccagcaagttcaattcccaatgacccccttccttcaagtaat
ccaaattgtttcctttcagcactccccaataatgacagaatattataatc
tcatctgggaattcattcatcatgaagtcactgccatcatgatctaacgt
tctttggaaatattctcataggtgtacccagtgattagtcttcaatcatg
ttcaggatcaaaaattaagcataacagatgaacatatacccatatttatc
tatatctgtgtattctacatgtcaataaatctacctgtaagcacagagga
aatgaagagtcatttattgaacgaaatatactaaatcttggttataatgg
taaggatctatgacatttcaactacacttgttctgtttctaactctccct
ggttcaccacaacagatacctctctaaatttcaatgtatttaaaaataca
ataatctctctcttctagatctcagttaagggttactttgtcatctgagg
aggttcaagcttcccacatttctaatttcctctgtgttatttgttgaaga
atcttaaatgctacatgaatacagtggatggtgtggtactactcttatcc
attcttagtccttttctcataaggtttctaccaggaggtttcaggacttt
tttttgaagaaacagggatgcagagctgcaaccttccatatctgagtagg
ggcctagagatcttaatcatgaccatggaactttttatacatgt

gaattcatctcaaaactatttttaatgatttatttataatgtgcattgtt
gtttttcttccatgcatgtttgtgttggggtattgtatttcctggagctg
gatttacagagagctgtaagctcccatggaggtgctgggaattgaacgga
ggtcctctggaagagcagccagtgcacttaattgatgagctatctagcca
ctctcgatttgtttcattttgagactgttttaaataggcaaaatgacttc
aaactcattataatgttgagaataatctaatacctttcattttgttatat
ttttattaatttatattgttgacaactttatacacatataggacatattc
tagctcaacttagcccttctacttttcttatcaccctctgtcatcatgaa
taatcacatcttcctcttaccaattcattatttcatcttttatctttttg
ctggttttctgttttgctttatgatccactgagtttcatcaagaactctc
cagcttgtaatgtccaagtgctggaacaaccaacatgtttggcttagtct
tattatttcaaattatacttatacatactaaacatcagaaatatagtttg
atgtatacacatttataaatacatactatgcatcaatcaagtgttgagag
gtgtcactttaaaattccaataaaatgtatttaaatattaatatagtgtg
atacaaagtatgcatttaatgtttttcctgaaatcacctttcatgtcaag
tgctttcttttaacatttttatatatattccaaagaatatgacacaagtc
ttttttaagcaatccattaggcatttcaaagcattccaaatattaagcaa
gttctttttttatttggcaaatttctaggattaaaaaggtttctcttaga
agaaacaatgcttgcacataatatttggcttcctcttgtgctcaaatgcc
atgaagactatgtgtattatccaatctacatcttagatcttagaaatttg
aagagttgtttcagttgtcaagtgtccaaaccttttacttggactgaaac
tatctgtatatgtgaaatagaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_128581977_128583167
seq2: B6Ng01-254P08.b_50_1243 (reverse)

seq1  ACATTTATAAAAAATTCCAT-GTCATGGAATAAGATCTCTAGGCCCCCTA  49
      |||| |||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||
seq2  ACATGTATAAAAAGTTCCATGGTCAT-GATTAAGATCTCTAGG-CCCCTA  48

seq1  CTCAGATTTTGGAAAGGGTTGCAGCTTCTGGCATCCTTGTTTCTTC-AAA  98
      |||||| | |||||  ||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||
seq2  CTCAGA-TATGGAA--GGTTGCAGC-TCT-GCATCCCTGTTTCTTCAAAA  93

seq1  AAAATTCTTGGAACTTCTTGGTAGAAACCTTATGAGAAAA-GACTA--GA  145
      |||| || || ||| || |||||||||||||||||||||| |||||   |
seq2  AAAAGTCCTGAAACCTCCTGGTAGAAACCTTATGAGAAAAGGACTAAGAA  143

seq1  TGGAT-AGAGTAGTACCACA-CATCCACTGTATTCATGTAGCATTT-AGA  192
      ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGGATAAGAGTAGTACCACACCATCCACTGTATTCATGTAGCATTTAAGA  193

seq1  TTCTTCAACAAATAACACAGAGG-AATTAGAAATGTTGGAAGCTTGAA-C  240
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |
seq2  TTCTTCAACAAATAACACAGAGGAAATTAGAAATGTGGGAAGCTTGAACC  243

seq1  TTCTCAGATGACAAAGTAACCCTTAACTGAGATCTAGAAGAGAGAGATTA  290
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGATGACAAAGTAACCCTTAACTGAGATCTAGAAGAGAGAGATTA  293

seq1  TTGTATTTTTAAATACATTGAAATTTAGAGAGGTATCTGTTGTGGTGAAC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTTTAAATACATTGAAATTTAGAGAGGTATCTGTTGTGGTGAAC  343

seq1  CAGGGAGAGTTAGAAACAGAACAAGTGTAGTTGAAATGTCATAGATCCTT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGAGTTAGAAACAGAACAAGTGTAGTTGAAATGTCATAGATCCTT  393

seq1  ACCATTATAACCAAGATTTAGTATATTTCGTTCAATAAATGACTCTTCAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTATAACCAAGATTTAGTATATTTCGTTCAATAAATGACTCTTCAT  443

seq1  TTCCTCTGTGCTTACAGGTAGATTTATTGACATGTAGAATACACAGATAT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGTGCTTACAGGTAGATTTATTGACATGTAGAATACACAGATAT  493

seq1  AGATAAATATGGGTATATGTTCATCTGTTATGCTTAATTTTTGATCCTGA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAATATGGGTATATGTTCATCTGTTATGCTTAATTTTTGATCCTGA  543

seq1  ACATGATTGAAGACTAATCACTGGGTACACCTATGAGAATATTTCCAAAG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATTGAAGACTAATCACTGGGTACACCTATGAGAATATTTCCAAAG  593

seq1  AACGTTAGATCATGATGGCAGTGACTTCATGATGAATGAATTCCCAGATG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTTAGATCATGATGGCAGTGACTTCATGATGAATGAATTCCCAGATG  643

seq1  AGATTATAATATTCTGTCATTATTGGGGAGTGCTGAAAGGAAACAATTTG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATAATATTCTGTCATTATTGGGGAGTGCTGAAAGGAAACAATTTG  693

seq1  GATTACTTGAAGGAAGGGGGTCATTGGGAATTGAACTTGCTGGATGTATC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACTTGAAGGAAGGGGGTCATTGGGAATTGAACTTGCTGGATGTATC  743

seq1  ATGCCTTGGGTCATAGTTATAACAACTCTATTGCCTGCTACATATGAATG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTGGGTCATAGTTATAACAACTCTATTGCCTGCTACATATGAATG  793

seq1  TTACATTTATTCCTTCATGCCCTCTTACTGACAGGAAATCTGTACAAGCC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTTATTCCTTCATGCCCTCTTACTGACAGGAAATCTGTACAAGCC  843

seq1  CATGTGGTCAAGTGATTATATCCTACATTCTGGGAAAATGTAAGCCAAAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGTCAAGTGATTATATCCTACATTCTGGGAAAATGTAAGCCAAAG  893

seq1  TAAACATTTCCTCTTTAAACTGTTGTTGCTCTCACTGTTGCCCTCTCTGT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATTTCCTCTTTAAACTGTTGTTGCTCTCACTGTTGCCCTCTCTGT  943

seq1  CTCATTTAGTTTTTGTTTTGGTGAAATTTTGATACATATATTATTATACT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTAGTTTTTGTTTTGGTGAAATTTTGATACATATATTATTATACT  993

seq1  TTTCAAGACTCCCTAACTGGGTTCCAAATTTGTTGTACTCTCAATAGCCA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGACTCCCTAACTGGGTTCCAAATTTGTTGTACTCTCAATAGCCA  1043

seq1  TTCTTCATTTAATGAATATTCTACATTTTAGGAGGTGAGAATACAGGATG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCATTTAATGAATATTCTACATTTTAGGAGGTGAGAATACAGGATG  1093

seq1  TCAAAGAATCAAAGACCTGATGTTATTATCATAATTATTTATATACATAT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGAATCAAAGACCTGATGTTATTATCATAATTATTTATATACATAT  1143

seq1  ATGTTGAATATATGCAACGAAATATCATTTCAAAACAAAATTAATGAATT  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAATATATGCAACGAAATATCATTTCAAAACAAAATTAATGAATT  1193

seq1  C  1191
      |
seq2  C  1194


seq1: chrX_128473439_128474522
seq2: B6Ng01-254P08.g_69_1142

seq1  GAATTCATCTCAAAACTATTTTTAATGATTTATTTATAATGTGCATTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTCAAAACTATTTTTAATGATTTATTTATAATGTGCATTGTT  50

seq1  GTTTTTCTTCCATGCATGTTTGTGTTGGGGTATTGTATTTCCTGGAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCTTCCATGCATGTTTGTGTTGGGGTATTGTATTTCCTGGAGCTG  100

seq1  GATTTACAGAGAGCTGTAAGCTCCCATGGAGGTGCTGGGAATTGAACGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACAGAGAGCTGTAAGCTCCCATGGAGGTGCTGGGAATTGAACGGA  150

seq1  GGTCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCACTTAATTGATGAGCTATCTAGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCACTTAATTGATGAGCTATCTAGCCA  200

seq1  CTCTCGATTTGTTTCATTTTGAGACTGTTTTAAATAGGCAAAATGACTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCGATTTGTTTCATTTTGAGACTGTTTTAAATAGGCAAAATGACTTC  250

seq1  AAACTCATTATAATGTTGAGAATAATCTAATACCTTTCATTTTGTTATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCATTATAATGTTGAGAATAATCTAATACCTTTCATTTTGTTATAT  300

seq1  TTTTATTAATTTATATTGTTGACAACTTTATACACATATAGGACATATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTAATTTATATTGTTGACAACTTTATACACATATAGGACATATTC  350

seq1  TAGCTCAACTTAGCCCTTCTACTTTTCTTATCACCCTCTGTCATCATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCAACTTAGCCCTTCTACTTTTCTTATCACCCTCTGTCATCATGAA  400

seq1  TAATCACATCTTCCTCTTACCAATTCATTATTTCATCTTTTATCTTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACATCTTCCTCTTACCAATTCATTATTTCATCTTTTATCTTTTTG  450

seq1  CTGGTTTTCTGTTTTGCTTTATGATCCACTGAGTTTCATCAAGAACTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTTCTGTTTTGCTTTATGATCCACTGAGTTTCATCAAGAACTCTC  500

seq1  CAGCTTGTAATGTCCAAGTGCTGGAACAACCAACATGTTTGGCTTAGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGTAATGTCCAAGTGCTGGAACAACCAACATGTTTGGCTTAGTCT  550

seq1  TATTATTTCAAATTATACTTATACATACTAAACATCAGAAATATAGTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTCAAATTATACTTATACATACTAAACATCAGAAATATAGTTTG  600

seq1  ATGTATACACATTTATAAATACATACTATGCATCAATCAAGTGTTGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATACACATTTATAAATACATACTATGCATCAATCAAGTGTTGAGAG  650

seq1  GTGTCACTTTAAAATTCCAATAAAATGTATTTAAATATTAATATAGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACTTTAAAATTCCAATAAAATGTATTTAAATATTAATATAGTGTG  700

seq1  ATACAAAGTATGCATTTAATGTTTTTCCTGAAATCACCTTTCATGTCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAGTATGCATTTAATGTTTTTCCTGAAATCACCTTTCATGTCAAG  750

seq1  TGCTTTCTTTTAACATTTTTATATATATTCC-AAGAATATGACACAAGTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTTTTAACATTTTTATATATATTCCAAAGAATATGACACAAGTC  800

seq1  -TTTTTAAGCAATCCATTAGGCA-TTCAAAGCATTCCAAAATATTAAGCA  847
       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTTTTAAGCAATCCATTAGGCATTTCAAAGCATTCC-AAATATTAAGCA  849

seq1  AGTTCTTTTTTTATTTGGCAAATTTCTAGGATTAAAAAGGTTTCTCTTAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTTTTTATTTGGCAAATTTCTAGGATTAAAAAGGTTTCTCTTAG  899

seq1  AAGAAACAATGCTTGCACATAATTATTTGGCTTCCTCTTGTGCTTCAAAA  947
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||
seq2  AAGAAACAATGCTTGCACATAA-TATTTGGCTTCCTCTTGTGCT--CAAA  946

seq1  TGCCATGAAGACTATGTGTATTATCCAATCTACATCTTAGATCTTAGAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGAAGACTATGTGTATTATCCAATCTACATCTTAGATCTTAGAAA  996

seq1  TTTTGAAGAGTTTGTTTTCAGTTGTCAAGTTGTTCCAAACCTTTTACTTT  1047
       |||||||||||   |||||||||||||||   |||||||||||||||| 
seq2  -TTTGAAGAGTT--GTTTCAGTTGTCAAGT--GTCCAAACCTTTTACTT-  1040

seq1  GGGACTGAAAACTACTTGTATATGTGAAATATGAATA  1084
       |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||
seq2  -GGACTG-AAACTATCTGTATATGTGAAATA-GAATA  1074


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |