BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258H19
ChromosomeX (Build37)
Map Location 143,669,082 - 143,824,311
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl13ra2
Upstream geneEG666730, EG245663, Htr2c
Downstream geneV1rb10, Lrch2, LOC100039462, LOC666789, LOC434863, EG623995, EG624023, LOC666184, LOC100039511, LOC666812, LOC100039519, LOC434864, EG624096, LOC100039545
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258H19.bB6Ng01-258H19.g
ACCGA063914GA063915
length1,1571,108
definitionB6Ng01-258H19.b B6Ng01-258H19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,669,082 - 143,670,240)(143,823,184 - 143,824,311)
sequence
gaattccagaccaacacccagacttaaagtagcaaacctcaagcatagca
agtacatgcataacaagtacagcccagaacagaagctcactgcctcaagg
cagaaaccaaaatgagatgccccccatcattcttacctaaacctagcagc
tgaacatatgcttgagaagaagaaccagcatggggttctcatcaaaattt
taaatcaagatttttgatccagttttttgcttgacccagtaccacattta
ctgcagtggacagatgctctggtctgtgatgaggagctagaacctgatca
tgtagtacctggaatatgccccactgaatgaggtaggctaggatactgat
ctcatgtcaaggaaaacatatgcaaacttccaactctactcaaggaatct
tgttagtttacctttataaaggcgtctcaaatctccactcccttcccagg
atgccttcaaatattccccctttgaccctggaagtctttgatttttctcc
atggcttttggagtctgatttctttcccaggtccttctgcaagactcacg
tatgtcacctttgaccaactgatccctagtcatatatctgactactgttg
gtagcattcagggtctggatatgaggccttcaataatgcccacattgtcc
atttttgtctcacacatactctttatgggtaatgggaacttcaaactcca
tctctggtgaagagaacttcagacagtcctttatcattatgtaaggtctc
tatacttatgtctttatctacagggcctctagatttaccttctggtcaaa
caggtatcccactttgcttaaagagacatcatatttacacaatgtggata
aagaggctttgggcattctcctgctcatcaatataacattcctccagtca
ggtttgaggtgtccagagaaaaaggagaggctgggaatagcagttgacat
ttcaaggacattcatcatcaatagcgtggtcccaatcttagtgtccagac
atgaatgattgaacacacattgaagggctgtcaaagaaatagacacacca
cccacccatggtgtgacatgttcagatgcttccaccattatcctgaagat
gcccacagaatgatgtgttaacctatgatttggttgtagtttcatcaagg
gatgcaa

gaattccattgatattagaatgaaatggagcacacctggaggacccattc
caccaaggtgttacacttatgaaattgtgatccgagaagacgatatttcc
tgggaggtatggatattgtacttatttgccaaaatcataaatataacttt
taaaaatgtaataggatactggataatcaaaatctgttgctgttcaaaaa
ggagttagaccatgataaatatttcagtttattttccagaaggccaaatc
tagtggacaaaggaaatatatgtatatttaaacaaaagttttaagtagtt
acaccaattttaatgttgctaatacagtctagtcacttgttttcaatttg
ttttaataaatgaaatttctcaaggaaattgaaatagattgcatggcttc
caataagactcaaacataacacatacacatacacatacacacacaaacca
cttctttaagtacaatcatgaagtcaaaattaagagtcctcaggtacact
agacatttcctagagaagaaaggattgtaaagaaagtgatcattgtgaga
ctccaaacttcaatgatatggtgatttcttttaccccaccttggtatacc
ttgttttatttatttccagtttagaaattggtagagacagaaggtgaact
actagttttcaatgactcaattcatatataggtgagaaaaatgcttactg
attaagtagacatggcccaggctggttaattgacttggcagtcagtttga
aatagattcaaaatctgattcccagtctacttaagtctatactatgtatt
ttcaaggctctgtagataagttaaataaataaaaagcaataattacatat
aagaagacctctgcagcactttaaagtgtaaacctgaagtaatttcttta
ggatttttttcccttgtgatccctgtgagaacatctgagtatcttgtagt
agtcttatatatgaagtgtagttttgtgtcagtcatgagcgtatacatga
gacttaaagtatcagaccaaaagagaggatgcacttgagatgatattttt
ggtttcaatgccatcacatcagtatccaatattagcttttcaattataga
actagaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_143669082_143670240
seq2: B6Ng01-258H19.b_42_1198

seq1  GAATTCCAGACCAACACCCAGACTTAAAGTAGCAAACCTCAAGCATAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACCAACACCCAGACTTAAAGTAGCAAACCTCAAGCATAGCA  50

seq1  AGTACATGCATAACAAGTACAGCCCAGAACAGAAGCTCACTGCCTCAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATGCATAACAAGTACAGCCCAGAACAGAAGCTCACTGCCTCAAGG  100

seq1  CAGAAACCAAAATGAGATGCCCCCCATCATTCTTACCTAAACCTAGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACCAAAATGAGATGCCCCCCATCATTCTTACCTAAACCTAGCAGC  150

seq1  TGAACATATGCTTGAGAAGAAGAACCAGCATGGGGTTCTCATCAAAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATATGCTTGAGAAGAAGAACCAGCATGGGGTTCTCATCAAAATTT  200

seq1  TAAATCAAGATTTTTGATCCAGTTTTTTGCTTGACCCAGTACCACATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCAAGATTTTTGATCCAGTTTTTTGCTTGACCCAGTACCACATTTA  250

seq1  CTGCAGTGGACAGATGCTCTGGTCTGTGATGAGGAGCTAGAACCTGATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTGGACAGATGCTCTGGTCTGTGATGAGGAGCTAGAACCTGATCA  300

seq1  TGTAGTACCTGGAATATGCCCCACTGAATGAGGTAGGCTAGGATACTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTACCTGGAATATGCCCCACTGAATGAGGTAGGCTAGGATACTGAT  350

seq1  CTCATGTCAAGGAAAACATATGCAAACTTCCAACTCTACTCAAGGAATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTCAAGGAAAACATATGCAAACTTCCAACTCTACTCAAGGAATCT  400

seq1  TGTTAGTTTACCTTTATAAAGGCGTCTCAAATCTCCACTCCCTTCCCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTTTACCTTTATAAAGGCGTCTCAAATCTCCACTCCCTTCCCAGG  450

seq1  ATGCCTTCAAATATTCCCCCTTTGACCCTGGAAGTCTTTGATTTTTCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTCAAATATTCCCCCTTTGACCCTGGAAGTCTTTGATTTTTCTCC  500

seq1  ATGGCTTTTGGAGTCTGATTTCTTTCCCAGGTCCTTCTGCAAGACTCACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTTTGGAGTCTGATTTCTTTCCCAGGTCCTTCTGCAAGACTCACG  550

seq1  TATGTCACCTTTGACCAACTGATCCCTAGTCATATATCTGACTACTGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCACCTTTGACCAACTGATCCCTAGTCATATATCTGACTACTGTTG  600

seq1  GTAGCATTCAGGGTCTGGATATGAGGCCTTCAATAATGCCCACATTGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCATTCAGGGTCTGGATATGAGGCCTTCAATAATGCCCACATTGTCC  650

seq1  ATTTTTGTCTCACACATACTCTTTATGGGTAATGGGAACTTCAAACTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGTCTCACACATACTCTTTATGGGTAATGGGAACTTCAAACTCCA  700

seq1  TCTCTGGTGAAGAGAACTTCAGACAGTCCTTTATCATTATGTAAGGTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGTGAAGAGAACTTCAGACAGTCCTTTATCATTATGTAAGGTCTC  750

seq1  TATACTTATGTCTTTATCTACAGGGCCTCTAGATTTACCTTCTGGTCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTATGTCTTTATCTACAGGGCCTCTAGATTTACCTTCTGGTCAAA  800

seq1  CAGGTATCCCACTTTGCTTAAAGAGACATCATATTTACACAATGTGGATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATCCCACTTTGCTTAAAGAGACATCATATTTACACAATGTGGATA  850

seq1  AAGAGGCTTTGGGCATTCTCCTGCTCATCAATATAACATTCCTCCAGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGCTTTGGGCATTCTCCTGCTCATCAATATAACATTCCTCCAGTCA  900

seq1  GGTTTGAGGTGTCCAGAGAAAAAGGAGAGGCT-GGAATAGCAGTTGACAT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGTTTGAGGTGTCCAGAGAAAAAGGAGAGGCTGGGAATAGCAGTTGACAT  950

seq1  TTCAAGGACATTCATCATCAATAGCGTGGTCCCAATCTTAGTGTCCAGAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGACATTCATCATCAATAGCGTGGTCCCAATCTTAGTGTCCAGAC  1000

seq1  ATGAATGATTGAACACAACATTGAAGGGCTGTCAAAGAAATAGACACA-C  1048
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATGAATGATTGAACAC-ACATTGAAGGGCTGTCAAAGAAATAGACACACC  1049

seq1  ACCCACCCATGGTTGTGGAACAATGTTCAGATTGCTCCA-CATTATCCTG  1097
      |||||||||||| ||||  || ||||||||||   |||| ||||||||||
seq2  ACCCACCCATGG-TGTG--AC-ATGTTCAGATGCTTCCACCATTATCCTG  1095

seq1  AAGATG-CCACAG-ATGATGTGGTTAACTATGGTTTTTGTTGTAGGTTTC  1145
      |||||| |||||| |||||||| | | |||| | ||| |||||| |||||
seq2  AAGATGCCCACAGAATGATGTGTTAACCTAT-GATTTGGTTGTA-GTTTC  1143

seq1  ATCCAGGGATGCAA  1159
      ||| ||||||||||
seq2  ATCAAGGGATGCAA  1157


seq1: chrX_143823184_143824311
seq2: B6Ng01-258H19.g_68_1175 (reverse)

seq1  ATTCTAGGTTCTATAAATGGGAAAAAGCT-ATATGGGAATTACTGAATGT  49
      |||||| ||||||||| ||   ||||||| |||| |||  ||||| ||| 
seq2  ATTCTA-GTTCTATAATTG---AAAAGCTAATATTGGA--TACTG-ATG-  42

seq1  TGATTGCATGGAAACCAAAATATTCATCTCCAAAGTGCATCCCCTCCTCT  99
      |||| |||| ||||||||||   |||||||  |||||||||| |||    
seq2  TGATGGCATTGAAACCAAAAATATCATCTC--AAGTGCATCCTCTC----  86

seq1  TTTTGGTCTGATTAACTTTAAAGTCTCATGTAATAACGCTCATGAACTGA  149
      ||||||||||||  ||||| ||||||||||||   ||||||||| |||||
seq2  TTTTGGTCTGAT--ACTTT-AAGTCTCATGTA--TACGCTCATG-ACTGA  130

seq1  CACAAAACTACCACTTCATATATAAGACTACTACAAGATACTCAGATGTT  199
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAACTA-CACTTCATATATAAGACTACTACAAGATACTCAGATGTT  179

seq1  CTCACAGGGATCACAAGGGAAAAAAATCCTAAAGAAATTACTTCAGGTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGGGATCACAAGGGAAAAAAATCCTAAAGAAATTACTTCAGGTTT  229

seq1  ACACTTTAAAGTGCTGCAGAGGTCTTCTTATATGTAATTATTGCTTTTTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTAAAGTGCTGCAGAGGTCTTCTTATATGTAATTATTGCTTTTTA  279

seq1  TTTATTTAACTTATCTACAGAGCCTTGAAAATACATAGTATAGACTTAAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTAACTTATCTACAGAGCCTTGAAAATACATAGTATAGACTTAAG  329

seq1  TAGACTGGGAATCAGATTTTGAATCTATTTCAAACTGACTGCCAAGTCAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGGGAATCAGATTTTGAATCTATTTCAAACTGACTGCCAAGTCAA  379

seq1  TTAACCAGCCTGGGCCATGTCTACTTAATCAGTAAGCATTTTTCTCACCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCAGCCTGGGCCATGTCTACTTAATCAGTAAGCATTTTTCTCACCT  429

seq1  ATATATGAATTGAGTCATTGAAAACTAGTAGTTCACCTTCTGTCTCTACC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGAATTGAGTCATTGAAAACTAGTAGTTCACCTTCTGTCTCTACC  479

seq1  AATTTCTAAACTGGAAATAAATAAAACAAGGTATACCAAGGTGGGGTAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTAAACTGGAAATAAATAAAACAAGGTATACCAAGGTGGGGTAAA  529

seq1  AGAAATCACCATATCATTGAAGTTTGGAGTCTCACAATGATCACTTTCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCACCATATCATTGAAGTTTGGAGTCTCACAATGATCACTTTCTT  579

seq1  TACAATCCTTTCTTCTCTAGGAAATGTCTAGTGTACCTGAGGACTCTTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCCTTTCTTCTCTAGGAAATGTCTAGTGTACCTGAGGACTCTTAA  629

seq1  TTTTGACTTCATGATTGTACTTAAAGAAGTGGTTTGTGTGTGTATGTGTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGACTTCATGATTGTACTTAAAGAAGTGGTTTGTGTGTGTATGTGTA  679

seq1  TGTGTATGTGTTATGTTTGAGTCTTATTGGAAGCCATGCAATCTATTTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTGTTATGTTTGAGTCTTATTGGAAGCCATGCAATCTATTTCA  729

seq1  ATTTCCTTGAGAAATTTCATTTATTAAAACAAATTGAAAACAAGTGACTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTTGAGAAATTTCATTTATTAAAACAAATTGAAAACAAGTGACTA  779

seq1  GACTGTATTAGCAACATTAAAATTGGTGTAACTACTTAAAACTTTTGTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTATTAGCAACATTAAAATTGGTGTAACTACTTAAAACTTTTGTTT  829

seq1  AAATATACATATATTTCCTTTGTCCACTAGATTTGGCCTTCTGGAAAATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACATATATTTCCTTTGTCCACTAGATTTGGCCTTCTGGAAAATA  879

seq1  AACTGAAATATTTATCATGGTCTAACTCCTTTTTGAACAGCAACAGATTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAATATTTATCATGGTCTAACTCCTTTTTGAACAGCAACAGATTT  929

seq1  TGATTATCCAGTATCCTATTACATTTTTAAAAGTTATATTTATGATTTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATCCAGTATCCTATTACATTTTTAAAAGTTATATTTATGATTTTG  979

seq1  GCAAATAAGTACAATATCCATACCTCCCAGGAAATATCGTCTTCTCGGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATAAGTACAATATCCATACCTCCCAGGAAATATCGTCTTCTCGGAT  1029

seq1  CACAATTTCATAAGTGTAACACCTTGGTGGAATGGGTCCTCCAGGTGTGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTTCATAAGTGTAACACCTTGGTGGAATGGGTCCTCCAGGTGTGC  1079

seq1  TCCATTTCATTCTAATATCAATGGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTCATTCTAATATCAATGGAATTC  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |