BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261F19
ChromosomeX (Build37)
Map Location 91,721,867 - 91,853,178
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMaged1, LOC668150
Upstream genePola1, EG629581, Pcyt1b, Pdk3, EG668103, LOC100042041, AU015836, EG245516, LOC100042062, EG629591, Zfx, Eif2s3x, Klhl15, LOC385495, LOC670263, LOC100042098, LOC631145, 0610008C08Rik, EG668148
Downstream geneEG385499, EG668156, Gspt2, LOC385500, Zxdb, LOC631331, EG631319, Zxda, Gm371, 9630042H07Rik, Arhgef9, LOC619688, LOC100042189, 2810002O09Rik, Asb12, LOC668202, AK129302
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261F19.bB6Ng01-261F19.g
ACCGA066050GA066051
length1,1731,107
definitionB6Ng01-261F19.b B6Ng01-261F19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,852,002 - 91,853,178)(91,721,867 - 91,722,990)
sequence
gaattccttagattcctaagaagggaatgtgactggatggtgaataactt
tcattcttgtttggacaaagccccagactgccaggacatataatagtcat
gggcctccaatggttggactcccttacatgtggtgattgccagaccccag
gaagttcctctccaccaggtacaaactacttagacatccattctatcctg
ctcccgggccctgagtggaaatcaataacaactgcaataatcgtaggtaa
tattaagagctaatactgggccgctgatgtagctcagttggtagagtgct
tgcccagcatgcagaaagtcctggatttgatccccccccagcactacata
aaaccagtcttagagagtcctgctactccagcgcttgagaggtagagtca
ggaagaataggcatttcaaggtataaccagtctgagatacatggactcat
gactcccaaggaaaacaaaagaagagctgaggaggtagcttgctcagtaa
gtggagtgcttgccatacaggcctgaggacctgaattcaatcttccaaac
tcaaagtgtaaaaagcccaggacctagagatggctcagtggttaggaaca
ctggctgcaccaggtggtggtggtgcggagaatgcaggcagagcagttgt
ggttctgtttacattgatggtcggttgagggcattgctgaagagggctca
gccttctgaggcagctaccaacttatcctctctgtgaggatcctcgggca
gcttgcttctgtggggctaccctttgccaccatgcttcaatttcaggcaa
ggaatttttgcactgggacaacctagatcttgatctgactcttcctgaac
tcgctgtctcttgggagtcccgctgggtgctggcatctcttgcgcagcct
ttgcagtgtgggaagctgagcatcttcatagacatggtagcctccagtca
ggcagtatgtctctccatgccaggctgcctgggcttgcgcaagccctttg
tagaggacgtggtagtatccaggagaaggaggagctgtggggaggcacgg
gcacttcactacagccaccgtgtgagcacagtgcttgtctggggtgcctg
tcgatgtgtgcgaggaatgtgtggaggacctttgtcagcatgcttgacca
aaagcgaagaataaaccttgggg
gaattctttgttcagctctgagctccattttttaatggggttattcgatt
ttctggagcccaccttcttgagttctttatatatgttggatattagtccc
ctatctgatttgggataggtaaatatcctttcccaatctgttggtggtca
ttttgtcttattgacggtgtcttttgccttgcagaagctttgcaatttta
tgaggtcccatttatcgattcttgatcttacagcacaagccattgctgtt
ctattcaggaatttttcccctgtacccatatcttcgaggcttctccctac
tttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtggagttccttaa
tccacttagatttgaccttagtataaggagataggaatggatcaattctc
attcttctcaaaaaaaaagattaaaaaaaagaaagtagcttttctgaacc
ccttgctttgtattacagcacaattccaaccttctccagctgtggtcact
ttggagtaggaccaaatctctccccgggtggggctgagccatgtggaatg
gactctgaacccccatgttctgattctgaagaatgtgctctcccactttt
gttttgctattgaaactcatgtttactaacacttcatagaatagctttct
caaaccacccatgactgattccccataaacactggtaataaaggtatggg
gtgtcaccttccaggcccttttgtaacatttaacttccaagttgaagtct
ccatattttttgttttgtaatagttcaattattctctctggcttgtatgc
taaaatatttgcacatgcaaatatgctaacttttaacaagaataattgat
gggtatttgagattcctttggattctttctcattcattaatttttttttc
tttcgtgctaggtgggtggtggccacatgccctttaatcttagcagacga
agtggatgaacgagtttcaaggtcacagttagtctacaaagccagttcag
gacagccagagctacacagagaaaccttgtctcaaaaataaacaaacaaa
caattatcttactggagatgtatcaggacacaaacccatcttgaaagatg
agcaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_91852002_91853178
seq2: B6Ng01-261F19.b_46_1218 (reverse)

seq1  CCCCA--GTTTA-TCTTCGCTTTT-GTCAGGCCCATGCTGAC-AAGGGCC  45
      |||||  ||||| ||||||||||| |||| |  ||||||||| |||| ||
seq2  CCCCAAGGTTTATTCTTCGCTTTTGGTCAAG--CATGCTGACAAAGGTCC  48

seq1  TCACAC-CATTCCCTCGGCACACATCCGACAGGCCACCCAGGCCAGGCAC  94
      || ||| |||| |||| |||||||| ||||||| |||||  | || ||||
seq2  TC-CACACATT-CCTC-GCACACAT-CGACAGG-CACCCCAGACAAGCAC  93

seq1  TGTGCTCACCACGGTGGGCTGTAGGTGAAGTGCCCGTGCCT-CCCACAGC  143
      |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTGCTCA-CACGGT-GGCTGTA-GTGAAGTGCCCGTGCCTCCCCACAGC  140

seq1  TCCTCCTTCTCCTGGATACTACCACGTCCTCTACAAAGGGCTTGCGCAAG  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTTCTCCTGGATACTACCACGTCCTCTACAAAGGGCTTGCGCAAG  190

seq1  CCCAGGCAGCCTGGCATGGAGAGACATACTGCCTGACTGGAGGCTACCAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCAGCCTGGCATGGAGAGACATACTGCCTGACTGGAGGCTACCAT  240

seq1  GTCTATGAAGATGCTCAGCTTCCCACACCTGCAAAGGCTGCGCAAGAGAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGAAGATGCTCAGCTTCCCACA-CTGCAAAGGCTGCGCAAGAGAT  289

seq1  GCCAGCACCCAGCGGGACTCCCAAGAGACAGCGAGTTCAGGAAGAGTCAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCACCCAGCGGGACTCCCAAGAGACAGCGAGTTCAGGAAGAGTCAG  339

seq1  ATCAAGATCTAGGTTGTCCCAGTGCAAAAATTCCTTGCCTGAAATTGAAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGATCTAGGTTGTCCCAGTGCAAAAATTCCTTGCCTGAAATTGAAG  389

seq1  CATGGTGGCAAAGGGTAGCCCCACAGAAGCAAGCTGCCCGAGGATCCTCA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGGCAAAGGGTAGCCCCACAGAAGCAAGCTGCCCGAGGATCCTCA  439

seq1  CAGAGAGGATAAGTTGGTAGCTGCCTCAGAAGGCTGAGCCCTCTTCAGCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGATAAGTTGGTAGCTGCCTCAGAAGGCTGAGCCCTCTTCAGCA  489

seq1  ATGCCCTCAACCGACCATCAATGTAAACAGAACCACAACTGCTCTGCCTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTCAACCGACCATCAATGTAAACAGAACCACAACTGCTCTGCCTG  539

seq1  CATTCTCCGCACCACCACCACCTGGTGCAGCCAGTGTTCCTAACCACTGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCCGCACCACCACCACCTGGTGCAGCCAGTGTTCCTAACCACTGA  589

seq1  GCCATCTCTAGGTCCTGGGCTTTTTACACTTTGAGTTTGGAAGATTGAAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTCTAGGTCCTGGGCTTTTTACACTTTGAGTTTGGAAGATTGAAT  639

seq1  TCAGGTCCTCAGGCCTGTATGGCAAGCACTCCACTTACTGAGCAAGCTAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCCTCAGGCCTGTATGGCAAGCACTCCACTTACTGAGCAAGCTAC  689

seq1  CTCCTCAGCTCTTCTTTTGTTTTCCTTGGGAGTCATGAGTCCATGTATCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGCTCTTCTTTTGTTTTCCTTGGGAGTCATGAGTCCATGTATCT  739

seq1  CAGACTGGTTATACCTTGAAATGCCTATTCTTCCTGACTCTACCTCTCAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGGTTATACCTTGAAATGCCTATTCTTCCTGACTCTACCTCTCAA  789

seq1  GCGCTGGAGTAGCAGGACTCTCTAAGACTGGTTTTATGTAGTGCTGGGGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGGAGTAGCAGGACTCTCTAAGACTGGTTTTATGTAGTGCTGGGGG  839

seq1  GGGATCAAATCCAGGACTTTCTGCATGCTGGGCAAGCACTCTACCAACTG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCAAATCCAGGACTTTCTGCATGCTGGGCAAGCACTCTACCAACTG  889

seq1  AGCTACATCAGCGGCCCAGTATTAGCTCTTAATATTACCTACGATTATTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACATCAGCGGCCCAGTATTAGCTCTTAATATTACCTACGATTATTG  939

seq1  CAGTTGTTATTGATTTCCACTCAGGGCCCGGGAGCAGGATAGAATGGATG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTTATTGATTTCCACTCAGGGCCCGGGAGCAGGATAGAATGGATG  989

seq1  TCTAAGTAGTTTGTACCTGGTGGAGAGGAACTTCCTGGGGTCTGGCAATC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTAGTTTGTACCTGGTGGAGAGGAACTTCCTGGGGTCTGGCAATC  1039

seq1  ACCACATGTAAGGGAGTCCAACCATTGGAGGCCCATGACTATTATATGTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATGTAAGGGAGTCCAACCATTGGAGGCCCATGACTATTATATGTC  1089

seq1  CTGGCAGTCTGGGGCTTTGTCCAAACAAGAATGAAAGTTATTCACCATCC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGTCTGGGGCTTTGTCCAAACAAGAATGAAAGTTATTCACCATCC  1139

seq1  AGTCACATTCCCTTCTTAGGAATCTAAGGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACATTCCCTTCTTAGGAATCTAAGGAATTC  1173

seq1: chrX_91721867_91722990
seq2: B6Ng01-261F19.g_65_1171

seq1  GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCTCCATTTTTTAATGGGGTTATTCGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCTCCATTTTTTAATGGGGTTATTCGATT  50

seq1  TTCTGGAGCCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGCCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC  100

seq1  CTATCTGATTTGGGATAGGTAAATATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGATTTGGGATAGGTAAATATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCA  150

seq1  TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAGCTTTGCAATTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAGCTTTGCAATTTTA  200

seq1  TGAGGTCCCATTTATCGATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCCCATTTATCGATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT  250

seq1  CTATTCAGGAATTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCGAGGCTTCTCCCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCAGGAATTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCGAGGCTTCTCCCTAC  300

seq1  TTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTAA  350

seq1  TCCACTTAGATTTGACCTTAGTATAAGGAGATAGGAATGGATCAATTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTAGATTTGACCTTAGTATAAGGAGATAGGAATGGATCAATTCTC  400

seq1  ATTCTTCTCAAAAAAAAAGATTAAAAAAAAGAAAGTAGCTTTTCTGAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCTCAAAAAAAAAGATTAAAAAAAAGAAAGTAGCTTTTCTGAACC  450

seq1  CCTTGCTTTGTATTACAGCACAATTCCAACCTTCTCCAGCTGTGGTCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTTTGTATTACAGCACAATTCCAACCTTCTCCAGCTGTGGTCACT  500

seq1  TTGGAGTAGGACCAAATCTCTCCCCGGGTGGGGCTGAGCCATGTGGAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTAGGACCAAATCTCTCCCCGGGTGGGGCTGAGCCATGTGGAATG  550

seq1  GACTCTGAACCCCCATGTTCTGATTCTGAAGAATGTGCTCTCCCACTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGAACCCCCATGTTCTGATTCTGAAGAATGTGCTCTCCCACTTTT  600

seq1  GTTTTGCTATTGAAACTCATGTTTACTAACACTTCATAGAATAGCTTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCTATTGAAACTCATGTTTACTAACACTTCATAGAATAGCTTTCT  650

seq1  CAAACCACCCATGACTGATTCCCCATAAACACTGGTAATAAAGGTATGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCACCCATGACTGATTCCCCATAAACACTGGTAATAAAGGTATGGG  700

seq1  GTGTCACCTTCCAGGCCCTTTTGTAACATTTAACTTCCAAGTTGAAGTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACCTTCCAGGCCCTTTTGTAACATTTAACTTCCAAGTTGAAGTCT  750

seq1  CCATATTTTTTGTTTTGTAATAGTTCAATTATTCTCTCTGGCTTGTATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTTTTTGTTTTGTAATAGTTCAATTATTCTCTCTGGCTTGTATGC  800

seq1  TAAAATATTTGCACATGCAAATATGCTAACTTTTAACAAGAATAATTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATTTGCACATGCAAATATGCTAACTTTTAACAAGAATAATTGAT  850

seq1  GGGTATTTGAGATTCCTTTGGATTCTTTCTCATTCATTAATTTTTTTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTTGAGATTCCTTTGGATTCTTTCTCATTCATTAATTTTTTTTTC  900

seq1  TTTCGTGCTAGGT-GGTGGTGG-CACATG-CCTTTAATCTTAGCAGACGA  947
      ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGTGCTAGGTGGGTGGTGGCCACATGCCCTTTAATCTTAGCAGACGA  950

seq1  AGGTGGATGAACGAG-TTCAAGGTCACAGTTTAGTCTACAAAGCCAGTTC  996
      | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  A-GTGGATGAACGAGTTTCAAGGTCACAG-TTAGTCTACAAAGCCAGTT-  997

seq1  CAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAATAAAACAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||   | 
seq2  CAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAAACCTTGTCTC-AAAAATAA---AC  1043

seq1  AAACAAAACAAAATTATCTTTACT-GAGATGTAATTCAAGAACCACAAAA  1095
      ||||||   | ||||||| ||||| ||||||||  ||| ||  ||| |||
seq2  AAACAA---ACAATTATC-TTACTGGAGATGTA--TCAGGA--CAC-AAA  1084

seq1  CCCATCCTTTAAAAAGATGGAAGGCAATG  1124
      ||||||   |  |||||||    ||||||
seq2  CCCATC---TTGAAAGATG---AGCAATG  1107