BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-264N13
ChromosomeX (Build37)
Map Location 165,266,394 - 165,397,533
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArhgap6
Upstream geneFrmpd4, EG667822, EG637566, Msl31
Downstream geneAmelx, Hccs, LOC100040950, BC022960, Mid1, 4933400A11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-264N13.bB6Ng01-264N13.g
ACCGA068648GA068649
length1,153914
definitionB6Ng01-264N13.b B6Ng01-264N13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(165,266,394 - 165,267,547)(165,396,901 - 165,397,533)
sequence
gaattccaagtcattgcaacgtgcaatttgagtttgtaccagaatgtctg
tgaattggcaagaacatatatggtagggtgaagctaaaaatgacctatct
tgaagggtcacaagaagcctcccagtaacccacacgaagaagatttgaag
actgctttgaggacagcagagagagcatggacaagtttaaatagaacata
ttcattggtgagctgatatctgtctctgtgaaaaatattcatgggatttg
gttagggaaggggtctgtacatggccagtattatggaggaatccattcta
cttcccaaaagagccagacatatttgttgaggtaactgtagttgtcactg
gtatggttgaaaaagatacacttatcataagttaaggtttccagaaagcc
aaggattcagatgtcaatgatttactggcgaagagcctcagaacgatgcc
agaacaggggtagggcctggaaagaaggcagacaaagatacgattttgtt
ggacacttgtgatagaaaatgttaattgttaatggaatctagaaacacct
gggagacaggcctgaaaggcattcctgtaggaaattatcttggttgtgtt
aactcaggtggatggagacaggccagctgcatgtgtccaccctccctttc
ttgggatcctggactgtatagataaacaaggggacttgcgtagtagaacg
catgtattgttccatgctttttgactggctgcttcaagctgttgccttga
cttccccttgaactgtgagctaaagtaatatttttgtcagagcatttcat
cacagcaacagggaaagaaacaaagatctacgtcccaggcaaagctttga
ttccactggtgctcagtgggcaaaatacatttcagagtttgtcctgcctt
gagattcagactcttagcacaccgtcaccagagtgtcaacggctgtgtgt
ccaaggaatttctggatgggatgaactattgtcaacacccagagcatagg
tgccaattgttgggtagcagagcacacaaaagcctgggaaggatcatgat
agcatcagccatggcccacctgtagtatggatcagacctatagacaatac
atttaaaaaaacccatatactcgaaactggcagattaagtgcatgttcta
gtg

gaattcatttatcttccagatagttagttgtcctgtgatcctccactctt
tgctttaataaacaaaatggcgtctcctcattcctgctcccgatattctt
ctagaggcctctaataagagtcacgggttttcggaggttgtgatggtttg
tatatccttggaccagggagtggcaccatctggaggtgtggccttgttgg
aataggtatgacctggttggaatgggtgtgtcactgtgggtgtgggcata
agatcctcaccatagttgcctggaagtcagtcttccactagcagcctttg
gatgaagacgtagaactctcagctctacctgcgccatgcctgcctggata
ttgccatgctcccaccttgatgataatggactaaacctctgaatctgtaa
gccagccccaattaaatgttgttttactaagacttgccttggtcatggtg
tctgttcacagcagtaaaaccctaactaagacaaattggtaccagcatag
tggggtattcctgtgacaacctgaccatgttttggggaggactgtggaag
gactttggaactttgagctagaagatctattcagtgttaagagccctgtc
agatgttgtgtaggaatttggaagataatgttgagaacagtgcagaagat
ggaggcctggcttgtgaaatttcagagggaaaattaaagactcttttcag
ggccattgttattttggagtttgattattctgtggttctggttagctggg
gatgaagaatcagctgtgattaacaagatacctgaactactaaagcaaaa
cctttgcattactgggactattgatgctggttagctggagctaagaaatt
agcggtgattaaagaagagaccagtattcattgaggtgacatcttctggg
aagtattttcttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_165266394_165267547
seq2: B6Ng01-264N13.b_43_1195

seq1  GAATTCCAAGTCATTGCAACGTGCAATTTGAGTTTGTACCAGAATGTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTCATTGCAACGTGCAATTTGAGTTTGTACCAGAATGTCTG  50

seq1  TGAATTGGCAAGAACATATATGGTAGGGTGAAGCTAAAAATGACCTATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGGCAAGAACATATATGGTAGGGTGAAGCTAAAAATGACCTATCT  100

seq1  TGAAGGGTCACAAGAAGCCTCCCAGTAACCCACACGAAGAAGATTTGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGTCACAAGAAGCCTCCCAGTAACCCACACGAAGAAGATTTGAAG  150

seq1  ACTGCTTTGAGGACAGCAGAGAGAGCATGGACAAGTTTAAATAGAACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTGAGGACAGCAGAGAGAGCATGGACAAGTTTAAATAGAACATA  200

seq1  TTCATTGGTGAGCTGATATCTGTCTCTGTGAAAAATATTCATGGGATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGGTGAGCTGATATCTGTCTCTGTGAAAAATATTCATGGGATTTG  250

seq1  GTTAGGGAAGGGGTCTGTACATGGCCAGTATTATGGAGGAATCCATTCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGGAAGGGGTCTGTACATGGCCAGTATTATGGAGGAATCCATTCTA  300

seq1  CTTCCCAAAAGAGCCAGACATATTTGTTGAGGTAACTGTAGTTGTCACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCAAAAGAGCCAGACATATTTGTTGAGGTAACTGTAGTTGTCACTG  350

seq1  GTATGGTTGAAAAAGATACACTTATCATAAGTTAAGGTTTCCAGAAAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGTTGAAAAAGATACACTTATCATAAGTTAAGGTTTCCAGAAAGCC  400

seq1  AAGGATTCAGATGTCAATGATTTACTGGCGAAGAGCCTCAGAACGATGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTCAGATGTCAATGATTTACTGGCGAAGAGCCTCAGAACGATGCC  450

seq1  AGAACAGGGGTAGGGCCTGGAAAGAAGGCAGACAAAGATACGATTTTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGGGGTAGGGCCTGGAAAGAAGGCAGACAAAGATACGATTTTGTT  500

seq1  GGACACTTGTGATAGAAAATGTTAATTGTTAATGGAATCTAGAAACACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTTGTGATAGAAAATGTTAATTGTTAATGGAATCTAGAAACACCT  550

seq1  GGGAGACAGGCCTGAAAGGCATTCCTGTAGGAAATTATCTTGGTTGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACAGGCCTGAAAGGCATTCCTGTAGGAAATTATCTTGGTTGTGTT  600

seq1  AACTCAGGTGGATGGAGACAGGCCAGCTGCATGTGTCCACCCTCCCTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGTGGATGGAGACAGGCCAGCTGCATGTGTCCACCCTCCCTTTC  650

seq1  TTGGGATCCTGGACTGTATAGATAAACAAGGGGACTTGCGTAGTAGAACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATCCTGGACTGTATAGATAAACAAGGGGACTTGCGTAGTAGAACG  700

seq1  CATGTATTGTTCCATGCTTTTTGACTGGCTGCTTCAAGCTGTTGCCTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATTGTTCCATGCTTTTTGACTGGCTGCTTCAAGCTGTTGCCTTGA  750

seq1  CTTCCCCTTGAACTGTGAGCTAAAGTAATATTTTTGTCAGAGCATTTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCTTGAACTGTGAGCTAAAGTAATATTTTTGTCAGAGCATTTCAT  800

seq1  CACAGCAACAGGGAAAGAAACAAAGATCTACGTCCCAGGCAAAGC-TTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CACAGCAACAGGGAAAGAAACAAAGATCTACGTCCCAGGCAAAGCTTTGA  850

seq1  TTCCACTGGTGCTCAGGTGGGCAAAATACATTTCAGAGTTTGTCCTGCCT  899
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTGGTGCTCA-GTGGGCAAAATACATTTCAGAGTTTGTCCTGCCT  899

seq1  TGAGATTCAGACTCTTAGCACACCGTCACCAGAGTGTCAACGGCTGTGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTCAGACTCTTAGCACACCGTCACCAGAGTGTCAACGGCTGTGTG  949

seq1  TCCCAGGAATTTCTGGATGGGATGAACTATTGTCAACAACCAAGAGCATA  999
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  TCCAAGGAATTTCTGGATGGGATGAACTATTGTCAAC-ACCCAGAGCATA  998

seq1  GGTGCCAATTGTT-GGTAGCAGAGCACACCAAAG-CTGGGAAAGGGATCA  1047
      ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||
seq2  GGTGCCAATTGTTGGGTAGCAGAGCACACAAAAGCCTGGGAA--GGATCA  1046

seq1  TGGTAGGCATCAGCAATGGCC--ACTGTAGTATGATCCAGA-CTATAGAC  1094
      || || |||||||| ||||||   ||||||||||   |||| ||||||||
seq2  TGATA-GCATCAGCCATGGCCCACCTGTAGTATGGATCAGACCTATAGAC  1095

seq1  AATACA-TTAAAAAAAACCATATACCTTCAAAACTGG-AGATTTAGTTGC  1142
      |||||| ||||||||| ||||||||  || ||||||| ||||| || |||
seq2  AATACATTTAAAAAAACCCATATAC--TCGAAACTGGCAGATTAAG-TGC  1142

seq1  AATGTTCTAGTG  1154
       |||||||||||
seq2  -ATGTTCTAGTG  1153


seq1: chrX_165396901_165397533
seq2: B6Ng01-264N13.g_69_701 (reverse)

seq1  CAACATTATCTTCCAAATTCCTACACAACATCTGACAGGGCTCTTAACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTATCTTCCAAATTCCTACACAACATCTGACAGGGCTCTTAACAC  50

seq1  TGAATAGATCTTCTAGCTCAAAGTTCCAAAGTCCTTCCACAGTCCTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGATCTTCTAGCTCAAAGTTCCAAAGTCCTTCCACAGTCCTCCCC  100

seq1  AAAACATGGTCAGGTTGTCACAGGAATACCCCACTATGCTGGTACCAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATGGTCAGGTTGTCACAGGAATACCCCACTATGCTGGTACCAATT  150

seq1  TGTCTTAGTTAGGGTTTTACTGCTGTGAACAGACACCATGACCAAGGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAGTTAGGGTTTTACTGCTGTGAACAGACACCATGACCAAGGCAA  200

seq1  GTCTTAGTAAAACAACATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGATTCAGAGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGTAAAACAACATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGATTCAGAGGTT  250

seq1  TAGTCCATTATCATCAAGGTGGGAGCATGGCAATATCCAGGCAGGCATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCATTATCATCAAGGTGGGAGCATGGCAATATCCAGGCAGGCATGG  300

seq1  CGCAGGTAGAGCTGAGAGTTCTACGTCTTCATCCAAAGGCTGCTAGTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGGTAGAGCTGAGAGTTCTACGTCTTCATCCAAAGGCTGCTAGTGGA  350

seq1  AGACTGACTTCCAGGCAACTATGGTGAGGATCTTATGCCCACACCCACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGACTTCCAGGCAACTATGGTGAGGATCTTATGCCCACACCCACAG  400

seq1  TGACACACCCATTCCAACCAGGTCATACCTATTCCAACAAGGCCACACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACACCCATTCCAACCAGGTCATACCTATTCCAACAAGGCCACACCT  450

seq1  CCAGATGGTGCCACTCCCTGGTCCAAGGATATACAAACCATCACAACCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGGTGCCACTCCCTGGTCCAAGGATATACAAACCATCACAACCTC  500

seq1  CGAAAACCCGTGACTCTTATTAGAGGCCTCTAGAAGAATATCGGGAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAACCCGTGACTCTTATTAGAGGCCTCTAGAAGAATATCGGGAGCAG  550

seq1  GAATGAGGAGACGCCATTTTGTTTATTAAAGCAAAGAGTGGAGGATCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGGAGACGCCATTTTGTTTATTAAAGCAAAGAGTGGAGGATCACA  600

seq1  GGACAACTAACTATCTGGAAGATAAATGAATTC  633
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACTAACTATCTGGAAGATAAATGAATTC  633


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |