BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269N19
ChromosomeX (Build37)
Map Location 104,599,832 - 104,765,491
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933401B06Rik
Upstream geneGm784, Cysltr1, EG331493, LOC668490, LOC100042772, LOC100043263, Zcchc5, Gpr23, P2ry10, A630033H20Rik, Gpr174, LOC668502, LOC622613, LOC385404, Itm2a
Downstream geneTbx22, 2610002M06Rik, Gm732, Gm378, LOC668516
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269N19.bB6Ng01-269N19.g
ACCGA072349GA072350
length1,1331,123
definitionB6Ng01-269N19.b B6Ng01-269N19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,764,350 - 104,765,491)(104,599,832 - 104,600,946)
sequence
gaattctatttgcaaaactactgataactttctattgctttagcagccta
gtatatttttgtgaaagtttcagcaagagtagacgatatgaactctaggt
cagcactgcttttaacttggttcatacggtttacttaacacttacctcca
tagtcacagagaacacaaaatacctctcctctttgaatacttatattgcc
caatctataaaatgtgtttataattttaaaatatcattccaatgttttta
ttttgaacatcatacttggctagtcacccttgcctaaatggttggcatta
aggatatcagtgagtgaaagtatagactacacattcttgctgcttcagca
atatatagcagtttaatgtaaattaaattactcaatatacatgaaagcac
tttgtaaattttaaagcactctccagggtatatcaaactatttaattaaa
tttttgacatctggcatcaggtttcaagtggaaataaatcaaagaattta
tcttaggaagttctgtcttaggtcatttgcaaaaatgtgccagaattcaa
tgtctgttttcttgaacattattaaatatttgagcacttttcaataactt
aattacctcttttagtcattatctttagtaaccctcagaagaatgtctac
agagaagaattctagtcctcttccatttgcaagtatgctcagaaatatcc
agcaaggtattcagtacatatgtaaataatgagtaatctgacaataaaag
gtaaattcaccaccttgatgtgttctaagctattattagcaccaaattaa
ggtcagttttcctgtgaaattccagttggtagttctgtgatcttaaaatt
gactttagtttaataaaccatgctaggaaaaaaatcacactggattgtag
ttgttccctctctaagcattctttggcagtttttaagagttattctcata
gagcagagtaaataataccaaacccaccaacctgacagccagatatgccc
aaatcttgcatagtgctatgtccatcagagggcactactactctcagatt
agattggaagccttcccattatgaggaggttaatatgctggtactatagc
ctagtttaaatagtataagctagggaatcccct
gaattccccacctactcatcaacttaactgaacagacttgaatatgctga
gttgcttcccttctgtccaagaaattctaacttggagtttttcccatgga
gattgttttgcctctaaagccctctcctgtcttgactgtgggggctttgc
aaagacagagttcatattctctgataggtcacagatgggaaggtggatgg
agaggaacagtaaggagcttgtgccttgcacagggtcaggaccttagaag
caggatgtcagagtttacttagaaatactggcatcttttgctctttcact
ttttacctaagtctgactatcataattcaacatttgtcaggcaatcctta
gttttggcatagaaaacctcagttttcccggtatgtttctcttttcagtt
gccctctgttgggattcacctttatgaccacttagttaggatctgtacta
cactgacccacaccacctgcatcactgaatgcatacctatttccacacac
ttacctactaaatgcaagcagctgatcagataacaagatgctattttctg
tcctgaaatgcggtaaggcaggaggagcaggaatttttttttccatttgt
tcaaagaagagacccaaactctgataactaccaaagagaacgtttggtca
cttgcttggtatgtagcattaggtaaactacctgatctccttaggcacca
tttttcctcctctgaattgtgctgttgggagatcatgtatgagaatgcag
gaagaagtccacattgtattattcagaaaagtaaaagaaaatgacatggt
ttggttaccctaggacttaatttgaatctgtagcatatacatatttcaag
cttatagagcctgtttatgtatgagttctttaaaaatctttctgtttcta
taacttttaaacaaccctcagtgtctagatattaggtctttcctgggaca
aagtaaactcctaagcataagtcactttttatttaatataataacttcct
tttgaatgggtttaactgccatcttttaattatagtactatgctcttttc
agatgcagtcatacttcccaagaatcttgcctgctgtggcaaatatttat
gccaagacctaattgtcattttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_104764350_104765491
seq2: B6Ng01-269N19.b_48_1180 (reverse)

seq1  AGGGGATTCCCTAGCTTTATACTATTTTAAACTAGGCTTATAGTACCAAG  50
      ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||
seq2  AGGGGATTCCCTAGC-TTATACTA-TTTAAACTAGGC-TATAGTACC-AG  46

seq1  CATTAATTACCTCCTCATAAGGGGAAGGCTTCCAATCTAATCTGAGAGTA  100
      || || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-TATTAACCTCCTCATAATGGGAAGGCTTCCAATCTAATCTGAGAGTA  95

seq1  GTTAGTTGCCCTCTGATGGACATAGCACTATTGCAGATTTGGGCATATCT  150
      | ||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| 
seq2  G-TAG-TGCCCTCTGATGGACATAGCACTATGCAAGATTTGGGCATATC-  142

seq1  TGGCTGTCAGGTTGGTGGGTTTGGTATTATTTACTCTGCTCTTATGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGGCTGTCAGGTTGGTGGGTTTGGTATTATTTACTCTGCTC-TATGAGAA  191

seq1  TAACTCTTAAAAACTGCCAAAGAATGCTTAGAGAGGGAACAACTACAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCTTAAAAACTGCCAAAGAATGCTTAGAGAGGGAACAACTACAATC  241

seq1  CAGTGTGATTTTTTTCCTAGCATGGTTTATTAAACTAAAGTCAATTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGATTTTTTTCCTAGCATGGTTTATTAAACTAAAGTCAATTTTAA  291

seq1  GATCACAGAACTACCAACTGGAATTTCACAGGAAAACTGACCTTAATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACAGAACTACCAACTGGAATTTCACAGGAAAACTGACCTTAATTTG  341

seq1  GTGCTAATAATAGCTTAGAACACATCAAGGTGGTGAATTTACCTTTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAATAATAGCTTAGAACACATCAAGGTGGTGAATTTACCTTTTATT  391

seq1  GTCAGATTACTCATTATTTACATATGTACTGAATACCTTGCTGGATATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATTACTCATTATTTACATATGTACTGAATACCTTGCTGGATATTT  441

seq1  CTGAGCATACTTGCAAATGGAAGAGGACTAGAATTCTTCTCTGTAGACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCATACTTGCAAATGGAAGAGGACTAGAATTCTTCTCTGTAGACAT  491

seq1  TCTTCTGAGGGTTACTAAAGATAATGACTAAAAGAGGTAATTAAGTTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGAGGGTTACTAAAGATAATGACTAAAAGAGGTAATTAAGTTATT  541

seq1  GAAAAGTGCTCAAATATTTAATAATGTTCAAGAAAACAGACATTGAATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTGCTCAAATATTTAATAATGTTCAAGAAAACAGACATTGAATTC  591

seq1  TGGCACATTTTTGCAAATGACCTAAGACAGAACTTCCTAAGATAAATTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACATTTTTGCAAATGACCTAAGACAGAACTTCCTAAGATAAATTCT  641

seq1  TTGATTTATTTCCACTTGAAACCTGATGCCAGATGTCAAAAATTTAATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTATTTCCACTTGAAACCTGATGCCAGATGTCAAAAATTTAATTA  691

seq1  AATAGTTTGATATACCCTGGAGAGTGCTTTAAAATTTACAAAGTGCTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTTGATATACCCTGGAGAGTGCTTTAAAATTTACAAAGTGCTTTC  741

seq1  ATGTATATTGAGTAATTTAATTTACATTAAACTGCTATATATTGCTGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATTGAGTAATTTAATTTACATTAAACTGCTATATATTGCTGAAG  791

seq1  CAGCAAGAATGTGTAGTCTATACTTTCACTCACTGATATCCTTAATGCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGAATGTGTAGTCTATACTTTCACTCACTGATATCCTTAATGCCA  841

seq1  ACCATTTAGGCAAGGGTGACTAGCCAAGTATGATGTTCAAAATAAAAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTAGGCAAGGGTGACTAGCCAAGTATGATGTTCAAAATAAAAACA  891

seq1  TTGGAATGATATTTTAAAATTATAAACACATTTTATAGATTGGGCAATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGATATTTTAAAATTATAAACACATTTTATAGATTGGGCAATAT  941

seq1  AAGTATTCAAAGAGGAGAGGTATTTTGTGTTCTCTGTGACTATGGAGGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTCAAAGAGGAGAGGTATTTTGTGTTCTCTGTGACTATGGAGGTA  991

seq1  AGTGTTAAGTAAACCGTATGAACCAAGTTAAAAGCAGTGCTGACCTAGAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTAAGTAAACCGTATGAACCAAGTTAAAAGCAGTGCTGACCTAGAG  1041

seq1  TTCATATCGTCTACTCTTGCTGAAACTTTCACAAAAATATACTAGGCTGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATCGTCTACTCTTGCTGAAACTTTCACAAAAATATACTAGGCTGC  1091

seq1  TAAAGCAATAGAAAGTTATCAGTAGTTTTGCAAATAGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCAATAGAAAGTTATCAGTAGTTTTGCAAATAGAATTC  1133

seq1: chrX_104599832_104600946
seq2: B6Ng01-269N19.g_67_1189

seq1  GAATTCCCCACCTACTCATCAACTTAACTGAACAGACTTGAATATGCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCACCTACTCATCAACTTAACTGAACAGACTTGAATATGCTGA  50

seq1  GTTGCTTCCCTTCTGTCCAAGAAATTCTAACTTGGAGTTTTTCCCATGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTCCCTTCTGTCCAAGAAATTCTAACTTGGAGTTTTTCCCATGGA  100

seq1  GATTGTTTTGCCTCTAAAGCCCTCTCCTGTCTTGACTGTGGGGGCTTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTTTTGCCTCTAAAGCCCTCTCCTGTCTTGACTGTGGGGGCTTTGC  150

seq1  AAAGACAGAGTTCATATTCTCTGATAGGTCACAGATGGGAAGGTGGATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAGAGTTCATATTCTCTGATAGGTCACAGATGGGAAGGTGGATGG  200

seq1  AGAGGAACAGTAAGGAGCTTGTGCCTTGCACAGGGTCAGGACCTTAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAACAGTAAGGAGCTTGTGCCTTGCACAGGGTCAGGACCTTAGAAG  250

seq1  CAGGATGTCAGAGTTTACTTAGAAATACTGGCATCTTTTGCTCTTTCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGTCAGAGTTTACTTAGAAATACTGGCATCTTTTGCTCTTTCACT  300

seq1  TTTTACCTAAGTCTGACTATCATAATTCAACATTTGTCAGGCAATCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCTAAGTCTGACTATCATAATTCAACATTTGTCAGGCAATCCTTA  350

seq1  GTTTTGGCATAGAAAACCTCAGTTTTCCCGGTATGTTTCTCTTTTCAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGCATAGAAAACCTCAGTTTTCCCGGTATGTTTCTCTTTTCAGTT  400

seq1  GCCCTCTGTTGGGATTCACCTTTATGACCACTTAGTTAGGATCTGTACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTGTTGGGATTCACCTTTATGACCACTTAGTTAGGATCTGTACTA  450

seq1  CACTGACCCACACCACCTGCATCACTGAATGCATACCTATTTCCACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACCCACACCACCTGCATCACTGAATGCATACCTATTTCCACACAC  500

seq1  TTACCTACTAAATGCAAGCAGCTGATCAGATAACAAGATGCTATTTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTACTAAATGCAAGCAGCTGATCAGATAACAAGATGCTATTTTCTG  550

seq1  TCCTGAAATGCGGTAAGGCAGGAGGAGCAGGAATTTTTTTTTCCATTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAATGCGGTAAGGCAGGAGGAGCAGGAATTTTTTTTTCCATTTGT  600

seq1  TCAAAGAAGAGACCCAAACTCTGATAACTACCAAAGAGAACGTTTGGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGAAGAGACCCAAACTCTGATAACTACCAAAGAGAACGTTTGGTCA  650

seq1  CTTGCTTGGTATGTAGCATTAGGTAAACTACCTGATCTCCTTAGGCACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGGTATGTAGCATTAGGTAAACTACCTGATCTCCTTAGGCACCA  700

seq1  TTTTTCCTCCTCTGAATTGTGCTGTTGGGAGATCATGTATGAGAATGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTCCTCTGAATTGTGCTGTTGGGAGATCATGTATGAGAATGCAG  750

seq1  GAAGAAGTCCACATTGTATTATTCAGAAAAGTAAAAGAAAATGACATGG-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAGAAGTCCACATTGTATTATTCAGAAAAGTAAAAGAAAATGACATGGT  800

seq1  TTGGTTACCCTAGGACTTAATTTGAATCTGTAGCATATACATATTTCAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTACCCTAGGACTTAATTTGAATCTGTAGCATATACATATTTCAAG  850

seq1  CTTATAGAGCCTGTTTATGTATGAGTTC-TTAAAAATCTTTCTGTTTCTA  898
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAGAGCCTGTTTATGTATGAGTTCTTTAAAAATCTTTCTGTTTCTA  900

seq1  TAACTTTTAAACAA-CCTCAGTGTCTAGATA-TAGGTC-TTCCT-GGACA  944
      |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||
seq2  TAACTTTTAAACAACCCTCAGTGTCTAGATATTAGGTCTTTCCTGGGACA  950

seq1  AAGTTAAACTCCTAAGCAT-AGTCAC-TTTTATTT-ATAT-ATAACTT-C  989
      ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |
seq2  AAG-TAAACTCCTAAGCATAAGTCACTTTTTATTTAATATAATAACTTCC  999

seq1  TTTTGAAT-GGTTTAACTGCCATCTTTTAATTATTAGTACTATGCTCCTT  1038
      |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  TTTTGAATGGGTTTAACTGCCATCTTTTAATTA-TAGTACTATGCT-CTT  1047

seq1  TTCAGAATGCCAGTCATACCTCCCAAAGAATCTTTGCTGCTGTTGGCAAT  1088
      ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||| |  |||
seq2  TTCAG-ATG-CAGTCATACTTCCC-AAGAATCTTGCCTGCTGTGGCAAAT  1094

seq1  ATGTAATGC--AGACAT-ATTGTCATTTTG  1115
      || | ||||  |||| | ||||||||||||
seq2  AT-TTATGCCAAGACCTAATTGTCATTTTG  1123