BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278D16
ChromosomeX (Build37)
Map Location 162,669,208 - 162,807,509
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpm6b
Upstream geneGlra2, LOC100040753, Gemin8
Downstream geneOfd1, Trappc2, Rab9, LOC100040795, A630018P17Rik, Egfl6, LOC100041912, LOC641660, LOC667791, EG667794, LOC100040850, LOC627268, Tmsb4x, Tlr8, Tlr7, Prps2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278D16.bB6Ng01-278D16.g
ACCGA078529GA078530
length1,1261,026
definitionB6Ng01-278D16.b B6Ng01-278D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(162,806,370 - 162,807,509)(162,669,208 - 162,670,230)
sequence
gaattccagtctggactaacatacattttcagcagatggcttcatttgtg
gctgggaacctaactgaaaccacacagtggtcatcttcgttgtgtgcaca
cacgcacacacacagctcttacagatcctacaacaatatgactagaagct
tgtgatatgtaatatagaaaaaaagctgattaggaaatagtactaccagg
tggacctagacctagtggacctagtggctttgttagccagttatctaaag
agctaaaattctatgtgtggtgattattcagatatctacaaatggactgc
tctctttcatatctatgtcactgtagatagccccaactcccatataagct
ctactttgagatcaactgccctgatacaagttccttactagtccagttgc
aactgctttcctttttctatgacaagtcacattccagtagaattaaatct
ctgcaaaacagttcttacttttggctagggtggaggaggagcaaaaacca
aatttaacttcgtgcctgaaacagtcaaacaaacaaaaactggacagatt
acatgaaacaatatacatgtaaagataataccagttatgaagaactatcc
ttggctaatgattaaattactaaatcatagtgaaaaagcagtcatgacag
cacaagtcttcatgaaatcacggcttgggccttgctcaagctaaagatgc
catttcccttaaccattattacacatgttggggtcttttgcaagatagtc
ttattcattggagctgctgtgaggcaggataacgggtcaaagcaagcatg
gccagacattctattcctttcacagagtaaccattgtgtactgagtgcct
tttgtgtcctgtgctaggtactggggacccaatgatgagctaagatatgt
acgatctgttgacatttgcagttatggagggtgaggggagacattaacta
tttgaaactcaaaaatgtaaagagaattaacagtggggggcactcaagtt
tctgagtgactgagaagacatctaagcttaaatccaagactgatgagtta
gcaaaggggtaaaggaggaggagaaagagtgacagcagtagaaataacat
gaactgaactttgtggtgggggagac
gaattctggtcaatgacttgaggtctacccaaagaaagaaagataaccag
gaacagtacagaaacatccccagaagcagtagaaggaatagcatgtatgc
tccataggaggctcaagacgacaaaggattatgtagacaagacagtagaa
tatttttgacctgaacaagaatttttaacaactttattttttaggctaga
ggtagagcttattggtaggcaatgcatgggcctagtgtgtatgaggcccc
aagtacaatcccttgtaccaaaattaaacatgttcaaaatttcaccaact
gaaatggagattaatgttcagtgaacaaagacttgagggtatgctcaaaa
ctaacaagattcagagttgtaggaagcatatgatctactgagtgaaactg
acagcaaagaaagaaaatgaaaggtggggaagatggctcaagtctgatga
ctcaagtttgatccctggaatccaaaaatctgccctccaacctctatttg
tattctgtggcatatgcacacatatgagagtgcacacacacacacacaca
actaccaacaacaagaagaccaacaacaacaataaatagtaatcagtgag
atactcggctagataaaggtgcttactctcatgataggagaaaaccaatt
ctcaaaagctgtcatctaagctgggcagggtggtgcattcctttaatccc
agcactcagaaggcagatctctgtgagttcgaggccagtctggtctacat
agtgagttccaagatagtcagagttacatagtgagactgtatttccaaaa
aacaaaaagaaaaaagttgtcctatgcccttcacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacactcagagagagagagagagag
agagagagcatgaattaattgactaattattaaagggggtatggttcagt
gctacagctcatgcttagtatgaatgagacatcaggttcttattcaacag
caccagaaaagatgaaagaaagtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_162806370_162807509
seq2: B6Ng01-278D16.b_51_1176 (reverse)

seq1  GTCTCCCCCACCACAAGGTTTCCAG-TCATGTTATTCTCGCTGCCTTGTT  49
      |||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||    ||||  || |
seq2  GTCTCCCCCACCACAAAGTT--CAGTTCATGTTATTTCTACTGC--TG-T  45

seq1  CACTC-TTCTCCTCCCTCCTTTACCCCCTTTGCCTAACTCATTCAGTCTT  98
      ||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||
seq2  CACTCTTTCTCCT-CCTCCTTTA-CCCCTTTG-CTAACTCA-TCAGTCTT  91

seq1  GGATTTAAGCTTAGGATGTCTTCCTCAGTCACCTCCAGAAACTTGAGTTG  148
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||   |||||||||||| ||
seq2  GGATTTAAGCTTA-GATGTCTT-CTCAGTCAC--TCAGAAACTTGAG-TG  136

seq1  CCCCCCACTGTTAATTCTCTTTACATTTTTGAGTTTCAAATAGTTTAATG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCCCCCACTGTTAATTCTCTTTACATTTTTGAGTTTCAAATAG-TTAATG  185

seq1  TCTCCCCTCACCCTCCATAACCTGCAAATGTCAACAGATCGTACATATCT  248
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCTCACCCTCCATAA-CTGCAAATGTCAACAGATCGTACATATCT  234

seq1  TAGCTCATCATTGGGTCCCCAGTACCTAGCACAGGACACAAAAGGCACTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCATCATTGGGTCCCCAGTACCTAGCACAGGACACAAAAGGCACTC  284

seq1  AGTACACAATGGTTACTCTGTGAAAGGAATAGAATGTCTGGCCATGCTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACAATGGTTACTCTGTGAAAGGAATAGAATGTCTGGCCATGCTTG  334

seq1  CTTTGACCCGTTATCCTGCCTCACAGCAGCTCCAATGAATAAGACTATCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACCCGTTATCCTGCCTCACAGCAGCTCCAATGAATAAGACTATCT  384

seq1  TGCAAAAGACCCCAACATGTGTAATAATGGTTAAGGGAAATGGCATCTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAGACCCCAACATGTGTAATAATGGTTAAGGGAAATGGCATCTTT  434

seq1  AGCTTGAGCAAGGCCCAAGCCGTGATTTCATGAAGACTTGTGCTGTCATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAGCAAGGCCCAAGCCGTGATTTCATGAAGACTTGTGCTGTCATG  484

seq1  ACTGCTTTTTCACTATGATTTAGTAATTTAATCATTAGCCAAGGATAGTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTTTCACTATGATTTAGTAATTTAATCATTAGCCAAGGATAGTT  534

seq1  CTTCATAACTGGTATTATCTTTACATGTATATTGTTTCATGTAATCTGTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAACTGGTATTATCTTTACATGTATATTGTTTCATGTAATCTGTC  584

seq1  CAGTTTTTGTTTGTTTGACTGTTTCAGGCACGAAGTTAAATTTGGTTTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTTGTTTGTTTGACTGTTTCAGGCACGAAGTTAAATTTGGTTTTT  634

seq1  GCTCCTCCTCCACCCTAGCCAAAAGTAAGAACTGTTTTGCAGAGATTTAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCCTCCACCCTAGCCAAAAGTAAGAACTGTTTTGCAGAGATTTAA  684

seq1  TTCTACTGGAATGTGACTTGTCATAGAAAAAGGAAAGCAGTTGCAACTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTGGAATGTGACTTGTCATAGAAAAAGGAAAGCAGTTGCAACTGG  734

seq1  ACTAGTAAGGAACTTGTATCAGGGCAGTTGATCTCAAAGTAGAGCTTATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTAAGGAACTTGTATCAGGGCAGTTGATCTCAAAGTAGAGCTTATA  784

seq1  TGGGAGTTGGGGCTATCTACAGTGACATAGATATGAAAGAGAGCAGTCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTTGGGGCTATCTACAGTGACATAGATATGAAAGAGAGCAGTCCA  834

seq1  TTTGTAGATATCTGAATAATCACCACACATAGAATTTTAGCTCTTTAGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGATATCTGAATAATCACCACACATAGAATTTTAGCTCTTTAGAT  884

seq1  AACTGGCTAACAAAGCCACTAGGTCCACTAGGTCTAGGTCCACCTGGTAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCTAACAAAGCCACTAGGTCCACTAGGTCTAGGTCCACCTGGTAG  934

seq1  TACTATTTCCTAATCAGCTTTTTTTCTATATTACATATCACAAGCTTCTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTTCCTAATCAGCTTTTTTTCTATATTACATATCACAAGCTTCTA  984

seq1  GTCATATTGTTGTAGGATCTGTAAGAGCTGTGTGTGTGCGTGTGTGCACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATTGTTGTAGGATCTGTAAGAGCTGTGTGTGTGCGTGTGTGCACA  1034

seq1  CAACGAAGATGACCACTGTGTGGTTTCAGTTAGGTTCCCAGCCACAAATG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGAAGATGACCACTGTGTGGTTTCAGTTAGGTTCCCAGCCACAAATG  1084

seq1  AAGCCATCTGCTGAAAATGTATGTTAGTCCAGACTGGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATCTGCTGAAAATGTATGTTAGTCCAGACTGGAATTC  1126

seq1: chrX_162669208_162670230
seq2: B6Ng01-278D16.g_64_1089

seq1  GAATTCTGGTCAATGACTTGAGGTCTACCCAAAGAAAGAAAGATAACCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTCAATGACTTGAGGTCTACCCAAAGAAAGAAAGATAACCAG  50

seq1  GAACAGTACAGAAACATCCCCAGAAGCAGTAGAAGGAATAGCATGTATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTACAGAAACATCCCCAGAAGCAGTAGAAGGAATAGCATGTATGC  100

seq1  TCCATAGGAGGCTCAAGACGACAAAGGATTATGTAGACAAGACAGTAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGGAGGCTCAAGACGACAAAGGATTATGTAGACAAGACAGTAGAA  150

seq1  TATTTTTGACCTGAACAAGAATTTTTAACAACTTTATTTTTTAGGCTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTGACCTGAACAAGAATTTTTAACAACTTTATTTTTTAGGCTAGA  200

seq1  GGTAGAGCTTATTGGTAGGCAATGCATGGGCCTAGTGTGTATGAGGCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGCTTATTGGTAGGCAATGCATGGGCCTAGTGTGTATGAGGCCCC  250

seq1  AAGTACAATCCCTTGTACCAAAATTAAACATGTTCAAAATTTCACCAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACAATCCCTTGTACCAAAATTAAACATGTTCAAAATTTCACCAACT  300

seq1  GAAATGGAGATTAATGTTCAGTGAACAAAGACTTGAGGGTATGCTCAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGAGATTAATGTTCAGTGAACAAAGACTTGAGGGTATGCTCAAAA  350

seq1  CTAACAAGATTCAGAGTTGTAGGAAGCATATGATCTACTGAGTGAAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAGATTCAGAGTTGTAGGAAGCATATGATCTACTGAGTGAAACTG  400

seq1  ACAGCAAAGAAAGAAAATGAAAGGTGGGGAAGATGGCTCAAGTCTGATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAAGAAAGAAAATGAAAGGTGGGGAAGATGGCTCAAGTCTGATGA  450

seq1  CTCAAGTTTGATCCCTGGAATCCAAAAATCTGCCCTCCAACCTCTATTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTTGATCCCTGGAATCCAAAAATCTGCCCTCCAACCTCTATTTG  500

seq1  TATTCTGTGGCATATGCACACATATGAGAGTGCACACACACACACACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGTGGCATATGCACACATATGAGAGTGCACACACACACACACACA  550

seq1  ACTACCAACAACAAGAAGACCAACAACAACAATAAATAGTAATCAGTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCAACAACAAGAAGACCAACAACAACAATAAATAGTAATCAGTGAG  600

seq1  ATACTCGGCTAGATAAAGGTGCTTACTCTCATGATAGGAGAAAACCAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCGGCTAGATAAAGGTGCTTACTCTCATGATAGGAGAAAACCAATT  650

seq1  CTCAAAAGCTGTCATCTAAGCTGGGCAGGGTGGTGCATTCCTTTAATCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAGCTGTCATCTAAGCTGGGCAGGGTGGTGCATTCCTTTAATCCC  700

seq1  AGCACTCAGAAGGCAGATCTCTGTGAGTTCGAGGCCAGTCTGGTCTACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCAGAAGGCAGATCTCTGTGAGTTCGAGGCCAGTCTGGTCTACAT  750

seq1  AGTGAGTTCCAAGATAGTCAGAGTTACATAGTGAGACTGTATTTCCAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTTCCAAGATAGTCAGAGTTACATAGTGAGACTGTATTTCCAAAA  800

seq1  AACAAAAAGAAAAAAGTTGTCCTATGCCCTTCACACACACACACACACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAAGAAAAAAGTTGTCCTATGCCCTTCACACACACACACACACAC  850

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACTCAGAGAGAGAGAGAGAGAG  900

seq1  AGAGAGAGCATGAATTAATTGACTAATTATTAAAGGGGGTATGGTTCAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGCATGAATTAATTGACTAATTATTAAAGGGGGTATGGTTCAGT  950

seq1  GCTACAGCTCATGCTTAGTATGAATGAGACATCAGGGTTCTATTC-ACAG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||
seq2  GCTACAGCTCATGCTTAGTATGAATGAGACATCAGGTTCTTATTCAACAG  1000

seq1  CA-CAG-AAAGATGAAAGAAAGTGGA  1023
      || ||| |||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAAAAGATGAAAGAAAGTGGA  1026