BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293N20
ChromosomeX (Build37)
Map Location 110,703,652 - 110,834,896
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDach2
Upstream geneZfp711, Pof1b, LOC623412, EG623428, LOC100039112, Chm, EG664918
Downstream geneLOC237016, EG664945, EG634881, LOC100039201, Klhl4, Gm1866
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293N20.bB6Ng01-293N20.g
ACCGA090140GA090141
length1,1731,127
definitionB6Ng01-293N20.b B6Ng01-293N20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,833,711 - 110,834,896)(110,703,652 - 110,704,772)
sequence
gaattcacatgctagatatgtatatagacttttaacatcatggtgatgaa
gataaatctgagtttaaaaaataatcattagggttttgtcttctcattcc
tctgaactacaaggacctaatgcaagctattatcagcattatttcggctg
taccttagtattctagtaactgctaacattctaatatgaatgcgtctacc
acctcttcctaaccatgaagggtacaaacttcagttatacgccaattgtc
catctaaatctgacatcaatttgtttactgatttttatcgaatcttttca
tttctatagtgataacagacagcactcccttcagtaacaattcccagtgt
ctttggctcttcttcttaagccatttcagttaccccttaacttcaatttg
taaatttctaatgattaatttctacactagaataacacacacaaaattag
tttggtcactgaatttctaattcttcagtctagccctacagtactattta
tatttatctagagttgtaactcaccatagcatcacctcacatggatgacc
ggttagaataactgtatctctaactcagaataacacagaacaacacaaca
aattttaaaagagatgaaatctcattttattaaggaattttttgcttctc
ccagtggtgaatccccttattggctgttcaatgcagagtagtcattcatt
gaaacatatatatgtattaacaataaaaacagactaagaaggttgaattt
atgttctctaacatacacatacatacacacaaatagatgggggatagtga
tgcaattctatctcaatttaaaacattaagacaatctgcacctttaggtt
tgtagaaaagataagcaaaaattttttgctatacagtacctccactctcc
ctacacaactaaccttttttattagtatcctaaattactttagtatatta
ttaacaagcatatcaatacttataaattattattcatcaattacttagtt
tatactagagtcaactttgatatacctccacagtataaaatgcataaata
ttctagatctatatttattatcatacagaaatgattcatatatcaaaata
cactgtgattttcctctggactttctattagaatattaccctctggcact
actaaccttattcgatctcatag

gaattcagggtagtttccactgtaattttttttaatttaaggatttttct
tttggagagttttacaagtgggaactgtatttacataatttccaccccta
tcactcctccctccaactcttcctatgctcacattcacgaaatcttcttt
aataattgtgtgtgggttgtgcaacatagtgtgtccttttatgtgcttta
gtgttccttgtatatatgtgttatgagattattatgagtaatttatagtt
tttaaaaaaaggattaggaaaggtggatagagtaaaatctttttcattat
agcaagacagtaagatagtcatatgaatattgttgatgctcactaacaaa
aatgtcctatacttcatatgtgaagctgcctattcagttatgtaatacat
acacatccactatattcatactgcatgaatcaaatagatttctctgtgta
tagagagatattttatgtatatttatgaataatacacaactcaacatata
tgtttgatggggttgtatacacagttccttgttttgtctaatttctgttc
taagtctttgtaaaagtgctgtattttcttgagacttcaagtgggtttct
ttgctgtcatcttccatctttggctcacctctgttaaatactctttaagt
atattacatatttattattggtatcataagacaaacagtactattgatat
tatattataacccacatgaagtcccaaaatatgtaaataaaaattttcca
tttccatctttttattaagttaaacaaatttgtaccagtttacaattaac
tgtgtcaaataatctttccatatgtattatgccaatacatacctgttatg
gaagacagggatatttagaaatactcagccaacctaagataattgatgaa
aacttatgtggtttcctactttctttccttaaatgtggcacagtatccaa
gccagtgttgtattggacatagttttctatttgctatcagttataaatgc
tgagatacctgaagtggattgtttttctcagaaggccataatgtaatctc
aaccttaaataacttcacaccattgcactaattaaaacttccattatatt
tttgcctcaaacaaaccgacttaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_110833711_110834896
seq2: B6Ng01-293N20.b_49_1221 (reverse)

seq1  CTATAGAGATAGAATAAAGTTTAGTAGTTGCCAGAGGTTAATATTCTAAT  50
      |||| ||||| |||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  CTAT-GAGATCGAAT-AAGGTTAGTAG-TGCCAGAGGGTAATATTCTAAT  47

seq1  AGAAAGCTCAAGAGAAAAATCACAGTGTATTTTGATATAATGAAATCA-T  99
      |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |
seq2  AGAAAG-TCCAGAGGAAAATCACAGTGTATTTTGATAT-ATG-AATCATT  94

seq1  TCTGTATGATAAATAAAATAATAGATCTAAGATA-TTATGCATTTTAATA  148
      |||||||||| ||||||   |||||||||  ||| ||||||||||| |||
seq2  TCTGTATGAT-AATAAA--TATAGATCTAGAATATTTATGCATTTT-ATA  140

seq1  CTTGTGGAGGTATAATTCAAAGTTTGACTTCTAGTATAAACTAAGTAATT  198
      | ||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  C-TGTGGAGGTATA--TCAAAG-TTGAC-TCTAGTATAAACTAAGTAA-T  184

seq1  TGATGAATAATAATTTATAAGTATTGATATGCTTGTTAATAATATACTAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAATAATAATTTATAAGTATTGATATGCTTGTTAATAATATACTAA  234

seq1  AGTAATTTAGGATACTAAT-AAAAAGGTTAGTTGTGTAGGGAGAGTGGAG  297
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTTAGGATACTAATAAAAAAGGTTAGTTGTGTAGGGAGAGTGGAG  284

seq1  GTACTGTATAGCAAAAAATTTTTGCTTATCTTTTCTACAAACCTAAAGGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTATAGCAAAAAATTTTTGCTTATCTTTTCTACAAACCTAAAGGT  334

seq1  GCAGATTGTCTTAATGTTTTAAATTGAGATAGAATTGCATCACTATCCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTGTCTTAATGTTTTAAATTGAGATAGAATTGCATCACTATCCCC  384

seq1  CATCTATTTGTGTGTATGTATGTGTATGTTAGAGAACATAAATTCAACCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATTTGTGTGTATGTATGTGTATGTTAGAGAACATAAATTCAACCT  434

seq1  TCTTAGTCTGTTTTTATTGTTAATACATATATATGTTTCAATGAATGACT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTCTGTTTTTATTGTTAATACATATATATGTTTCAATGAATGACT  484

seq1  ACTCTGCATTGAACAGCCAATAAGGGGATTCACCACTGGGAGAAGCAAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCATTGAACAGCCAATAAGGGGATTCACCACTGGGAGAAGCAAAA  534

seq1  AATTCCTTAATAAAATGAGATTTCATCTCTTTTAAAATTTGTTGTGTTGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTTAATAAAATGAGATTTCATCTCTTTTAAAATTTGTTGTGTTGT  584

seq1  TCTGTGTTATTCTGAGTTAGAGATACAGTTATTCTAACCGGTCATCCATG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTATTCTGAGTTAGAGATACAGTTATTCTAACCGGTCATCCATG  634

seq1  TGAGGTGATGCTATGGTGAGTTACAACTCTAGATAAATATAAATAGTACT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGATGCTATGGTGAGTTACAACTCTAGATAAATATAAATAGTACT  684

seq1  GTAGGGCTAGACTGAAGAATTAGAAATTCAGTGACCAAACTAATTTTGTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGCTAGACTGAAGAATTAGAAATTCAGTGACCAAACTAATTTTGTG  734

seq1  TGTGTTATTCTAGTGTAGAAATTAATCATTAGAAATTTACAAATTGAAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTATTCTAGTGTAGAAATTAATCATTAGAAATTTACAAATTGAAGT  784

seq1  TAAGGGGTAACTGAAATGGCTTAAGAAGAAGAGCCAAAGACACTGGGAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGGTAACTGAAATGGCTTAAGAAGAAGAGCCAAAGACACTGGGAAT  834

seq1  TGTTACTGAAGGGAGTGCTGTCTGTTATCACTATAGAAATGAAAAGATTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTGAAGGGAGTGCTGTCTGTTATCACTATAGAAATGAAAAGATTC  884

seq1  GATAAAAATCAGTAAACAAATTGATGTCAGATTTAGATGGACAATTGGCG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAATCAGTAAACAAATTGATGTCAGATTTAGATGGACAATTGGCG  934

seq1  TATAACTGAAGTTTGTACCCTTCATGGTTAGGAAGAGGTGGTAGACGCAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTGAAGTTTGTACCCTTCATGGTTAGGAAGAGGTGGTAGACGCAT  984

seq1  TCATATTAGAATGTTAGCAGTTACTAGAATACTAAGGTACAGCCGAAATA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTAGAATGTTAGCAGTTACTAGAATACTAAGGTACAGCCGAAATA  1034

seq1  ATGCTGATAATAGCTTGCATTAGGTCCTTGTAGTTCAGAGGAATGAGAAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGATAATAGCTTGCATTAGGTCCTTGTAGTTCAGAGGAATGAGAAG  1084

seq1  ACAAAACCCTAATGATTATTTTTTAAACTCAGATTTATCTTCATCACCAT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCCTAATGATTATTTTTTAAACTCAGATTTATCTTCATCACCAT  1134

seq1  GATGTTAAAAGTCTATATACATATCTAGCATGTGAATTC  1186
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTAAAAGTCTATATACATATCTAGCATGTGAATTC  1173


seq1: chrX_110703652_110704772
seq2: B6Ng01-293N20.g_68_1194

seq1  GAATTCAGGGTAGTTTCCACTGTAATTTTTTTTAATTTAAGGATTTTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGTAGTTTCCACTGTAATTTTTTTTAATTTAAGGATTTTTCT  50

seq1  TTTGGAGAGTTTTACAAGTGGGAACTGTATTTACATAATTTCCACCCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGAGTTTTACAAGTGGGAACTGTATTTACATAATTTCCACCCCTA  100

seq1  TCACTCCTCCCTCCAACTCTTCCTATGCTCACATTCACGAAATCTTCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCTCCCTCCAACTCTTCCTATGCTCACATTCACGAAATCTTCTTT  150

seq1  AATAATTGTGTGTGGGTTGTGCAACATAGTGTGTCCTTTTATGTGCTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGTGTGTGGGTTGTGCAACATAGTGTGTCCTTTTATGTGCTTTA  200

seq1  GTGTTCCTTGTATATATGTGTTATGAGATTATTATGAGTAATTTATAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCTTGTATATATGTGTTATGAGATTATTATGAGTAATTTATAGTT  250

seq1  TTTAAAAAAAGGATTAGGAAAGGTGGATAGAGTAAAATCTTTTTCATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAAAGGATTAGGAAAGGTGGATAGAGTAAAATCTTTTTCATTAT  300

seq1  AGCAAGACAGTAAGATAGTCATATGAATATTGTTGATGCTCACTAACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGACAGTAAGATAGTCATATGAATATTGTTGATGCTCACTAACAAA  350

seq1  AATGTCCTATACTTCATATGTGAAGCTGCCTATTCAGTTATGTAATACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCTATACTTCATATGTGAAGCTGCCTATTCAGTTATGTAATACAT  400

seq1  ACACATCCACTATATTCATACTGCATGAATCAAATAGATTTCTCTGTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCCACTATATTCATACTGCATGAATCAAATAGATTTCTCTGTGTA  450

seq1  TAGAGAGATATTTTATGTATATTTATGAATAATACACAACTCAACATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGATATTTTATGTATATTTATGAATAATACACAACTCAACATATA  500

seq1  TGTTTGATGGGGTTGTATACACAGTTCCTTGTTTTGTCTAATTTCTGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGATGGGGTTGTATACACAGTTCCTTGTTTTGTCTAATTTCTGTTC  550

seq1  TAAGTCTTTGTAAAAGTGCTGTATTTTCTTGAGACTTCAAGTGGGTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCTTTGTAAAAGTGCTGTATTTTCTTGAGACTTCAAGTGGGTTTCT  600

seq1  TTGCTGTCATCTTCCATCTTTGGCTCACCTCTGTTAAATACTCTTTAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTCATCTTCCATCTTTGGCTCACCTCTGTTAAATACTCTTTAAGT  650

seq1  ATATTACATATTTATTATTGGTATCATAAGACAAACAGTACTATTGATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACATATTTATTATTGGTATCATAAGACAAACAGTACTATTGATAT  700

seq1  TATATTATAACCCACATGAAGTCCCAAAATATGTAAATAAAAATTTTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTATAACCCACATGAAGTCCCAAAATATGTAAATAAAAATTTTCCA  750

seq1  TTTCCATCTTTTTATTAAGTTAAACAAATTTGTACCAGTTTACAATTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATCTTTTTATTAAGTTAAACAAATTTGTACCAGTTTACAATTAAC  800

seq1  TGTGTCAAATAATC-TTCCATATGTATTATGCCAATACATACCTGTTATG  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCAAATAATCTTTCCATATGTATTATGCCAATACATACCTGTTATG  850

seq1  GAAGACAGGGATATTTAGAAATACTCAGCCAACCTAAGATAATTGATGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGGGATATTTAGAAATACTCAGCCAACCTAAGATAATTGATGAA  900

seq1  AACTTATGTGGTTTCCTACTTTCTTTCCTTAAATGTGGCACAGTATCCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATGTGGTTTCCTACTTTCTTTCCTTAAATGTGGCACAGTATCCAA  950

seq1  GCCAGTGTTGTATT-GACATAGTTTTCTATTTGCTATCAGTTATAAATGC  998
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGTTGTATTGGACATAGTTTTCTATTTGCTATCAGTTATAAATGC  1000

seq1  TGAGATTACCTG-AGT-GATTG-TTTTCTCAGAAAGCCATAATGTAATCT  1045
      ||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGAGA-TACCTGAAGTGGATTGTTTTTCTCAGAAGGCCATAATGTAATCT  1049

seq1  CAAACCTAA--TACTTCAACAACCATGCACTAATTAAAACTCCAATTATA  1093
      ||| | |||   ||||| ||| |  |||||||||||||||| | ||||||
seq2  CAACCTTAAATAACTTC-ACACCATTGCACTAATTAAAACTTCCATTATA  1098

seq1  TTTTTG-CTCAAACAAAACGACTTAATAA  1121
      |||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  TTTTTGCCTCAAACAAACCGACTTAATAA  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |