BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-301C17
ChromosomeX (Build37)
Map Location 55,915,912 - 56,034,420
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC631621
Upstream geneEG666441, LOC666447, Zic3, LOC631581
Downstream gene4930550L24Rik, Fgf13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-301C17.bB6Ng01-301C17.g
ACCGA095553GA095554
length1,0981,165
definitionB6Ng01-301C17.b B6Ng01-301C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,033,315 - 56,034,420)(55,915,912 - 55,917,085)
sequence
gaattcacaatgcaaagattacaggtgtgcaacaacacatccaatttact
ctgtgttagggactgaaaccaagtggttttttttttgttgttgttgtttt
tttttttttttttttttaatgttgagtgttgtttaaatgtgaactcccac
aaggtcatgtatctgaatacttgttttctagataaagatactgttgtaga
acctacaggatgtagaaagttgctggaaggagtatatcactggagataag
cctaggacttttacaagcttgcctcatttcttgttactctgtttcctggg
aatgtatccctgcttctgtcaacatacttttcttagttgtcatgttgtcc
ccaagatgatatactcttgaaagtataagcctatacaaacccttacttgc
ttaagtccttttgtcatgatatttcatcacagcacaggaaaaataactaa
gaatctaatgaacagtgatcttgttctgatgtccatcagataatatccat
ttatgtcattcatgtccttcaatggtctcccatttcacttatatataatc
atatcacatctgatatgtcatattctgcaagttttcataagtgctttcct
gctgctccttttctaattgggatcattttgtaattcctattttaattttg
attttatcttagagtatgtcttaatcatcaaacctacaaattgactcttc
tgctctctaaatgcatctaccatgagaatagaactttttcttttgtgtca
ggtattatttgtccaggacctaacaactagtaggcatttcctaaatattt
gtctaagtaataaactggcaatcatgccatgtaaatcaagtcagattcaa
aatagaattatcacctatcttctttctctgtgtatcttagctgttataga
aagacataaaatcaagtatgcccacatgacatgaaagcacagcaaaactg
ggagacatggtcaaagaacagaatatacctttattgtcttattaaaccca
gactatgtatataatttgtatatatggtactattgttactagtactagta
tatgtaactatgtatatattctagcaaaaaggaaaccaggatactaat
gaattccacctagagctcacttgcctccatggatacttctttataaataa
taaaaggtcatcttccacccatcagattgaagctatattttgtattgaca
tggaaaaaaaaacacttgagcatgacctaactggaaagagatgggataga
tcatcattgcttattggcaggtctggagaaacatactgacatgcctaatg
agttccttattggtatgtaaaatacattaattttccaaaaagatgctttg
tagaggaaagccaaagcctctctttacactgcctacaaatctcagcatga
gtgtgaaaattaaaatcttgtttttatttaaaaaaaaaaacacttctttt
ttggtggaagtaggcagtgagaacgctccattgaactagtgtgatgatat
atttattattctcactggggaatgactagggtgctgagagattgttggag
agtttcctgagctacattgaatatacttcttttatttttttttagattga
tttatacagccatgtttctgtaagtttgtttgtatgttttaagccacgtg
ttggtcagaagacagtcttgcagagttggttgtctccttccactgagtaa
gtcctaagcattgcgatcaggtaggttgtcagctttggaggcatgcacct
atactcactgagacactcgggcagccccactgaatacttcgctaaagtga
taaaacatgcaaataaacacgtaaaattggacagtttagggttcctggga
ttacctttcacttcctatatcagatcccaatgatctagaaacacatccaa
agctttgttcaaaggccaatgtagtcagatggcatatgaagagacttgac
attttggtaatcacttgatgttaatgccatgtctgattaatggttttgta
gagatggagcagattagttttggttgtttttataagcagtggccctgttg
gtgttatctgttttgggatatcattccattatttactttctatgaattta
gcatgtgtacaatttaggatgtcttacagaataacaagtactagcatgca
aattgacatactcaacaataaaaacattcatgtattgtaatgatagaaaa
tcggcactgctgaatgtttgagtaagttccaacctaggtacgatgcattt
gtataaaatcacctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_56033315_56034420
seq2: B6Ng01-301C17.b_48_1145 (reverse)

seq1  ATTAGTAATCTTGTTTTCTTTTTTGCTAGAATATATACATAGTTACATAT  50
      |||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGT-ATCCTGGTTTCCTTTTTGCTAGAATATATACATAGTTACATAT  49

seq1  ACATAGTTACTTAGTTAC-ATAGTTACATATATACAAAATATATACATAG  99
      || ||| ||| |||| || |||||  |||||||||||| |||||||||||
seq2  AC-TAG-TAC-TAGTAACAATAGTACCATATATACAAATTATATACATAG  96

seq1  TCTTGGGTTTAATAAGGACATAAAGGTATATTCTGTTCTTTGACCATGTT  149
      || |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TC-TGGGTTTAATAAGACAATAAAGGTATATTCTGTTCTTTGACCATG-T  144

seq1  CTCCCAGTTTTGCTTGTGCTTTCATGTCATGTGGGCATACTTGATTTTAT  199
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGTTTTGC-TGTGCTTTCATGTCATGTGGGCATACTTGATTTTAT  193

seq1  GTCTTTCTATAACAGCTAAGATACACAGAAGAAAGAAGATAGGTGATAAT  249
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTATAACAGCTAAGATACACAG-AGAAAGAAGATAGGTGATAAT  242

seq1  TCTATTTTTGAATCTGACTTGATTTACATGGCATGATTGCCAGTTTATTA  299
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTA-TTTTGAATCTGACTTGATTTACATGGCATGATTGCCAGTTTATTA  291

seq1  CTTAGACAAATATTTAGGAAATGCCTACTAGTTGTTAGGTCCTGGACAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGACAAATATTTAGGAAATGCCTACTAGTTGTTAGGTCCTGGACAAA  341

seq1  TAATACCTGACACAAAAGAAAAAGTTCTATTCTCATGGTAGATGCATTTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCTGACACAAAAGAAAAAGTTCTATTCTCATGGTAGATGCATTTA  391

seq1  GAGAGCAGAAGAGTCAATTTGTAGGTTTGATGATTAAGACATACTCTAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCAGAAGAGTCAATTTGTAGGTTTGATGATTAAGACATACTCTAAG  441

seq1  ATAAAATCAAAATTAAAATAGGAATTACAAAATGATCCCAATTAGAAAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATCAAAATTAAAATAGGAATTACAAAATGATCCCAATTAGAAAAG  491

seq1  GAGCAGCAGGAAAGCACTTATGAAAACTTGCAGAATATGACATATCAGAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCAGGAAAGCACTTATGAAAACTTGCAGAATATGACATATCAGAT  541

seq1  GTGATATGATTATATATAAGTGAAATGGGAGACCATTGAAGGACATGAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATGATTATATATAAGTGAAATGGGAGACCATTGAAGGACATGAAT  591

seq1  GACATAAATGGATATTATCTGATGGACATCAGAACAAGATCACTGTTCAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAAATGGATATTATCTGATGGACATCAGAACAAGATCACTGTTCAT  641

seq1  TAGATTCTTAGTTATTTTTCCTGTGCTGTGATGAAATATCATGACAAAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTCTTAGTTATTTTTCCTGTGCTGTGATGAAATATCATGACAAAAG  691

seq1  GACTTAAGCAAGTAAGGGTTTGTATAGGCTTATACTTTCAAGAGTATATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAAGCAAGTAAGGGTTTGTATAGGCTTATACTTTCAAGAGTATATC  741

seq1  ATCTTGGGGACAACATGACAACTAAGAAAAGTATGTTGACAGAAGCAGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGGGACAACATGACAACTAAGAAAAGTATGTTGACAGAAGCAGGG  791

seq1  ATACATTCCCAGGAAACAGAGTAACAAGAAATGAGGCAAGCTTGTAAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTCCCAGGAAACAGAGTAACAAGAAATGAGGCAAGCTTGTAAAAG  841

seq1  TCCTAGGCTTATCTCCAGTGATATACTCCTTCCAGCAACTTTCTACATCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGCTTATCTCCAGTGATATACTCCTTCCAGCAACTTTCTACATCC  891

seq1  TGTAGGTTCTACAACAGTATCTTTATCTAGAAAACAAGTATTCAGATACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTTCTACAACAGTATCTTTATCTAGAAAACAAGTATTCAGATACA  941

seq1  TGACCTTGTGGGAGTTCACATTTAAACAACACTCAACATTAAAAAAAAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTGTGGGAGTTCACATTTAAACAACACTCAACATTAAAAAAAAAA  991

seq1  AAAAAAAAAAACAACAACAACAAAAAAAAAACCACTTGGTTTCAGTCCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAACAACAACAACAAAAAAAAAACCACTTGGTTTCAGTCCCT  1041

seq1  AACACAGAGTAAATTGGATGTGTTGTTGCACACCTGTAATCTTTGCATTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGAGTAAATTGGATGTGTTGTTGCACACCTGTAATCTTTGCATTG  1091

seq1  TGAATTC  1106
      |||||||
seq2  TGAATTC  1098

seq1: chrX_55915912_55917085
seq2: B6Ng01-301C17.g_65_1229

seq1  GAATTCCACCTAGAGCTCACTTGCCTCCATGGATACTTCTTTATAAATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTAGAGCTCACTTGCCTCCATGGATACTTCTTTATAAATAA  50

seq1  TAAAAGGTCATCTTCCACCCATCAGATTGAAGCTATATTTTGTATTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGTCATCTTCCACCCATCAGATTGAAGCTATATTTTGTATTGACA  100

seq1  TGGAAAAAAAAACACTTGAGCATGACCTAACTGGAAAGAGATGGGATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAAAAAACACTTGAGCATGACCTAACTGGAAAGAGATGGGATAGA  150

seq1  TCATCATTGCTTATTGGCAGGTCTGGAGAAACATACTGACATGCCTAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATTGCTTATTGGCAGGTCTGGAGAAACATACTGACATGCCTAATG  200

seq1  AGTTCCTTATTGGTATGTAAAATACATTAATTTTCCAAAAAGATGCTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTTATTGGTATGTAAAATACATTAATTTTCCAAAAAGATGCTTTG  250

seq1  TAGAGGAAAGCCAAAGCCTCTCTTTACACTGCCTACAAATCTCAGCATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGAAAGCCAAAGCCTCTCTTTACACTGCCTACAAATCTCAGCATGA  300

seq1  GTGTGAAAATTAAAATCTTGTTTTTATTTAAAAAAAAAAACACTTCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAAATTAAAATCTTGTTTTTATTTAAAAAAAAAAACACTTCTTTT  350

seq1  TTGGTGGAAGTAGGCAGTGAGAACGCTCCATTGAACTAGTGTGATGATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGAAGTAGGCAGTGAGAACGCTCCATTGAACTAGTGTGATGATAT  400

seq1  ATTTATTATTCTCACTGGGGAATGACTAGGGTGCTGAGAGATTGTTGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTATTCTCACTGGGGAATGACTAGGGTGCTGAGAGATTGTTGGAG  450

seq1  AGTTTCCTGAGCTACATTGAATATACTTCTTTTATTTTTTTTTAGATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCTGAGCTACATTGAATATACTTCTTTTATTTTTTTTTAGATTGA  500

seq1  TTTATACAGCCATGTTTCTGTAAGTTTGTTTGTATGTTTTAAGCCACGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACAGCCATGTTTCTGTAAGTTTGTTTGTATGTTTTAAGCCACGTG  550

seq1  TTGGTCAGAAGACAGTCTTGCAGAGTTGGTTGTCTCCTTCCACTGAGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCAGAAGACAGTCTTGCAGAGTTGGTTGTCTCCTTCCACTGAGTAA  600

seq1  GTCCTAAGCATTGCGATCAGGTAGGTTGTCAGCTTTGGAGGCATGCACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAAGCATTGCGATCAGGTAGGTTGTCAGCTTTGGAGGCATGCACCT  650

seq1  ATACTCACTGAGACACTCGGGCAGCCCCACTGAATACTTCGCTAAAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCACTGAGACACTCGGGCAGCCCCACTGAATACTTCGCTAAAGTGA  700

seq1  TAAAACATGCAAATAAACACGTAAAATTGGACAGTTTAGGGTTCCTGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACATGCAAATAAACACGTAAAATTGGACAGTTTAGGGTTCCTGGGA  750

seq1  TTACCTTTCACTTCCTATATCAGATCCCAATGATCTAGAAACACATCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTCACTTCCTATATCAGATCCCAATGATCTAGAAACACATCCAA  800

seq1  AGCTTTGTTCAAAGGCCAATGTAGTCAGATGGCATATGAAGAGACTTGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGTTCAAAGGCCAATGTAGTCAGATGGCATATGAAGAGACTTGAC  850

seq1  ATTTTGGTAATCACTTGATGTTAATGCCATGTCTGATTAATGGTTTTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGTAATCACTTGATGTTAATGCCATGTCTGATTAATGGTTTTGTA  900

seq1  GAGATGGAGCAGATTAGTTTTGGTTG-TTTTATAAGCAGTGGCCCTGTT-  948
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGATGGAGCAGATTAGTTTTGGTTGTTTTTATAAGCAGTGGCCCTGTTG  950

seq1  GTGTTATCTGTTTT-GGATATCATTCCAATTATTTACTTTCTATGAATTT  997
      |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTATCTGTTTTGGGATATCATTCC-ATTATTTACTTTCTATGAATTT  999

seq1  AGCAATGTGTAC-ATTTAGAATGTCTTACAG-ATAAC-AGTACTAGGCAT  1044
      ||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||
seq2  AGC-ATGTGTACAATTTAGGATGTCTTACAGAATAACAAGTACTA-GCAT  1047

seq1  GCCAAAAATTGACATACTTCAAC-ATAAAAACATCCATGTATTGTAAATG  1093
      ||   |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||
seq2  GC---AAATTGACATAC-TCAACAATAAAAACATTCATGTATTGT-AATG  1092

seq1  ATAGAAAATTCTGCACTTGCCCTG-ATGTGTTGAGTTAAGTTCACAAACT  1142
      |||||||| || |||||    ||| |||| ||||| ||||||| ||| ||
seq2  ATAGAAAA-TCGGCACT---GCTGAATGT-TTGAG-TAAGTTC-CAACCT  1135

seq1  AGGTACAGTAGCATTTTGTATAAAATCACCTT  1174
      |||||| |  ||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGTAC-GATGCA-TTTGTATAAAATCACCTT  1165