BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306D16
ChromosomeX (Build37)
Map Location 15,845,299 - 15,942,762
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043949
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043950, Cypt6, LOC100038939, LOC668993, Maoa, Maob, Ndph, LOC100043063, Efhc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306D16.bB6Ng01-306D16.g
ACCGA099320GA099321
length1,1631,060
definitionB6Ng01-306D16.b B6Ng01-306D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,941,603 - 15,942,762)(15,845,299 - 15,846,364)
sequence
gaattcatctggtagtgaactcaaatgtagatagcatgtagagtacttat
taaatgtggagaagccaaggatcacggttaaacagatgattttaggttgc
agtacaattatcaatcaaaatctcaggcaacctcacatggagttctaaag
gtagaatgagtccagacataccttaagaagtcattagcactgtacttcta
tcctgtactaacaatttatttaacagagttagctaagaggtctctgtaac
tgaagcagtccagtctggactgaaaaaagtggctctctactgggagcatt
ctgagcagctgggaaaagaaaccctttaatttttaaaagtgaaacatgca
ttgtgtaaaaattataagacctgttacaagagaggtggaaggaaggagta
tggtacagagaataatatgggagagtttgtaagaatggtccatctcaggg
gcaactctttgtgggcagccttcctactgaccaatctgatctcagctggt
gtttaccatctcagatgatcagatctctgtgtttctcagctatgcaatct
cagatcttgtcagggaatatatagaactgtatttatactcacacatggca
caaatttactgtaagctatgtgattgcattaagtattctgttttctaaat
tatttcagaggaaaagcttccaaaacaacccctttatggttgctattaac
atctttgcaagtgtacttgtcaaaacagcttgtctcaaaccctttgactc
tttagctttgtgtgaggaacaaatgagaactaatgagagagagagagaga
gagagacaagacagacaaaaagagagagggagagacagagaaacagagag
acagacgacacacagacgagacagagagatcgagagaatttagaaaatca
cctaaagaaaggctatgcaattttgaaagaaagcttgatcatttcacacc
ccttcttaaaattgcatgaaggacactctaattaaactgagcagctgatg
tatttttctgcattgtaagtcgaacagtggaagaaaaatatcttagcagt
atctttgtctgacaatcaaaaagactcagcagagaaggcaaagaagaatg
ttatggatgaaactaagggaataggcatgaggaatttatcatcgagtggt
ggaacttatttcc

gaattccatagtcaggcaacacctttagagacaccctgcctctacctgag
caacttcttttaatggagaaatatttgccttgatttgcaggtttaattgc
ttcagatcatgattcattgacctacatgacagaaggctgtgttagaacaa
tgcattcaccttctgatggggaaggaaaagaaaagaacttaacctcaaag
caagaaaaacaataccaactaaccagaacccccaaagctcccagggacta
aaccaccaaacaaagagtacccatagctccagctgtgtatgtagcagagg
aatatcttatctggcatcactgtgagggcagctctttggtcctatggagg
cttgatgacacaggacaggggaacatgaggccaccaaggcatgagtgtgt
acgcaggttggggagcaccctaatagaagcaagggtgagtgaggagagga
taggggacttttggagaagatcctgggaaagaggataacatttgaaatgc
aaacctataaaaagcttctgtgttggtgacttcatgcccactaatggtga
tagagctcttcaggaggtattggttcatctgtgggtttgtggattcatat
catattgagcctgttagaagtagtagactccagaaaaacaaataacccca
ttaaaaatggggctcagagctaaacaaagaattctcacttgaggaatact
gagtggctgagaagcacccgaaaaaatgttcaacatccttaatcatcagg
gaaatgcaaatcaaaacaaccctgagattccatctcacaccagtcagaac
ggctaagatcaaaaattcaggtgacagcagatgctggcgtggatgtggag
aaagaggaacactcctccattgttggtgggattgcaagcttgtacaacca
ctctggaaatcagtctggcggttcctcaaaaattgtacatagtactacca
gaggatccacaatacctcttctgggcatatatccagaagatgttcaatca
gtaagaaggaccaatgcttccactatgtcatagcagctttattttaatag
cagagctgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_15941603_15942762
seq2: B6Ng01-306D16.b_48_1210 (reverse)

seq1  GGAAATAAG-TCCAACACTC-ATGATAAATTCCTCATTCCTA-TCCCTTA  47
      ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  GGAAATAAGTTCCACCACTCGATGATAAATTCCTCATGCCTATTCCCTTA  50

seq1  ATGTCATCCATAACATTC-TCTTTGCCTTCTCTGCTGAGTC-TTTTGATA  95
       | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  GTTTCATCCATAACATTCTTCTTTGCCTTCTCTGCTGAGTCTTTTTGATT  100

seq1  GTCAAGGACAAAGATACTGCT-AGATA-TTTTCT--CACTGTTCAACTTA  141
      ||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||| |||||
seq2  GTCA--GACAAAGATACTGCTAAGATATTTTTCTTCCACTGTTCGACTTA  148

seq1  CAAATGCAGGAAAAATACATCAGCTGCTCAGTTTAATTAGAGTGT-CTTC  190
      | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  C-AATGCA-GAAAAATACATCAGCTGCTCAGTTTAATTAGAGTGTCCTTC  196

seq1  ATGCATTTTTAAGAAGGGGTGTGAAATGATCAAGCTTTCTTTCAAAATTG  240
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATTTTAAGAAGGGGTGTGAAATGATCAAGCTTTCTTTCAAAATTG  246

seq1  CATAGCCTTTCTTTAGGTGATTTTCTAAATTCTCTCGATCTCTCTGTCTC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCCTTTCTTTAGGTGATTTTCTAAATTCTCTCGATCTCTCTGTCTC  296

seq1  TGTCTGTGTGTCTGTCTGTCTCTCTGTTTCTCTGTCTCTCCCTCTCTCTT  340
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GTCTGTGTGTC-GTCTGTCTCTCTGTTTCTCTGTCTCTCCCTCTCTCTT  344

seq1  TTTGTCTGTCTTTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTAGTTCTCATTT  390
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTGTC-TTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTAGTTCTCATTT  393

seq1  GTTCCTCACACAAAGCTAAAGAGTCAAAGGGTTTGAGACAAGCTGTTTTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCACACAAAGCTAAAGAGTCAAAGGGTTTGAGACAAGCTGTTTTG  443

seq1  ACAAGTACACTTGCAAAGATGTTAATAGCAACCATAAAGGGGTTGTTTTG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTACACTTGCAAAGATGTTAATAGCAACCATAAAGGGGTTGTTTTG  493

seq1  GAAGCTTTTCCTCTGAAATAATTTAGAAAACAGAATACTTAATGCAATCA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTTTCCTCTGAAATAATTTAGAAAACAGAATACTTAATGCAATCA  543

seq1  CATAGCTTACAGTAAATTTGTGCCATGTGTGAGTATAAATACAGTTCTAT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTTACAGTAAATTTGTGCCATGTGTGAGTATAAATACAGTTCTAT  593

seq1  ATATTCCCTGACAAGATCTGAGATTGCATAGCTGAGAAACACAGAGATCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCCTGACAAGATCTGAGATTGCATAGCTGAGAAACACAGAGATCT  643

seq1  GATCATCTGAGATGGTAAACACCAGCTGAGATCAGATTGGTCAGTAGGAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATCTGAGATGGTAAACACCAGCTGAGATCAGATTGGTCAGTAGGAA  693

seq1  GGCTGCCCACAAAGAGTTGCCCCTGAGATGGACCATTCTTACAAACTCTC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCCCACAAAGAGTTGCCCCTGAGATGGACCATTCTTACAAACTCTC  743

seq1  CCATATTATTCTCTGTACCATACTCCTTCCTTCCACCTCTCTTGTAACAG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTATTCTCTGTACCATACTCCTTCCTTCCACCTCTCTTGTAACAG  793

seq1  GTCTTATAATTTTTACACAATGCATGTTTCACTTTTAAAAATTAAAGGGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATAATTTTTACACAATGCATGTTTCACTTTTAAAAATTAAAGGGT  843

seq1  TTCTTTTCCCAGCTGCTCAGAATGCTCCCAGTAGAGAGCCACTTTTTTCA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCCCAGCTGCTCAGAATGCTCCCAGTAGAGAGCCACTTTTTTCA  893

seq1  GTCCAGACTGGACTGCTTCAGTTACAGAGACCTCTTAGCTAACTCTGTTA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGACTGGACTGCTTCAGTTACAGAGACCTCTTAGCTAACTCTGTTA  943

seq1  AATAAATTGTTAGTACAGGATAGAAGTACAGTGCTAATGACTTCTTAAGG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTGTTAGTACAGGATAGAAGTACAGTGCTAATGACTTCTTAAGG  993

seq1  TATGTCTGGACTCATTCTACCTTTAGAACTCCATGTGAGGTTGCCTGAGA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTGGACTCATTCTACCTTTAGAACTCCATGTGAGGTTGCCTGAGA  1043

seq1  TTTTGATTGATAATTGTACTGCAACCTAAAATCATCTGTTTAACCGTGAT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATTGATAATTGTACTGCAACCTAAAATCATCTGTTTAACCGTGAT  1093

seq1  CCTTGGCTTCTCCACATTTAATAAGTACTCTACATGCTATCTACATTTGA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCTTCTCCACATTTAATAAGTACTCTACATGCTATCTACATTTGA  1143

seq1  GTTCACTACCAGATGAATTC  1160
      ||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTACCAGATGAATTC  1163


seq1: chrX_15845299_15846364
seq2: B6Ng01-306D16.g_65_1124

seq1  GAATTCCATAGTCAGGCAACACCTTTAGAGACACCCTGCCTCTACCTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGTCAGGCAACACCTTTAGAGACACCCTGCCTCTACCTGAG  50

seq1  CAACTTCTTTTAATGGAGAAATATTTGCCTTGATTTGCAGGTTTAATTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTCTTTTAATGGAGAAATATTTGCCTTGATTTGCAGGTTTAATTGC  100

seq1  TTCAGATCATGATTCATTGACCTACATGACAGAAGGCTGTGTTAGAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATCATGATTCATTGACCTACATGACAGAAGGCTGTGTTAGAACAA  150

seq1  TGCATTCACCTTCTGATGGGGAAGGAAAAGAAAAGAACTTAACCTCAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCACCTTCTGATGGGGAAGGAAAAGAAAAGAACTTAACCTCAAAG  200

seq1  CAAGAAAAACAATACCAACTAACCAGAACCCCCAAAGCTCCCAGGGACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAAACAATACCAACTAACCAGAACCCCCAAAGCTCCCAGGGACTA  250

seq1  AACCACCAAACAAAGAGTACCCATAGCTCCAGCTGTGTATGTAGCAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCAAACAAAGAGTACCCATAGCTCCAGCTGTGTATGTAGCAGAGG  300

seq1  AATATCTTATCTGGCATCACTGTGAGGGCAGCTCTTTGGTCCTATGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTTATCTGGCATCACTGTGAGGGCAGCTCTTTGGTCCTATGGAGG  350

seq1  CTTGATGACACAGGACAGGGGAACATGAGGCCACCAAGGCATGAGTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGACACAGGACAGGGGAACATGAGGCCACCAAGGCATGAGTGTGT  400

seq1  ACGCAGGTTGGGGAGCACCCTAATAGAAGCAAGGGTGAGTGAGGAGAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAGGTTGGGGAGCACCCTAATAGAAGCAAGGGTGAGTGAGGAGAGGA  450

seq1  TAGGGGACTTTTGGAGAAGATCCTGGGAAAGAGGATAACATTTGAAATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGACTTTTGGAGAAGATCCTGGGAAAGAGGATAACATTTGAAATGC  500

seq1  AAACCTATAAAAAGCTTCTGTGTTGGTGACTTCATGCCCACTAATGGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTATAAAAAGCTTCTGTGTTGGTGACTTCATGCCCACTAATGGTGA  550

seq1  TAGAGCTCTTCAGGAGGTATTGGTTCATCTGTGGGTTTGTGGATTCATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTCTTCAGGAGGTATTGGTTCATCTGTGGGTTTGTGGATTCATAT  600

seq1  CATATTGAGCCTGTTAGAAGTAGTAGACTCCAGAAAAACAAATAACCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTGAGCCTGTTAGAAGTAGTAGACTCCAGAAAAACAAATAACCCCA  650

seq1  TTAAAAATGGGGCTCAGAGCTAAACAAAGAATTCTCACTTGAGGAATACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATGGGGCTCAGAGCTAAACAAAGAATTCTCACTTGAGGAATACT  700

seq1  GAGTGGCTGAGAAGCACCCGAAAAAATGTTCAACATCCTTAATCATCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCTGAGAAGCACCCGAAAAAATGTTCAACATCCTTAATCATCAGG  750

seq1  GAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGATTCCATCTCACACCAGTCAGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGATTCCATCTCACACCAGTCAGAAC  800

seq1  GGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGCAGATGCTGGCGTGGATGTGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGCAGATGCTGGCGTGGATGTGGAG  850

seq1  AAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGATTGCAAGCTTGTACAACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGATTGCAAGCTTGTACAACCA  900

seq1  CTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAAATTGTACATAGTACTACC  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCA-AAAATTGTACATAGTACTACC  949

seq1  AGAGGATCCCACAATACCTCTCCTGGGCATATATCCAGAAGATGTTCCAA  1000
      ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGAGGAT-CCACAATACCTCTTCTGGGCATATATCCAGAAGATGTT-CAA  997

seq1  CCAGTAAGAAGGACACATGC-TCCACTATGTTCATAGCAGCCTTATTTAT  1049
       |||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||| |||||| |
seq2  TCAGTAAGAAGGACCAATGCTTCCACTATG-TCATAGCAGCTTTATTT-T  1045

seq1  AATAGCCAAAAGCTGGA  1066
      ||||||  | |||||||
seq2  AATAGC--AGAGCTGGA  1060


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |