BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314H06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 44,209,762 - 44,341,440
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040075, Actrt1, EG245405, LOC665632
Downstream geneEG434775, LOC236775, LOC100040133, LOC100040145, EG624187, Smarca1, LOC676253, Ocrl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314H06.bB6Ng01-314H06.g
ACCGA105385GA105386
length1,1321,121
definitionB6Ng01-314H06.b B6Ng01-314H06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,209,762 - 44,210,884)(44,340,329 - 44,341,440)
sequence
gaattcactggctctagacatttggctagatttccataccaggcataagg
tccctctggttgagggactgtaaatcaaatgagagagctgttgcttacca
acaaggtatgcacatcactgttgtactcttagtgctcttctaccatactg
gtcattcttgtgactggtacattttacattttttgcctcattttccaaca
atactccatgagccttgagggaaatgtgataaagatttcctacttagaac
tgagtactcaacagtcacttattcaaggcactttaagcagttatctgtat
ctatattaactaccagttgcagcaaatgaaattacccttgaccaaggttg
agctcagtaaatgaatttcctaggttacaataagcgtatgaaagatgagg
gcttgttggaaagaaagggtttccaaaggaagtgttcagaggcataaagg
gtaaagatggcaaaaaattatatatattatgaaattatcaaataatattt
tgtaaaataaaaagaaagtatcgttagttccctgcacttatcaatgtata
ctaagaaactgaatggctagtggcttacacatccctgggtttgaatccag
ctgatgtgatgtgctatttacattctataaataattcaatttgtctctgc
gctgcttttctctgatgaactatcccaaatgccaaaacaaatacttttct
tatatgtagatatatacagattgaggaaagtatgaaattgttacagtgaa
tggtgaagcatttgagagggaggggaatactggatgatatatatggtgca
cacttgcatccttaaaatgataacgcttgtcttttagaaacatttaactc
tagactaaagaggacaccagatgtattttgtcccgagaattttaaaagtt
tccttttaaccttaatttactttctgccagtgacttgcgggttctgaatg
aagcctgttgatgaggaacggctcgccacaggatgtggtgatcccaactc
caaatggtttttatcttccatttccttagaaaaacaggttaataatacta
ttgtccactacttctatggattatttgttttctgtatagaatacataagg
agggaaagtttttgtatgcctggtattggaat

gaattcacagaggacactagtactatattctctcttttataaaagagagt
atggtggatgtatataaatactgtttagcaggctggtattcttaaattct
gcatagtattataattttccagattactaatgctctctgtcatcttggta
ccaatggaggatgttagatggaatttgttttgaatatataactaatagag
tttgctgaagttttagaaaagttcaagaaacagagaagaatcaaggattt
tgtcccacgtatcacaaggatatacagttgtcaaagtcatgcaagcaatt
actaaaagcatgatgcttttggaacaagttctccataactcccagtttgg
ggctttcttgagcatatgtttgtaccttcctgaccatgctgatatgactc
tttcagtcaatgtgagctggcctaaagcatgtgaagtagcaacagaatgc
aaatgctcaatgataagtcaactgtggtttttattaagtatcactatttc
caggtttagctttctgagcacaaagaaagcaggatttccttaatatctat
ctcaaacttgtttaaaagtctcttcttcactggctttgataaggagaaga
aaacaaacataccgactctgcttcaatcttataagataataaataatcta
gtgaacataattgtttttaacctttatgctaggtacaatatatgtcaaag
ggaaagataaccctgtactctactgaaatggcttgaataataggctccag
tttgctttaatgggatctcaaccagtagacagactcatataacaaatgag
aaatctctaatgagagccgcattatttccattggcttttatgccatcctt
aattgattgccatcatgcacggctaattaagagcatgataatctggctga
gatattttcagcaagtgcaatggtgcctgctttagaacaatgacttttgg
aagcccatgtcaaggtggctgtcagccctgctctagagctgagaagtgga
actactttaaaagcactgttcttacattgggcagtctagcctggaggctg
attatcttcagcatgcctggccagatggaagaccattccctcaattgatg
aacaaaaacacacctcaaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_44209762_44210884
seq2: B6Ng01-314H06.b_46_1177

seq1  GAATTCACTGGCTCTAGACATTTGGCTAGATTTCCATACCAGGCATAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGCTCTAGACATTTGGCTAGATTTCCATACCAGGCATAAGG  50

seq1  TCCCTCTGGTTGAGGGACTGTAAATCAAATGAGAGAGCTGTTGCTTACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTGGTTGAGGGACTGTAAATCAAATGAGAGAGCTGTTGCTTACCA  100

seq1  ACAAGGTATGCACATCACTGTTGTACTCTTAGTGCTCTTCTACCATACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTATGCACATCACTGTTGTACTCTTAGTGCTCTTCTACCATACTG  150

seq1  GTCATTCTTGTGACTGGTACATTTTACATTTTTTGCCTCATTTTCCAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTCTTGTGACTGGTACATTTTACATTTTTTGCCTCATTTTCCAACA  200

seq1  ATACTCCATGAGCCTTGAGGGAAATGTGATAAAGATTTCCTACTTAGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCCATGAGCCTTGAGGGAAATGTGATAAAGATTTCCTACTTAGAAC  250

seq1  TGAGTACTCAACAGTCACTTATTCAAGGCACTTTAAGCAGTTATCTGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTACTCAACAGTCACTTATTCAAGGCACTTTAAGCAGTTATCTGTAT  300

seq1  CTATATTAACTACCAGTTGCAGCAAATGAAATTACCCTTGACCAAGGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTAACTACCAGTTGCAGCAAATGAAATTACCCTTGACCAAGGTTG  350

seq1  AGCTCAGTAAATGAATTTCCTAGGTTACAATAAGCGTATGAAAGATGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGTAAATGAATTTCCTAGGTTACAATAAGCGTATGAAAGATGAGG  400

seq1  GCTTGTTGGAAAGAAAGGGTTTCCAAAGGAAGTGTTCAGAGGCATAAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTGGAAAGAAAGGGTTTCCAAAGGAAGTGTTCAGAGGCATAAAGG  450

seq1  GTAAAGATGGCAAAAAATTATATATATTATGAAATTATCAAATAATATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGATGGCAAAAAATTATATATATTATGAAATTATCAAATAATATTT  500

seq1  TGTAAAATAAAAAGAAAGTATCGTTAGTTCCCTGCACTTATCAATGTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATAAAAAGAAAGTATCGTTAGTTCCCTGCACTTATCAATGTATA  550

seq1  CTAAGAAACTGAATGGCTAGTGGCTTACACATCCCTGGGTTTGAATCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAACTGAATGGCTAGTGGCTTACACATCCCTGGGTTTGAATCCAG  600

seq1  CTGATGTGATGTGCTATTTACATTCTATAAATAATTCAATTTGTCTCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTGATGTGCTATTTACATTCTATAAATAATTCAATTTGTCTCTGC  650

seq1  GCTGCTTTTCTCTGATGAACTATCCCAAATGCCAAAACAAATACTTTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTTTCTCTGATGAACTATCCCAAATGCCAAAACAAATACTTTTCT  700

seq1  TATATGTAGATATATACAGATTGAGGAAAGTATGAAATTGTTACAGTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTAGATATATACAGATTGAGGAAAGTATGAAATTGTTACAGTGAA  750

seq1  TGGTGAAGCATTTGAGAGGGAGGGGAATACTGGATGATATATATGGTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAAGCATTTGAGAGGGAGGGGAATACTGGATGATATATATGGTGCA  800

seq1  CACTTGCATCCTTAAAATGATAACGCTTGTCTTTTAGAAACATTTAACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCATCCTTAAAATGATAACGCTTGTCTTTTAGAAACATTTAACTC  850

seq1  TAGACTAAAGAGGACACCAGATGTATTTTGTCCCGAGAATTTTAAAAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTAAAGAGGACACCAGATGTATTTTGTCCCGAGAATTTTAAAAGTT  900

seq1  TCCTTTTAACCTTAATTTACTTTCTGCCAGTGACTTGC-GGTTCTGAATG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCCTTTTAACCTTAATTTACTTTCTGCCAGTGACTTGCGGGTTCTGAATG  950

seq1  AAGCCTGTTGATGAGGAACGGCTCGCCACAGGATGTGGTGAT-CCAACTC  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGCCTGTTGATGAGGAACGGCTCGCCACAGGATGTGGTGATCCCAACTC  1000

seq1  CAAATGG-TTTTATC-TCCATT--CCTAG-AAAACAGG-TAAT-ATACTT  1041
      ||||||| ||||||| ||||||  | ||| |||||||| |||| |||| |
seq2  CAAATGGTTTTTATCTTCCATTTCCTTAGAAAAACAGGTTAATAATAC-T  1049

seq1  ATTGTCCACTTACTTTCTATGATTTATTTG-TTTCTGTTATTAGAATACA  1090
      ||||||||| ||| |||||||  ||||||| |||||||   |||||||||
seq2  ATTGTCCAC-TAC-TTCTATGGATTATTTGTTTTCTGT--ATAGAATACA  1095

seq1  T-AGGAGG--AGTTTTTTGTAATGCT-GTATTGGAAT  1123
      | ||||||  |  ||||||||   || ||||||||||
seq2  TAAGGAGGGAAAGTTTTTGTATGCCTGGTATTGGAAT  1132


seq1: chrX_44340329_44341440
seq2: B6Ng01-314H06.g_66_1186 (reverse)

seq1  GCCTTGA-GTGTGTTTTTG-TCATCAA-TGAGGG-ATGGTC-TCCATCCT  45
      ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||  
seq2  GCCTTGAGGTGTGTTTTTGTTCATCAATTGAGGGAATGGTCTTCCATCTG  50

seq1  GCCAGGCATGCCTGAGATAATCAGCCCTCAGGCTAGACTGCCCAATGTAA  95
      |||||||||||   ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCATGCTGAAGATAATCAGCCTCCAGGCTAGACTGCCCAATGTAA  100

seq1  G-ACAGTGCTTTT-AAGTAG-TCCACTTCTCAGCTCTAGAGCA-GGCTGA  141
      | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAACAGTGCTTTTAAAGTAGTTCCACTTCTCAGCTCTAGAGCAGGGCTGA  150

seq1  CAGCCACCTTGACATGGGCTTCCAAAAGTCATTGTTCTAAAGCAGGCACC  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACCTTGACATGGGCTTCCAAAAGTCATTGTTCTAAAGCAGGCACC  200

seq1  ATTGCACTTGCTGAAAATATCTCAGCCAGATTATCATGCTCTTAATTAGC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCACTTGCTGAAAATATCTCAGCCAGATTATCATGCTCTTAATTAGC  250

seq1  CGTGCATGATGGCAATCAATTAAGGATGGCATAAAAGCCAATGGAAATAA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATGATGGCAATCAATTAAGGATGGCATAAAAGCCAATGGAAATAA  300

seq1  TGCGGCTCTCATTAGAGATTTCTCATTTGTTATATGAGTCTGTCTACTGG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGCTCTCATTAGAGATTTCTCATTTGTTATATGAGTCTGTCTACTGG  350

seq1  TTGAGATCCCATTAAAGCAAACTGGAGCCTATTATTCAAGCCATTTCAGT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATCCCATTAAAGCAAACTGGAGCCTATTATTCAAGCCATTTCAGT  400

seq1  AGAGTACAGGGTTATCTTTCCCTTTGACATATATTGTACCTAGCATAAAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTACAGGGTTATCTTTCCCTTTGACATATATTGTACCTAGCATAAAG  450

seq1  GTTAAAAACAATTATGTTCACTAGATTATTTATTATCTTATAAGATTGAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAACAATTATGTTCACTAGATTATTTATTATCTTATAAGATTGAA  500

seq1  GCAGAGTCGGTATGTTTGTTTTCTTCTCCTTATCAAAGCCAGTGAAGAAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTCGGTATGTTTGTTTTCTTCTCCTTATCAAAGCCAGTGAAGAAG  550

seq1  AGACTTTTAAACAAGTTTGAGATAGATATTAAGGAAATCCTGCTTTCTTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTTAAACAAGTTTGAGATAGATATTAAGGAAATCCTGCTTTCTTT  600

seq1  GTGCTCAGAAAGCTAAACCTGGAAATAGTGATACTTAATAAAAACCACAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCAGAAAGCTAAACCTGGAAATAGTGATACTTAATAAAAACCACAG  650

seq1  TTGACTTATCATTGAGCATTTGCATTCTGTTGCTACTTCACATGCTTTAG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTATCATTGAGCATTTGCATTCTGTTGCTACTTCACATGCTTTAG  700

seq1  GCCAGCTCACATTGACTGAAAGAGTCATATCAGCATGGTCAGGAAGGTAC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTCACATTGACTGAAAGAGTCATATCAGCATGGTCAGGAAGGTAC  750

seq1  AAACATATGCTCAAGAAAGCCCCAAACTGGGAGTTATGGAGAACTTGTTC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATATGCTCAAGAAAGCCCCAAACTGGGAGTTATGGAGAACTTGTTC  800

seq1  CAAAAGCATCATGCTTTTAGTAATTGCTTGCATGACTTTGACAACTGTAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCATCATGCTTTTAGTAATTGCTTGCATGACTTTGACAACTGTAT  850

seq1  ATCCTTGTGATACGTGGGACAAAATCCTTGATTCTTCTCTGTTTCTTGAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGTGATACGTGGGACAAAATCCTTGATTCTTCTCTGTTTCTTGAA  900

seq1  CTTTTCTAAAACTTCAGCAAACTCTATTAGTTATATATTCAAAACAAATT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTAAAACTTCAGCAAACTCTATTAGTTATATATTCAAAACAAATT  950

seq1  CCATCTAACATCCTCCATTGGTACCAAGATGACAGAGAGCATTAGTAATC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTAACATCCTCCATTGGTACCAAGATGACAGAGAGCATTAGTAATC  1000

seq1  TGGAAAATTATAATACTATGCAGAATTTAAGAATACCAGCCTGCTAAACA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAATTATAATACTATGCAGAATTTAAGAATACCAGCCTGCTAAACA  1050

seq1  GTATTTATATACATCCACCATACTCTCTTTTATAAAAGAGAGAATATAGT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTATATACATCCACCATACTCTCTTTTATAAAAGAGAGAATATAGT  1100

seq1  ACTAGTGTCCTCTGTGAATTC  1112
      |||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGTCCTCTGTGAATTC  1121


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |