BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319P20
ChromosomeX (Build37)
Map Location 90,376,595 - 90,514,662
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042663, Rp23-438h3.2
Upstream geneMageb18, EG436259, EG668061, EG546347, LOC629568
Downstream geneArx, Pola1, EG629581, Pcyt1b, Pdk3, EG668103, LOC100042041, AU015836, EG245516, LOC100042062, EG629591, Zfx, Eif2s3x, Klhl15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319P20.bB6Ng01-319P20.g
ACCGA109483GA109484
length1,0871,160
definitionB6Ng01-319P20.b B6Ng01-319P20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,376,595 - 90,377,688)(90,513,504 - 90,514,662)
sequence
gaattcctgaatcatggggtatgtgaaacctatttacctgtactaaatac
tgctggaccacttctcaaacttgtatgttcccctatttttctgttgtttg
ttctctttctctttggttctgatcagcttaaaataaacttatgatgaata
tttacagttttccaataaccttataaaaatctaagcaggtaaaggcaaat
aattttaggtccattttaagtctgccttatttcatgaatttgagttacca
ttttgctgtccccaccttccggcacactcctttggttcatgcctttgtgg
tttaaagaaacaaatttaactcaaccatgggtgtgtggtgaaaataaatg
agtgaagttctttaggcttcccagggacaggaaggaggatgggaggaact
gtgagagaaattcagtcattattgtaatcagtctgcagtgctatgaataa
gtcataattatctcacaatctgagttaatgctgggatgctttctcttgcc
atgtcaacatgtgcatgtacatatcgggaagacccactgagcggctgcat
caggggacatctcaggctccctctgtccttgcatgttgatcacattagcc
tcacattgtcctatccaaatctccaggatgtgagtaggattttttttctg
tctgtttgcatactcacatgcaatgctggagatcgaacccagggccttgt
gcatggtaggcaaacactcactttaccactgagctacacctcccatccac
ctctacagatttcttatgtgaggagagccaccatctctgtattggtgacc
tatttatattgtatttgggcctatcactaacatttgtgcaggtgtgttct
taatttaaactctaaaaatcctccggaaatgtcatattcttgtgcatatg
aatgctgctaacctcatcttcattccattcttgtgagctgtcagagatat
tcttcttcatagaaaatagagaagaactgacgagatagataatgagatga
aagctgaaacttattgtattttatgaaatgtttaagtatgctaatgatgc
agcagattcagtctagatcagcttatttggttgttcc
gaattccattacagatggttgtgagccacatgtggttgctgggaattgaa
ctcaggacctctggaagagcagccagtgctcttaaccactgaaccatctc
tccagcccctccttttaatttcttaatgaataagagtactttcttaatgt
ttagtactttctcttaatggagaaactgcagtttctccaaaggttctata
atataccaaacagcagcaccaggtgggttcaaacacacgagtcagtggga
aaatagttcacattcaaactgcaacaagggctgaagtgggaaggtcttgt
tgtcgtcatttatatattaggaagaagccttggatgatcctcaaatagga
acgtttcccactgggtggtgatttctgagggctcttgggattagtcttct
agctgtgaaacagtgtatcttgggcctgtgcctagaagaaaccttggctt
ccaaccactctaagggctgttaggtgaccaaagggatcaggctgctgatc
ttttctccatggtgtgtgggctggctaatggctgtctggtccttggtttc
ccatcatgcagcagtctaggagcttgttgatcaaatggccttgggagttc
ctattaattcatagatcttcggactaagaggagccaaatctagccataat
gagaagagcacatgccccggtgatcatggccctttgtctggatgcattga
ccaggtgaccctttggttttgtgctttatgggagaaactgagtatggcca
tgtctggggtgaagcttgaaatgactacttgataactgtagggggatatg
gcaactctgctctccccagtgtccttgtcttcttctttagccctagcttt
ccttggagttggtgtggccctgtgactaagttctgctaggttctagctaa
ctgcatttgagtggatatgatgtaagtcacatcaggcttagttaattata
aacctcccatgtgcattcctttcttttttctcatccatagataagaggag
aggacttcaagatctagagaagggcaatctacaagatggagcactggtct
tcttgaatgactactaaccaaacagccccccattcccattttccactgtt
acaagtgataaatggaagttacctttatttttcattaagctaagctacta
ttttcaggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_90376595_90377688
seq2: B6Ng01-319P20.b_51_1137

seq1  GAATTCCTGAATCATGGGGTATGTGAAACCTATTTACCTGTACTAAATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAATCATGGGGTATGTGAAACCTATTTACCTGTACTAAATAC  50

seq1  TGCTGGACCACTTCTCAAACTTGTATGTTCCCCTATTTTTCTGTTGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGACCACTTCTCAAACTTGTATGTTCCCCTATTTTTCTGTTGTTTG  100

seq1  TTCTCTTTCTCTTTGGTTCTGATCAGCTTAAAATAAACTTATGATGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTCTCTTTGGTTCTGATCAGCTTAAAATAAACTTATGATGAATA  150

seq1  TTTACAGTTTTCCAATAACCTTATAAAAATCTAAGCAGGTAAAGGCAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGTTTTCCAATAACCTTATAAAAATCTAAGCAGGTAAAGGCAAAT  200

seq1  AATTTTAGGTCCATTTTAAGTCTGCCTTATTTCATGAATTTGAGTTACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAGGTCCATTTTAAGTCTGCCTTATTTCATGAATTTGAGTTACCA  250

seq1  TTTTGCTGTCCCCACCTTCCGGCACACTCCTTTGGTTCATGCCTTTGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGTCCCCACCTTCCGGCACACTCCTTTGGTTCATGCCTTTGTGG  300

seq1  TTTAAAGAAACAAATTTAACTCAACCATGGGTGTGTGGTGAAAATAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGAAACAAATTTAACTCAACCATGGGTGTGTGGTGAAAATAAATG  350

seq1  AGTGAAGTTCTTTAGGCTTCCCAGGGACAGGAAGGAGGATGGGAGGAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGTTCTTTAGGCTTCCCAGGGACAGGAAGGAGGATGGGAGGAACT  400

seq1  GTGAGAGAAATTCAGTCATTATTGTAATCAGTCTGCAGTGCTATGAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGAAATTCAGTCATTATTGTAATCAGTCTGCAGTGCTATGAATAA  450

seq1  GTCATAATTATCTCACAATCTGAGTTAATGCTGGGATGCTTTCTCTTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAATTATCTCACAATCTGAGTTAATGCTGGGATGCTTTCTCTTGCC  500

seq1  ATGTCAACATGTGCATGTACATATCGGGAAGACCCACTGAGCGGCTGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAACATGTGCATGTACATATCGGGAAGACCCACTGAGCGGCTGCAT  550

seq1  CAGGGGACATCTCAGGCTCCCTCTGTCCTTGCATGTTGATCACATTAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGACATCTCAGGCTCCCTCTGTCCTTGCATGTTGATCACATTAGCC  600

seq1  TCACATTGTCCTATCCAAATCTCCAGGATGTGAGTAGGATTTTTTTTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTGTCCTATCCAAATCTCCAGGATGTGAGTAGGATTTTTTTTCTG  650

seq1  TCTGTTTGCATACTCACATGCAATGCTGGAGATCGAACCCAGGGCCTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTGCATACTCACATGCAATGCTGGAGATCGAACCCAGGGCCTTGT  700

seq1  GCATGGTAGGCAAACACTCACTTTACCACTGAGCTACACCTCCCATCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTAGGCAAACACTCACTTTACCACTGAGCTACACCTCCCATCCAC  750

seq1  CTCTACAGATTTCTTATGTGAGGAGAGCCACCATCTCTGTATTGGTGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAGATTTCTTATGTGAGGAGAGCCACCATCTCTGTATTGGTGACC  800

seq1  TATTTATATTGTATTTGGGCCTATCACTAACATTTGTGCAGGTGTGTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATATTGTATTTGGGCCTATCACTAACATTTGTGCAGGTGTGTTCT  850

seq1  TAATTTAAACTCTAAAAATCCTCCGGAAATGTCATATTCTTGTGCATATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAAACTCTAAAAATCCTCCGGAAATGTCATATTCTTGTGCATATG  900

seq1  AATGCTGCTAACCTCATCTTCATTCCATTCTTGTGAGCTGTCAGAGAATA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATGCTGCTAACCTCATCTTCATTCCATTCTTGTGAGCTGTCAGAG-ATA  949

seq1  TTCTCCTCCATAGAAAATAAGAG-AGAACTGACGAGATAAGATAATGAGA  999
      |||| || |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| 
seq2  TTCTTCTTCATAGAAAAT-AGAGAAGAACTGACGAGAT-AGATAATGAG-  996

seq1  ATGAAAGCTGGAAAACTTA-TGTA-TTTATGAAATGGTTTTAAGTATGCT  1047
      ||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||
seq2  ATGAAAGCTG--AAACTTATTGTATTTTATGAAATG--TTTAAGTATGCT  1042

seq1  AAATTGGATGCCAGCAGATTCAGTCTAGACCAGC-TATTT-GTTGTTCC  1094
      ||    |||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||
seq2  AA---TGATG-CAGCAGATTCAGTCTAGATCAGCTTATTTGGTTGTTCC  1087

seq1: chrX_90513504_90514662
seq2: B6Ng01-319P20.g_69_1228 (reverse)

seq1  CTCCTG-AAATAGTAGCTTA-CCTAATG--AAATAAAGTTACCTCTCATT  46
      |||||| ||||||||||||| | |||||  |||||||| || ||  ||||
seq2  CTCCTGAAAATAGTAGCTTAGCTTAATGAAAAATAAAGGTAACTTCCATT  50

seq1  TATCACTTGT-ACAGT-GAAAATGGGAATGGGGGGCTG-TTGTGTAGTAG  93
      |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||
seq2  TATCACTTGTAACAGTGGAAAATGGGAATGGGGGGCTGTTTGGTTAGTAG  100

seq1  TCATTCAAG-AGACCAGGTGCCTTCCATCTTGTAGATTTGCCCTTCTCTA  142
      ||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCATTCAAGAAGACCA-GTGC--TCCATCTTGTAGA-TTGCCCTTCTCTA  146

seq1  GATCTTTGAAGTCCTCTCCTCTTATCTATGGATGAGAAAAAAAGAAAGGA  192
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GATC-TTGAAGTCCTCTCCTCTTATCTATGGATGAG-AAAAAAGAAAGGA  194

seq1  ATGCACATGGGAGGTTTATAATTAACTAAGCCTGGATGTGACTTACATCA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGCACATGGGAGGTTTATAATTAACTAAGCCT-GATGTGACTTACATCA  243

seq1  TATCCACTCAAATGCAGTTAGCTAGAACCTAGCAGAACTTAGTCACAGGG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCACTCAAATGCAGTTAGCTAGAACCTAGCAGAACTTAGTCACAGGG  293

seq1  CCACACCAACTCCAAGGAAAGCTAGGGCTAAAGAAGAAGACAAGGACACT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCAACTCCAAGGAAAGCTAGGGCTAAAGAAGAAGACAAGGACACT  343

seq1  GGGGAGAGCAGAGTTGCCATATCCCCCTACAGTTATCAAGTAGTCATTTC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAGCAGAGTTGCCATATCCCCCTACAGTTATCAAGTAGTCATTTC  393

seq1  AAGCTTCACCCCAGACATGGCCATACTCAGTTTCTCCCATAAAGCACAAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCACCCCAGACATGGCCATACTCAGTTTCTCCCATAAAGCACAAA  443

seq1  ACCAAAGGGTCACCTGGTCAATGCATCCAGACAAAGGGCCATGATCACCG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGGGTCACCTGGTCAATGCATCCAGACAAAGGGCCATGATCACCG  493

seq1  GGGCATGTGCTCTTCTCATTATGGCTAGATTTGGCTCCTCTTAGTCCGAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATGTGCTCTTCTCATTATGGCTAGATTTGGCTCCTCTTAGTCCGAA  543

seq1  GATCTATGAATTAATAGGAACTCCCAAGGCCATTTGATCAACAAGCTCCT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTATGAATTAATAGGAACTCCCAAGGCCATTTGATCAACAAGCTCCT  593

seq1  AGACTGCTGCATGATGGGAAACCAAGGACCAGACAGCCATTAGCCAGCCC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCTGCATGATGGGAAACCAAGGACCAGACAGCCATTAGCCAGCCC  643

seq1  ACACACCATGGAGAAAAGATCAGCAGCCTGATCCCTTTGGTCACCTAACA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCATGGAGAAAAGATCAGCAGCCTGATCCCTTTGGTCACCTAACA  693

seq1  GCCCTTAGAGTGGTTGGAAGCCAAGGTTTCTTCTAGGCACAGGCCCAAGA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTAGAGTGGTTGGAAGCCAAGGTTTCTTCTAGGCACAGGCCCAAGA  743

seq1  TACACTGTTTCACAGCTAGAAGACTAATCCCAAGAGCCCTCAGAAATCAC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGTTTCACAGCTAGAAGACTAATCCCAAGAGCCCTCAGAAATCAC  793

seq1  CACCCAGTGGGAAACGTTCCTATTTGAGGATCATCCAAGGCTTCTTCCTA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGTGGGAAACGTTCCTATTTGAGGATCATCCAAGGCTTCTTCCTA  843

seq1  ATATATAAATGACGACAACAAGACCTTCCCACTTCAGCCCTTGTTGCAGT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAAATGACGACAACAAGACCTTCCCACTTCAGCCCTTGTTGCAGT  893

seq1  TTGAATGTGAACTATTTTCCCACTGACTCGTGTGTTTGAACCCACCTGGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGTGAACTATTTTCCCACTGACTCGTGTGTTTGAACCCACCTGGT  943

seq1  GCTGCTGTTTGGTATATTATAGAACCTTTGGAGAAACTGCAGTTTCTCCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGTTTGGTATATTATAGAACCTTTGGAGAAACTGCAGTTTCTCCA  993

seq1  TTAAGAGAAAGTACTAAACATTAAGAAAGTACTCTTATTCATTAAGAAAT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGAAAGTACTAAACATTAAGAAAGTACTCTTATTCATTAAGAAAT  1043

seq1  TAAAAGGAGGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTGCT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGAGGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTGCT  1093

seq1  CTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGTGGCTCACAAC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGTGGCTCACAAC  1143

seq1  CATCTGTAATGGAATTC  1159
      |||||||||||||||||
seq2  CATCTGTAATGGAATTC  1160