BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323K23
ChromosomeX (Build37)
Map Location 109,534,762 - 109,639,832
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG623341, 2010106E10Rik
Upstream geneRps6ka6, EG664791, D030011N01Rik, LOC100038989, Tex16, LOC622570, 4933403O08Rik, EG385407, Apool, Satl1
Downstream geneZfp711, Pof1b, LOC623412, EG623428, LOC100039112, Chm, EG664918, Dach2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323K23.bB6Ng01-323K23.g
ACCGA112201GA112202
length1,073900
definitionB6Ng01-323K23.b B6Ng01-323K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,534,762 - 109,535,847)(109,638,933 - 109,639,832)
sequence
gaattcaaacgaaacatatttcttgtgctttcaggcacagcttcactata
ttatcacaatccaatatgtagccactattagtatatgcagtgttagggta
acaaagttaagattcagagatattaaataacttgatatatgtcacacaac
tgaaagtgcaaataaaataagagacatccagttagcttagttatgttttt
cttaaaatcccaggaatgatataagtggttttgttgtttgttttacaaaa
tgaaaatatttatgcaacctattttatacatagatgacatatggattttg
cttactagaggagttacatgatgtctctatttgatacatttatgggtaag
atttaaagcgcagtttggcgatagagaagttgtttgagagtgtattggat
attggatcatagtttacataatttgacgacattttagttatcacgctttg
tcttttttcttagaaaagcattggatttgagtcttgtgcaactgaatgca
attgaaagggacacagatagatgttttcacacaaggttacttagtgcaat
ttatcgtaccttaacaatactgagtgatattgtatctgtcatgtactcac
tgataagtggatattagcccagaaacttaggatacccaagatataagata
caacttgccaaacgcataaaattcaagaagaacgaagaccaaagtgtgga
cactttgccccttcttagaaatgggaacaaaacacccatggaaggagtta
cagagacaaaatttggagctgtgacgaaaggatggaccatctagtgattg
ccatatgcagggatccatcccataatcagcttccaaatgctgacaccatt
gcatacactagcaagattttgctgaaaggacccagatatagctgtctctt
gtgagactaggccggggcctagcaacacagaagtggatgctcacagtcag
ctacgccccaatggaggagctagagaaattacccaaggagcgaaagggac
tgcaacctatagtgaacacatatgacttaccagtacccgagctctgtctc
tagctgcatatgtatcaaaagat

gaattcataaggatgcataaggaataagagcaagatattgtcttctggcc
tccacagccccccccaaacacactcacacaaatgtacacacacacaaatg
cacacacttgtatacatacctgcaccggtatatatatgaatatgtacata
catgcacaaatttttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgttttttgaga
cagggtttctctgtatagctgtggctgtcctggaactcactttgtagacc
aggctggcctcgaactcagaaattggcctgcctctgcctcccgagtgctg
ggattaaaggtgtgcaccaccacacctgactcacacaaaaaaattagatt
ccttcttctgcaacctttaacacttttaaaatatttaaaccacatatttg
gtaaggtttgtttctttgtcttgttttgttgtttcttgtttttgtttttc
tgcttcaaaaatgcaaattgtttgtagtaagtagtcaaaagctttgtaaa
ggagccataaggctctcaaggtcactaccccacaccccacaccctgtact
ctctggttcagtataagcatgctagctttaagcgaaacaccatgtacata
ttgcagtgtcctacactaatcctcaaaataaatttctgaatcttctacaa
catgcctcctctttgcctgatttcctcccacttagcccaacagtttatta
accgtgggatcattatttagtaataaaatagtctgagaaattgagaaagt
tttatgagttttagaaaagtatgattatgagaatatttatttactggttg
aaaagagtttaatgtatgagaagcagtttttttatttaattacgtctgtg
tgtgaatgtgcatgcatgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_109534762_109535847
seq2: B6Ng01-323K23.b_46_1118

seq1  GAATTCAAACGAAACATATTTCTTGTGCTTTCAGGCACAGCTTCACTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACGAAACATATTTCTTGTGCTTTCAGGCACAGCTTCACTATA  50

seq1  TTATCACAATCCAATATGTAGCCACTATTAGTATATGCAGTGTTAGGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACAATCCAATATGTAGCCACTATTAGTATATGCAGTGTTAGGGTA  100

seq1  ACAAAGTTAAGATTCAGAGATATTAAATAACTTGATATATGTCACACAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTAAGATTCAGAGATATTAAATAACTTGATATATGTCACACAAC  150

seq1  TGAAAGTGCAAATAAAATAAGAGACATCCAGTTAGCTTAGTTATGTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTGCAAATAAAATAAGAGACATCCAGTTAGCTTAGTTATGTTTTT  200

seq1  CTTAAAATCCCAGGAATGATATAAGTGGTTTTGTTGTTTGTTTTACAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAATCCCAGGAATGATATAAGTGGTTTTGTTGTTTGTTTTACAAAA  250

seq1  TGAAAATATTTATGCAACCTATTTTATACATAGATGACATATGGATTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATATTTATGCAACCTATTTTATACATAGATGACATATGGATTTTG  300

seq1  CTTACTAGAGGAGTTACATGATGTCTCTATTTGATACATTTATGGGTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTAGAGGAGTTACATGATGTCTCTATTTGATACATTTATGGGTAAG  350

seq1  ATTTAAAGCGCAGTTTGGCGATAGAGAAGTTGTTTGAGAGTGTATTGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAGCGCAGTTTGGCGATAGAGAAGTTGTTTGAGAGTGTATTGGAT  400

seq1  ATTGGATCATAGTTTACATAATTTGACGACATTTTAGTTATCACGCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGATCATAGTTTACATAATTTGACGACATTTTAGTTATCACGCTTTG  450

seq1  TCTTTTTTCTTAGAAAAGCATTGGATTTGAGTCTTGTGCAACTGAATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTCTTAGAAAAGCATTGGATTTGAGTCTTGTGCAACTGAATGCA  500

seq1  ATTGAAAGGGACACAGATAGATGTTTTCACACAAGGTTACTTAGTGCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAGGGACACAGATAGATGTTTTCACACAAGGTTACTTAGTGCAAT  550

seq1  TTATCGTACCTTAACAATACTGAGTGATATTGTATCTGTCATGTACTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCGTACCTTAACAATACTGAGTGATATTGTATCTGTCATGTACTCAC  600

seq1  TGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGGATACCCAAGATATAAGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGGATACCCAAGATATAAGATA  650

seq1  CAACTTGCCAAACGCATAAAATTCAAGAAGAACGAAGACCAAAGTGTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGCCAAACGCATAAAATTCAAGAAGAACGAAGACCAAAGTGTGGA  700

seq1  CACTTTGCCCCTTCTTAGAAATGGGAACAAAACACCCATGGAAGGAGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGCCCCTTCTTAGAAATGGGAACAAAACACCCATGGAAGGAGTTA  750

seq1  CAGAGACAAAATTTGGAGCTGTGACGAAAGGATGGACCATCTAGTGATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACAAAATTTGGAGCTGTGACGAAAGGATGGACCATCTAGTGATTG  800

seq1  CCATATGCAGGGATCCATCCCATAATCAGCTTCCAAATGCTGACACCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGCAGGGATCCATCCCATAATCAGCTTCCAAATGCTGACACCATT  850

seq1  GCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATATAGCTGTCTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATATAGCTGTCTCTT  900

seq1  GTGAGACTAGGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACTAGGCCGGGGCCTAGC-AACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCA  949

seq1  GCTACGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAATTACCCAAGGAGCGAAAGG  1000
      ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACG--CCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAATTACCCAAGGAGCGAAAGG  997

seq1  GAACTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCG  1050
      | ||||||| |||||||   |||||   ||||| ||| ||||||||||  
seq2  G-ACTGCAA-CCTATAG--TGAACA--CATATG-ACTTACCAGTACCC--  1038

seq1  GAGCTCTTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGAT  1086
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTC-TGTCTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGAT  1073


seq1: chrX_109638933_109639832
seq2: B6Ng01-323K23.g_66_965 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACTCATGCATGCACATTCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACTCATGCATGCACATTCACA  50

seq1  CACAGACGTAATTAAATAAAAAAACTGCTTCTCATACATTAAACTCTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACGTAATTAAATAAAAAAACTGCTTCTCATACATTAAACTCTTTT  100

seq1  CAACCAGTAAATAAATATTCTCATAATCATACTTTTCTAAAACTCATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGTAAATAAATATTCTCATAATCATACTTTTCTAAAACTCATAAA  150

seq1  ACTTTCTCAATTTCTCAGACTATTTTATTACTAAATAATGATCCCACGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTCAATTTCTCAGACTATTTTATTACTAAATAATGATCCCACGGT  200

seq1  TAATAAACTGTTGGGCTAAGTGGGAGGAAATCAGGCAAAGAGGAGGCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAACTGTTGGGCTAAGTGGGAGGAAATCAGGCAAAGAGGAGGCATG  250

seq1  TTGTAGAAGATTCAGAAATTTATTTTGAGGATTAGTGTAGGACACTGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAAGATTCAGAAATTTATTTTGAGGATTAGTGTAGGACACTGCAA  300

seq1  TATGTACATGGTGTTTCGCTTAAAGCTAGCATGCTTATACTGAACCAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACATGGTGTTTCGCTTAAAGCTAGCATGCTTATACTGAACCAGAG  350

seq1  AGTACAGGGTGTGGGGTGTGGGGTAGTGACCTTGAGAGCCTTATGGCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAGGGTGTGGGGTGTGGGGTAGTGACCTTGAGAGCCTTATGGCTCC  400

seq1  TTTACAAAGCTTTTGACTACTTACTACAAACAATTTGCATTTTTGAAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAAAGCTTTTGACTACTTACTACAAACAATTTGCATTTTTGAAGCA  450

seq1  GAAAAACAAAAACAAGAAACAACAAAACAAGACAAAGAAACAAACCTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACAAAAACAAGAAACAACAAAACAAGACAAAGAAACAAACCTTAC  500

seq1  CAAATATGTGGTTTAAATATTTTAAAAGTGTTAAAGGTTGCAGAAGAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATGTGGTTTAAATATTTTAAAAGTGTTAAAGGTTGCAGAAGAAGG  550

seq1  AATCTAATTTTTTTGTGTGAGTCAGGTGTGGTGGTGCACACCTTTAATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAATTTTTTTGTGTGAGTCAGGTGTGGTGGTGCACACCTTTAATCC  600

seq1  CAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCCAATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCCAATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCT  650

seq1  GGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCACAGCTATACAGAGAAACCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCACAGCTATACAGAGAAACCCTG  700

seq1  TCTCAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAATTTGTGCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAATTTGTGCATG  750

seq1  TATGTACATATTCATATATATACCGGTGCAGGTATGTATACAAGTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACATATTCATATATATACCGGTGCAGGTATGTATACAAGTGTGTG  800

seq1  CATTTGTGTGTGTGTACATTTGTGTGAGTGTGTTTGGGGGGGGCTGTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTGTGTGTGTACATTTGTGTGAGTGTGTTTGGGGGGGGCTGTGGA  850

seq1  GGCCAGAAGACAATATCTTGCTCTTATTCCTTATGCATCCTTATGAATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAAGACAATATCTTGCTCTTATTCCTTATGCATCCTTATGAATTC  900


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |