BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329N16
ChromosomeX (Build37)
Map Location 161,552,779 - 161,686,799
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGlra2
Upstream geneTmem27, Ace2, Bmx, Pir, Figf, Piga, Asb11, Asb9, Mospd2, Fancb, LOC627045
Downstream geneLOC100040753, Gemin8, Gpm6b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329N16.bB6Ng01-329N16.g
ACCGA116701GA116702
length1,154920
definitionB6Ng01-329N16.b B6Ng01-329N16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(161,685,641 - 161,686,799)(161,552,779 - 161,553,546)
sequence
gaattcttcctttctgaaccttggaaatgtattgtaatttcagcagctca
tcaaaatatgacatttggaatagatgtgaatctcttctatcacaaaagtg
agagtgaaacacctcctcccatctttaggagaataggaaggatgccacaa
cagtgacatcatcatgaaatttcattgcttcaatttggtatttttgacct
ctaattcttctactatttttgagattataatataattatatcatttctcc
attcccctttctcctcctaaatccttaaatctaccccttcttattttctt
tcaaatctatgacctcaattttttttgttatatgagtatttgttcatgca
catgcacatatttttctaaatataatctgctcagtatgtatgatgttact
tttttgtatgttttcagggatgaccatttggtattagataaccaattggt
agtctcttccccagagaagaattttttcccactaccaactttcattagtt
gcctatagttctttgtgtagggtcgaggtctcttaggatttgtcccacct
actttggcatatctactagtattatccttgatatagagtagtgggcatga
ttgtttatagacagtgattgttctttgaagaaaagtcctggccttcccaa
atgtgaacagtgatcctgtaatataacaccttaggataaattctgaggga
acagaattttctgtggctatacagtcatacctagaaataagcattcttag
ttttagactttatttctaggaaggaaagaacttcattgatttggctcatg
ctcatatacctaaaacttggcacaataattgatttctagtaggcgattag
taaagcgccagtaaattaatgaacagttgtaaaaatagccaagtggtatt
cttggcataatttaagcggtgattcattcatcagtttccgtatttgatta
atgttctttgggccatgcattatactagatatcaaaagagtcaaaataca
gtctttatcatcaggtttatatctggtaggcagaagcagtcagttggatg
ctgatgataaaaaatgtgaaatataatatcatattcatgggaggatctct
agaaattaatgcagtgcttgggaaagaagctaaggagggccaaagaaagg
agac

gaattcttttattcacaaaataaacccaatatccttaagcaaacacatgg
ttttatatttccatctctgcttttctctccaatgttgtttttcatcccca
tttcagagtgataagatccaattattttggattatccatagctattgtag
tttctttaaacacatacactcacacatgcacacatacacacacacacaca
cacacacacacacacacactactaaatacttgacataatgatttattgca
aatcttactgtaagataagaggttccccaaagaccttaaacataaactcc
tgttatgccacttttgggaatgtaccaaagggctgcatcagcatactata
gagccactagttcaataatgttctttgttgctatgttcataatagtgaga
aattggaaacagcctagatgcccatcaacaagtggatggataaagaaaat
aaggtacatttatacaacaggatattattcagccactaaaaacatgacaa
cgtgaaattcataggtaaatggattgagctaaaaatattcaacctaagca
tgctaaccaagacacagaaagataaatatgatatgtacttgctgatatgt
ggatactagctattacaccaatgataacaagctataatccatagagccac
agaggagaggcatagagtaagggacaaaatgggacagatagatctctcta
ggaaaggagaatgaatagacaattatggatggataaatggtggaatgagt
aaaaatggggaagaaataggcaggcaagggaaagaatatggggagagaca
gcaaaaataaaaggctatcaaggttagcatggaaatcttatacagcagaa
gctttctaaaataaatacatatatgaaggtgatataaatataactgtcaa
gtaatggggagacagagccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_161685641_161686799
seq2: B6Ng01-329N16.b_46_1199 (reverse)

seq1  GTCTCCCTTTCTTT-GCCCTCCTTTGCTTCTCTCC--AGCACTGCCATTT  47
      |||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||  ||||||||   ||
seq2  GTCT-CCTTTCTTTGGCCCTCCTTAGCTTCTTTCCCAAGCACTGC--ATT  47

seq1  AATATCTTAGAGATCCT-CCATG-ATATGATATTATATTTCACATTTTTT  95
      ||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTC-TAGAGATCCTCCCATGAATATGATATTATATTTCACATTTTTT  96

seq1  AATCATCAGCATTCCAACTGACTGCTTCTGCCCTACCAGATTATAAACCC  145
       |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  |
seq2  -ATCATCAGCA-TCCAACTGACTGCTTCTG-CCTACCAGA-TATAAA--C  140

seq1  CTGATGATAAAGACTGTATTTTGACTCTTTTGATATCTAGTATAATGCAT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGATAAAGACTGTATTTTGACTCTTTTGATATCTAGTATAATGCAT  190

seq1  GGCCCAAAGAACATTAATCAAATACGGAAACTGATGAATGAATCACCGCT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAAAGAACATTAATCAAATACGGAAACTGATGAATGAATCACCGCT  240

seq1  TAAATTATGCCAAGAATACCACTTGGCTATTTTTACAACTGTTCATTAAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTATGCCAAGAATACCACTTGGCTATTTTTACAACTGTTCATTAAT  290

seq1  TTACTGGCGCTTTACTAATCGCCTACTAGAAATCAATTATTGTGCCAAGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGCGCTTTACTAATCGCCTACTAGAAATCAATTATTGTGCCAAGT  340

seq1  TTTAGGTATATGAGCATGAGCCAAATCAATGAAGTTCTTTCCTTCCTAGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTATATGAGCATGAGCCAAATCAATGAAGTTCTTTCCTTCCTAGA  390

seq1  AATAAAGTCTAAAACTAAGAATGCTTATTTCTAGGTATGACTGTATAGCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGTCTAAAACTAAGAATGCTTATTTCTAGGTATGACTGTATAGCC  440

seq1  ACAGAAAATTCTGTTCCCTCAGAATTTATCCTAAGGTGTTATATTACAGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAATTCTGTTCCCTCAGAATTTATCCTAAGGTGTTATATTACAGG  490

seq1  ATCACTGTTCACATTTGGGAAGGCCAGGACTTTTCTTCAAAGAACAATCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTTCACATTTGGGAAGGCCAGGACTTTTCTTCAAAGAACAATCA  540

seq1  CTGTCTATAAACAATCATGCCCACTACTCTATATCAAGGATAATACTAGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTATAAACAATCATGCCCACTACTCTATATCAAGGATAATACTAGT  590

seq1  AGATATGCCAAAGTAGGTGGGACAAATCCTAAGAGACCTCGACCCTACAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGCCAAAGTAGGTGGGACAAATCCTAAGAGACCTCGACCCTACAC  640

seq1  AAAGAACTATAGGCAACTAATGAAAGTTGGTAGTGGGAAAAAATTCTTCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACTATAGGCAACTAATGAAAGTTGGTAGTGGGAAAAAATTCTTCT  690

seq1  CTGGGGAAGAGACTACCAATTGGTTATCTAATACCAAATGGTCATCCCTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAAGAGACTACCAATTGGTTATCTAATACCAAATGGTCATCCCTG  740

seq1  AAAACATACAAAAAAGTAACATCATACATACTGAGCAGATTATATTTAGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATACAAAAAAGTAACATCATACATACTGAGCAGATTATATTTAGA  790

seq1  AAAATATGTGCATGTGCATGAACAAATACTCATATAACAAAAAAAATTGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGTGCATGTGCATGAACAAATACTCATATAACAAAAAAAATTGA  840

seq1  GGTCATAGATTTGAAAGAAAATAAGAAGGGGTAGATTTAAGGATTTAGGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATAGATTTGAAAGAAAATAAGAAGGGGTAGATTTAAGGATTTAGGA  890

seq1  GGAGAAAGGGGAATGGAGAAATGATATAATTATATTATAATCTCAAAAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAGGGGAATGGAGAAATGATATAATTATATTATAATCTCAAAAAT  940

seq1  AGTAGAAGAATTAGAGGTCAAAAATACCAAATTGAAGCAATGAAATTTCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAGAATTAGAGGTCAAAAATACCAAATTGAAGCAATGAAATTTCA  990

seq1  TGATGATGTCACTGTTGTGGCATCCTTCCTATTCTCCTAAAGATGGGAGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGTCACTGTTGTGGCATCCTTCCTATTCTCCTAAAGATGGGAGG  1040

seq1  AGGTGTTTCACTCTCACTTTTGTGATAGAAGAGATTCACATCTATTCCAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTTCACTCTCACTTTTGTGATAGAAGAGATTCACATCTATTCCAA  1090

seq1  ATGTCATATTTTGATGAGCTGCTGAAATTACAATACATTTCCAAGGTTCA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATATTTTGATGAGCTGCTGAAATTACAATACATTTCCAAGGTTCA  1140

seq1  GAAAGGAAGAATTC  1159
      ||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAGAATTC  1154


seq1: chrX_161552779_161553546
seq2: B6Ng01-329N16.g_65_832

seq1  GAATTCTTTTATTCACAAAATAAACCCAATATCCTTAAGCAAACACATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTATTCACAAAATAAACCCAATATCCTTAAGCAAACACATGG  50

seq1  TTTTATATTTCCATCTCTGCTTTTCTCTCCAATGTTGTTTTTCATCCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATTTCCATCTCTGCTTTTCTCTCCAATGTTGTTTTTCATCCCCA  100

seq1  TTTCAGAGTGATAAGATCCAATTATTTTGGATTATCCATAGCTATTGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAGTGATAAGATCCAATTATTTTGGATTATCCATAGCTATTGTAG  150

seq1  TTTCTTTAAACACATACACTCACACATGCACACATACACACACACACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTAAACACATACACTCACACATGCACACATACACACACACACACA  200

seq1  CACACACACACACACACACTACTAAATACTTGACATAATGATTTATTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACTACTAAATACTTGACATAATGATTTATTGCA  250

seq1  AATCTTACTGTAAGATAAGAGGTTCCCCAAAGACCTTAAACATAAACTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTACTGTAAGATAAGAGGTTCCCCAAAGACCTTAAACATAAACTCC  300

seq1  TGTTATGCCACTTTTGGGAATGTACCAAAGGGCTGCATCAGCATACTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGCCACTTTTGGGAATGTACCAAAGGGCTGCATCAGCATACTATA  350

seq1  GAGCCACTAGTTCAATAATGTTCTTTGTTGCTATGTTCATAATAGTGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACTAGTTCAATAATGTTCTTTGTTGCTATGTTCATAATAGTGAGA  400

seq1  AATTGGAAACAGCCTAGATGCCCATCAACAAGTGGATGGATAAAGAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGAAACAGCCTAGATGCCCATCAACAAGTGGATGGATAAAGAAAAT  450

seq1  AAGGTACATTTATACAACAGGATATTATTCAGCCACTAAAAACATGACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTACATTTATACAACAGGATATTATTCAGCCACTAAAAACATGACAA  500

seq1  CGTGAAATTCATAGGTAAATGGATTGAGCTAAAAATATTCAACCTAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAAATTCATAGGTAAATGGATTGAGCTAAAAATATTCAACCTAAGCA  550

seq1  TGCTAACCAAGACACAGAAAGATAAATATGATATGTACTTGCTGATATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAACCAAGACACAGAAAGATAAATATGATATGTACTTGCTGATATGT  600

seq1  GGATACTAGCTATTACACCAATGATAACAAGCTATAATCCATAGAGCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACTAGCTATTACACCAATGATAACAAGCTATAATCCATAGAGCCAC  650

seq1  AGAGGAGAGGCATAGAGTAAGGGACAAAATGGGACAGATAGATCTCTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGAGGCATAGAGTAAGGGACAAAATGGGACAGATAGATCTCTCTA  700

seq1  GGAAAGGAGAATGAATAGACAATTATGGATGGATAAATGGTGGAATGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAGAATGAATAGACAATTATGGATGGATAAATGGTGGAATGAGT  750

seq1  AAAAATGGGGAAGAAATA  768
      ||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGGGGAAGAAATA  768


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |