BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332C20
ChromosomeX (Build37)
Map Location 48,382,305 - 48,513,512
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC385355, Mbnl3
Upstream geneEG665816, Olfr1324, LOC100041788, 6720401G13Rik, 2610018G03Rik, LOC100040422, Rap2c
Downstream geneLOC665866, LOC385356, Hs6st2, Usp26, LOC100040479, LOC665888, 1700080O16Rik, LOC100040495, Gpc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332C20.bB6Ng01-332C20.g
ACCGA118354GA118355
length1,2291,122
definitionB6Ng01-332C20.b B6Ng01-332C20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,512,277 - 48,513,512)(48,382,305 - 48,383,436)
sequence
gaattccctgtagatttaacaaaagactatatgtttgtgattgttttcat
agccacctgcttactctgcatcaaaaatatcaggcatatcttgaacctcc
cactctattcttgatctacctgctctactgcaaatacataaatgcaacaa
gtattgcattatagcacattgacagcaatcatatctacctgtcctaatcc
gtactttgggtagtttggtaacaactacatgctagttaagccacagcagt
catagaggataattatgttaattcatatataatcttaaataacaggaact
gggagactaatatacataaaagacctctaaataatgtcattcaactttaa
gcacaatgatactatgaaaaataaaacatattatatataaatatcaatat
gcttataggtaataattggctctaggattcatatgttctatattttagag
ccactaatcacagcagtcctcagtagcttaaaatgaccttaagtctttgg
gagccgagactatagcacagtggttacttgcccagcatagtcaaggcttg
agtctgagctccagccccacacaataaagactattttgactgtatatttg
ttcctgcacatttgcttaggtacagcttgccagacaccagactctgacca
gagccccaaggattacacaagagatagtgtcatttatgaactccagcaga
gagggttgcttgtactatcaagcctgtctttctgagagtcatgaaacata
atgttttccttaaaaatatcttggatattgcccttaaaaggaatacacct
tcatttatatagtcttttgagggatatttttaaaaatctcatttgaatga
aaactggactcttgattaacacccaaacgtcctcagattctttgaacttt
ttgtttgaaataaatttagatttagagagaagttgcaaaaataatagacg
cattccctgtatactctccagcagattcccctaagtgttagaagcctaca
gcccactcatgacagaatcatccaaaccagagatgagcaccagcaaagct
cctaaggaaaggacttgacttcagtttctccaactggtcttccaaggctc
agcagttcagatataggttaaggaagttttgtgttccatagaatttaaac
aaactaggaatgagcacttgctgctgaagactattcaatgaaaatcttta
ccattcttctaattggagggaaactgtag
gaattccaggtatgtatggatctcagccctgccaccctgtgcagagattt
aaaatgtgtgctgctgtgcccagcctttatgtggggcaccatgcacctga
actcgagttctcattctcgagtgttgagcatcttaaaaacccataagcca
ttttctcaggcccaaaaggtctgttttctaaatagtttaaccttgtctac
cttccaaacaatctttctgcttttgcatttttatgctctcatatgactaa
actcatgaaagtgataatgactaattttaagtaacatattattaagacca
aaaaaagaaaggaagatacattatgcatattgtctctaatataaccctga
ctacaaagaacaagaaaaggctaagaacataaaaatctaaatatgaaaaa
ttaaacattaaaatgttatagtattaaaatattaaatataatatataata
taactataataaaatatttaaaatgagaatgtttaagagattttttttaa
agattaatttgtttaaaatttactaatattttatataagacatcaggagt
aaaaatctgtttgctatagtttaacaaatattcattatttgccaccacag
caatgtactataaataattctaagcaatgtaaaatgtatgagatattatc
ttgactattacagattttactaagttttagaatctggaaatattaaactt
tgatatttgtatttttcaagttgacacatcattttttgaaatttatttca
ctagttctttaatacttttgtgcgatgtgttttcgtcacattcacccctc
tcccagcttttctgagatccaccaaccttccctacccatccaacttcatg
gccttctttaatccattcaagaccaattttttttccccacgggagaacat
tttaatgtttggaaagtgtataaataccacccaacggacagtgatggcgg
gcttgcatagctagcttgcacacttcttgtccttgcattttgggctgttc
ttcacttctttgaagagagggacgacagggaacttctcctggtgtcccgg
ctggtctggtcactcctgtacgatattctttaatatccttgcacgaatgt
actgcctcagtgggtttatgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_48512277_48513512
seq2: B6Ng01-332C20.b_49_1277 (reverse)

seq1  CTTCAGTTTCC--TCATATAGA--AATGGTAAAGATTTTTAATTGAATAG  46
      || ||||||||   ||  ||||  ||||||||||| |||| |||||||||
seq2  CTACAGTTTCCCTCCAATTAGAAGAATGGTAAAGA-TTTTCATTGAATAG  49

seq1  TCTTTCAGCAGCCAAAATTCCTCATTTCCTAGTTTTGTTTTAAATTCTAT  96
      || |||||||||   || | |||| ||||||||||   ||||||||||||
seq2  TC-TTCAGCAGC---AAGTGCTCA-TTCCTAGTTT--GTTTAAATTCTAT  92

seq1  GG-ACACAAAACTTCCTTAAACTAATTATCTGAACTGCTGAGCCTTTGGA  145
      || ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| | |
seq2  GGAACACAAAACTTCCTTAACCTA--TATCTGAACTGCTGAGCCTTGGAA  140

seq1  GACCAGTTGGAGAAACTGAAGTCAAGTCCTTTCCTTAGGAGCTTTGCTTG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACCAGTTGGAGAAACTGAAGTCAAGTCCTTTCCTTAGGAGCTTTGC-TG  189

seq1  GTGCTCATTCTCTGGTTTGGATGATTCTGTCATGAGTGGGCTGTAGGCTT  245
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCA-TCTCTGGTTTGGATGATTCTGTCATGAGTGGGCTGTAGGCTT  238

seq1  CTAACACTTAGGGGAATCTGCTGGAGAGTATACAGGGAATGCGTCTATTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACACTTAGGGGAATCTGCTGGAGAGTATACAGGGAATGCGTCTATTA  288

seq1  TTTTTGCAACTTCTCTCTAAATCTAAATTTATTTCAAACAAAAAGTTCAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCAACTTCTCTCTAAATCTAAATTTATTTCAAACAAAAAGTTCAA  338

seq1  AGAATCTGAGGACGTTTGGGTGTTAATCAAGAGTCCAGTTTTCATTCAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTGAGGACGTTTGGGTGTTAATCAAGAGTCCAGTTTTCATTCAAA  388

seq1  TGAGATTTTTAAAAATATCCCTCAAAAGACTATATAAATGAAGGTGTATT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTTTTAAAAATATCCCTCAAAAGACTATATAAATGAAGGTGTATT  438

seq1  CCTTTTAAGGGCAATATCCAAGATATTTTTAAGGAAAACATTATGTTTCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAAGGGCAATATCCAAGATATTTTTAAGGAAAACATTATGTTTCA  488

seq1  TGACTCTCAGAAAGACAGGCTTGATAGTACAAGCAACCCTCTCTGCTGGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTCAGAAAGACAGGCTTGATAGTACAAGCAACCCTCTCTGCTGGA  538

seq1  GTTCATAAATGACACTATCTCTTGTGTAATCCTTGGGGCTCTGGTCAGAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATAAATGACACTATCTCTTGTGTAATCCTTGGGGCTCTGGTCAGAG  588

seq1  TCTGGTGTCTGGCAAGCTGTACCTAAGCAAATGTGCAGGAACAAATATAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGTCTGGCAAGCTGTACCTAAGCAAATGTGCAGGAACAAATATAC  638

seq1  AGTCAAAATAGTCTTTATTGTGTGGGGCTGGAGCTCAGACTCAAGCCTTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAAATAGTCTTTATTGTGTGGGGCTGGAGCTCAGACTCAAGCCTTG  688

seq1  ACTATGCTGGGCAAGTAACCACTGTGCTATAGTCTCGGCTCCCAAAGACT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGCTGGGCAAGTAACCACTGTGCTATAGTCTCGGCTCCCAAAGACT  738

seq1  TAAGGTCATTTTAAGCTACTGAGGACTGCTGTGATTAGTGGCTCTAAAAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTCATTTTAAGCTACTGAGGACTGCTGTGATTAGTGGCTCTAAAAT  788

seq1  ATAGAACATATGAATCCTAGAGCCAATTATTACCTATAAGCATATTGATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACATATGAATCCTAGAGCCAATTATTACCTATAAGCATATTGATA  838

seq1  TTTATATATAATATGTTTTATTTTTCATAGTATCATTGTGCTTAAAGTTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATATAATATGTTTTATTTTTCATAGTATCATTGTGCTTAAAGTTG  888

seq1  AATGACATTATTTAGAGGTCTTTTATGTATATTAGTCTCCCAGTTCCTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACATTATTTAGAGGTCTTTTATGTATATTAGTCTCCCAGTTCCTGT  938

seq1  TATTTAAGATTATATATGAATTAACATAATTATCCTCTATGACTGCTGTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAGATTATATATGAATTAACATAATTATCCTCTATGACTGCTGTG  988

seq1  GCTTAACTAGCATGTAGTTGTTACCAAACTACCCAAAGTACGGATTAGGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAACTAGCATGTAGTTGTTACCAAACTACCCAAAGTACGGATTAGGA  1038

seq1  CAGGTAGATATGATTGCTGTCAATGTGCTATAATGCAATACTTGTTGCAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGATATGATTGCTGTCAATGTGCTATAATGCAATACTTGTTGCAT  1088

seq1  TTATGTATTTGCAGTAGAGCAGGTAGATCAAGAATAGAGTGGGAGGTTCA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATTTGCAGTAGAGCAGGTAGATCAAGAATAGAGTGGGAGGTTCA  1138

seq1  AGATATGCCTGATATTTTTGATGCAGAGTAAGCAGGTGGCTATGAAAACA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGCCTGATATTTTTGATGCAGAGTAAGCAGGTGGCTATGAAAACA  1188

seq1  ATCACAAACATATAGTCTTTTGTTAAATCTACAGGGAATTC  1236
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAACATATAGTCTTTTGTTAAATCTACAGGGAATTC  1229

seq1: chrX_48382305_48383436
seq2: B6Ng01-332C20.g_68_1189

seq1  GAATTCCAGGTATGTATGGATCTCAGCCCTGCCACCCTGTGCAGAGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTATGTATGGATCTCAGCCCTGCCACCCTGTGCAGAGATTT  50

seq1  AAAATGTGTGCTGCTGTGCCCAGCCTTTATGTGGGGCACCATGCACCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGTGCTGCTGTGCCCAGCCTTTATGTGGGGCACCATGCACCTGA  100

seq1  ACTCGAGTTCTCATTCTCGAGTGTTGAGCATCTTAAAAACCCATAAGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGAGTTCTCATTCTCGAGTGTTGAGCATCTTAAAAACCCATAAGCCA  150

seq1  TTTTCTCAGGCCCAAAAGGTCTGTTTTCTAAATAGTTTAACCTTGTCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCAGGCCCAAAAGGTCTGTTTTCTAAATAGTTTAACCTTGTCTAC  200

seq1  CTTCCAAACAATCTTTCTGCTTTTGCATTTTTATGCTCTCATATGACTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAACAATCTTTCTGCTTTTGCATTTTTATGCTCTCATATGACTAA  250

seq1  ACTCATGAAAGTGATAATGACTAATTTTAAGTAACATATTATTAAGACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGAAAGTGATAATGACTAATTTTAAGTAACATATTATTAAGACCA  300

seq1  AAAAAAGAAAGGAAGATACATTATGCATATTGTCTCTAATATAACCCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAAAGGAAGATACATTATGCATATTGTCTCTAATATAACCCTGA  350

seq1  CTACAAAGAACAAGAAAAGGCTAAGAACATAAAAATCTAAATATGAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAGAACAAGAAAAGGCTAAGAACATAAAAATCTAAATATGAAAAA  400

seq1  TTAAACATTAAAATGTTATAGTATTAAAATATTAAATATAATATATAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACATTAAAATGTTATAGTATTAAAATATTAAATATAATATATAATA  450

seq1  TAACTATAATAAAATATTTAAAATGAGAATGTTTAAGAGATTTTTTTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATAATAAAATATTTAAAATGAGAATGTTTAAGAGATTTTTTTTAA  500

seq1  AGATTAATTTGTTTAAAATTTACTAATATTTTATATAAGACATCAGGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAATTTGTTTAAAATTTACTAATATTTTATATAAGACATCAGGAGT  550

seq1  AAAAATCTGTTTGCTATAGTTTAACAAATATTCATTATTTGCCACCACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCTGTTTGCTATAGTTTAACAAATATTCATTATTTGCCACCACAG  600

seq1  CAATGTACTATAAATAATTCTAAGCAATGTAAAATGTATGAGATATTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTACTATAAATAATTCTAAGCAATGTAAAATGTATGAGATATTATC  650

seq1  TTGACTATTACAGATTTTACTAAGTTTTAGAATCTGGAAATATTAAACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTATTACAGATTTTACTAAGTTTTAGAATCTGGAAATATTAAACTT  700

seq1  TGATATTTGTATTTTTCAAGTTGACACATCATTTTTTGAAATTTATTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTGTATTTTTCAAGTTGACACATCATTTTTTGAAATTTATTTCA  750

seq1  CTAGTTCTTTAATACTTTTGTGCGATGTGTTTTCGTCACATTCACCCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTCTTTAATACTTTTGTGCGATGTGTTTTCGTCACATTCACCCCTC  800

seq1  TCCCAGCTTTTCTGAGATCCACCAACCTTCCCTACCCATCCAACTTCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTTTTCTGAGATCCACCAACCTTCCCTACCCATCCAACTTCATG  850

seq1  GCCTTCTTTAATCCATTCAAGACCAATTTTTTTTCCCCACGGGAGAACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTTTAATCCATTCAAGACCAATTTTTTTTCCCCACGGGAGAACAT  900

seq1  TTTAATGTTTGGAAGGTGTATAAATACCACCCAACGGACAGTGATGGCGG  950
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGTTTGGAAAGTGTATAAATACCACCCAACGGACAGTGATGGCGG  950

seq1  GCTTGCATAGCTAGCTTTGCAACACTTCTTGTCCTTGCATTTT-GGCTGT  999
      ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCTTGCATAGCTAGC-TTGC-ACACTTCTTGTCCTTGCATTTTGGGCTGT  998

seq1  TCTTCACTTCTTTG-AGAGAGGGACGACAGGGAACTTCTCCTGGTGTCCC  1048
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTTCACTTCTTTGAAGAGAGGGACGACAGGGAACTTCTCCTGGTGT-CC  1047

seq1  CGGCTGGTCTTGGTCACTCCTTGTAACGATAATTCTTTAATAAATCCCTG  1098
      ||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||  |||| ||
seq2  CGGCTGGTC-TGGTCACTCC-TGT-ACGAT-ATTCTTTAAT--ATCCTTG  1091

seq1  CACGGAGTTGTTACCTGCCTCAGT-GGTTTATGTT  1132
      |||| |  |||   |||||||||| ||||||||||
seq2  CACGAA--TGT--ACTGCCTCAGTGGGTTTATGTT  1122