BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336A08
ChromosomeX (Build37)
Map Location 40,225,637 - 40,298,737
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdz1
Upstream geneThoc2, LOC665488, EG333830, LOC100039838, Birc4, Stag2, LOC100039899, Sh2d1a
Downstream geneGm362, LOC100039977, LOC100039987
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336A08.bB6Ng01-336A08.g
ACCGA121073GA121074
length6781,087
definitionB6Ng01-336A08.b B6Ng01-336A08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,298,059 - 40,298,737)(40,225,637 - 40,226,733)
sequence
gaattctccctttctcttcagctgctctttctattgttgcttggatctgc
ctcagcagcatggccatacacatacataaacattcgcactttttgagatt
ataacacgattacatttctcccttctcttttcactctgaaccatcctgta
tacccttttgttcaaattcatgaactctttttgcttagttcttctgtgca
ttgttatatttgttatgttaaaacctcttgagcctttcctcatccatttc
agcatctcctaggctatctctttaatagaattcatttttctcctcaaacc
acttgaatgcttaacaggtgattatatatttatatgtgtgtgtgtggggt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgcataaaacctataagtacaatagaggctggg
gagatgccttggcagttaaaatcagttgttggctcttgcaaaagacccag
gtttcgttgccatcacccacatataaccatctgtcactccagttccagag
gatctaatacactcttcttgcccatgagggcagcagttacatggtggcac
tcaaacatacattaagagagaatacccatatatacaatataaaattgtat
taatgtttaaagaaagaattacgtcacattaatattaaagatgtgtttgg
tcacccagagaacgataaactatacttg

gaattctttgtttctattattttttattttctcctgtctttgacaggccc
gaactgggaataattctgggttagagtttcctccacttgaagccctgtgg
ttgaattaggagaaagctggaagaagaagctgaggaggagggcaacccta
taggaagaccagcagtatcaactaactaacccgacccttgagatctcaga
cactgatccatgaaccaggcagcatataccagctaatatgaggctcccaa
tacatatacagtttaataaaactaaaatgattttttaatgtgcatgcagt
atataaatatgtatgtggtcatgtcatttaccaaaaaatgcaagaggaat
taacatgaacaatctctaaatcagagctacttttgcacatgtctctcatc
ttcttttaaactgtatgcgatattggaatgaattattttaacaacataca
tttattatagcattctcatgcacactttgtttttgcagatcctcttttac
catctctgctgctggtcccttctcccatcaaggcctctttttatttccac
acgtgttggcaatttttaaatgttaacttcattattgttattattattat
ttatagtatcaatatagtgttgtgtctgtatgtgtgacgcatatgtttgt
ggtttgtggctatcaaatcataagtttgcagcattagtttgtgccttcta
ccaagagtttagggatagaactcagtgttcaggttttttgctcatttggt
caactctctggcttcctacaagattttgaagtctcttaccatcaacaatg
caacattttaaagtgatggatagattacctaaaatgattttcattattaa
ttcaaaaggtagacctgtatcaatacatcatgttatgtaccttaaaggta
tacatttttaacttgtggttcaatgtatgtgatgtgaatgtgtgccaaaa
catgaaaaatccaatgtatttcaaaacacttaatttctttatgtaatata
aaaatataaatgatgctatcaaagtttcagagttcagagcatctatatag
gtctagagtataaagtgcttatatcatattgggaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_40298059_40298737
seq2: B6Ng01-336A08.b_46_723 (reverse)

seq1  CAAGTATAGTTTATCCTTTCTCTGGATGAACCAAAACATCTTTAATATTA  50
      |||||||||||||| | |||||||| ||| | || |||||||||||||||
seq2  CAAGTATAGTTTAT-CGTTCTCTGGGTGACCAAACACATCTTTAATATTA  49

seq1  ATGTGACTGTAATTCTTTCTTTAAACATTAATAC-ATTTTATATTGTATA  99
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGTGAC-GTAATTCTTTCTTTAAACATTAATACAATTTTATATTGTATA  98

seq1  TATGGGTATTCTCTCTTAATGTATGTTTGAGTGCCACCATGTAACTGCTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTATTCTCTCTTAATGTATGTTTGAGTGCCACCATGTAACTGCTG  148

seq1  CCCACATGGGCAAGAAGAGTGTATTAGATCCTCTGGAACTGGAGTGACAG  199
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATGGGCAAGAAGAGTGTATTAGATCCTCTGGAACTGGAGTGACAG  198

seq1  ATGGTTATATGTGGGTGATGGCAACGAAACCTGGGTCTTTTGCAAGAGCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTATATGTGGGTGATGGCAACGAAACCTGGGTCTTTTGCAAGAGCC  248

seq1  AACAACTGATTTTAACTGCCAAGGCATCTCCCCAGCCTCTATTGTACTTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTGATTTTAACTGCCAAGGCATCTCCCCAGCCTCTATTGTACTTA  298

seq1  TAGGTTTTATGCACACACACACACACACACACCCCACACACACACATATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTTATGCACACACACACACACACACACCCCACACACACACATATA  348

seq1  AATATATAATCACCTGTTAAGCATTCAAGTGGTTTGAGGAGAAAAATGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATAATCACCTGTTAAGCATTCAAGTGGTTTGAGGAGAAAAATGAA  398

seq1  TTCTATTAAAGAGATAGCCTAGGAGATGCTGAAATGGATGAGGAAAGGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTAAAGAGATAGCCTAGGAGATGCTGAAATGGATGAGGAAAGGCT  448

seq1  CAAGAGGTTTTAACATAACAAATATAACAATGCACAGAAGAACTAAGCAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGTTTTAACATAACAAATATAACAATGCACAGAAGAACTAAGCAA  498

seq1  AAAGAGTTCATGAATTTGAACAAAAGGGTATACAGGATGGTTCAGAGTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTTCATGAATTTGAACAAAAGGGTATACAGGATGGTTCAGAGTGA  548

seq1  AAAGAGAAGGGAGAAATGTAATCGTGTTATAATCTCAAAAAGTGCGAATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAAGGGAGAAATGTAATCGTGTTATAATCTCAAAAAGTGCGAATG  598

seq1  TTTATGTATGTGTATGGCCATGCTGCTGAGGCAGATCCAAGCAACAATAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTATGTGTATGGCCATGCTGCTGAGGCAGATCCAAGCAACAATAG  648

seq1  AAAGAGCAGCTGAAGAGAAAGGGAGAATTC  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCAGCTGAAGAGAAAGGGAGAATTC  678


seq1: chrX_40225637_40226733
seq2: B6Ng01-336A08.g_67_1153

seq1  GAATTCTTTGTTTCTATTATTTTTTATTTTCTCCTGTCTTTGACAGGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTCTATTATTTTTTATTTTCTCCTGTCTTTGACAGGCCC  50

seq1  GAACTGGGAATAATTCTGGGTTAGAGTTTCCTCCACTTGAAGCCCTGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGGAATAATTCTGGGTTAGAGTTTCCTCCACTTGAAGCCCTGTGG  100

seq1  TTGAATTAGGAGAAAGCTGGAAGAAGAAGCTGAGGAGGAGGGCAACCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTAGGAGAAAGCTGGAAGAAGAAGCTGAGGAGGAGGGCAACCCTA  150

seq1  TAGGAAGACCAGCAGTATCAACTAACTAACCCGACCCTTGAGATCTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGACCAGCAGTATCAACTAACTAACCCGACCCTTGAGATCTCAGA  200

seq1  CACTGATCCATGAACCAGGCAGCATATACCAGCTAATATGAGGCTCCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATCCATGAACCAGGCAGCATATACCAGCTAATATGAGGCTCCCAA  250

seq1  TACATATACAGTTTAATAAAACTAAAATGATTTTTTAATGTGCATGCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATACAGTTTAATAAAACTAAAATGATTTTTTAATGTGCATGCAGT  300

seq1  ATATAAATATGTATGTGGTCATGTCATTTACCAAAAAATGCAAGAGGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATATGTATGTGGTCATGTCATTTACCAAAAAATGCAAGAGGAAT  350

seq1  TAACATGAACAATCTCTAAATCAGAGCTACTTTTGCACATGTCTCTCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGAACAATCTCTAAATCAGAGCTACTTTTGCACATGTCTCTCATC  400

seq1  TTCTTTTAAACTGTATGCGATATTGGAATGAATTATTTTAACAACATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAAACTGTATGCGATATTGGAATGAATTATTTTAACAACATACA  450

seq1  TTTATTATAGCATTCTCATGCACACTTTGTTTTTGCAGATCCTCTTTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATAGCATTCTCATGCACACTTTGTTTTTGCAGATCCTCTTTTAC  500

seq1  CATCTCTGCTGCTGGTCCCTTCTCCCATCAAGGCCTCTTTTTATTTCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGCTGCTGGTCCCTTCTCCCATCAAGGCCTCTTTTTATTTCCAC  550

seq1  ACGTGTTGGCAATTTTTAAATGTTAACTTCATTATTGTTATTATTATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTTGGCAATTTTTAAATGTTAACTTCATTATTGTTATTATTATTAT  600

seq1  TTATAGTATCAATATAGTGTTGTGTCTGTATGTGTGACGCATATGTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTATCAATATAGTGTTGTGTCTGTATGTGTGACGCATATGTTTGT  650

seq1  GGTTTGTGGCTATCAAATCATAAGTTTGCAGCATTAGTTTGTGCCTTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTGGCTATCAAATCATAAGTTTGCAGCATTAGTTTGTGCCTTCTA  700

seq1  CCAAGAGTTTAGGGATAGAACTCAGTGTTCAGGTTTTTTGCTCATTTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGTTTAGGGATAGAACTCAGTGTTCAGGTTTTTTGCTCATTTGGT  750

seq1  CAACTCTCTGGCTTCCTACAAGATTTTGAAGTCTCTTACCATCAACAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTCTGGCTTCCTACAAGATTTTGAAGTCTCTTACCATCAACAATG  800

seq1  CAACATTTTAAAGTGATGGATAGATTACCTAAAATGATTTTCATTATTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTTTAAAGTGATGGATAGATTACCTAAAATGATTTTCATTATTAA  850

seq1  TTCAAAAGGTAGACCTGTATCAATACATCATGTTATGTACCTTAAAGGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGGTAGACCTGTATCAATACATCATGTTATGTACCTTAAAGGTA  900

seq1  TACATTTTTAACTTGTGGTTCAATGTATGTGATGTGAATGTGTGCCAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTTTAACTTGTGGTTCAATGTATGTGATGTGAATGTGTGCCAAAA  950

seq1  CATGAAAAATCCAATGTATTTTTCAAAAACACTTAATTTCTTTATGTAAT  1000
      |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAAATCCAATGTATTT---CAAAACACTTAATTTCTTTATGTAAT  997

seq1  ATAAAAATAATAAATGATGCTATCAAAGGTTTTCAAGAGTTCAGAGCATT  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| 
seq2  ATAAAAAT-ATAAATGATGCTATCAAAG--TTTC-AGAGTTCAGAGCAT-  1042

seq1  CCTATATAGTTCTAGGAGTATAAAGTGC-TATATCATATTTGGGAAAA  1097
       |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  -CTATATAGGTCTA-GAGTATAAAGTGCTTATATCATA-TTGGGAAAA  1087


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |