BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336K18
ChromosomeX (Build37)
Map Location 109,884,980 - 110,067,559
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC623412, EG623428
Upstream geneLOC100038989, Tex16, LOC622570, 4933403O08Rik, EG385407, Apool, Satl1, EG623341, 2010106E10Rik, Zfp711, Pof1b
Downstream geneLOC100039112, Chm, EG664918, Dach2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336K18.bB6Ng01-336K18.g
ACCGA121525GA121526
length1,1471,106
definitionB6Ng01-336K18.b B6Ng01-336K18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,066,396 - 110,067,559)(109,884,980 - 109,886,093)
sequence
gaattcttggtttagttttgcaccccaattttaatagggtcatttggttc
tctggagtctaacttcttgagttctttgtatatatcggatattatctctc
tactggatgtagggtggtaaaaaattttcccagtctctaggttgccattt
tgccctattgacagtgtcctttgccttacagaagctttgcaattttatga
gatcctatttgtcaatagaccctgagccattgctgttctcttcaggaagt
tttcccctgtagccatgtttttaaagagatcatatatttactaaggaaaa
tagaatataaaagagaaatgacaatgtaatgggttaagcattaagatcaa
tctacttaagaccatactcctgtagcaatatagggaagaaacacttaacc
tacttgatacatggtaaaggagtagtacataggatctgaacacatgagac
atatgtactagatcctaaagaagagtaggatgagtagacaagcaggggcc
agataatgaaagatctggtggccccactatgaagattagtgtattcatat
tctggtgttttgagacataagtataccaagatgcaatataaacacagtgc
atctttctgagatagcaatttgaacttcatggtataaataatttaaaata
caatttctatattaaaataagtatatattattcaggcttcagaactgata
gtggacaagtttgaagtacaatacttcaaaggagtttcaaacttctagtc
ctcaggaccatcctggatattttatttttaaaggattttttttttgtgaa
gaatttatgctttcttgcattagaggccaagaaaaatgttgaagagccac
agctctaaagtatgagcccctgaagtggttaaagtagaataataatgagg
tgatacttgcattttgtatttaagctatataaaagatagattttggagga
gggtaaagtgaggcaagacatcagttaagcagctattatagcagaggtat
ggttaatccaggggtgagatgtatggaggaaagggaataaagagagatga
tttggtagataaaattgccaagtaatactaggagagtaaaaaagacaatc
tgaaatgcttcaatcatcattgaatctgccagataaggtatgtgggc

gaattcaaacttctatttctttgttcttgatgaatcctaagtacatgaac
tatggcctactacctgttaggttctctattaaatgtctatggaaaacatg
aattattcaagttaccacaatttagaaaaatttccatttagtatacaggt
tttgatgatgtttatcttaatatcactggaagaagtgttttgctatgcaa
ataatttaactacattcatttggaaaataaactaactgcatagagcaaat
tgaattggaaagcaccaactatctttatgacatttgctctgttaatttca
aacgctcttgtaacggtctattcacctgtctgaagccctttacaacttgc
agcttaatttaataggcataaaattgcacatcatgaaagtacatttcttt
taaaatgatctatattcatttttatgctagcaagtagtccagggaagact
tggtttattacccattttaaaagaagacccaaaccatggttatgtttgta
aaatatagtgagtttaaaccagtggttctctaccttccttatactgttac
ccctgaatacagtttcttatgttacagtgacccacgaaccataaaattat
tattgttgctacctcataattttaacttggctactgttatgactcataat
gaaaatatttttggagttttgccaaggggttttgacccacagttgtaaac
atctggcttaaatgttcaagtgaacatgtgaattctagtgttcatttgaa
cataatttttttttcatttattgcatgaatcattcaacattccatttact
gaaaaatgttcttagtactcagaactctaatgatacctggaatgtttatt
ttgtgagatttaattttacatgtgattaagtgttgctctggaaagctgtc
aatcaacaattttgaaacgtgtcactcttttgcccaattatggtatttta
attttatagtagatcaaataattgtttctctgacttatccataataccca
tatagcattaactcaagttatttacccatagtttaacaggatatattata
tctcaatttctgaagtaggtagtcaagacagagtagtcacttaggtaaaa
gaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_110066396_110067559
seq2: B6Ng01-336K18.b_46_1192 (reverse)

seq1  GCCCACATACCTTATCTTGCCAGGTATCCAATGATGAATTGGAAGCATTT  50
      |||||||||||||||| || |||  || |||||||||  | |||||||||
seq2  GCCCACATACCTTATC-TGGCAG--ATTCAATGATGA--TTGAAGCATTT  45

seq1  TCCAGATTTGTCCTTTTTTACTTCTCCTAGTTATTTAATTTTGCCAATTT  100
        |||| |||| ||||||||| |||||||| ||||     ||| ||||||
seq2  --CAGA-TTGT-CTTTTTTAC-TCTCCTAG-TATT---ACTTGGCAATTT  86

seq1  TATCTACCAAATCATTCTTCTCTTTATTCCCTTTCCTCCATACATCTCAC  150
      |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTACCAAATCAT--CTCTCTTTATTCCCTTTCCTCCATACATCTCAC  134

seq1  CCCTGGATTAACCATTACCTCTGCTATAATAGCTGCTTAACTGATTGTCT  200
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCCTGGATTAACCA-TACCTCTGCTATAATAGCTGCTTAACTGA-TGTCT  182

seq1  TGCCTCACTTTACCCTCCTCCAAAATCTATCTTTTATATAGCTTAAATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCACTTTACCCTCCTCCAAAATCTATCTTTTATATAGCTTAAATAC  232

seq1  AAAATGCAAGTATCACCTCATTATTATTCTACTTTAACCACTTCAGGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCAAGTATCACCTCATTATTATTCTACTTTAACCACTTCAGGGGC  282

seq1  TCATACTTTAGAGCTGTGGCTCTTCAACATTTTTCTTGGCCTCTAATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTTTAGAGCTGTGGCTCTTCAACATTTTTCTTGGCCTCTAATGCA  332

seq1  AGAAAGCATAAATTCTTCAC-AAAAAAAAATCCTTTAAAAATAAAATATC  399
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCATAAATTCTTCACAAAAAAAAAATCCTTTAAAAATAAAATATC  382

seq1  CAGGATGGTCCTGAGGACTAGAAGTTTGAAACTCCTTTGAAGTATTGTAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGGTCCTGAGGACTAGAAGTTTGAAACTCCTTTGAAGTATTGTAC  432

seq1  TTCAAACTTGTCCACTATCAGTTCTGAAGCCTGAATAATATATACTTATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACTTGTCCACTATCAGTTCTGAAGCCTGAATAATATATACTTATT  482

seq1  TTAATATAGAAATTGTATTTTAAATTATTTATACCATGAAGTTCAAATTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATAGAAATTGTATTTTAAATTATTTATACCATGAAGTTCAAATTG  532

seq1  CTATCTCAGAAAGATGCACTGTGTTTATATTGCATCTTGGTATACTTATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCAGAAAGATGCACTGTGTTTATATTGCATCTTGGTATACTTATG  582

seq1  TCTCAAAACACCAGAATATGAATACACTAATCTTCATAGTGGGGCCACCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAACACCAGAATATGAATACACTAATCTTCATAGTGGGGCCACCA  632

seq1  GATCTTTCATTATCTGGCCCCTGCTTGTCTACTCATCCTACTCTTCTTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTTCATTATCTGGCCCCTGCTTGTCTACTCATCCTACTCTTCTTTA  682

seq1  GGATCTAGTACATATGTCTCATGTGTTCAGATCCTATGTACTACTCCTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTAGTACATATGTCTCATGTGTTCAGATCCTATGTACTACTCCTTT  732

seq1  ACCATGTATCAAGTAGGTTAAGTGTTTCTTCCCTATATTGCTACAGGAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTATCAAGTAGGTTAAGTGTTTCTTCCCTATATTGCTACAGGAGT  782

seq1  ATGGTCTTAAGTAGATTGATCTTAATGCTTAACCCATTACATTGTCATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTTAAGTAGATTGATCTTAATGCTTAACCCATTACATTGTCATTT  832

seq1  CTCTTTTATATTCTATTTTCCTTAGTAAATATATGATCTCTTTAAAAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTATATTCTATTTTCCTTAGTAAATATATGATCTCTTTAAAAACA  882

seq1  TGGCTACAGGGGAAAACTTCCTGAAGAGAACAGCAATGGCTCAGGGTCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACAGGGGAAAACTTCCTGAAGAGAACAGCAATGGCTCAGGGTCTA  932

seq1  TTGACAAATAGGATCTCATAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAGGAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAATAGGATCTCATAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAGGAC  982

seq1  ACTGTCAATAGGGCAAAATGGCAACCTAGAGACTGGGAAAATTTTTTACC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCAATAGGGCAAAATGGCAACCTAGAGACTGGGAAAATTTTTTACC  1032

seq1  ACCCTACATCCAGTAGAGAGATAATATCCGATATATACAAAGAACTCAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTACATCCAGTAGAGAGATAATATCCGATATATACAAAGAACTCAAG  1082

seq1  AAGTTAGACTCCAGAGAACCAAATGACCCTATTAAAATTGGGGTGCAAAA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGACTCCAGAGAACCAAATGACCCTATTAAAATTGGGGTGCAAAA  1132

seq1  CTAAACCAAGAATTC  1164
      |||||||||||||||
seq2  CTAAACCAAGAATTC  1147


seq1: chrX_109884980_109886093
seq2: B6Ng01-336K18.g_67_1172

seq1  GAATTCAAACTTCTATTTCTTTGTTCTTGATGAATCCTAAGTACATGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTTCTATTTCTTTGTTCTTGATGAATCCTAAGTACATGAAC  50

seq1  TATGGCCTACTACCTGTTAGGTTCTCTATTAAATGTCTATGGAAAACATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCCTACTACCTGTTAGGTTCTCTATTAAATGTCTATGGAAAACATG  100

seq1  AATTATTCAAGTTACCACAATTTAGAAAAATTTCCATTTAGTATACAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTCAAGTTACCACAATTTAGAAAAATTTCCATTTAGTATACAGGT  150

seq1  TTTGATGATGTTTATCTTAATATCACTGGAAGAAGTGTTTTGCTATGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGATGTTTATCTTAATATCACTGGAAGAAGTGTTTTGCTATGCAA  200

seq1  ATAATTTAACTACATTCATTTGGAAAATAAACTAACTGCATAGAGCAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTAACTACATTCATTTGGAAAATAAACTAACTGCATAGAGCAAAT  250

seq1  TGAATTGGAAAGCACCAACTATCTTTATGACATTTGCTCTGTTAATTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGGAAAGCACCAACTATCTTTATGACATTTGCTCTGTTAATTTCA  300

seq1  AACGCTCTTGTAACGGTCTATTCACCTGTCTGAAGCCCTTTACAACTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCTCTTGTAACGGTCTATTCACCTGTCTGAAGCCCTTTACAACTTGC  350

seq1  AGCTTAATTTAATAGGCATAAAATTGCACATCATGAAAGTACATTTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAATTTAATAGGCATAAAATTGCACATCATGAAAGTACATTTCTTT  400

seq1  TAAAATGATCTATATTCATTTTTATGCTAGCAAGTAGTCCAGGGAAGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGATCTATATTCATTTTTATGCTAGCAAGTAGTCCAGGGAAGACT  450

seq1  TGGTTTATTACCCATTTTAAAAGAAGACCCAAACCATGGTTATGTTTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTATTACCCATTTTAAAAGAAGACCCAAACCATGGTTATGTTTGTA  500

seq1  AAATATAGTGAGTTTAAACCAGTGGTTCTCTACCTTCCTTATACTGTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAGTGAGTTTAAACCAGTGGTTCTCTACCTTCCTTATACTGTTAC  550

seq1  CCCTGAATACAGTTTCTTATGTTACAGTGACCCACGAACCATAAAATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAATACAGTTTCTTATGTTACAGTGACCCACGAACCATAAAATTAT  600

seq1  TATTGTTGCTACCTCATAATTTTAACTTGGCTACTGTTATGACTCATAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTGCTACCTCATAATTTTAACTTGGCTACTGTTATGACTCATAAT  650

seq1  GAAAATATTTTTGGAGTTTTGCCAAGGGGTTTTGACCCACAGTTGTAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATTTTTGGAGTTTTGCCAAGGGGTTTTGACCCACAGTTGTAAAC  700

seq1  ATCTGGCTTAAATGTTCAAGTGAACATGTGAATTCTAGTGTTCATTTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGCTTAAATGTTCAAGTGAACATGTGAATTCTAGTGTTCATTTGAA  750

seq1  CATAATTTTTTTTTCATTTATTGCATGAATCATTCAACATTCCATTTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTTTTTTTTCATTTATTGCATGAATCATTCAACATTCCATTTACT  800

seq1  GAAAAATGTTCTTAGTACTCAGAACTCTAATGATACCTGGAATGTTTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATGTTCTTAGTACTCAGAACTCTAATGATACCTGGAATGTTTATT  850

seq1  TTGTGAGATTTAATTTTACATGTGATTAAGTGTTGCTCTGGAAAGCTGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGATTTAATTTTACATGTGATTAAGTGTTGCTCTGGAAAGCTGTC  900

seq1  AATCAACAATTTTGAAACGTGTCACTCTTTTGCCCAATTATGGTATTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACAATTTTGAAACGTGTCACTCTTTTGCCCAATTATGGTATTTTA  950

seq1  ATTTTTATAGTAGATCAAATAATTGTTTTCTCTTGACTTATCCATAATAC  1000
      | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  A-TTTTATAGTAGATCAAATAATTG-TTTCTC-TGACTTATCCATAATAC  997

seq1  CCATATAGCATTTAACTCAAAGTTATTTACCCATAGTTT-ACAGGATATA  1049
      |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCATATAGCA-TTAACTC-AAGTTATTTACCCATAGTTTAACAGGATATA  1045

seq1  TTATAATCTCAAATTTCTGAAGTAAGGTAGTCAAAGGACAGAGTAGTCAC  1099
      |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||
seq2  TTAT-ATCTC-AATTTCTGAAGT-AGGTAGTCAA--GACAGAGTAGTCAC  1090

seq1  TTA-GTAAAAGAAAAT  1114
      ||| ||||||||||||
seq2  TTAGGTAAAAGAAAAT  1106


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |