BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169A21
Chromosome18 (Build37)Y (Build37)
Map Location 83,655,313 - 83,656,4341,870,346 - 1,870,571
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneMbp, EG637748, Zfp236, LOC100039563, Zfp516, LOC100041001, 4921531P14Rik
Downstream geneLOC665284, Tshz1, Zadh2, LOC669856, Zfp407
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169A21.bB6Ng01-169A21.g
ACCDH960134DH960135
length1,124247
definitionDH960134|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169A21, 5' end.DH960135|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169A21, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,655,313 - 83,656,434)(1,870,346 - 1,870,571)
sequence
gaattcagcttaccaccaaatgataatgcagttaaagaataatgagacat
gtgtgcacattttttgtttgtttgttttatcaattgcatgattttacggt
gtgcactttgcagatgacaggatcaaattacaacgttataaggttagata
ctcctgtcagataccacgctcccatctacctggcttctctgttacatttt
ataaaatataacaacacatatctgtctcctaatatttggtttcaccatgt
gacttgttttacccagggagctgtgaacagagtcagtgggcttcatagtg
ttccagcccttattcagcaaccagctacactccaaattatagcaccttat
cctttaaaagagattttagtctaggtaatgtgaagtcattaagacgtgca
cttgacagttgctctacagtctggtatgcacggaatgacagactcctctg
tccctcagtatcacccacttcctgctcaggatctgttgactcaactccaa
ggcacgtttagaccccactcatctcccattatctattactcccaactcag
ccaatatgccagtgtatcccctagaattccagtgtatccttcaatgtacc
cctcactataccaatgtattcctcaatataacattgtattcctcaatatt
ctagtgtatacttcaacataccagtgtattcctcaatatatcagtgtatc
cttcaatatatcaatgtatctctgtactatcccagaagcccttccccatt
gctggggtctttgtttttagtttgtgcctcttaataattttatgcacata
gatgctggaatgattatgttaaaattcaaaccaagtcaaatcatcttggt
gccctcctgtggtttcctattaaacttagaagaagattcaaacttctgcc
catggtgcctgccaccccacgtgatcccctgtgcccacctgtctcaactt
cccgtgtgtgctttgacctcattcactgccctcagaaatgccagcctcgg
tgtcatgtcctgggaccccccgctgtcgcctcgacctttcatcctctggc
ttctgaaggttcaagtatcctcctctttctgaaagagactttctgaaccc
gtaactaaaggaacttctgttcat
acagggctcccaatggaggagctagagaaagtacccaaggagctaaaggg
atctgcaaccctataggtggaacaacattatgaactaaccagtaccccgg
agctcttgactctagctgcatatgtatcaaaagatggcctagtcagccat
cactggaaagagaggcccattggacacgcaaactttatatgccccagtac
aggggaacgccagggccaaaaagggggagtgggtgggtaggggagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_83655313_83656434
seq2: B6Ng01-169A21.b_29_1152

seq1  GAATTCAGCTTACCACCAAATGATAATGCAGTTAAAGAATAATGAGACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTTACCACCAAATGATAATGCAGTTAAAGAATAATGAGACAT  50

seq1  GTGTGCACATTTTTTGTTTGTTTGTTTTATCAATTGCATGATTTTACGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACATTTTTTGTTTGTTTGTTTTATCAATTGCATGATTTTACGGT  100

seq1  GTGCACTTTGCAGATGACAGGATCAAATTACAACGTTATAAGGTTAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTTTGCAGATGACAGGATCAAATTACAACGTTATAAGGTTAGATA  150

seq1  CTCCTGTCAGATACCACGCTCCCATCTACCTGGCTTCTCTGTTACATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTCAGATACCACGCTCCCATCTACCTGGCTTCTCTGTTACATTTT  200

seq1  ATAAAATATAACAACACATATCTGTCTCCTAATATTTGGTTTCACCATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATATAACAACACATATCTGTCTCCTAATATTTGGTTTCACCATGT  250

seq1  GACTTGTTTTACCCAGGGAGCTGTGAACAGAGTCAGTGGGCTTCATAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTTTTACCCAGGGAGCTGTGAACAGAGTCAGTGGGCTTCATAGTG  300

seq1  TTCCAGCCCTTATTCAGCAACCAGCTACACTCCAAATTATAGCACCTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCCCTTATTCAGCAACCAGCTACACTCCAAATTATAGCACCTTAT  350

seq1  CCTTTAAAAGAGATTTTAGTCTAGGTAATGTGAAGTCATTAAGACGTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAAAGAGATTTTAGTCTAGGTAATGTGAAGTCATTAAGACGTGCA  400

seq1  CTTGACAGTTGCTCTACAGTCTGGTATGCACGGAATGACAGACTCCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACAGTTGCTCTACAGTCTGGTATGCACGGAATGACAGACTCCTCTG  450

seq1  TCCCTCAGTATCACCCACTTCCTGCTCAGGATCTGTTGACTCAACTCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCAGTATCACCCACTTCCTGCTCAGGATCTGTTGACTCAACTCCAA  500

seq1  GGCACGTTTAGACCCCACTCATCTCCCATTATCTATTACTCCCAACTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACGTTTAGACCCCACTCATCTCCCATTATCTATTACTCCCAACTCAG  550

seq1  CCAATATGCCAGTGTATCCCCTAGAATTCCAGTGTATCCTTCAATGTACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATGCCAGTGTATCCCCTAGAATTCCAGTGTATCCTTCAATGTACC  600

seq1  CCTCACTATACCAATGTATTCCTCAATATAACATTGTATTCCTCAATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTATACCAATGTATTCCTCAATATAACATTGTATTCCTCAATATT  650

seq1  CTAGTGTATACTTCAACATACCAGTGTATTCCTCAATATATCAGTGTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTATACTTCAACATACCAGTGTATTCCTCAATATATCAGTGTATC  700

seq1  CTTCAATATATCAATGTATCTCTGTACTATCCCAGAAGCCCTTCCCCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATATATCAATGTATCTCTGTACTATCCCAGAAGCCCTTCCCCATT  750

seq1  GCTGGGGTCTTTGTTTTTAGTTTGTGCCTCTTAATAATTTTATGCACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTCTTTGTTTTTAGTTTGTGCCTCTTAATAATTTTATGCACATA  800

seq1  GATGCTGGAATGATTATGTTAAAATTCAAACCAAGTCAAATCATCTTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGGAATGATTATGTTAAAATTCAAACCAAGTCAAATCATCTTGGT  850

seq1  GCCCTCCTGTGGTTTCCTATTAAACTTAGAAGAAGATTCAAACTTCTGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCTGTGGTTTCCTATTAAACTTAGAAGAAGATTCAAACTTCTGCC  900

seq1  CATGGTGCCTGCCACCCCACGTGATCCCCTGTGCCCACCTGTCTCAACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGCCTGCCACCCCACGTGATCCCCTGTGCCCACCTGTCTCAACTT  950

seq1  CCCGTGTGTGCTTTGACCTCATTCACTGCCCTCAGAAATGCCAGCCTCGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGTGTGCTTTGACCTCATTCACTGCCCTCAGAAATGCCAGCCTCGG  1000

seq1  TGTCATGTCCTGGAACCCCACGCTGTCGCCTCGACCTTTCATCCTCTGGC  1050
      ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGTCCTGGGACCCCCCGCTGTCGCCTCGACCTTTCATCCTCTGGC  1050

seq1  -TCTGGAGGTTCAAGTAT-CTCCTC-TTCTGAGAGAGACTTTCTGACCCA  1097
       |||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| || 
seq2  TTCTGAAGGTTCAAGTATCCTCCTCTTTCTGAAAGAGACTTTCTGAACCC  1100

seq1  GTAACTAAAGGAACTTCCTGTTCAT  1122
      |||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTAACTAAAGGAACTT-CTGTTCAT  1124

seq1: chrY_1870346_1870571
seq2: B6Ng01-169A21.g_92_317

seq1  CTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGA  50

seq1  ACAACATTATGAACTAACCATTACCCCTGAGCTCTTGACTCTTGCTGCAT  100
      |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  ACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCAT  100

seq1  AGGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATT  150
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCAGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATT  150

seq1  GGACATGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAA  200
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAA  200

seq1  AGGGGCAGTGGGTGGGTAGGGGAGTG  226
      ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTG  226