BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006L06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 39,837,827 - 39,956,639
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFat4, LOC100041432, LOC100040853, LOC100041443, LOC100041458
Downstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006L06.bB6Ng01-006L06.g
ACCDH843490DH843491
length1,1131,088
definitionDH843490|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006L06, 5' end.DH843491|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006L06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,955,520 - 39,956,639)(39,837,827 - 39,838,930)
sequence
gaattcttccctaatcctcatgtcagaggaactgacataaggtcctcatt
gtcacaggaactgacacagccttataccttggctttaggctgcagttgtc
tctagaccttcattttccccataagcataaaagcaactagccagcatatg
aagtgcttctagacagtagctggtgagtagtggaccttggcactcagtag
tgagcaggtaagtggcacatgctgccaagcatacccacaggcatgtggga
atggctttagccagatttcagctcttgggatctgtaggaatctggtattg
gctggtccagttttttctgtggaagaaaaggaaacatttggtctagctta
tttcttccacatctcagggaagggacagcatagctctctgtgttctctcc
tctcattgttgctcattcgtagtcaatatttacaggaatttatttatagt
gtgctcatttccttattggagagttatctcctaaataagtccatgacatg
ccattggtttagtttcaaagtatttaattttcacacaccagtatatggtc
tgttgctcttaaagacagagggcatgtggaaacatcctggagttgagttt
cagagatgactcagtcagtatagcaaggcaagctcaaggcctcgaatcag
tcctcactgcccagataacaagtcaaacatggtagtatgtgcttgaaacc
ccagagctagagaggcagagacaggtggatctctggagctttctgaacag
ccaagctaatccacttagagagttctaggccaattggaaaccctgtctaa
caaaaacaaggttatactttggtgtctatgtttgcaaataggcacagcca
tgcacatgcacacatgaacacatacacatgtgtacacactcataaatgtc
tggaatttcacataataaacataattatttcccttaccctctgagctaag
tgtcaggatttgctaggcactgtgtctttttctaataactatgagaggtt
tgattcctagctctagaatcttgcttctcatggctaggaggtgggctgtc
tacttacgaaatttgactatattcagacagatttctttccaataatatta
gtactgagggaaa
gaattccaaagaggtaagctagagccataacgccaatgaagggatggact
tcccagctaaagcaacagcaagtaagtaggaaagggaccaagcttcttct
tccatgtcctttttacaggctgccagcagaagatacggcccagattaaag
gtgaatctttctacctcaaaagatctggattcaaagtggggcttcccact
tcaaaagatttaattaggaaaaagccccaaacagacatacctaaccactt
gggttttgttaagttgacaaacaagactagctatcacagtggttaagaac
actggttgatcttccagaggacccaaatttggttctcagcacccatacat
tggctcaaacttcagtttcagaggatccaatggcctcttctgacctccat
ggccatcaggcacaaacagggtacatataaatatatccaagcagacaatc
acacacatatggtaaaaacaacaccaatttttaagaaataaataagtcct
tggacttcaaatggaaaaacagctaaccttatgagggacattttaaaaat
gactactgcatatcagacacaatcttggacattgcattattaacgaccta
tcacacagcatcaacaatactttcagatgcactattagttgggtgctgaa
aaacattcagactgatgagcttaattcaaatttttctataatttgaaaat
ttagagcttgccagttccaaatggtcctggcattatagagaaggctcatg
tcaataaagtaagatctcagatgctctgtgtctctgtttttaaattgtta
atacaaattattctttactgtgaaataatgaacactctacagttcatctt
tgaactactatagcaaaatacataaagacataaaaatttattatgagaaa
aggtttcttttagctcataattctggaagttcctgtgcacatcatgtagc
ccattgttttgggtctttcaagacagcatgttacagcttaggatgtgaca
gcaacaaggacacatcctaccctgagtgagatgatgactcagagtctata
tgagagaccatgacatactagagacctccccactaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_39955520_39956639
seq2: B6Ng01-006L06.b_42_1154 (reverse)

seq1  TTTCACTCAGTACTATATATTATTTGGGAAAAGAAATTCTGTCTGAATAT  50
      |||| |||||||||| ||||||||   | ||||||| |||||||||||||
seq2  TTTCCCTCAGTACTA-ATATTATT---GGAAAGAAA-TCTGTCTGAATAT  45

seq1  AGTCAAATATCGTTAAGTAAGACAGCACACCTCCTAGCCATGAGAAGGCA  100
      |||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  AGTCAAATTTCG-TAAGT-AGACAGCCCACCTCCTAGCCATGAGAA-GCA  92

seq1  AGATTCTAGAGCTAGGAATCAAACCTCTCATAGTTATTAG-AAAAGACAC  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGATTCTAGAGCTAGGAATCAAACCTCTCATAGTTATTAGAAAAAGACAC  142

seq1  AGTGCCTAGCAAATCCTGACACTTAGCTCAGAGGGTAAGGGAAATAATTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTAGCAAATCCTGACACTTAGCTCAGAGGGTAAGGGAAATAATTA  192

seq1  TGTTTATTATGTGAAATTCCAGACATTTATGAGTGTGTACACATGTGTAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTATGTGAAATTCCAGACATTTATGAGTGTGTACACATGTGTAT  242

seq1  GTGTTCATGTGTGCATGTGCATGGCTGTGCCTATTTGCAAACATAGACAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCATGTGTGCATGTGCATGGCTGTGCCTATTTGCAAACATAGACAC  292

seq1  CAAAGTATAACCTTGTTTTTGTTAGACAGGGTTTCCAATTGGCCTAGAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTATAACCTTGTTTTTGTTAGACAGGGTTTCCAATTGGCCTAGAAC  342

seq1  TCTCTAAGTGGATTAGCTTGGCTGTTCAGAAAGCTCCAGAGATCCACCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAGTGGATTAGCTTGGCTGTTCAGAAAGCTCCAGAGATCCACCTG  392

seq1  TCTCTGCCTCTCTAGCTCTGGGGTTTCAAGCACATACTACCATGTTTGAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCCTCTCTAGCTCTGGGGTTTCAAGCACATACTACCATGTTTGAC  442

seq1  TTGTTATCTGGGCAGTGAGGACTGATTCGAGGCCTTGAGCTTGCCTTGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATCTGGGCAGTGAGGACTGATTCGAGGCCTTGAGCTTGCCTTGCT  492

seq1  ATACTGACTGAGTCATCTCTGAAACTCAACTCCAGGATGTTTCCACATGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGACTGAGTCATCTCTGAAACTCAACTCCAGGATGTTTCCACATGC  542

seq1  CCTCTGTCTTTAAGAGCAACAGACCATATACTGGTGTGTGAAAATTAAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTCTTTAAGAGCAACAGACCATATACTGGTGTGTGAAAATTAAAT  592

seq1  ACTTTGAAACTAAACCAATGGCATGTCATGGACTTATTTAGGAGATAACT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAAACTAAACCAATGGCATGTCATGGACTTATTTAGGAGATAACT  642

seq1  CTCCAATAAGGAAATGAGCACACTATAAATAAATTCCTGTAAATATTGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAATAAGGAAATGAGCACACTATAAATAAATTCCTGTAAATATTGAC  692

seq1  TACGAATGAGCAACAATGAGAGGAGAGAACACAGAGAGCTATGCTGTCCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAATGAGCAACAATGAGAGGAGAGAACACAGAGAGCTATGCTGTCCC  742

seq1  TTCCCTGAGATGTGGAAGAAATAAGCTAGACCAAATGTTTCCTTTTCTTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGAGATGTGGAAGAAATAAGCTAGACCAAATGTTTCCTTTTCTTC  792

seq1  CACAGAAAAAACTGGACCAGCCAATACCAGATTCCTACAGATCCCAAGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAAAAACTGGACCAGCCAATACCAGATTCCTACAGATCCCAAGAG  842

seq1  CTGAAATCTGGCTAAAGCCATTCCCACATGCCTGTGGGTATGCTTGGCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATCTGGCTAAAGCCATTCCCACATGCCTGTGGGTATGCTTGGCAG  892

seq1  CATGTGCCACTTACCTGCTCACTACTGAGTGCCAAGGTCCACTACTCACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCCACTTACCTGCTCACTACTGAGTGCCAAGGTCCACTACTCACC  942

seq1  AGCTACTGTCTAGAAGCACTTCATATGCTGGCTAGTTGCTTTTATGCTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTGTCTAGAAGCACTTCATATGCTGGCTAGTTGCTTTTATGCTTA  992

seq1  TGGGGAAAATGAAGGTCTAGAGACAACTGCAGCCTAAAGCCAAGGTATAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAAATGAAGGTCTAGAGACAACTGCAGCCTAAAGCCAAGGTATAA  1042

seq1  GGCTGTGTCAGTTCCTGTGACAATGAGGACCTTATGTCAGTTCCTCTGAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGTCAGTTCCTGTGACAATGAGGACCTTATGTCAGTTCCTCTGAC  1092

seq1  ATGAGGATTAGGGAAGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGATTAGGGAAGAATTC  1113

seq1: chr3_39837827_39838930
seq2: B6Ng01-006L06.g_64_1151

seq1  GAATTCCAAAGAGGTAAGCTAGAGCCATAACGCCAATGAAGGGATGGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGAGGTAAGCTAGAGCCATAACGCCAATGAAGGGATGGACT  50

seq1  TCCCAGCTAAAGCAACAGCAAGTAAGTAGGAAAGGGACCAAGCTTCTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTAAAGCAACAGCAAGTAAGTAGGAAAGGGACCAAGCTTCTTCT  100

seq1  TCCATGTCCTTTTTACAGGCTGCCAGCAGAAGATACGGCCCAGATTAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTCCTTTTTACAGGCTGCCAGCAGAAGATACGGCCCAGATTAAAG  150

seq1  GTGAATCTTTCTACCTCAAAAGATCTGGATTCAAAGTGGGGCTTCCCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATCTTTCTACCTCAAAAGATCTGGATTCAAAGTGGGGCTTCCCACT  200

seq1  TCAAAAGATTTAATTAGGAAAAAGCCCCAAACAGACATACCTAACCACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGATTTAATTAGGAAAAAGCCCCAAACAGACATACCTAACCACTT  250

seq1  GGGTTTTGTTAAGTTGACAAACAAGACTAGCTATCACAGTGGTTAAGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTGTTAAGTTGACAAACAAGACTAGCTATCACAGTGGTTAAGAAC  300

seq1  ACTGGTTGATCTTCCAGAGGACCCAAATTTGGTTCTCAGCACCCATACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTGATCTTCCAGAGGACCCAAATTTGGTTCTCAGCACCCATACAT  350

seq1  TGGCTCAAACTTCAGTTTCAGAGGATCCAATGGCCTCTTCTGACCTCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAAACTTCAGTTTCAGAGGATCCAATGGCCTCTTCTGACCTCCAT  400

seq1  GGCCATCAGGCACAAACAGGGTACATATAAATATATCCAAGCAGACAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCAGGCACAAACAGGGTACATATAAATATATCCAAGCAGACAATC  450

seq1  ACACACATATGGTAAAAACAACACCAATTTTTAAGAAATAAATAAGTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATATGGTAAAAACAACACCAATTTTTAAGAAATAAATAAGTCCT  500

seq1  TGGACTTCAAATGGAAAAACAGCTAACCTTATGAGGGACATTTTAAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTCAAATGGAAAAACAGCTAACCTTATGAGGGACATTTTAAAAAT  550

seq1  GACTACTGCATATCAGACACAATCTTGGACATTGCATTATTAACGACCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACTGCATATCAGACACAATCTTGGACATTGCATTATTAACGACCTA  600

seq1  TCACACAGCATCAACAATACTTTCAGATGCACTATTAGTTGGGTGCTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACAGCATCAACAATACTTTCAGATGCACTATTAGTTGGGTGCTGAA  650

seq1  AAACATTCAGACTGATGAGCTTAATTCAAATTTTTCTATAATTTGAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTCAGACTGATGAGCTTAATTCAAATTTTTCTATAATTTGAAAAT  700

seq1  TTAGAGCTTGCCAGTTCCAAATGGTCCTGGCATTATAGAGAAGGCTCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCTTGCCAGTTCCAAATGGTCCTGGCATTATAGAGAAGGCTCATG  750

seq1  TCAATAAAGTAAGATCTCAGATGCTCTGTGTCTCTGTTTTTAAATTGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAAGTAAGATCTCAGATGCTCTGTGTCTCTGTTTTTAAATTGTTA  800

seq1  ATACAAATTATTCTTTACTGTGAAATAATGAACACTCTACAGTTCATCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATTATTCTTTACTGTGAAATAATGAACACTCTACAGTTCATCTT  850

seq1  TGAACTACTATAGCAAAATACATAAAGACATAAAAATTTATTATGAGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTACTATAGCAAAATACATAAAGACATAAAAATTTATTATGAGAAA  900

seq1  AGGTTTCTTTTTAGCTCATAATTCTGGAAGTTCCTGTGCAACATCATGTA  950
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGGTTTC-TTTTAGCTCATAATTCTGGAAGTTCCTGTGC-ACATCATGTA  948

seq1  GCCCCATTGTTTTGGGTCTTTCAAAGACAGCATGTTACAGCTTAAGGATG  1000
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  G-CCCATTGTTTTGGGTCTTTC-AAGACAGCATGTTACAGCTT-AGGATG  995

seq1  TGACAGGCAACAAAGGACACATCCTAACCCTGAAGTGAGATGATGACTCC  1050
      ||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
seq2  TGACA-GCAAC-AAGGACACATCCT-ACCCTG-AGTGAGATGATGACT-C  1040

seq1  AGAGTCCTATATGAGAGGACACATGACCAATAACTAGAAGACCT-CCCAC  1099
      ||||| |||||||||| ||| ||||||  || ||||| |||||| |||||
seq2  AGAGT-CTATATGAGA-GAC-CATGAC--AT-ACTAG-AGACCTCCCCAC  1083

seq1  TAGGC  1104
      |||||
seq2  TAGGC  1088