BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007L11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 40,617,778 - 40,831,402
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2
Upstream geneLOC100041458, LOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l
Downstream genePgrmc2, EG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007L11.bB6Ng01-007L11.g
ACCDH844202DH844203
length8741,056
definitionDH844202|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007L11, 5' end.DH844203|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007L11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,830,529 - 40,831,402)(40,617,778 - 40,618,853)
sequence
gaattcacttggtccaagtcttttattgagaatattctgattagcaattc
aatctcttttattacaggtcagttgagattttacttcttcataattcagt
tgaaagtattgctatagtttggagattgagtgtttccaaaggcttgatca
ccagtgtggtgcctgtgggagctaatggaacctttaagaggtagggttaa
atggagagcctttaggtcataaacctgtcaaggggattgtgggaccctgg
ccttctctttgctcttttgcttcctggctatgggaaaaatggctttgctg
tgtcatgatgtgattgctgcctgtgcccacagcacaggtcctcctcagcc
cacagcacaggtccatctcagcccacagcacaggtccatctcagcccact
gcacaggtccatctcagcccacagcacaggtccatctcagcccactgcac
aggtccatctcagcccacagcacaggtccatctcagactactgcacaggt
ccatctcagaccactgtacaggcccatctcagaccacagcacaggtccat
ctcagaccacatcacaggtctatcacaaacaacacaggtccatcacaaac
atgttgacagatgcgagcacacacctttaatcctgacacttgtgagacag
gaataaggtgatctgagtttgaggtcagcttgggctacatagtaagaaag
tttcttacacccagaaccaccacctcctgctcctcttcctcttcctcctc
tacctcctcctcctcctcttcctcttcctctgcctactctttctcctcct
cctaatggaaagtaagtacctcatgtaaacagaggatttgcttgaggaga
atatagtatgcttaaatataggta
gaattcaaatttatagttttatgtctgtttatacctttacactgtgtgtg
tcctcagaaggtgtgaagcatgaagacttttggcatgtatatttttactt
tacagttaagtaaattttactctagtacttcatggtgcttggagcctttt
gtttaggactacctgctgtgcggtcctgtttctcacatacattgtcaggt
ttatccccagtggtagattgattagcatagtcctgtagcatgtgtaactg
tggtttggtgtaaatacaggactgtctgtctggtggccatgatgttttct
tacctactacacacgtttctccatttatagttgctcaaaggcctgtttca
gtggagataccacaggggggcttttgtccaagatttcttagacctatctt
gggagaagtaccttaatggggggaaaaacaaaaccctaactcattggata
atttcaagtaaccaaattattgagtcattttaatatcatgatgccttagc
cactagaggaatggtctgaagaggcaggggagcatgaatgttttcaatac
taagatcttacaagccccagtttgtagatgccggcagcagtttcttgtaa
ggctgtattaggtctgggagtgatcacacaggcctagaatcctggtattt
aggaagcagaagtaggagttaagtcagtgccagtatggcctatgtagtga
gacatcctgaaaggtcaagatggagagctggagagatggctccatgataa
gagcgcttcatgctcttgcagaggactcaggttattcctacatggtctgt
aattcagtcctaggggatccgatgccgtctttctggcctcttcagtgttg
tgagcagttgtacagagtatatgtacagaaaatacccatacacatgaaaa
ataataactaagtgtgaaatgtgcctttaatcccagactcttttagttca
agaccagttagttctatatacaaagcactgtttcaaaatgtggggggaac
cccaacactaaagatgataaagccaactgtagaacacttttagtgagccc
tgaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_40830529_40831402
seq2: B6Ng01-007L11.b_44_917 (reverse)

seq1  TACCTATATTTAAGCATACTATTTTCTCCTC-AGCAAATCCTCTGTTTAC  49
      |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TACCTATATTTAAGCATACTATATTCTCCTCAAGCAAATCCTCTGTTTAC  50

seq1  ATGAGGTACTTACCTTTCCATTAGGAGGAGGAGAAAGAGTAGGAAGAGGA  99
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGAGGTACTTA-CTTTCCATTAGGAGGAGGAGAAAGAGTAGGCAGAGGA  99

seq1  AGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGTAGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAGCAGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGTAGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAGCAGG  149

seq1  AGGTGGTGGTTCTGGGTGTAAGAAACTTTCTTACTATGTAGCCCAAGCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTGGTTCTGGGTGTAAGAAACTTTCTTACTATGTAGCCCAAGCTG  199

seq1  ACCTCAAACTCAGATCACCTTATTCCTGTCTCACAAGTGTCAGGATTAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAAACTCAGATCACCTTATTCCTGTCTCACAAGTGTCAGGATTAAA  249

seq1  GGTGTGTGCTCGCATCTGTCAACATGTTTGTGATGGACCTGTGTTGTTTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTGCTCGCATCTGTCAACATGTTTGTGATGGACCTGTGTTGTTTG  299

seq1  TGATAGACCTGTGATGTGGTCTGAGATGGACCTGTGCTGTGGTCTGAGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGACCTGTGATGTGGTCTGAGATGGACCTGTGCTGTGGTCTGAGAT  349

seq1  GGGCCTGTACAGTGGTCTGAGATGGACCTGTGCAGTAGTCTGAGATGGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGTACAGTGGTCTGAGATGGACCTGTGCAGTAGTCTGAGATGGAC  399

seq1  CTGTGCTGTGGGCTGAGATGGACCTGTGCAGTGGGCTGAGATGGACCTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTGTGGGCTGAGATGGACCTGTGCAGTGGGCTGAGATGGACCTGT  449

seq1  GCTGTGGGCTGAGATGGACCTGTGCAGTGGGCTGAGATGGACCTGTGCTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGGCTGAGATGGACCTGTGCAGTGGGCTGAGATGGACCTGTGCTG  499

seq1  TGGGCTGAGATGGACCTGTGCTGTGGGCTGAGGAGGACCTGTGCTGTGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGAGATGGACCTGTGCTGTGGGCTGAGGAGGACCTGTGCTGTGGG  549

seq1  CACAGGCAGCAATCACATCATGACACAGCAAAGCCATTTTTCCCATAGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCAGCAATCACATCATGACACAGCAAAGCCATTTTTCCCATAGCC  599

seq1  AGGAAGCAAAAGAGCAAAGAGAAGGCCAGGGTCCCACAATCCCCTTGACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCAAAAGAGCAAAGAGAAGGCCAGGGTCCCACAATCCCCTTGACA  649

seq1  GGTTTATGACCTAAAGGCTCTCCATTTAACCCTACCTCTTAAAGGTTCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATGACCTAAAGGCTCTCCATTTAACCCTACCTCTTAAAGGTTCCA  699

seq1  TTAGCTCCCACAGGCACCACACTGGTGATCAAGCCTTTGGAAACACTCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCCCACAGGCACCACACTGGTGATCAAGCCTTTGGAAACACTCAA  749

seq1  TCTCCAAACTATAGCAATACTTTCAACTGAATTATGAAGAAGTAAAATCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAACTATAGCAATACTTTCAACTGAATTATGAAGAAGTAAAATCT  799

seq1  CAACTGACCTGTAATAAAAGAGATTGAATTGCTAATCAGAATATTCTCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGACCTGTAATAAAAGAGATTGAATTGCTAATCAGAATATTCTCAA  849

seq1  TAAAAGACTTGGACCAAGTGAATTC  874
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGACTTGGACCAAGTGAATTC  874

seq1: chr3_40617778_40618853
seq2: B6Ng01-007L11.g_70_1125

seq1  GAATTCAAATTTATAGTTTTATGTCTGTTTATACCTTTACACTGTGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATTTATAGTTTTATGTCTGTTTATACCTTTACACTGTGTGTG  50

seq1  TCCTCAGAAGGTGTGAAGCATGAAGACTTTTGGCATGTATATTTTTACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAAGGTGTGAAGCATGAAGACTTTTGGCATGTATATTTTTACTT  100

seq1  TACAGTTAAGTAAATTTTACTCTAGTACTTCATGGTGCTTGGAGCCTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTTAAGTAAATTTTACTCTAGTACTTCATGGTGCTTGGAGCCTTTT  150

seq1  GTTTAGGACTACCTGCTGTGCGGTCCTGTTTCTCACATACATTGTCAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGACTACCTGCTGTGCGGTCCTGTTTCTCACATACATTGTCAGGT  200

seq1  TTATCCCCAGTGGTAGATTGATTAGCATAGTCCTGTAGCATGTGTAACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCCAGTGGTAGATTGATTAGCATAGTCCTGTAGCATGTGTAACTG  250

seq1  TGGTTTGGTGTAAATACAGGACTGTCTGTCTGGTGGCCATGATGTTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGGTGTAAATACAGGACTGTCTGTCTGGTGGCCATGATGTTTTCT  300

seq1  TACCTACTACACACGTTTCTCCATTTATAGTTGCTCAAAGGCCTGTTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTACTACACACGTTTCTCCATTTATAGTTGCTCAAAGGCCTGTTTCA  350

seq1  GTGGAGATACCACAGGGGGGCTTTTGTCCAAGATTTCTTAGACCTATCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGATACCACAGGGGGGCTTTTGTCCAAGATTTCTTAGACCTATCTT  400

seq1  GGGAGAAGTACCTTAATGGGGGGAAAAACAAAACCCTAACTCATTGGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAGTACCTTAATGGGGGGAAAAACAAAACCCTAACTCATTGGATA  450

seq1  ATTTCAAGTAACCAAATTATTGAGTCATTTTAATATCATGATGCCTTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAGTAACCAAATTATTGAGTCATTTTAATATCATGATGCCTTAGC  500

seq1  CACTAGAGGAATGGTCTGAAGAGGCAGGGGAGCATGAATGTTTTCAATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGAGGAATGGTCTGAAGAGGCAGGGGAGCATGAATGTTTTCAATAC  550

seq1  TAAGATCTTACAAGCCCCAGTTTGTAGATGCCGGCAGCAGTTTCTTGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCTTACAAGCCCCAGTTTGTAGATGCCGGCAGCAGTTTCTTGTAA  600

seq1  GGCTGTATTAGGTCTGGGAGTGATCACACAGGCCTAGAATCCTGGTATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTATTAGGTCTGGGAGTGATCACACAGGCCTAGAATCCTGGTATTT  650

seq1  AGGAAGCAGAAGTAGGAGTTAAGTCAGTGCCAGTATGGCCTATGTAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCAGAAGTAGGAGTTAAGTCAGTGCCAGTATGGCCTATGTAGTGA  700

seq1  GACATCCTGAAAGGTCAAGATGGAGAGCTGGAGAGATGGCTCCATGATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACATCCTGAAAGGTCAAGATGGAGAGCTGGAGAGATGGCTCCATGA-TA  749

seq1  AGAGCGCTTCATGCTCTTGCAGAGGACTCAGGTTATTCCTACATGGTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGCTTCATGCTCTTGCAGAGGACTCAGGTTATTCCTACATGGTCTG  799

seq1  TAATTCCAGTCCTAGGGGATCCGATGCCGTC-TTCTGGCCTCTTCAGGTG  849
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  TAATT-CAGTCCTAGGGGATCCGATGCCGTCTTTCTGGCCTCTTCA-GTG  847

seq1  TTGTGAGCAAGTTGTACAGAGTATAATGTACAGAAAAATACCCATACACA  899
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGC-AGTTGTACAGAGTAT-ATGTACAG-AAAATACCCATACACA  894

seq1  TGAAAAAATAAATAACTAAGTGTGATATGTGCCTTTAATCCCAGAACTCT  949
      |||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  TGAAAAA--TAATAACTAAGTGTGAAATGTGCCTTTAATCCCAG-ACTCT  941

seq1  TTAAGTTCAAGACCAGTTAGTTCTATATACCAAAGCACTGTTTCAAAAAT  999
      || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  TTTAGTTCAAGACCAGTTAGTTCTATATA-CAAAGCACTGTTTC-AAAAT  989

seq1  GTGGGGGAACCCCAAACACTAAATGAATGAATAAAGCAAAACTGTATAGA  1049
      ||||||| | ||| |||||||||   ||| |||||||  |||||  ||||
seq2  GTGGGGGGAACCCCAACACTAAA--GATG-ATAAAGC-CAACTG--TAGA  1033

seq1  ACACTTTTTAAGTGAGCCCTTAGAAAA  1076
      ||||||||  ||||||||||  |||||
seq2  ACACTTTT--AGTGAGCCCT--GAAAA  1056