BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008P11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 5,199,690 - 5,340,838
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfhx4
Upstream geneLOC667709, LOC620283
Downstream genePxmp3, EG620382, EG667759, LOC100041165, LOC100041193, EG620570, LOC100041214
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008P11.bB6Ng01-008P11.g
ACCDH845043DH845044
length9891,130
definitionDH845043|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008P11, 5' end.DH845044|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008P11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,199,690 - 5,200,680)(5,339,690 - 5,340,838)
sequence
gaattcaaataataataccacaggcaattatgatcactaaaaagagagca
gcaaagaatgctaagtcatgagttggaaatactgagtgctgacatgttgg
atcctgcatgctgttctttcctatggtaggtaggttagacctccataggt
aagactttgcaagtgtggttgctcacaatctcagttcatagtcaaagact
attttcctctgtcttatttttaaaaaaaagtataggtatttgtttcatgc
aaatgaagatcaagaaagccatggcagtgactttaaaatgatcaaggcag
gcagacttttaaagattattgttttatcatagagtaagaatataagtgtt
tgaaagaccttgaactctttactctataggtttactatgacttttcaaac
ctcctcagaactggaaattaaactttgaaatattacaaaacatatttcat
aatatgatgtgattacctcactggatgttattttaaggtattatcaaaat
ttaaatacatcgataaaatgatttgtaaccaaaaactgtttaacagaatc
cttgcaaaaataagagcagcgtagctggtatgctttaaaatagatattta
ctcccataatcagccaccaaacacagacactattgcatatgccagccaga
ttttgctgaaaggaccctgatatagctgtttcatgtgagactttgccagt
gactggcaaatacagaagtggatgctcacagtcatctataggatggaaca
cagggcccccaatggaggaactagagaaagtatcttagagctgaaagggt
ctgcaaccctataggtggaacaacaatatgaactaaccagtacccccgga
gctcttgtctctagctgcatatgtagcagaagatggcctactcagccatc
attgggaagagaggccccttggtcttgcaaactatatatgccccagtaca
ggaaagccaggctaagaagtgggagtggggtgggtaggg

gaattccagcctggaggttctggttctgagtgttatagaagctgtgtctc
acagcatcctccccaacacacagccaacaaaacagagataactgctgcca
ctggactggcaagcctacagctatagagcatatgtttctttgatagcaat
tacttgttgattctttagtagagaatcaaacacggttttattaaattaat
agttttgaaccttgttatcgattttactttatattaatataatcttaata
caaatagatgacacatttaaatgaggactttttttttctttactttttaa
acttattgtgaaatgtggtcggttaacttttcaataatattcttttaata
acaccttattgtcattcttggtaacaagtatgtcaggttggtgttagatc
agaacacttagcttgttgtttttcaaatgtgttattttgttaaactactt
agggtacatgtctaggataaaaacagatataatgatagccaatgaaatac
agatgtgagaagggtcaagttaatagaatttatcacaatcatcacaaggt
aagacataaacaagttagcctggcagtggtggcagacacctttaatccca
gaatttgaaaggcagaggcaggtggatatccgagttcgaggccagcctgg
tctacaaagtgagttccaagacagccagggctacacagagaaaccctgtt
tgacccttcccccgaaaaagataaaaagttattattattgcttactttag
agtcatgaacaatttcagtgtaaaatatacttcctgtaccacttaattat
atagaaataatttattaaaatatatccagatgtgtaggataattttcccc
agtgccctaagatgctaatatagataaatatcatagagcaactctgtatt
ttaaataattatgaagtaatgacaaagggtgcttagcgattgctggcatg
cacacaaatcaatcagaagcacatcaagtcagtatgggtcatttagtgga
ttctatacaatttacacggaaagtgatgtctcagatgatgctttgagaac
atgacaagttctttgtgcatatgccatttatttttcatgccatttgatag
tctaaatgatctactagaatagaatattca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_5199690_5200680
seq2: B6Ng01-008P11.b_47_1035

seq1  GAATTCAAATAATAATACCACAGGCAATTATGATCACTAAAAAGAGAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATAATAATACCACAGGCAATTATGATCACTAAAAAGAGAGCA  50

seq1  GCAAAGAATGCTAAGTCATGAGTTGGAAATACTGAGTGCTGACATGTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAATGCTAAGTCATGAGTTGGAAATACTGAGTGCTGACATGTTGG  100

seq1  ATCCTGCATGCTGTTCTTTCCTATGGTAGGTAGGTTAGACCTCCATAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGCATGCTGTTCTTTCCTATGGTAGGTAGGTTAGACCTCCATAGGT  150

seq1  AAGACTTTGCAAGTGTGGTTGCTCACAATCTCAGTTCATAGTCAAAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTTGCAAGTGTGGTTGCTCACAATCTCAGTTCATAGTCAAAGACT  200

seq1  ATTTTCCTCTGTCTTATTTTTAAAAAAAAGTATAGGTATTTGTTTCATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCTCTGTCTTATTTTTAAAAAAAAGTATAGGTATTTGTTTCATGC  250

seq1  AAATGAAGATCAAGAAAGCCATGGCAGTGACTTTAAAATGATCAAGGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGATCAAGAAAGCCATGGCAGTGACTTTAAAATGATCAAGGCAG  300

seq1  GCAGACTTTTAAAGATTATTGTTTTATCATAGAGTAAGAATATAAGTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTTTTAAAGATTATTGTTTTATCATAGAGTAAGAATATAAGTGTT  350

seq1  TGAAAGACCTTGAACTCTTTACTCTATAGGTTTACTATGACTTTTCAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGACCTTGAACTCTTTACTCTATAGGTTTACTATGACTTTTCAAAC  400

seq1  CTCCTCAGAACTGGAAATTAAACTTTGAAATATTACAAAACATATTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGAACTGGAAATTAAACTTTGAAATATTACAAAACATATTTCAT  450

seq1  AATATGATGTGATTACCTCACTGGATGTTATTTTAAGGTATTATCAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGATGTGATTACCTCACTGGATGTTATTTTAAGGTATTATCAAAAT  500

seq1  TTAAATACATCGATAAAATGATTTGTAACCAAAAACTGTTTAACAGAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATACATCGATAAAATGATTTGTAACCAAAAACTGTTTAACAGAATC  550

seq1  CTTGCAAAAATAAGAGCAGCGTAGCTGGTATGCTTTAAAATAGATATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAAAAATAAGAGCAGCGTAGCTGGTATGCTTTAAAATAGATATTTA  600

seq1  CTCCCATAATCAGCCACCAAACACAGACACTATTGCATATGCCAGCCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATAATCAGCCACCAAACACAGACACTATTGCATATGCCAGCCAGA  650

seq1  TTTTGCTGAAAGGACCCTGATATAGCTGTTTCATGTGAGACTTTGCCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGAAAGGACCCTGATATAGCTGTTTCATGTGAGACTTTGCCAGT  700

seq1  GACTGGCAAATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATAGGATGGAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCAAATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATAGGATGGAACA  750

seq1  CAGGGCCCCCAATGGAGGAACTAGAGAAAGTATCTTAGAGCTGAAGGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGGGCCCCCAATGGAGGAACTAGAGAAAGTATCTTAGAGCTGAAAGGGT  800

seq1  CTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCGGA  850

seq1  GCTCTTGTCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTACTCAGCCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGTCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTACTCAGCCATC  900

seq1  ATTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTCTTGCAAACTATATATGCCCCAGTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTCTTGCAAACTATATATGCCCCAGTACA  950

seq1  GGGGAAAGCCAGGGCTAAGAAGTGGGAGT-GGGTGGGTAGGG  991
        ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  --GGAAAGCCA-GGCTAAGAAGTGGGAGTGGGGTGGGTAGGG  989


seq1: chr3_5339690_5340838
seq2: B6Ng01-008P11.g_68_1197 (reverse)

seq1  TGAATAATTCTATTCTAGTAGTATCATTTTAGACTATCAAATGCCATG-A  49
      ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |
seq2  TGAAT-ATTCTATTCTAGTAG-ATCA-TTTAGACTATCAAATGGCATGAA  47

seq1  AAATATATGTGCATATGCACAGAGAACTTGTCATGTTCTCAAAGCATCAT  99
      ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATG-GCATATGCACAAAGAACTTGTCATGTTCTCAAAGCATCAT  96

seq1  CTGAGACATCACTTTTCCGTGTAAATTTGTATTAGAATTCCACTTAAAAT  149
      |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||  ||||
seq2  CTGAGACATCAC-TTTCCGTGTAAA-TTGTA-TAGAA-TCCACT--AAAT  140

seq1  GACCCATACTGACTTGATTGTGCTTCTGATTTGATTTTGTGTGGCATGCC  199
      ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||
seq2  GACCCATACTGACTTGA-TGTGCTTCTGA-TTGA-TTTGTGT-GCATGCC  186

seq1  AGCAATCGCTAAAGCACCCCTTTGTCATTACTTCATAATTTATTTTAAAA  249
      |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  AGCAATCGCT-AAGCA-CCCTTTGTCATTACTTCATAATT--ATTTAAAA  232

seq1  TACAAGAGTTGCTCTATTGATATTTATCTATATTAGCATCTTAGGGCACT  299
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAC-AGAGTTGCTCTA-TGATATTTATCTATATTAGCATCTTAGGGCACT  280

seq1  GGGGAAAATTATCCTACACATCTGGATATATTTTAATAAATTATTTCTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAATTATCCTACACATCTGGATATATTTTAATAAATTATTTCTAT  330

seq1  ATAATTAAGTGGTACAGGAAGTATATTTTACACTGAAATTGTTCATGACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAAGTGGTACAGGAAGTATATTTTACACTGAAATTGTTCATGACT  380

seq1  CTAAAGTAAGCAATAATAATAACTTTTTATCTTTTTCGGGGGAAGGGTCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTAAGCAATAATAATAACTTTTTATCTTTTTCGGGGGAAGGGTCA  430

seq1  AACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCTTGGAACTCACTTTGTAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCTTGGAACTCACTTTGTAGA  480

seq1  CCAGGCTGGCCTCGAACTCGGATATCCACCTGCCTCTGCCTTTCAAATTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTGGCCTCGAACTCGGATATCCACCTGCCTCTGCCTTTCAAATTC  530

seq1  TGGGATTAAAGGTGTCTGCCACCACTGCCAGGCTAACTTGTTTATGTCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTAAAGGTGTCTGCCACCACTGCCAGGCTAACTTGTTTATGTCTT  580

seq1  ACCTTGTGATGATTGTGATAAATTCTATTAACTTGACCCTTCTCACATCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTGATGATTGTGATAAATTCTATTAACTTGACCCTTCTCACATCT  630

seq1  GTATTTCATTGGCTATCATTATATCTGTTTTTATCCTAGACATGTACCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCATTGGCTATCATTATATCTGTTTTTATCCTAGACATGTACCCT  680

seq1  AAGTAGTTTAACAAAATAACACATTTGAAAAACAACAAGCTAAGTGTTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTTTAACAAAATAACACATTTGAAAAACAACAAGCTAAGTGTTCT  730

seq1  GATCTAACACCAACCTGACATACTTGTTACCAAGAATGACAATAAGGTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAACACCAACCTGACATACTTGTTACCAAGAATGACAATAAGGTGT  780

seq1  TATTAAAAGAATATTATTGAAAAGTTAACCGACCACATTTCACAATAAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAAGAATATTATTGAAAAGTTAACCGACCACATTTCACAATAAGT  830

seq1  TTAAAAAGTAAAGAAAAAAAAAGTCCTCATTTAAATGTGTCATCTATTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGTAAAGAAAAAAAAAGTCCTCATTTAAATGTGTCATCTATTTG  880

seq1  TATTAAGATTATATTAATATAAAGTAAAATCGATAACAAGGTTCAAAACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGATTATATTAATATAAAGTAAAATCGATAACAAGGTTCAAAACT  930

seq1  ATTAATTTAATAAAACCGTGTTTGATTCTCTACTAAAGAATCAACAAGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTAATAAAACCGTGTTTGATTCTCTACTAAAGAATCAACAAGTA  980

seq1  ATTGCTATCAAAGAAACATATGCTCTATAGCTGTAGGCTTGCCAGTCCAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTATCAAAGAAACATATGCTCTATAGCTGTAGGCTTGCCAGTCCAG  1030

seq1  TGGCAGCAGTTATCTCTGTTTTGTTGGCTGTGTGTTGGGGAGGATGCTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGCAGTTATCTCTGTTTTGTTGGCTGTGTGTTGGGGAGGATGCTGT  1080

seq1  GAGACACAGCTTCTATAACACTCAGAACCAGAACCTCCAGGCTGGAATTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACAGCTTCTATAACACTCAGAACCAGAACCTCCAGGCTGGAATTC  1130


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |