BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015J05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 150,391,765 - 150,561,622
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040633, LOC100040455, LOC100040463, LOC623554
Downstream geneEltd1, Ifi44, H28, Ptgfr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015J05.bB6Ng01-015J05.g
ACCDH849792DH849793
length8611,190
definitionDH849792|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015J05, 5' end.DH849793|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015J05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(150,560,764 - 150,561,622)(150,391,765 - 150,392,966)
sequence
gaattctcatctctaagaaccagaatcagaaacttaaggaaccattactg
tgcccataattattacagcataattacaacaatcaagatatttaaagagg
aaaaatacacgctaaggatgaattgattgtttaaaagtggtatttcactt
cacacattgctgtcaaggttttaaatagtaataaattttgttatatgaag
cattatgcctgaaatttaatgacattttactaaattagccatgcttgtcc
aaaacccagaaatgtcctgagatcgccaggagtaggaaggctcctcctct
cctgccctaggcctgcatgtccagagcagatagctctttatcttgccttt
gcccctctcagaagatctccagtagcatgtggaatttctctttctgccaa
tgaggcaacccaagagtcctacccacccctaaccactgccaatgatatac
actcaccctaaagcccctacctagccccaagagtttaagtagtctgtttt
ctccaattaagtgagctgtatcactgaagctacatcctcaagagtctgtt
ttcactatgttctctaccacctaaggtctccacttatcctctccatacag
gatttgcagtttaaaataggaggtcaataactcaaacttaggtggggaag
ccaagcctatacaaccacataggtgtgtggatgcattcagatttatgtgc
atgtgtgtcagtctcagatctcattctcagagccactcctcttgctttct
gagacaggatttcataggcacttagataaaggaagtgacattattttaaa
atgttaggaggtatagctatgttggtgttgaagtgagtatgtgattaaag
gtttgggcttt
gaattccttaatgttgagttcctggctaatgtggtctattggttttctgg
cctagagatgagcaagtttatgtatgtgaaggaggacactgtaaggatag
aattatgctcatgaaaagagtcagatctttacatttgaatgtaaaaattc
cactattaaagtctatggaaggaaccagaatcagaaaccacccagttaca
tgagttccagactcactgtccttcttagataggtctctgggtgtgggtga
tttagagttctagtggcaagaacttagtgacagatatgtgtacattcaag
ccgtttctccacctgtgccttaagggttacttttagaaggactggcacaa
tgagtcagtttttgctgtttgagaagtgatccttactgtgtagtcaaggc
tagcctcaagtttacaactctattacttttgttccccaaatcctctctga
gcatataagcatattcctccacctcatgtcttattcctttttgattctga
cactagcacactcttctcagaagaatttgccctggagatactgttggtta
tcataaagaggtgtcacgtgtgccttatcacttggataaaaatctgtcct
tgttgatctgatccaaacccagtgtagggtaaagtaactgatcccaatac
ctcagtgagaatactggttcctgggctgcgagtgcccagaggccactctc
aaggttcaatctgcctgtcgcttccttgatattctagaactgctctggta
attttgagaagttgtgtttctgaagaatgtcgaaagaaacaaatacaaaa
cacagtttaccaagataaaaatgagtattactatgaatttgacttttaat
atattgcagagtaattaaaacaatgggagacaaagacagatgacctatat
ttaggaatttgcaaaagttgcaaatttaaaaaaaccagactagttattta
cattaaacatagaatgttggtgaaatattatgattgcatattgtgttaga
cccttgggctgtcatagctttcctcagaaaaagcatttaagttgctttta
tttaagagaagacattatttgtcataaagaagctaattttgttacttact
cctaccaagataataagaggcttctctaatggataaaataaaagttggcc
aatgtctctattgggtaaaaccaaaatctaatttagtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_150560764_150561622
seq2: B6Ng01-015J05.b_44_904 (reverse)

seq1  AAAGCCC-AACCCTTAATCACATACTCACTTCAACACCAACATAGCTATA  49
      ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCCAAACCTTTAATCACATACTCACTTCAACACCAACATAGCTATA  50

seq1  CCTCCTAACATTTTAAAATAATGTCACTTCC-TTATCTAAGTGCCTATGA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTAACATTTTAAAATAATGTCACTTCCTTTATCTAAGTGCCTATGA  100

seq1  AATCCTGTCTCAGAAAGCAAGAGGAGTGGCTCTGAGAATGAGATCTGAGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGTCTCAGAAAGCAAGAGGAGTGGCTCTGAGAATGAGATCTGAGA  150

seq1  CTGACACACATGCACATAAATCTGAATGCATCCACACACCTATGTGGTTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACACATGCACATAAATCTGAATGCATCCACACACCTATGTGGTTG  200

seq1  TATAGGCTTGGCTTCCCCACCTAAGTTTGAGTTATTGACCTCCTATTTTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGCTTGGCTTCCCCACCTAAGTTTGAGTTATTGACCTCCTATTTTA  250

seq1  AACTGCAAATCCTGTATGGAGAGGATAAGTGGAGACCTTAGGTGGTAGAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCAAATCCTGTATGGAGAGGATAAGTGGAGACCTTAGGTGGTAGAG  300

seq1  AACATAGTGAAAACAGACTCTTGAGGATGTAGCTTCAGTGATACAGCTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGTGAAAACAGACTCTTGAGGATGTAGCTTCAGTGATACAGCTCA  350

seq1  CTTAATTGGAGAAAACAGACTACTTAAACTCTTGGGGCTAGGTAGGGGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTGGAGAAAACAGACTACTTAAACTCTTGGGGCTAGGTAGGGGCT  400

seq1  TTAGGGTGAGTGTATATCATTGGCAGTGGTTAGGGGTGGGTAGGACTCTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGTGAGTGTATATCATTGGCAGTGGTTAGGGGTGGGTAGGACTCTT  450

seq1  GGGTTGCCTCATTGGCAGAAAGAGAAATTCCACATGCTACTGGAGATCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGCCTCATTGGCAGAAAGAGAAATTCCACATGCTACTGGAGATCTT  500

seq1  CTGAGAGGGGCAAAGGCAAGATAAAGAGCTATCTGCTCTGGACATGCAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGGGGCAAAGGCAAGATAAAGAGCTATCTGCTCTGGACATGCAGG  550

seq1  CCTAGGGCAGGAGAGGAGGAGCCTTCCTACTCCTGGCGATCTCAGGACAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGCAGGAGAGGAGGAGCCTTCCTACTCCTGGCGATCTCAGGACAT  600

seq1  TTCTGGGTTTTGGACAAGCATGGCTAATTTAGTAAAATGTCATTAAATTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGTTTTGGACAAGCATGGCTAATTTAGTAAAATGTCATTAAATTT  650

seq1  CAGGCATAATGCTTCATATAACAAAATTTATTACTATTTAAAACCTTGAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATAATGCTTCATATAACAAAATTTATTACTATTTAAAACCTTGAC  700

seq1  AGCAATGTGTGAAGTGAAATACCACTTTTAAACAATCAATTCATCCTTAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGTGTGAAGTGAAATACCACTTTTAAACAATCAATTCATCCTTAG  750

seq1  CGTGTATTTTTCCTCTTTAAATATCTTGATTGTTGTAATTATGCTGTAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTATTTTTCCTCTTTAAATATCTTGATTGTTGTAATTATGCTGTAAT  800

seq1  AATTATGGGCACAGTAATGGTTCCTTAAGTTTCTGATTCTGGTTCTTAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGGGCACAGTAATGGTTCCTTAAGTTTCTGATTCTGGTTCTTAGA  850

seq1  GATGAGAATTC  859
      |||||||||||
seq2  GATGAGAATTC  861

seq1: chr3_150391765_150392966
seq2: B6Ng01-015J05.g_67_1256

seq1  GAATTCCTTAATGTTGAGTTCCTGGCTAATGTGGTCTATTGGTTTTCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAATGTTGAGTTCCTGGCTAATGTGGTCTATTGGTTTTCTGG  50

seq1  CCTAGAGATGAGCAAGTTTATGTATGTGAAGGAGGACACTGTAAGGATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGATGAGCAAGTTTATGTATGTGAAGGAGGACACTGTAAGGATAG  100

seq1  AATTATGCTCATGAAAAGAGTCAGATCTTTACATTTGAATGTAAAAATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGCTCATGAAAAGAGTCAGATCTTTACATTTGAATGTAAAAATTC  150

seq1  CACTATTAAAGTCTATGGAAGGAACCAGAATCAGAAACCACCCAGTTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTAAAGTCTATGGAAGGAACCAGAATCAGAAACCACCCAGTTACA  200

seq1  TGAGTTCCAGACTCACTGTCCTTCTTAGATAGGTCTCTGGGTGTGGGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCCAGACTCACTGTCCTTCTTAGATAGGTCTCTGGGTGTGGGTGA  250

seq1  TTTAGAGTTCTAGTGGCAAGAACTTAGTGACAGATATGTGTACATTCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGTTCTAGTGGCAAGAACTTAGTGACAGATATGTGTACATTCAAG  300

seq1  CCGTTTCTCCACCTGTGCCTTAAGGGTTACTTTTAGAAGGACTGGCACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTTCTCCACCTGTGCCTTAAGGGTTACTTTTAGAAGGACTGGCACAA  350

seq1  TGAGTCAGTTTTTGCTGTTTGAGAAGTGATCCTTACTGTGTAGTCAAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCAGTTTTTGCTGTTTGAGAAGTGATCCTTACTGTGTAGTCAAGGC  400

seq1  TAGCCTCAAGTTTACAACTCTATTACTTTTGTTCCCCAAATCCTCTCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCAAGTTTACAACTCTATTACTTTTGTTCCCCAAATCCTCTCTGA  450

seq1  GCATATAAGCATATTCCTCCACCTCATGTCTTATTCCTTTTTGATTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAAGCATATTCCTCCACCTCATGTCTTATTCCTTTTTGATTCTGA  500

seq1  CACTAGCACACTCTTCTCAGAAGAATTTGCCCTGGAGATACTGTTGGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGCACACTCTTCTCAGAAGAATTTGCCCTGGAGATACTGTTGGTTA  550

seq1  TCATAAAGAGGTGTCACGTGTGCCTTATCACTTGGATAAAAATCTGTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAGAGGTGTCACGTGTGCCTTATCACTTGGATAAAAATCTGTCCT  600

seq1  TGTTGATCTGATCCAAACCCAGTGTAGGGTAAAGTAACTGATCCCAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATCTGATCCAAACCCAGTGTAGGGTAAAGTAACTGATCCCAATAC  650

seq1  CTCAGTGAGAATACTGGTTCCTGGGCTGCGAGTGCCCAGAGGCCACTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGAGAATACTGGTTCCTGGGCTGCGAGTGCCCAGAGGCCACTCTC  700

seq1  AAGGTTCAATCTGCCTGTCGCTTCCTTGATATTCTAGAACTGCTCTGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTCAATCTGCCTGTCGCTTCCTTGATATTCTAGAACTGCTCTGGTA  750

seq1  ATTTTGAGAAGTTGTGTTTCTGAAGAATGTCGAAAGAAACAAATACAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAGAAGTTGTGTTTCTGAAGAATGTCGAAAGAAACAAATACAAAA  800

seq1  CACAG-TTACCAAGATAAAAATGAGTATTACTATGAATTTGACTTTTAAT  849
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTTACCAAGATAAAAATGAGTATTACTATGAATTTGACTTTTAAT  850

seq1  ATATTGCAGAGTAATTAAAACAATGGGAGACAAAAGACAGATGACCTATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCAGAGTAATTAAAACAATGGGAGAC-AAAGACAGATGACCTATA  899

seq1  TTTAGGAATTTGCAAAAAGTTTGCAAATTTAAAAAAAACCAGACTAGTTA  949
      |||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAATTTGCAAAA--GTTGCAAATTT-AAAAAAACCAGACTAGTTA  946

seq1  TTTACATTAAACATAGAATGTTGGTGACATAATTATGATTGGCAGTATTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||
seq2  TTTACATTAAACATAGAATGTTGGTGAAAT-ATTATGATT-GCA-TATTG  993

seq1  TGTTAGGACCCTTGGGCTGTCATAGCTTTCCTCAG-AAAAGCATTTAAGT  1048
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  TGTTA-GACCCTTGGGCTGTCATAGCTTTCCTCAGAAAAAGCATTTAAG-  1041

seq1  TTGCTTTTATTTAA-AGAATGACATTATTTGTCAATAAGAAGCTACTTTT  1097
      |||||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||
seq2  TTGCTTTTATTTAAGAGAA-GACATTATTTGTCATAAAGAAGCTAATTTT  1090

seq1  GTATACTAATCCCTATCTAAGAATATATAGAAAGCTT-TCTAAATGATAA  1146
      || |||| |  |||| | ||| ||| |||  | |||| |||||  |||| 
seq2  GT-TACTTACTCCTA-CCAAG-ATA-ATAAGAGGCTTCTCTAATGGATA-  1135

seq1  TAAAAAAAAGTTTGCCAATGT-ACTATTTAGGTAAACCAATATCTATATT  1195
       ||| ||||||| ||||||||  |||||  |  ||||||| ||||| |||
seq2  -AAATAAAAGTTGGCCAATGTCTCTATTGGGTAAAACCAAAATCTA-ATT  1183

seq1  TAGTTTT  1202
      |||||||
seq2  TAGTTTT  1190