BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015M17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 23,015,128 - 23,199,354
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTbl1xr1, LOC675593, LOC100040378, LOC623751
Downstream geneLOC100039548, EG635702
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015M17.bB6Ng01-015M17.g
ACCDH849957DH849958
length1,1011,054
definitionDH849957|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015M17, 5' end.DH849958|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015M17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,015,128 - 23,016,249)(23,198,296 - 23,199,354)
sequence
gaattcaattctataatgtcaatcaagcctgtatactagatgtgttttat
aacacgggacctaaaatatatctagaaagaggagtttatctttgcagata
aaacatagatgcgtgaatatatatgctaacaggaatagaagatattatgt
tataccagttaagggtaagtttgaggagaagactaaaatgattaatgcag
cttccatattaggggcaaattagaagaattctaggcctggagttgtcaga
atatgggatgccaagataaacaagaatttcagatatacagtggcttattt
taataaaatgagtgggacatctttttaataaaaatccccaggtatgatac
aacatagaagagaaaggaaagagctgggtgcagtagatggtggggactta
ttttaaaataatttattcatgagagttctctttccattatttatagcagt
gacaacaacactctgaaaaaatatggaaggaagaatttatttaatacaca
gttctgcattacattccatcattgtcagaaatttagacatgaatttgagt
caactactcagaaacagttgagagtagagaatgaacggatgcctagttac
cacctggcattctttactcttatacattcaaggaatgcccatttcaggct
ggctcttcacacatgaaataatgaaataaggagtatccctcatctagaca
tgttctcaggatcacctgatgcagataatctttcattaagacacccttct
taggtgatttaagattgtgttgaccatgaaaactaatcagtaaaacaagt
gagatgtaggattctatttactcatgattggtatgtttcatatagatttg
tcagagattgttcacattggcctatagaggacatatgttctaaaaaagta
ctggggaaagtcggaaggatattttgaaatttacattgtcacgttcatgt
tgcttgtttgtagatgttcagatcattgtatctgcagtgtcataatcttg
agcttaaaaaaaaaaaaatcgcctggaatacaatactgctccatgcctga
atatgagtcagtttgctccctatgtgcttgtttaaagcatggcacttatc
t
gaattcatggagtccaggatgaataagaaattatttttctcaaacctata
aggtgggaatgtatatgttctctgacttacatccattcacatacatacac
tcacatatatgaacactctctcacacacatgctaaaatgagttcagttat
aaagatactggaaaatatcagtcaactagatcactggcagctttcttccc
atacaagctgtgcttgcctctgtatttctgctttcttgattcccatgctt
gcttgcagctgattctatctgtagttcagttttgttttggttctattgat
tttgttggaatttcatgacagagtgtctcactatatagcccagcttggtt
gcaaacatcactatatggcctcagcttcccatagtgagagcagataggca
tgaagaccacttagatatagatcaaaaatatctttaccatttttagtctt
tgaaaaaaaaaacatgttttttcataaagcctaccttactgttgtgttta
ggatgtctgccacaaccctctacttgttcttcaaggctgcatccttatat
gttgtatattttatgttgtagctctaccatgaaacacaacacctttaata
tacatttggctcacttatataactatgtttctagtgtgcaaaccacatga
gggcagaggcctgagtggtattcatttttgtttcttaatacagtgagaca
ggtatagaatacagtaataatagtcaatcatatttggagaattgaatcat
gagtgaatgaatattctctccattctagaggaccatgcattaactcttcc
ctctgtttgaaatgattttattacttaactgtgaaattttcctataaaga
ttcacatgttgcagctttttgttgtggatgggactggtgctatctatatt
tgatgctaatttcattctctctgggagggttgagacaatgtgtgagcacc
atacctcaggtgacttctgttaaccaatccttctaagattaaggagccac
accttggcgagtaggaagactttctggactcgaaggagaagaagaagcag
aaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_23015128_23016249
seq2: B6Ng01-015M17.b_45_1145

seq1  GAATTCAATTCTATAATGTCAATCAAGCCTGTATACTAGATGTGTTTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCTATAATGTCAATCAAGCCTGTATACTAGATGTGTTTTAT  50

seq1  AACACGGGACCTAAAATATATCTAGAAAGAGGAGTTTATCTTTGCAGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGGGACCTAAAATATATCTAGAAAGAGGAGTTTATCTTTGCAGATA  100

seq1  AAACATAGATGCGTGAATATATATGCTAACAGGAATAGAAGATATTATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAGATGCGTGAATATATATGCTAACAGGAATAGAAGATATTATGT  150

seq1  TATACCAGTTAAGGGTAAGTTTGAGGAGAAGACTAAAATGATTAATGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCAGTTAAGGGTAAGTTTGAGGAGAAGACTAAAATGATTAATGCAG  200

seq1  CTTCCATATTAGGGGCAAATTAGAAGAATTCTAGGCCTGGAGTTGTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATATTAGGGGCAAATTAGAAGAATTCTAGGCCTGGAGTTGTCAGA  250

seq1  ATATGGGATGCCAAGATAAACAAGAATTTCAGATATACAGTGGCTTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGATGCCAAGATAAACAAGAATTTCAGATATACAGTGGCTTATTT  300

seq1  TAATAAAATGAGTGGGACATCTTTTTAATAAAAATCCCCAGGTATGATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAATGAGTGGGACATCTTTTTAATAAAAATCCCCAGGTATGATAC  350

seq1  AACATAGAAGAGAAAGGAAAGAGCTGGGTGCAGTAGATGGTGGGGACTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGAAGAGAAAGGAAAGAGCTGGGTGCAGTAGATGGTGGGGACTTA  400

seq1  TTTTAAAATAATTTATTCATGAGAGTTCTCTTTCCATTATTTATAGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAATAATTTATTCATGAGAGTTCTCTTTCCATTATTTATAGCAGT  450

seq1  GACAACAACACTCTGAAAAAATATGGAAGGAAGAATTTATTTAATACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACAACACTCTGAAAAAATATGGAAGGAAGAATTTATTTAATACACA  500

seq1  GTTCTGCATTACATTCCATCATTGTCAGAAATTTAGACATGAATTTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCATTACATTCCATCATTGTCAGAAATTTAGACATGAATTTGAGT  550

seq1  CAACTACTCAGAAACAGTTGAGAGTAGAGAATGAACGGATGCCTAGTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACTCAGAAACAGTTGAGAGTAGAGAATGAACGGATGCCTAGTTAC  600

seq1  CACCTGGCATTCTTTACTCTTATACATTCAAGGAATGCCCATTTCAGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGCATTCTTTACTCTTATACATTCAAGGAATGCCCATTTCAGGCT  650

seq1  GGCTCTTCACACATGAAATAATGAAATAAGGAGTATCCCTCATCTAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTCACACATGAAATAATGAAATAAGGAGTATCCCTCATCTAGACA  700

seq1  TGTTCTCAGGATCACCTGATGCAGATAATCTTTCATTAAGACACCCTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCAGGATCACCTGATGCAGATAATCTTTCATTAAGACACCCTTCT  750

seq1  TAGGTGATTTAAGATTGTGTTGACCATGAAAACTAATCAGTAAAACAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGATTTAAGATTGTGTTGACCATGAAAACTAATCAGTAAAACAAGT  800

seq1  GAGATGTAGGATTCTATTTACTCATGATTGGTATGTTTCATATAGATTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTAGGATTCTATTTACTCATGATTGGTATGTTTCATATAGATTTG  850

seq1  TCAGAGATTGTTCACATTGGCCTATAGAGGACATATGTTCTAAAAAAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGATTGTTCACATTGGCCTATAGAGGACATATGTTCTAAAAAAGTA  900

seq1  CTGGGGAAAGTCGGAAGGGATATTTTGAAAATTTACATTGTCCACGTTCA  950
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| 
seq2  CTGGGGAAAGTCGGAA-GGATATTTTG-AAATTTACATTGT-CACGTTC-  946

seq1  ATGTGGC-TGTTTGTAAGATGTTCAAGAATCATTGTTAATCTGGCAGGTT  999
      |||| || ||||||| |||||||||   ||||||||  |||| ||||  |
seq2  ATGTTGCTTGTTTGT-AGATGTTCA--GATCATTGT--ATCT-GCAG--T  988

seq1  GTCATTAAATCTTGAGCTTAAAAAAAAAAAAAATCGCTGGAAATAACAAA  1049
      |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||   ||
seq2  GTCAT--AATCTTGAGCTT-AAAAAAAAAAAAATCGCCTGGAATA--CAA  1033

seq1  TACTGCTCCAGTGCTCTGATAATGGAGTCAG-TTGCTCTCCTATGTGGCT  1098
      |||||||||| ||| ||||  || ||||||| |||||| ||||||| |||
seq2  TACTGCTCCA-TGC-CTGAATAT-GAGTCAGTTTGCTC-CCTATGT-GCT  1078

seq1  TGTTTAAAGCATTGCACTTTATCT  1122
      |||||||||||| |||| ||||||
seq2  TGTTTAAAGCATGGCAC-TTATCT  1101

seq1: chr3_23198296_23199354
seq2: B6Ng01-015M17.g_69_1122 (reverse)

seq1  TCTTCTGCTTTCTTTCTTCCTCCTTTCAGTCCAGAAGTCCTTCCTACTCG  50
      ||||||||||   ||||| ||||||  |||||||||   |||||||||||
seq2  TCTTCTGCTT--CTTCTT-CTCCTTCGAGTCCAGAAAGTCTTCCTACTCG  47

seq1  CCAAGTGTTGGCTCCTTTATTCCTTAG-AGGATTGGTTAACAAGAAGTCA  99
      |||||   ||||||||| ||  ||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  CCAAGGTGTGGCTCCTTAAT--CTTAGAAGGATTGGTTAAC-AGAAGTCA  94

seq1  CCTGA-GTATGTGGCTCACACATTGTCCTCAACCCTTCCAGAGAGAATGA  148
      ||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTGAGGTATGGTGCTCACACATTGT-CTCAACCCTCCCAGAGAGAATGA  143

seq1  AATTAGCATCAAATATAGATAGCACCAGTCCCATCCACAACAAAAAGCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGCATCAAATATAGATAGCACCAGTCCCATCCACAACAAAAAGCTG  193

seq1  CAACATGTGAATCTTTATAGGAAAATTTCACAGTTAAGTAATAAAATCAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGTGAATCTTTATAGGAAAATTTCACAGTTAAGTAATAAAATCAT  243

seq1  TTCAAACAGAGGGAAGAGTTAATGCATGGTCCTCTAGAATGGAGAGAATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACAGAGGGAAGAGTTAATGCATGGTCCTCTAGAATGGAGAGAATA  293

seq1  TTCATTCACTCATGATTCAATTCTCCAAATATGATTGACTATTATTACTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCACTCATGATTCAATTCTCCAAATATGATTGACTATTATTACTG  343

seq1  TATTCTATACCTGTCTCACTGTATTAAGAAACAAAAATGAATACCACTCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATACCTGTCTCACTGTATTAAGAAACAAAAATGAATACCACTCA  393

seq1  GGCCTCTGCCCTCATGTGGTTTGCACACTAGAAACATAGTTATATAAGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGCCCTCATGTGGTTTGCACACTAGAAACATAGTTATATAAGTG  443

seq1  AGCCAAATGTATATTAAAGGTGTTGTGTTTCATGGTAGAGCTACAACATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAATGTATATTAAAGGTGTTGTGTTTCATGGTAGAGCTACAACATA  493

seq1  AAATATACAACATATAAGGATGCAGCCTTGAAGAACAAGTAGAGGGTTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACAACATATAAGGATGCAGCCTTGAAGAACAAGTAGAGGGTTGT  543

seq1  GGCAGACATCCTAAACACAACAGTAAGGTAGGCTTTATGAAAAAACATGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACATCCTAAACACAACAGTAAGGTAGGCTTTATGAAAAAACATGT  593

seq1  TTTTTTTTTCAAAGACTAAAAATGGTAAAGATATTTTTGATCTATATCTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTCAAAGACTAAAAATGGTAAAGATATTTTTGATCTATATCTA  643

seq1  AGTGGTCTTCATGCCTATCTGCTCTCACTATGGGAAGCTGAGGCCATATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTCTTCATGCCTATCTGCTCTCACTATGGGAAGCTGAGGCCATATA  693

seq1  GTGATGTTTGCAACCAAGCTGGGCTATATAGTGAGACACTCTGTCATGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGTTTGCAACCAAGCTGGGCTATATAGTGAGACACTCTGTCATGAA  743

seq1  ATTCCAACAAAATCAATAGAACCAAAACAAAACTGAACTACAGATAGAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAACAAAATCAATAGAACCAAAACAAAACTGAACTACAGATAGAAT  793

seq1  CAGCTGCAAGCAAGCATGGGAATCAAGAAAGCAGAAATACAGAGGCAAGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCAAGCAAGCATGGGAATCAAGAAAGCAGAAATACAGAGGCAAGC  843

seq1  ACAGCTTGTATGGGAAGAAAGCTGCCAGTGATCTAGTTGACTGATATTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTGTATGGGAAGAAAGCTGCCAGTGATCTAGTTGACTGATATTTT  893

seq1  CCAGTATCTTTATAACTGAACTCATTTTAGCATGTGTGTGAGAGAGTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATCTTTATAACTGAACTCATTTTAGCATGTGTGTGAGAGAGTGTT  943

seq1  CATATATGTGAGTGTATGTATGTGAATGGATGTAAGTCAGAGAACATATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGTGAGTGTATGTATGTGAATGGATGTAAGTCAGAGAACATATA  993

seq1  CATTCCCACCTTATAGGTTTGAGAAAAATAATTTCTTATTCATCCTGGAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCACCTTATAGGTTTGAGAAAAATAATTTCTTATTCATCCTGGAC  1043

seq1  TCCATGAATTC  1059
      |||||||||||
seq2  TCCATGAATTC  1054