BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019C08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 127,605,254 - 127,708,499
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043382
Upstream geneAnk2, LOC100043749, LOC100043361, LOC100043364, Larp7, 4930422G04Rik, Neurog2, Alpk1, T2bp, BC002199, 5730508B09Rik
Downstream geneEG668828, LOC100043393, EG668831
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019C08.bB6Ng01-019C08.g
ACCDH852325DH852326
length795949
definitionDH852325|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019C08, 5' end.DH852326|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019C08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,605,254 - 127,606,048)(127,707,556 - 127,708,499)
sequence
gaattccctcagtgatgggttgtgatccaggaattgtaagatgaattaaa
ttctttcttcccctgtgttggttttggttagtgtcttatcacagaaatag
ataacaaagtagaccagttgccagctatggcaaacccactattaacctca
caccatctgcttaattactggataactctaactgctggcaagtcgttttt
acccattgacttgaaaactttaatttacatttatttatttgcttgtttat
aggggtaggatcctaaatacagtcacagaggtcagaggacagttggtagg
agttgcttctctccttccaccatgtgggttcttgggaataaacccaggtc
ttcaggcttgatgacaaggcccttcacttgctgaggcaccttgccagcac
cgtccactttctaaatctaatttgtatctcctctgtaccactgagacaaa
ttaattcctgaagtacaacggatcaaatgaaaatttttctccccttaaga
cagtagtttgatgccgggcagtggtggcacatgcctttaatcccagcact
cgggaggcggaggcagaggcaggcggatttctgagttcgaggccagcctg
gtcttcaaagtgagttccaggacagtcagggctccagagaaactctgtct
caaaaaaaaccaaaaccaaaccaaaacaaaacaaaacaacccccaaaacc
aaaccaaccaaccaaacaaacaaaaaagacagaagtttgaaaatttaaaa
ctacatagttattagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattccagacaggagaaaaggagatgtgaagagggatgggggtgtgaag
tgaagttctgcttgtagtagagatagctagaccctatcctatatctagta
cccctctttcctgaacaaccctctcaattgcatccataattgttaaagca
cattaccttcttacactgtatgatgtgtgtctaagttctacgtcttacac
tgtatgacatgtgtccaagttgtagctactgagctacaaccattaaaaag
ggtagaggactgactgctagaagattgttgaaagaacatcacccaaacat
actgcacaccacacatgaaccacacacatcatcaacactacacaccaact
acacacacacacacacaccatgcatgcatgcacacacatacaacatgcac
gcatgcatgcatgcccatgcactgcacacatatgtatacatgaacacaca
cacaccacaccacaaccagaattcatgcatgcacacacgctgcactcaca
tgcatacatgcacacacatgcactgcacacacacacatacaccattgctc
ttcttctcctcctccttcctgcagtctgggaggcaaagcattaaccccaa
gctgttctcttagcaggcaaggtgactttgaagataaaaagccatttaca
aaatggtgacatgtggtggtaaaaagagcccaaggtgcctgctgggctgt
aatagatatcagaaaaagccctggatactcttgtctgtattttcttttca
cacagaagagaaacaaccctcgcttaccctaaaggctagtaatgccacta
agccaactgtggtaaatgctaaaatgcaaattgtcttgtattacgaattc
actctactttaaatcctaatgtcccttttggcacttacacaaccagtatt
ttcttaaagaaaagggagttttacaattctctgaatgactatttataga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_127605254_127606048
seq2: B6Ng01-019C08.b_43_837

seq1  GAATTCCCTCAGTGATGGGTTGTGATCCAGGAATTGTAAGATGAATTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCAGTGATGGGTTGTGATCCAGGAATTGTAAGATGAATTAAA  50

seq1  TTCTTTCTTCCCCTGTGTTGGTTTTGGTTAGTGTCTTATCACAGAAATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTTCCCCTGTGTTGGTTTTGGTTAGTGTCTTATCACAGAAATAG  100

seq1  ATAACAAAGTAGACCAGTTGCCAGCTATGGCAAACCCACTATTAACCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAAGTAGACCAGTTGCCAGCTATGGCAAACCCACTATTAACCTCA  150

seq1  CACCATCTGCTTAATTACTGGATAACTCTAACTGCTGGCAAGTCGTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCTGCTTAATTACTGGATAACTCTAACTGCTGGCAAGTCGTTTTT  200

seq1  ACCCATTGACTTGAAAACTTTAATTTACATTTATTTATTTGCTTGTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATTGACTTGAAAACTTTAATTTACATTTATTTATTTGCTTGTTTAT  250

seq1  AGGGGTAGGATCCTAAATACAGTCACAGAGGTCAGAGGACAGTTGGTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAGGATCCTAAATACAGTCACAGAGGTCAGAGGACAGTTGGTAGG  300

seq1  AGTTGCTTCTCTCCTTCCACCATGTGGGTTCTTGGGAATAAACCCAGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTTCTCTCCTTCCACCATGTGGGTTCTTGGGAATAAACCCAGGTC  350

seq1  TTCAGGCTTGATGACAAGGCCCTTCACTTGCTGAGGCACCTTGCCAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGCTTGATGACAAGGCCCTTCACTTGCTGAGGCACCTTGCCAGCAC  400

seq1  CGTCCACTTTCTAAATCTAATTTGTATCTCCTCTGTACCACTGAGACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCACTTTCTAAATCTAATTTGTATCTCCTCTGTACCACTGAGACAAA  450

seq1  TTAATTCCTGAAGTACAACGGATCAAATGAAAATTTTTCTCCCCTTAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCCTGAAGTACAACGGATCAAATGAAAATTTTTCTCCCCTTAAGA  500

seq1  CAGTAGTTTGATGCCGGGCAGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTTTGATGCCGGGCAGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACT  550

seq1  CGGGAGGCGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGGCGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTG  600

seq1  GTCTTCAAAGTGAGTTCCAGGACAGTCAGGGCTCCAGAGAAACTCTGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAAAGTGAGTTCCAGGACAGTCAGGGCTCCAGAGAAACTCTGTCT  650

seq1  CAAAAAAAACCAAAACCAAACCAAAACAAAACAAAACAACCCCCAAAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAACCAAAACCAAACCAAAACAAAACAAAACAACCCCCAAAACC  700

seq1  AAACCAACCAACCAAACAAACAAAAAAGACAGAAGTTTGAAAATTTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAACCAACCAAACAAACAAAAAAGACAGAAGTTTGAAAATTTAAAA  750

seq1  CTACATAGTTATTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  795
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAGTTATTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  795

seq1: chr3_127707556_127708499
seq2: B6Ng01-019C08.g_69_1017 (reverse)

seq1  TCTATAAATAGTCATTCAGAAGAATTGTTAAATCTCCTTTTACTTTAAGA  50
      ||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||| ||||||||
seq2  TCTATAAATAGTCATTCAG-AGAATTG-TAAAACTCCCTTTTCTTTAAGA  48

seq1  AAATACTTGTTGTGATAAGTGCC-AAAGGGACATTAGGAATTAAAGTAGA  99
      ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAATACTGGTTGTG-TAAGTGCCAAAAGGGACATTAGGATTTAAAGTAGA  97

seq1  GTGAATTACGTAATACAAGACAA-TTGCATTTTAGCATCTACCACAGTTG  148
      ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGAATT-CGTAATACAAGACAATTTGCATTTTAGCATTTACCACAGTTG  146

seq1  GCTTAGTGGCATTACTAGCCTT--AGGTGAGCGAGGCTTGTTTCTCTTCT  196
      ||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GCTTAGTGGCATTACTAGCCTTTAGGGTAAGCGAGGGTTGTTTCTCTTCT  196

seq1  GTGTGAAAAG-AAATACAGACAAGAGTATCCAGGGC-TTTTCTGATATCT  244
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTGTGAAAAGAAAATACAGACAAGAGTATCCAGGGCTTTTTCTGATATCT  246

seq1  ATTACAG-CCAGCAGGCACC-TGGGCTCTTTTTACCACCACATGTCACCA  292
      ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGCCCAGCAGGCACCTTGGGCTCTTTTTACCACCACATGTCACCA  296

seq1  TTTTGTAAATGGC-TTTTATCTTCAAAGTCACCTTGCCTGCTAAGAGAAC  341
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAAATGGCTTTTTATCTTCAAAGTCACCTTGCCTGCTAAGAGAAC  346

seq1  AGCTTGGGGTTAATGCTTTGCCTCCCAGACTGCAGGAAGGAGGAGGAGAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGGGTTAATGCTTTGCCTCCCAGACTGCAGGAAGGAGGAGGAGAA  396

seq1  GAAGAGCAATGGTGTATGTGTGTGTGTGCAGTGCATGTGTGTGCATGTAT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAATGGTGTATGTGTGTGTGTGCAGTGCATGTGTGTGCATGTAT  446

seq1  GCATGTGAGTGCAGCGTGTGTGCATGCATGAATTCTGGTTGTGGTGTGGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGAGTGCAGCGTGTGTGCATGCATGAATTCTGGTTGTGGTGTGGT  496

seq1  GTGTGTGTGTTCATGTATACATATGTGTGCAGTGCATGGGCATGCATGCA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTTCATGTATACATATGTGTGCAGTGCATGGGCATGCATGCA  546

seq1  TGCGTGCATGTTGTATGTGTGTGCATGCATGCATGGTGTGTGTGTGTGTG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGCATGTTGTATGTGTGTGCATGCATGCATGGTGTGTGTGTGTGTG  596

seq1  TGTAGTTGGTGTGTAGTGTTGATGATGTGTGTGGTTCATGTGTGGTGTGC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTTGGTGTGTAGTGTTGATGATGTGTGTGGTTCATGTGTGGTGTGC  646

seq1  AGTATGTTTGGGTGATGTTCTTTCAACAATCTTCTAGCAGTCAGTCCTCT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTTTGGGTGATGTTCTTTCAACAATCTTCTAGCAGTCAGTCCTCT  696

seq1  ACCCTTTTTAATGGTTGTAGCTCAGTAGCTACAACTTGGACACATGTCAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTTTAATGGTTGTAGCTCAGTAGCTACAACTTGGACACATGTCAT  746

seq1  ACAGTGTAAGACGTAGAACTTAGACACACATCATACAGTGTAAGAAGGTA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTAAGACGTAGAACTTAGACACACATCATACAGTGTAAGAAGGTA  796

seq1  ATGTGCTTTAACAATTATGGATGCAATTGAGAGGGTTGTTCAGGAAAGAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTTTAACAATTATGGATGCAATTGAGAGGGTTGTTCAGGAAAGAG  846

seq1  GGGTACTAGATATAGGATAGGGTCTAGCTATCTCTACTACAAGCAGAGCT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGGTACTAGATATAGGATAGGGTCTAGCTATCTCTACTACAAGCAGAACT  896

seq1  TCACTTCACACCCCCATCCCTCTTCACATCTCCTTTTCTCCTGTCTGGAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCACACCCCCATCCCTCTTCACATCTCCTTTTCTCCTGTCTGGAA  946

seq1  TTC  944
      |||
seq2  TTC  949